Este es su espacio para difundir información sobre actividades, cursos, investigación, congresos, etc y promover el contacto entre nuestra comunidad filogenética. Todos pueden publicar. Bienvenidos!
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3 de junio de 2009
Estudios filogenéticos de la familia Thuidiaceae (Bryophyta)
En esta tesis se presenta una visión cladística de las relaciones filogenéticas de la familia Thuidiaceae mediante análisis de secuencias de ADN de tres regiones del genoma del cloroplasto. La problemática taxonómica de esta familia se ha abordado mediante el análisis de caracteres morfológicos y herramientas de taxonomía clásica. El principal problema ha sido el límite de la familia Thuidiaceae, ya que frecuentemente se ha asociado y desasociado de la familia Leskeaceae. Los caracteres moleculares analizados demuestran que la familia Thuidiaceae contiene a los géneros Thuidium, Pelekium, Aequatoriella y Thuidiopisis y que Leskeaceae es parafilética.
Se secuenció una región intergénica (rps4-trnS) que nunca se había usado en musgos pleurocarpos en los análisis filogenéticos. Este marcador molecular incrementó el número de caracteres informativos brindando resolución a las filogenias moleculares. Los problemas de alineamiento que presentan las regiones no codificadoras del genoma llevó a la evaluación de diferentes alineamientos provenientes de diferentes esquemas de penalizaciones de “gaps” y tipo de homología. En esta tesis doctoral se propone utilizar el método estadístico de selección de modelos como una estrategia de evaluación de hipótesis de alineamiento. La metodología que se propone es novedosa pues clásicamente se ha evaluado el alineamiento a posteriori considerando atributos combinados del alineamiento y su relación con los árboles como hipótesis filogenéticas, y no las propiedades del alineamiento en sí.
2 de junio de 2009
Fungal Genomics. Irapuato
International Training Course on Fungal Genomics
National Laboratory of Genomics for Biodiversity, CINVESTAV
Irapuato, Guanajuato, Mexico
Curso teórico-práctico
Del 5 al 17 de octubre, 2009
En el Langebio (CINVESTAV-Irapuato)
Instructores del IPICYT:
- Lina Riego .
- Sergio Casas.
- Alejandro De Las Peñas.
- Irene Castaño.
- Alfredo Herrera-Estrella
- Alexander De Luna
- Alicia González
- Jordi Folch
Mayores Informes:
Dr. Alfredo Herrera, aherrera@ira.cinvestav.mx
O bien, consulte el siguiente enlace.
Primer curso taller regional de Bioinformática, Yucatan
fecha:
- 22 al 26 de Junio, 2009
- Universidad Anáhuac del Mayab,
- Carretera Mérida-Progreso Km. 15.5 AP. 96 Cordemex, CP. 97310
- Mérida, Yucatán, México.
El curso será impartido por el Dr. Ernesto Perez-Rueda, Profesor de Instituto de Biotecnología de la UNAM.
Este evento esta dirigido a:
Profesionistas interesados en el área de la Bioinformatica, estudiantes de posgrado y/o Licenciaturas de carreras químico-biológicas, matemáticas y/o ciencias computacionales. El curso es teórico-practico.
El curso NO tiene costo alguno. Las inscripciones se cerraran el 18 de Junio. El cupo máximo es de 30 personas.
INSCRIPCIONES:
Enviar un mensaje antes del 15 de Junio a la dirección: bioinf.curso2009@gmail.com con el asunto ó “subject” Curso_2009, en donde se haga una solicitud expresa para asistir al curso. Se les pide enviar una breve descripción de su área de trabajo para organizar los grupos de trabajo.
Programa
Sesión 1 - lunes 22
- Introducción a las bases de datos
- Secuencias de nucleótidos: EMBL y Gene Bank
- Secuencias de aminoácidos: SWISSPROT
- Estructuras de proteínas y su clasificación: PDB, CATH, SCOP
- Alineamientos de Secuencias
- Alineamientos en Pares: Smith-waterman, Needleman-Wunsch
- Búsqueda por similitud usando BLAST.
- Alineamiento múltiples: CLUSTAL, Tcoffee, muscle
- Las matrices de calificación: BLOSUM, PAM, y matrices basadas en clasificaciones de
- aminoácidos.
