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13 de enero de 2009

Bioinformática y análisis filogenético

La Soc. Mex de Biotecnología y Bioingeniería a traves de la Univ. Aut. Agraria Antonio Narro invitan al Primer Curso Taller "Bioinformática y análisis filogenético".

Impartido por Dr. Rafael Rojas Herrera (Univ. Aut. Yucatan)
22 al 24 de Abril, 2009
Contenido
  1. Introducción. Fundamentos moleculares para la microbiología moderna
  2. Diversidad microbiana. Conceptos básicos y métodos de estudio de comunidades microbianas.
  3. Secuenciación y análisis de secuencias de ácidos nucleicos.
  4. Construcción de cladogramas.

INFORMES:
Dr. Antonio Aguilera Carbó aguilera_carbo@uaaan.mx
Dra. Ana Veronica Charles Rdz avecharles@uaaan.mx

Numero de aniversario del Amer. J. Botany gratis


El numero de Enero del American Journal of Botany esta disponible en linea gratis hasta el 12 de febrero, aniversario del nacimiento de Darwin. Los articulos pueden ser bajados como PDFs individualmente.
free access to all of the articles in AJB Darwin Special Issue: The abominable mystery.

12 de enero de 2009

Sistemática de Plantas Tropicales

OET y la Universidad de Costa Rica
del 10 de junio al 13 de julio, 2009

Coordinadores:

Dr. Robbin Moran, New York Botanical Garden
Dr. Mauricio Bonifacino, Facultad de Agronomía, Uruguay

Sistemática de Plantas Tropicaleses un curso intensivo de campo a nivel de posgrado, impartido en idioma español, enfocado a la identificación, inventario, clasificación y análisis filogenético de plantas vasculares tropicales. Todas las actividades se llevan a cabo en Costa Rica durante seis semanas con actividades programadas para todos los días en estaciones biológicas y reservas naturales

El Curso ¿Qué aprenderá usted?

Este curso le dará la oportunidad de aprender lo siguiente:

  • Identificar las principales familias y géneros de angiospermas y pteridófitas.
  • Explicar los patrones generales de la filogenia de angiospermas y pteridófitas.
  • Explicar lo básico de la teoría filogenética.
  • Utilizar algunos de los programas más comunes para el análisis cladístico.
  • Interpretar y describir estructuras vegetativas y reproductivas.
  • Construir claves dicotómicas y electrónicas e identificar plantas con ellas.
  • Escribir descripciones de plantas.
  • Recolectar y herborizar varias clases de plantas tropicales.
  • Aplicar los principios de la nomenclatura botánica.
  • Reconocer los principales tipos de vegetación de Costa Rica y sus especies características.
  • Utilizar varias técnicas de inventario florístico.

Más información aquí >>>

11 de enero de 2009

Curso de Análise Filogenética Prática (Lisboa)


O grupo CoBiG² apresenta o curso de Análise Filogenética Prática.

A Filogenética é uma das áreas científicas das Ciências da Vida que mais tem crescido e evoluido metodologicamente nos últimos anos. As suas aplicações vão hoje desde o estudo da evolução das espécies e populações animais até às mais inesperadas, como o averiguar da origem do vírus da Sida ou dos ciclos sazonais de Gripe.

O presente curso é destinado a estudantes ou profissionais que pretendam iniciar-se na análise filogenética e também a investigadores já com alguma experiência mas que queiram aprofundar e actualizar os seus conhecimentos. O curso consistirá em aulas teóricas alternadas com aulas práticas de utilização de software. Encorajam-se os participantes que tenham dados de sequências a trazê-los para análise.

Este curso realizar-se-á de 9 a 13 de Fevereiro das 14h às 20h na Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa.

Programa:
Introdução à Filogenética
Alinhamentos
Máxima Parcimónia e Distâncias
Máxima Verosimilhança
Modelos de Evolução de Sequências
Bootstrap e Inferência Bayesiana

A coordenação está a cargo do professor Octávio Paulo do Centro de Biologia Ambiental da FCUL que será também o formador principal.

