Considerable diversidad genética entre mexicanos

Los proyectos del Genoma Humano ciertamente han detectado diferencias genéticas entre grupos como los europeos (Caucásicos), asiáticos (China, Japón) y africanos (Yoruba). Pero ahora resulta que un analisis de la diversidad genomica total reveló también considerables diferencias entre varias poblaciones de mexicanos.

La población mexicana actual resulta ser un mosaico de diferentes grupos genéticos. El gradiente va desde poblaciones con un genoma mayormente zapoteca (el único grupo indígena examinado) a poblaciones mestizas (seis regiones geográficamente distantes) con diferentes mezclas de genomas prehispánicos y europeos.

Esta es la Fig 4 en el articulo, el cual esta disponible en linea (open access!).


Se ilustra la proporción de marcadores de ancestros en seis poblaciones mexicanas de los estados de Sonora, Zacatecas, Guanajuato, Yucatan, Veracruz y Guerrero.

• A. Contribución de ancestria europea.
• B. Contribución de ancestria indígena.
• C. Contribución africana.
• D. Contribución asiática.
  

Aunque el estudio genómico se ha hecho principalmente para establecer la comparabilidad de las poblaciones desde la perspectiva de genes y salud, puede ser interesante también desde la perspectiva de la reconstrucción histórica de la ancestría y los cambios en la variación y estructura genética en las poblaciones del Neotrópico desde el contacto europeo.

La referencia del artículo es:
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Silva-Zolezzi, I., Hidalgo-Miranda, A., Estrada-Gil, J., Fernandez-Lopez, J., Uribe-Figueroa, L., Contreras, A., Balam-Ortiz, E., Bosque-Plata, L., Velazquez-Fernandez, D., Lara, C., Goya, R., Hernandez-Lemus, E., Davila, C., Barrientos, E., March, S., & Jimenez-Sanchez, G. (2009). Analysis of genomic diversity in Mexican Mestizo populations to develop genomic medicine in Mexico Proceedings of the National Academy of Sciences DOI: 10.1073/pnas.0903045106
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Plaza de postdoctorado en entomologia

Mensaje de: Javier Mota Sanchez, email

A los interesados en ocupar una plaza de postdoctorado en entomologia, por
un periodo de dos años (disponible a partir de Agosto, 2009) en el
departamento de Virologia e Inmunologia del Southwest Foundation for
Biomedical Research, favor de comunicarse con el Dr. Javier Mota Snchez al
correo electronico o al telfono (210) 290-8271 en San Antonio
Tx, USA.


Es deseable, pero no indispensable, que los interesados tengan experiencia
trabajando con Aedes aegypti y/o dengue.

Bigger is better: the largest phylogenetic tree reconstructed. | Archetype

Bigger is better: the largest phylogenetic tree reconstructed. | Archetype

Sunday, May 3rd, 2009 | Cladistics, Phylogeny, Uncategorized

GenBank, the standard database for genetic information maintained by National Center for Biotechnology Information, has been accumulating DNA sequences for some three decades now. Since its creation in the late 1980s, it has become the de facto repository for genetic information– genetic data must now be submitted to GenBank for a paper to be accepted for publication. Most sequence data accumulated is the result of the sum of many “local” taxonomic studies, that have targeted a particular group of organism for a relatively small, but well-known collection of genes. It contents now span over hundreds of genes across all of life’s domains. So, what would happen if you were to take all the sequence information contained in GenBank and analyze it phylogenetically all together in a single, one-step study? Well, that is what Pablo A. Goloboff and coworkers just did, the results of which were published in last week’s online early edition of Cladistics, the international journal of the Willi Hennig Society.

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Lea el comentario completo en:

"Archetype, Ant reconstruction one homology at a time"

blog por Roberto Keller

Cladistics: Analisis de una matriz gigante de >73000 UT

Esto si que es difícil de creer: el análisis cladístico de una matriz "super gigante" de 73060 entidades. Así es, no es error de dedo, más de 73 mil unidades terminales! Este análisis portentoso fue efectuado por un equipo basado en Tucumán (Argentina) liderado por Pablo Goloboff. La referencia del artículo, por ahora solo disponible en linea, es:

Phylogenetic analysis of 73 060 taxa corroborates major eukaryotic groups
Pablo A. Goloboff, Santiago A. Catalano, J. Marcos Mirande, Claudia A. Szumik, J. Salvador Arias, Mari Källersjö and James S. Farris.
Cladistics
http://dx.doi.org/10.1111/j.1096-0031.2009.00255.x

ABSTRACT
Obtaining a well supported schema of phylogenetic relationships among the major groups of living organisms requires considering as much taxonomic diversity as possible, but the computational cost of calculating large phylogenies has so far been a major obstacle. We show here that the parsimony algorithms implemented in TNT can successfully process the largest phylogenetic data set ever analysed, consisting of molecular sequences and morphology for 73 060 eukaryotic taxa. The trees resulting from molecules alone display a high degree of congruence with the major taxonomic groups, with a small proportion of misplaced species; the combined data set retrieves these groups with even higher congruence. This shows that tree-calculation algorithms effectively retrieve phylogenetic history for very large data sets, and at the same time provides strong corroboration for the major eukaryotic lineages long recognized by taxonomists.