- Filogenia Molecular
- Métodos basados en distancia
- Métodos basados en parsimonia
- Máximo Likelihood, Protpars, Protdist.
- Estructura de Proteínas y Función
- Identificación de dominios en proteínas: Superfamily, PFAM.
- Predicción de estructura secundaria: nnPredict, Predator, PHD, Psipred..
- Predicción de estructuras transmembranales.
- Predicción de Motivos funcionales
- Identificación de señales en el DNA y Proteínas
- Promotores, Operadores, activadores, Shine Dalgarno
- Motivos, Prosite, MEME, Wconsensus
Conferencias
1. Jueves 24 de junio, 17:00 hrs. Introducción a la computación cuántica. Dr. Salvador Venegas Andraca. Auditorio del CITI, Mérida, Yucatán.
2. Viernes 25 de junio, 17:00 hrs. Algoritmos cuánticos adiabáticos aplicados en el plegado de proteínas. Dr. Salvador Venegas Andraca. Auditorio del CITI, Mérida, Yucatán
Informes en bioinf.curso2009@gmail.com
Comité organizador
Dr. Ernesto Pérez Rueda. IBT@UNAM - eprueda@gmail.com - Instructor
Dr. Alberto Muñoz Ubando. Universidad del Mayab - luis.munoz@unimayab.edu.mx
Dra. Leticia Arena. UMDI@UNAM - arena.leticia@gmail.com
Biól. Javier Apodaca. UMDI@UNAM - javier.apodaca@gmail.com
1 de junio de 2009
ICSEB VII "Extending the Darwinian Panorama" CANCELADO
Este congreso habría de celebrarse en Veracruz este Julio próximo. Aquí en el blog lo habiamos anunciado en Noviembre 2008.
El sitio web de la reunión comunica simplemente: "Due to the low level of registrations and hotel room bookings, plus withdrawal of plenary and symposium speakers, it has become necessary to cancel ICSEB7 in Veracruz, Mexico, 5-10 July 2009."
Esto si que es una mala noticia. Cuales eran sus expectativas? ... altas?. Y el programa, lo veía Ud interesante?
Computational Phyloinformatics. Portugal
Computational Phyloinformatics July 9-19 2009
An International Collaboration between Instituto Gulbenkian de Ciência and NESCent
This year, Computational Phyloinformatics will be traveling to the Instituto Gulbenkian de Ciência, near Lisbon, Portugal. The IGC is one of Portugal's top research institutes that focuses on the genetic basis of development and evolution of complex systems. Please consult the main IGC GTPB course page here.
The course will provide a hands-on instruction in phyloinformatics using Perl (BioPerl and Bio::Phylo) and SQL (Postgres and BioSQL).
Phylogenetics is key to studying evolution, systematics, comparative genomics, and bioinformatics — phylogenies are now ubiquitous in the biological literature. However, with the growth in computational power and DNA sequencing, and with ever more complex substitution models and analytical methods, it is less and less practical to run simple, one-shot analyses on a personal computer with an off-the-shelf program. As a result, we increasingly rely on custom-scripted analyses or custom-designed computational pipelines, and often on large compute machines or clusters. While books and courses on phylogenetics are common, it is harder to find information on how to script large-scale and complex analyses, or how to write your own scripts and programs.
This course aims to address this gap by introducing these skills in a practical, hands-on setting at the Instituto Gulbenkian de Ciência, near the mouth of the Tagus river in Oeiras, Portugal. This year's course will focus on hands-on training in Perl and SQL and will be structured to accommodate students with less prior programming experience.
29 de mayo de 2009
Beca doctoral en Genética y Ecología: conservación de la bidiversidad y restauración vegetal
Se buscan candidatos interesados en solicitar una beca doctoral del Ministerio de Educación y Ciencia (España) o una beca del Gobierno de Aragón (España) asociada al proyecto de investigación GENÉTICA DEL PAISAJE Y ECOLOGÍA DE LOS PASTOS SUBALPINOS (FESTUCA, GRAMINEAE): CONSERVACIÓN DE LA BIODIVERSIDAD Y RESTAURACIÓN VEGETAL financiado por el Gobierno de Aragón y la Fundación La Caixa al equipo de investigadores de la Universidad de Zaragoza y el Instituto Pirenaico de Ecología (CSIC).