Informações e inscrições em http://cobig2.fc.ul.pt ou octavio.paulo@fc.ul.pt

Saiba mais sobre este curso em: http://cobig2.fc.ul.pt/Phylogenetics.htm

9 de enero de 2009

Crece la capacidad del servidor de Filogenetica.org

Las capacidades de almacenamiento en el servidor de Filogenetica.org crece 5x. Ahora tendremos disponibles 5 Gigas.
Con esto también crece la capacidad de ofrecer servicios de internet adicionales para la comunidad filogenetica hispanoparlante.
Ideas?
i) Puede hospedar un sitio web de su curso y los materiales asociados de apoyo.
ii) También puede hospedar el sitio web de su laboratorio.
iii) Su sitio web personal. Use el servidor de Filogenetica.org para hospedar paginas web personales (académicas). No puedo ofrecer el diseño y edición de sus paginas web, pero si el espacio. Los archivos html los deposita el interesado por ftp a su directorio de acceso controlado. Su dirección web seria:
http://www.filogenetica.org/personales/nombre-de-su-directorio-personal/su-pag-web.htm
iv) Servicio de cuentas o buzones de correo electrónico. Su direccion de correo electronico seria:
nombre de su cuenta@filogenetica.org
El texto en rojo es de su eleccion. El ingreso es controlado como es usual (mediante usuario y contraseña). No hay comerciales en sus pags web y de plano pues es mejor que depositarlas en servicios como Yahoo o GooglePages.

Si esta interesado en hacer uso de estos servicios, escribame por email o deje un comentario aquí.

7 de enero de 2009

Curso de Verao em Bioinformatica - USP


A Bioinformática envolve várias disciplinas da área exatas e biológicas. No curso de verão serão apresentados conceitos e aplicações práticas, os quais são fundamentais para compreensão dos problemas biológicos e soluções computacionais envolvidas.
O curso contribui para a iniciação dos participantes na bioinformática em geral, e em particular como preparação inicial de potenciais candidatos ao programa de mestrado e/ou doutorado em bioinformática, oferecido pela USP.
Realização do curso: 02/02/2009 a 06/02/2009.

Horário: Segunda a Sexta-feira 8h30 - 17h30

Local do Evento

Instituto de Matemática e Estatistica da Universidade de São Paulo (IME-USP)

Rua Matão, 1010 - Cidade Universitária

CEP 05508-090 - São Paulo - SP - Brasil



Fuente de la información: Curso de Verao em Bioinformática - USP

Encuesta: Que árboles prefiere?

La primera encuesta de este año es sobre sus preferencias en la selección de arboles óptmos para la reconstrucción filogenética.

Al igual que en la encuesta anterior, pueden elegir más de una respuesta. La lista de opciones y los resultados estarán disponibles hasta Abril en la columna de la derecha. En la lista de opciones he incluido los criterios más conocidos para tener una idea de las preferencias entre la comunidad.

Escriban aquí sus comentarios y sugerencias. Especialmente útil sería saber cuales son los criterios de selección si alguien vota por las opciones "Otro criterio?".

Gracias por participar!
E

XXth International Seaweed Symposium, Mexico


Ensenada, BC, Mexico

February 2010

You are most cordially invited to the XXth International Seaweed Symposium to be held in Mexico.

The International Seaweed Symposium (ISS) is held every three years under the auspices of the International Seaweed Association (ISA). It is the foremost international meeting on seaweed research and utilization. Scientific research plays a fundamental role in developing seaweed products and industries. The ISS provides a forum for scientists, technologists, industry and resource managers to present their latest research results and develop new synergies.

Scientific Program

The Scientific Program includes plenary sessions, mini symposia, contributed oral or poster presentations, workshops, mid-symposium excursions and pre- and post-symposium tours. Several mini symposia and workshops are planned on topics such as:

1) Genetic engineering of seaweeds;
2) Seaweed cultivation techniques;
3) Marine hydrocolloids;
4) Bioactive compounds;
5) Where are we on systematic of algae;
6) Climate change in seaweeds;
7) Seaweeds for biofuels;
8) Artificial seaweed beds;
9) Seaweed extracts and their applications to higher plants;
10) Nutraceuticals/Cosmeceuticals;
11) Environmental services;
12) Seaweeds for food;
13) Management of natural commercial beds;
14) Implications of large scale cultivation;
15) Invasive species;
16) Kappa cultivation;
17) Seaweeds in integrated aquaculture;

If you would like to participate on any of these topics or propose a new one, please contact us at: contact@xxseaweedsymposium.org


Fuente de la informacion: http://www.xxseaweedsymposium.org/#xxseaweed

30 de diciembre de 2008

La amplitud del uso del blog de Filogenetica.org

Nos complace saber que este blog de noticias de Filogenetica.org ha sido usado tan ampliamente durante este año 2008.