Antes de este logro, la idea de matriz "grande" andaba en los 500-1000 unidades terminales (Uts), y los más ambiciosos se esforzaban por ensamblar y analizar matrices de 1500 a 2000 unidades. Obviamente las dificultades para realizar análisis filogenéticos crecen desmesuradamente con cada unidad agregada a la matriz. Los intentos de exploración del enorme espacio de los arboles con estrategias y software convencional (como PAUP) no permitían ni siquiera ver la posibilidad de intentar el análisis de matrices gigantes. Entonces, Goloboff et al (2009) como lo lograron?
Ademas del trabajo tenaz y laborioso que implica compilar una matriz con tantas unidades terminales y caracteres moleculares y morfológicos, la clave del éxito fueron las capacidades analíticas de este grupo de investigadores usando el software TNT.

Bye bye Super-Trees, bienvenidas las SUPER-MATRICES!!!
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Goloboff, P., Catalano, S., Marcos Mirande, J., Szumik, C., Salvador Arias, J., Källersjö, M., & Farris, J. (2009). Phylogenetic analysis of 73 060 taxa corroborates major eukaryotic groups Cladistics DOI: 10.1111/j.1096-0031.2009.00255.x
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Curso Prático de Análise Filogenética. Lisboa

2º Curso Prático de Análise Filogenética
4 a 8 de Maio de 2009

Centro de Biologia Ambiental, Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa

Formador: Prof. Octávio Paulo

A Filogenética é uma das áreas científicas das Ciências da Vida que mais tem crescido e evoluido metodologicamente nos últimos anos. As suas aplicações vão hoje desde o estudo da evolução das espécies e populações animais até às mais inesperadas, como o averiguar da origem do vírus da Sida ou dos ciclos sazonais de Gripe.

O presente curso é destinado a estudantes ou profissionais que pretendam iniciar-se na análise filogenética e também a investigadores já com alguma experiência mas que queiram aprofundar e actualizar os seus conhecimentos. O curso consistirá em aulas teóricas alternadas com aulas práticas de utilização de software. Encorajam-se os participantes que tenham dados de sequências a trazê-los para análise.

O programa detalhado poderá ser obtido em http://cobig2.fc.ul.pt/Phylogenetics.htm

Wiki de ayuda para usar TNT

Se ha anunciado la disponibilidad del wiki TNT como un recurso de ayuda para los usuarios de este programa.

El término WikiWiki es de origen hawaiano que significa: rápido. "Un wiki, o una wiki, es un sitio web cuyas páginas web pueden ser editadas por múltiples voluntarios a través del navegador web. Los usuarios pueden crear, modificar o borrar un mismo texto que comparten." (http://es.wikipedia.org/wiki/Wiki)

Después de un tiempo de estructuración y edición, el WIKI TNT ya esta listo para los usuarios en general. Siga el enlace abajo para mas información sobre como participar editando contenido o contribuyendo a las discusiones.

http://tnt.insectmuseum.org/index.php/Main_Page

Phylogeology – A New Revolution in Phylogenetics

Para quitar el mal sabor de boca del sarcasmo verosímil de la semana pasada aquí les dejo algo que es realmente para dar risa: olvidemos las biomoléculas como el ADN; lo nuevo son los DATOS ATOMICOS! Asi es, filogenetica mas alla de lo molecular.

Systematics and Biogeography: Phylogeology – A New Revolution in Phylogenetics

Evolutionary biologists were stunned this week by the news of Geological Phylogenetics. "Genetics is dead" says geologist Prof. Trevor Bruce of the University of Ulladulla, Australia. For 20 years molecular DNA has changed the way biologists do phylogenetics. Geological Phylogenetics, or Phylogeology, proposes to dispense with biological data all together. Prof. Bruce explains, "Molecular systematics has removed any notion of morphology, anatomy and taxonomy. We intend to get rid of molecules, making phylogenetics essentially free of any biological data".

The benefits of phylogeology are that only atoms will be analyzed. "All you need is a very large industrial-strength food processor and a mass spectrometer". Prof Bruce's team has successfully pureed an array of organisms including two pot plants, a goldfish and Dr. Hall's cat. "She wasn't too happy about it, so we made her first author" says Prof. Bruce. "So far we have analyzed percentages of 30 common elements including carbon, calcium iron and copper". And success! Already Prof. Bruce's team has the data for most common household pets and their relationships. "It's simple" explains Dr. Hall, "a dog and a cat will have a similar atomic make-up, just like two similar rocks. As genetics has brought its methods and theory into phylogenetics, we bring geological techniques. Pureeing and 'mass-specing' critters are one of them".