Requisitos de los solicitantes:
- - Licenciados en Biología, Ciencias Ambientales, Ingeniería Agroforestal o titulaciones similares con formación en Botánica y Ecología, cuya titulación haya sido obtenida en el año 2007 o en fecha posterior.
- - Expediente académico con nota promedio igual o superior a Notable (8 sobre 10)
- - Dominio del castellano y del inglés
- - Experiencia en trabajos de campo (Botánica, Ecología vegetal) y de laboratorio (Biología molecular y Genética)
- - Autonomía en trabajos de campo
Características de la tesis doctoral:
Duración: 4 años (2009/10 2012/13)
Tesis doctoral: Genética del paisaje y ecología de los pastos subalpinos (Festuca, Gramineae) de los Pirineos y la Cordillera Cantabrica: conservación de la biodiversidad y restauración vegetal. Incluye análisis genéticos con marcadores microsatélites, modelizaciones de nichos ecológicos y simulaciones de respuestas de los pastos a factores del cambio climático.
Centros de ejecución: Universidad de Zaragoza e Instituto Pirenaico de Ecología (España).
Directora: Dra. Pilar Catalán
Dotación económica: cuantía de la beca según la convocatoria
Zaragoza, 29 de mayo de 2009
Pilar Catalan
26 de mayo de 2009
Anunciando "ResearchBlogging" en Español

Cada vez hay mas divulgación de la investigación científica en internet, frecuentemente acompañada de opiniones o discusiones sobre su trascendencia, impacto o controversias. Ademas de los sitios web de noticias asociados a las casas editoras o las revistas científicas, los blogs se han convertido en un medio muy prolífico. No obstante, la libre publicación de discusiones sobre la ciencia en los blogs permite mucha heterogeneidad en cuanto a la seriedad y calidad académica de los contenidos.
El problema ahora es identificar las colaboraciones de calidad académica.
- son opiniones serias, documentadas y escritas por conocedores del tema de investigación?
- son opiniones o revisiones basadas en investigación publicada en revistas arbitradas?
Desde 2007 se ha ofrecido este servicio de identificación y agregación de entradas en blogs escritos en Ingles y Alemán. A partir de hoy también podremos ver las entradas de calidad publicadas en diversos blogs en Español, sobre la investigación arbitrada.
Se invita a que se registren blogs en Español. Si tu publicas entradas en español (o inglés o alemán) acerca de investigación arbitrada, visita nuestra página de registro para darte de alta y formar parte de la comunidad de ResearchBlogging.org. Para más información en Español visita Spanish.ResearchBloggingLanguages.org.
Invitación a los colaboradores de Filogenetica.org
Nuestro blog ya esta admitido en ResearchBlogging.org. Si colabora en el blog de "Noticias sobre Filogenética", quiere escribir opiniones sobre artículos publicados en revistas arbitradas y desea que sus discusiones ahora sean identificadas por su calidad académica, entonces solicite su ingreso como usuario en ResearchBlogging.org.

Ingrese a la pagina: http://www.researchblogging.org/account/createChooseBlog y seleccione la opción 2: "Request to be added as an additional user to a blog that someone has already registered", seleccione el blog "Noticias sobre Filogenética" y provea su nombre, el mismo que ha usado como autor en este blog.
Comparta sus opiniones sobre los artículos que lee y ayude en el esfuerzo de divulgación del conocimiento científico (ver Lineamientos).
24 de mayo de 2009
Top 10 New Species - 2009
Cada año un grupo de taxonómos selecciona las "Top 10 New Species". Entre las especies descritas durante 2008 hay una palma, un fasmido y una bacteria descubierta en el spray para el cabello!
Las fotos y descripciones de las características especiales que hicieron estas especies las diez más sobresalientes las pueden leer en el sitio web del International Institute for Species Exploration.
22 de mayo de 2009
Nuestros lectores quieren saber
Una vez publicadas las preguntas esperamos que entre la comunidad surjan varias respuestas.
Escriba su pregunta como comentario a esta entrada.
Gracias por su participación!