El mapa muestra el origen geográfico de los mas de 10,000 visitantes desde 4500 diferentes IPs durante un año.
En el 2009 continuaremos ofreciendo este espacio para sus notas, avisos, etc.
Para seguir mejorando necesitamos su opinion. Que estamos haciendo bien? Que necesitamos mejorar? Que servicios deberíamos agregar? Déjenos saber sus sugerencias aquí.

9 de diciembre de 2008

Evolution 150

EVOLUTION 150
WORKSHOP on "Evolutionary Biology: Evolution 150",
celebrating the 150th anniversary of the publication of Darwin's The Origin of the Species,
Cuenca, Spain
15th - 19th March 2009

The British Council in Spain in collaboration with the Spanish Council for Scientific Research (CSIC) is organising a series of scientific workshops to provide opportunities for researchers from the UK and Spain to meet face-to-face for the exchange of ideas, knowledge and information on priority topics and to explore future areas of research and collaboration. The next workshop in this series, entitled Evolution 150, will cover the broad field of evolutionary biology and marks the 150th anniversary of the publication of "The Origin of Species".

For further details and an application form contact Rafael Zardoya rafaz@mncn.csic.es or Peter Holland peter.holland@zoo.ox.ac.uk

Early to mid career researchers wishing to participate should send a completed application form and CV to belen.fortea@britishcouncil.es before December 15, 2008.


8 de diciembre de 2008

Sistemática de abejas. Brasil

Curso "Sistemática e Identificação de Abelhas Neotropicais"
Laboratorio de Biologia Comparada de Hymenoptera
Universidade Federal do Paraná (UFPR)

A UFPR representa um centro de excelência no estudo da sistemática de abelhas na América Latina com profissionais e estudantes trabalhando em diferentes grupos taxonômicos. Tendo em vista a grande necessidade de apoio taxonômico aos trabalhos de ecologia e biologia de abelhas, o curso visa atualizar os participantes na classificação e uso de chaves de identificações. O curso irá permitir ao aluno reconhecer os principais grupos de abelhas da região Neotropical.

Os principais objetivos do curso são: familiarização com a terminologia morfológica específica; uso de chaves taxonômicas para identificação dos principais gêneros; exposição de aspectos da sistemática, biogeografia, biologia, e ecologia; discussão de aspectos metodológicos para amostragem, coleta e preparação dos diferentes grupos de abelhas.

O curso terá lugar no Departamento de Zoologia da Universidade Federal do Paraná, localizado no Centro Politécnico, Jardim das Américas, em Curitiba. O período será de 9 a 14 de fevereiro de 2009.

Principia Taxonomica en CD


Por cortesía de J. Llorente, he recibido un CD conteniendo la colección de libros de Papavero & Llorente: Principia Taxonomica.
Esta versión electrónica de los nueve volúmenes originalmente publicados entre 1993 y 2006 viene en un formato atractivo y muy fácil de navegar. Es una excelente introducción a la historia, fundamentos lógicos, filosóficos y metodológicos de las escuelas de taxonomía biológica.

1 de diciembre de 2008

Monocots without borders Monocotiledóneas sin fronteras

Monocots without borders. Monocotiledóneas sin fronteras
Jueves 11 de diciembre de 2008
Auditorio UNIRA, Jardín Botánico Francisco Javier Clavijero
Km 2.5 carretera antigua a Coatepec 351, Congregación El Haya, Xalapa, Ver.