LEA LA NOTA COMPLETA AQUI:
http://urhomology.blogspot.com/2009/04/phylogeology-new-revolution-in.html

Cladistics wars 2.0 | Archetype

Cladistics wars 2.0 | Archetype

Wednesday, April 22nd, 2009 | Cladistics, Education, Metablogging, Science
Autor: Roberto Keller

There is a skirmish going on at Dechronization blog right now. This is a coauthored blog about phylogenetics. I like this blog (its right there on my blogroll —->). There are surprisingly very few blogs about phylogenetic methods these days, despite the wide use that phylogenies currently have in evolutionary biology and beyond (e.g., linguistics). I will complain that, for nine authors, they post little, sometimes not a single post during a month.

The hot post in question is a mocking of an announcement about a (to be honest, very successful) workshop in phylogenetic methods cosponsored by the Willi Hennig Society and so far held in different continents.

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Lea el comentario completo en:

"Archetype, Ant reconstruction one homology at a time"

blog por Roberto Keller

Cladogramas "a flor de piel"

Algunos cladistas lo traen en la sangre, otros en el corazón.
Estos en la piel!
Así o mas fanáticos!
Diviértanse!



Las fotos vienen de la colección Science Tattoo Emporium, por Carl Zimmer.

http://blogs.discovermagazine.com/loom/science-tattoo-emporium/?nggpage=13&pid=79

http://blogs.discovermagazine.com/loom/science-tattoo-emporium/?nggpage=9&pid=37

http://blogs.discovermagazine.com/loom/science-tattoo-emporium/?nggpage=16&pid=113

Sarcasmo verosimil

Hay muchos ejemplos de argumentos epistemologicos y metodologicos publicados sobre la competencia de alternativas sobre como enfocar el problema de la reconstrucción de la filogenia si con métodos basados en parsimonia o en métodos probabilistas basados en verosimilitudes y probabilidades posteriores Bayesianas.

Por encima de los intercambios en los espacios académicos entre los cladistas de parsimonia y entre los filogenéticos de verosimilitud hay una guerra de "infomerciales" en la arena social de los congresos, los cursos y por supuesto los blogs. Un ejemplo reciente es la versión mordaz publicada por S. Magruder en el blog "Dechronization" sobre el anuncio del taller de Cladística de la OSU+Hennig Society y los comentarios que ha sucitado.

Cladistics Workshop Announced

The Ohio State University and the Willi Hennig Society have just announced this summer's Workshop in Phylogenetics Indoctrination in Cladistics Workshop. Some twenty students will receive fellowships to attend this workshop from the Willi Hennig Society. With these fellowships, students will be able to receive four days of instruction on the proper use of outdated methodologies for only $600. On the fifth day, the workshop will make a foray into the 21st century with a lecture on model based phylogenetics and a laboratory on the use of RAxML, Garli and MrBayes. Instruction on model-based methods will be provided by Dr. Christopher Randle, whose only publications on Bayesian methods are critiques (1, 2) and whose recent publications rely either exclusively on parsimony (3) or give preference to parsimony over maximum likelihood when the two methods are largely congruent (4). I'm sure Dr. Randle is an excellent scientist, but his presence as the sole instructor of model-based methods suggests that this workshop is going to be about as balanced as Fox News.

Creo que nuestros lectores encontraran no solo divertido sino educativo darse cuenta de este tipo de "infomerciales", puestos al aire para cuestionar ideas y personalidad de los miembros de ambos grupos de cientificos como tecnica de mercadeo. Desde luego, tambien hay presentaciones de iguales caracteristicas protagonizados por los cladistas de parsimonia con las mismas intenciones de mercadeo.
Mi granito de arena: La decisión de proceder con epistemología A o B y consecuentemente aplicar método A o B, obviamente no deberia depender de lo persuasivo de los "infomerciales". Uds que creen?

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Actualización (22 Abril): La "entrada" original en "Dechronization" ha sido borrada con una nota y un comentario de M. Brandley, pidiendo disculpas "I also apologize to the Dechron blog organizers and its readers for not treating this as a public scientific forum with a high standard of ethics."

Dechronization Interviews Jack Sullivan, Editor-in-Chief of Systematic Biology

En el blog "Dechronization" se ha publicado una entrevista muy interesante a Jack Sullivan, Editor-in-Chief de Systematic Biology.

Esta es la primera pregunta (y la respuesta):

Question: What are the most exciting recent developments in systematics?

I think there are three. First, there are second-order statistical analyses that can now be applied across a sample of trees from a Bayesian posterior distribution. These include biogeography, comparative methods, and macroevolutionary tests. We used to have to rely on a single tree for our analyses; now we can do the same analyses accounting for phylogenetic uncertainty by sampling from the posterior distribution of trees.