20 de mayo de 2009
Secuencias “COI-like numts” inutilizan los codigos de barras de DNA
De identificadores morfológicos a identificadores moleculares
La disponibilidad de marcadores moleculares en la forma de secuencias cortas y muy especificas o restringidas a una especie permiten ahora la identificación rápida de muestras biológicas, sin claves de identificación morfológicas y sin la necesidad del taxónomo experto. Los "códigos de barras de DNA" son simplemente eso, marcadores moleculares cuya presencia permite identificar una especie.
Como sucede con cualquier atributo identificador (morfológico o molecular) los códigos de DNA fallan si la muestra pertenece a una especie que no ha sido previamente descrita y clasificada. Entonces antes de conseguir el "código genético" o DNA barcoding de la biota, los taxónomos deben explorar, descubrir, describir y clasificar las especies. Aun si el trabajo de clasificar ya esta hecho, las muestras de referencia para extraer el DNA deben estar bien identificadas, por el taxónomo experto. Ademas, el marcador molecular debe ser bien identificado tambien y exclusivo o tener poca variación intraespecífica y geográfica para asegurar un porcentaje alto de identificaciones correctas de otras muestras futuras de la especie en cuestión. Un resumen reciente y excelente de la teoría y métodos de los códigos de DNA es el de Meir (2008, cap 7, en: Wheeler, QD, ed, The new taxonomy. Syst. Assoc. vol 76. CRC press).
El ejemplo más reciente es un artículo (Buhay 2009) que revela la importancia de identificar con precisión las secuencias del marcador usado para el "codigo de DNA". El caso es el de secuencias que se obtuvieron y catalogaron como COI (cytochrome c oxidase subunit I) pero ahora un analisis cuidadoso reveló que eso fue un error muy serio, pues las secuencias realmente son de pseudogenes no codificantes (COI-like numts, nuclear copies of mitochondrial derived genes).

Comparación de dos secuencias COI fidedignas y de una secuencia mal identificada como COI. Click para ver la imagen a 1379px × 152px
Los errores de identificación ocurren donde sea: usando las clásicas claves morfológicas y también con los "codigos de barras de DNA". El problema es que ante diferentes resultados en la identificación, comúnmente se cuestiona el procedimiento morfológico pero no el resultado molecular. Este estudio minimamente debe alertar a todos pues los errores de identificación de las secuencias son mas comunes de lo que se desea aceptar. No todo lo que brilla es oro!
Referencia del articulo:
Buhay, J. (2009). “COI-like” Sequences are Becoming Problematic in Molecular Systematic and DNA Barcoding Studies Journal of Crustacean Biology, 29 (1), 96-110 DOI: 10.1651/08-3020.1
A B S T R A C T
The cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene plays a pivotal role in a global effort to document biodiversity and continues to be a gene of choice in phylogenetic and phylogeographic studies. Due to increased attention on this gene as a species’ barcode, quality control and sequence homology issues are re-emerging. Taylor and Knouft (2006) attempted to examine gonopod morphology in light of the subgeneric classification scheme within the freshwater crayfish genus Orconectes using COI sequences. However, their erroneous analyses were not only based on supposed mitochondrial sequences but also incorporated many questionable sequences due to the possible presence of numts and manual editing or sequencing errors. In fact, 22 of the 86 sequences were flagged as ‘‘COI-like’’ by GenBank due to the presence of stop codons and indels in what should be the open reading frame of a conservative protein-coding gene. A subsequent search of ‘‘COI-like’’ accessions in GenBank turned up a multitude of taxa across Crustacea from published and unpublished studies thereby warranting this illustrated discussion about quality control, pseudogenes, and sequence composition.
KEY WORDS: cytochrome c oxidase subunit I,molecular taxonomy, numt, protein-coding gene, pseudogene
DOI: 10.1651/08-3020.1
19 de mayo de 2009
International Phycological Congress. Japan
The IPC9 Local Organizing Committee cordially invites you to the 9th International Phycological Congress which will be held in Tokyo, Japan between 2nd and 8th August 2009.
The scientific program has been developed around the topics listed below. More details of these topics, as well as abstracts of invited and contributed papers will be available at website: http://www.ec-inc.co.jp/ipc9/.