Programa
8:30-9:00 Registro y bienvenida
9:00-9:25 Monocots and the AToL initiative (Assembling the Tree of Life). Dennis Stevenson. New York Botanical Garden.
9:30-9:55 Filogenia molecular y evolución estructural en Araceae. Lidia I. Cabrera y Gerardo
A. Salazar. Instituto de Biología, Universidad Nacional Autónoma de México.
10:00-10:25 Phylogeny of Cocoseae subtribe Attaleinae (Areceaceae) based on eight WRKY transcription factor loci. Alan Meerow. United States Department of Agriculture.
10:30-10:55 Filogenia de Myrmecophila (Orchidaceae). Germán Carnevali. Centro de Investigación Científica de Yucatán.
11:00 Coffe break
11:30-11:55 Morphological convergence in Tigridieae (Iridaceae). Aarón Rodríguez. CUCBA, Universidad de Guadalajara
12:00-12:25 Relaciones filogenéticas en Agavaceae s.str., inferidas de ADN nuclear, cloroplasto
y morfología. Gerardo A. Salazar, Abisaí García y Eloy Solano. Universidad Nacional Autónoma de México.
12:30-12:55 Phylogeny and biogeography of Allium. Chelsea Specht. University of California,
Berkeley.
13:00 Lunch
14:30-14:55 The Milla clade (Themidaceae): Behria and Bessera circumscription. Etelvina Gándara and Victoria Sosa. Instituto de Ecología A. C.
15:00-15:25 Systematics and ecological reconstruction for Central American Aechmea (Bromeliaceae). Chodon Sass and Chelsea Specht. University of California, Berkeley.
15:30-15:55 Ecology, molecules and morphological variation in Otatea (Bambusoideae: Poaceae). How many species are there? Eduardo Ruiz-Sanchez and Victoria Sosa. Instituto de Ecología A. C.
16:00 Coffe break
16:30-16:55 Phylogeny of Muhlenbergia and relatives ( Chloridoideae: Poaceae). Travis Columbus. Rancho Santa Ana Botanical Garden.
17:00-17:25 Phylogeny and a new classification of the Panicoideae-Centothecoideae clade (Poaceae). Jorge Gabriel Sánchez-Ken. Instituto de Biología, Universidad Nacional Autónoma de México.
17:30-17:45 Una síntesis de las monocotiledóneas Mexicanas. Adolfo Espejo. Sociedad Botánica de México. Universidad y Autónoma Metropolitana, Iztapalapa.
17:45 Poster session

28 de noviembre de 2008

X Congreso Latinoamericano de Botánica. CHILE



El X Congreso Latinoamericano de Botánica
"Conservación y uso sustentable de la flora nativa latinoamericana"
se realizará en
la Ciudad de La Serena (Chile),
los días 4 al 10 de octubre de 2010.
PAG WEB

Circulares Informativas / Convocatorias
1º Convocatoria Octubre 2008



24 de noviembre de 2008

La popularidad de los analisis de clados anidados

Wiley InterScience :: JOURNALS :: Evolution
WHY DOES A METHOD THAT FAILS CONTINUE TO BE USED?
L. Lacey Knowles 1,2
1 Department of Ecology and Evolutionary Biology, Museum of Zoology, University of Michigan, Ann Arbor, Michigan 48109 2 E-mail: knowlesl@umich.edu
Associate Editor: M. Rausher
Copyright Journal compilation © 2008 The Society for the Study of Evolution
KEYWORDS
Biogeography • demographic history • historical inference • nested-clade analysis • phylogeography
ABSTRACT

As a critical framework for addressing a diversity of evolutionary and ecological questions, any method that provides accurate and detailed phylogeographic inference would be embraced. What is difficult to understand is the continued use of a method that not only fails, but also has never been shown to work—nested clade analysis is applied widely even though the conditions under which the method will provide reliable results have not yet been demonstrated. This contradiction between performance and popularity is even more perplexing given the recent methodological and computational advances for making historical inferences, which include estimating population genetic parameters and testing different biogeographic scenarios. Here I briefly review the history of criticisms and rebuttals that focus specifically on the high rate of incorrect phylogeographic inference of nested-clade analysis, with the goal of understanding what drives its unfettered popularity. In this case, the appeal of what nested-clade analysis claims to do—not what the method actually achieves—appears to explain its paradoxical status as a favorite method that fails. What a method promises, as opposed to how it performs, must be considered separately when evaluating whether the method represents a valuable tool for historical inference.

Received July 17, 2008
Accepted July 18, 2008
DIGITAL OBJECT IDENTIFIER (DOI)
10.1111/j.1558-5646.2008.00481.x About DOI

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