Second, the explicit accommodation of incongruence in analyses of multilocus data through the use of the coalescent. I think it will be really cool when we can use these approaches to differentiate between incongruence caused by coalescent stochasticity from that caused by nonvertical transmission such as horizontal gene transfer or hybridization.

Third, the development of phylogenomics. I remember a symposium debate at the Evolution meetings when I was a graduate student in the early 1990s. The debate was about total evidence approaches versus other methods. During the debate, someone raised the question of, “If we could sequence every single nucleotide in the genome, would we then get the best possible estimate of the phylogeny?” I think that emerging datasets demonstrate that the answer to this question might be, “not necessarily.”

Les recomiendo leer la entrevista completa en:
http://treethinkers.blogspot.com/2009/04/dechronization-interviews-jack-sullivan.html

Filogenetica.org temporalmente abajo

El sitio web Filogenetica.org ha estado inaccesible desde el Domingo.
Hoy recibi este mensaje explicativo: "contingencia tecnica" de los servidores del proovedor del servicio de hospedaje, SuEmpresa.com.

A los visitantes de Filogenetica.org les pido disculpas por esta interrupcion.
El sitio web debera estar en linea pronto segun la promesa de SuEmpresa.com.

Ver comunicado oficial

Actualización Abril 16: Poco a poco han estado disponibles en linea algunas paginas del sitio. El fin de semana tratare de restablecer el sitio completo.

Convocatoria para cubrir estancia posdoctoral en sistematica de la Flora Vascular. Mexico

EL INSTITUTO DE ECOLOGÍA, AC
CONVOCA
Para ocupar una estancia posdoctoral en su sede de la ciudad de Xalapa, Veracruz, en la línea de Investigación de Sistemática de la Flora Vascular, en el Departamento de Biodiversidad y Sistemática.
PERFIL DEL ASPIRANTE
Fortalecer a un grupo de Investigación dedicado a elaborar las revisiones taxonómicas de las diversas familias para la Flora de Veracruz. La línea tiene como objetivo revisar taxonómicamente las familias de la Flora de Veracruz, fortalecer los inventarios florísticos y las bases de datos y publicar los resultados a través de fascículos y artículos científicos.
Las funciones sustantivas serán:
Contribuir con revisiones taxonómicas de diversos grupos de plantas para la Flora de Veracruz.
Planear y ejecutar proyectos de investigación en Sistemática y Biodiversidad Vegetal en Veracruz y publicar los resultados.
Coordinar al personal bajo su responsabilidad y administrar los recursos materiales y financieros que le sean asignados.
Participar en la formación de recursos humanos mediante la docencia en los programas del posgrado del INECOL.
Obtener fondos para el financiamiento de sus proyectos de investigación.
Cumplir las disposiciones que señala el Estatuto del Personal Académico del INECOL.
FECHA LÍMITE PARA ENTREGA DE DOCUMENTOS
31 de mayo del 2009
CONSIDERACIONES GENERALES
La vigencia de la plaza es por un año, extensible a dos.

Información completa (PDF) aquí >>>

Encuentro sobre Lepidóptera Neotropical. México

ELEN III
Encuentro sobre Lepidóptera Neotropical,
la Lepidopterists´ Society y la Association for Tropical Lepidoptera
Chetumal QRoo. México
16 al 20 de Junio de 2009

El Tercer Encuentro sobre Lepidóptera Neotropical y la reunión 2009 de la Lepidopterists´ Society en conjunto con la Association for Tropical Lepidoptera, se llevará a cabo en la Ciudad de Chetumal, Quintana Roo, México, y será auspiciado por El Colegio de la Frontera Sur (ECOSUR), La Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) y la Universidad de Colima (UniCol).

Sitio web de la reunión: http://w2.ecosur-qroo.mx/elenIII/index.htm

La biogeografía y sus principios fueron abordados en un curso de posgrado. Argentina

La biogeografía y sus principios fueron abordados en un curso de posgrado - Corrientes Al Día - www.corrientesaldia.com.ar:
viernes.6.mar.2009

Se dictó en la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales y Agrimensura el Curso de posgrado “Biogeografía. Principios y Métodos Actuales. Ejemplos de la Región Neotropical”, a cargo de los Profesores doctor Fernando Lobo y licenciado Juan Manuel Díaz Gómez. Ambos profesionales son docentes de la Universidad Nacional de Salta, con amplios y excelentes antecedentes en la temática del Curso."

Más información: http://www.corrientesaldia.com.ar/noticia/125714/La_biogeografia_y_sus_principios_fueron_abordados_en_un_curso_de_posgrado.aspx

Sitio web del curso: http://exa.unne.edu.ar/carreras/cursos_posgrado.php