Among several symposia, the following are of interest to the systematics community:
S-1
- Comparative evolutionary genomics, Mark Cock; Shigeyuki Kawano
- Evolution of multicellularity in the heterokont lineage: analysis of the Ectocarpus siliculosus genome sequence. J. Mark Cock*, Delphine Scornet, Akira F. Peters, Lieven Sterck, Pierre Rouzé, Yves van de Peer, Jean Weissenbach, Patrick Wincker and the Ectocarpus Genome Consortium
- The genomics of unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae, Osami Misumi* and Tsuneyoshi Kuroiwa
- Endosymbiotic gene transfer and genome evolution in secondary plastid-containing algae: insights from cryptophytes and chlorarachniophytes. John M. Archibald
- Genome information renewing the concept of Plantae. Hisayoshi Nozaki
S-4
- Frontiers of algal speciation research. Juliet Brodie ; Mitsunobu Kamiya
- Beyond Barcoding: Understanding species' reproductive biology. Giuseppe C. Zuccarello
- Genetic separation of different entities of Mastocarpus stellatus (Stackhouse) Guiry. Kjersti Sjøtun*, M. Skage & N.T. Mikkelsen
- The genetic structure of Undaria species around Japan. Shinya Uwai*, Nozomi Emura, Teruwo Morita, Akira Kurashima, Hiroshi Kawai
- Huge diversity of microalgae; how have so many species arisen? Katherine Evans
S-11
- Phylogeny - new advances and insights. Heroen Verbruggen; Takeo Horiguchi
- Phylogenomic reconstruction of the Charophytes: a multigene approach to resolving the phylogeny of plants' closest relatives. Ruth Evangeline Timme and Charles F. Delwiche
- Insights into the diversity and evolution of green algae from biological crust habitats. Louise A. Lewis and Paul O. Lewis
- Phylogenetic trees: more than just branches and nodes. Kerstin Hoef-Emden
- Deciphering macroevolutionary patterns in the algae. Heroen Verbruggen
Web site for the meeting: http://www.ec-inc.co.jp/ipc9/topics.html
18 de mayo de 2009
Curso Introducción a la Filogeografía. Cordoba, Argentina
- Mariana Morando. CENPAT, Puerto Madryn, Chubut Argentina..
- Jack W. Sites, Jr. BYU, Provo, Utah, EEUU.
- Daniel Ruzzante. Dalhousie University, Halifax. Canadá.
- Guillermo Ortí. Nebraska University. Nebraska,EEUU.
- Arley Camargo. BYU, Provo, Utah, EEUU.
CURSO DE POSTGRADO
LUGAR: Academia Nacional de Ciencias - Córdoba.
FECHA: 18 al 22 de agosto 2009
Carga horaria: 40 horas
INSCRIPCIÒN: entre el 27 al 31 de julio 2009 Enviar CV a
Alicia Sérsic: asersic@com.
ARANCEL: general $200, alumnos del Doctorado en Ciencias
Biológicas UNC $120
Página Web: http://www.efn.
CUPO: 25
14 de mayo de 2009
Evolution Symposium at Stony Brook: Darwin09
Darwin 2009: 150 Years of Evolutionary BiologyOn November 4-8 2009, the Department of Ecology & Evolution at Stony Brook University will celebrate the 150^th anniversary of Darwin’s “The Origin of Species” by hosting a four-day meeting where leading evolutionary biologists will lecture and help lead discussions on the
current status and future of the study evolutionary biology. We will have three stimulating days of keynote addresses, evening panels and discussion groups, and ample opportunity for communication on the important issues of the present and future of evolutionary biology. All
lectures will be in modern and pleasant facilities at Stony Brook University, with available nearby lodging and convenient transportation to the meeting site.
To register, secure lodging, and get further information on transportation, our Advisory Board, and other matters, please visit our web site
http://darwin09.org
Below is our schedule of events and speakers.
Wednesday, November 4
6:00 – 8:00 Welcoming Reception for Participants
Thursday, November 5
8:45 – 9:00 Welcome from Stony Brook University
9:00 – 9:40 Opening Keynote Address, Douglas J. Futuyma, Stony Brook University
9:40 – 10:00 Q&A
10:00 – 10:30 Coffee Break
10:30 – 11:10 History, Peter Bowler, Queens University, Belfast
11:10 – 11:30 Q&A
11:30 – 12:10 Natural Selection, Mark Kirkpatrick, University of Texas at Austin
12:10 – 12:30 Q&A
12:30 – 2:00 Lunch
2:00 – 2:40 Behavioral Ecology, Hanna Kokko, University of Helsinki
2:40 – 3:00 Q&A
3:00 – 3:40 Evolutionary Ecology, Anurag Agrawal, Cornell University
3:40 – 4:00 Q&A
4:00 – 4:30 Coffee Break
4:30 – 5:10 Organismal Adaptation, May R. Berenbaum, University of Illinois
5:10 – 5:30 Q&A
6:00 – 8:00 Dinner
8:00 – 10:00 Informal Discussions
Friday, November 6
8:45 – 9:00 Welcome and Announcements
9:00 – 9:40 Philosophy, Roberta L. Millstein, University of California, Davis
9:40 – 10:00 Q&A
10:00 – 10:30 Coffee Break
10:30 – 11:10 Evolutionary Genetics, Jianzhi George Zhang, University of Michigan
11:10 – 11:30 Q&A
11:30 – 12:10 Genetics of Population History, John Wakeley, Harvard University
12:10 – 12:30 Q&A
12:30 – 2:00 Lunch
2:00 – 2:40 Genomics, Doris Bachtrog, University of California, Berkeley
2:40 – 3:00 Q&A
3:00 – 3:40 Speciation, Richard G. Harrison, Cornell University
3:40 – 4:00 Q&A
4:00 – 4:30 Coffee Break
4:30 – 5:10 Evolvability, Günter Wagner, Yale University
5:10 – 5:30 Q&A
6:00 – 8:00 Dinner
8:00 – 10:00 Informal Discussions
Saturday, November 7
8:45 – 9:00 Welcome and Announcements
9:00 – 9:40 Ancient Origins, Antonio Lazcano, Universidad Nacional Autónoma de México
9:40 – 10:00 Q&A
10:00 – 10:30 Coffee Break
10:30 – 11:10 Tree of Life, David Hillis, University of Texas at Austin
11:10 – 11:30 Q&A
11:30 – 12:10 Evolution in the Fossil Record, to be determined
12:10 – 12:30 Q&A
12:30 – 2:00 Lunch
2:00 – 2:40 Evolutionary Developmental Biology, Gregory Wray, Duke University
2:40 – 3:00 Q&A
3:00 – 3:40 The Fossil Record of Diversity, Michael Foote, University of Chicago
3:40 – 4:00 Q&A
4:00 – 4:30 Coffee Break
4:30 – 5:10 Evolutionary Radiations, Jonathan B. Losos, Harvard University
5:10 – 5:30 Q&A
6:00 – 8:00 Dinner
8:00 – 10:00 Informal Discussions
Sunday, November 8
8:45 – 9:00 Welcome and Announcements
9:00 – 9:40 Human Origins, Tim D. White, University of California, Berkeley
9:40 – 10:00 Q&A
10:00 – 10:30 Coffee Break
10:30 – 11:10 Cultural Evolution, Peter J. Richerson, University of California, Davis
11:10 – 11:30 Q&A
11:30 – 2:30 Lunch
12:30 – 1:10 Applied Evolution, Joanne P. Webster, Imperial College London
1:10 – 1:30 Q&A
1:30 – 2:10 Closing Keynote Address, Hopi E. Hoekstra, Harvard University
Meeting web site address: http://darwin09.org
Jeffrey Levinton,
For the Organizing Committee
Lista de Colaboradores del Blog
Espero que este rearreglo sea benéfico y contribuya a facilitar la navegación en el blog.
- David Arturo
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13 de mayo de 2009
Population substructure of Mexican Mestizos : Gene Expression
Category: Genetics
Posted on: May 12, 2009 9:01 AM, by Razib
The basic issue here is that "Latino" or "Hispanic" is not a race in a genetic sense. There are Latinos of white, black and Amerindian origin, and every permutation of these three kinds. Population substructure is important for medical reasons because correlations between genetic variants & diseases might actually simply be due to the common relationship of these variants & diseases to a particular population. This is why research which shows how Ashkenazi Jews relate to other American whites is medically important; what might be typical of gentile whites might not be typical of Ashkenazi Jews (who have a history of population specific diseases).
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Lea la nota completa aqui:
http://scienceblogs.com/gnxp/2009/05/population_subscture_of_mexica.php
