Este es su espacio para difundir información sobre actividades, cursos, investigación, congresos, etc y promover el contacto entre nuestra comunidad filogenética. Todos pueden publicar. Bienvenidos!
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17 de junio de 2009
Enlace para bajar libros sobre filogenética y evolución
16 de junio de 2009
The Phylofiles: recursos en internet para filogenetica

Encontré el sitio web The Phylofiles. Es un sitio con muchos recursos de internet agregados y puestos a nuestra disposición para la enseñanza e investigación filogenetica.
El sitio contiene las siguientes secciones: PhyloFolk (directorio de personajes), Topics (eso), Software (lista breve de programas importantes), BiblioPhyl (excelente lista de libros y revistas relevantes), Events (agenda de conferencias y talleres), y los clasicos Links. La lista de PhyloFolk es muy interesante, pues no solo presenta los nombres de los personajes sino tambien las fotografias. Eso es muy util en la enseñanza para tener la idea completa de quien esta atras de los articulos, libros o programas.
Visiten el sitio.
http://www.math.canterbury.ac.nz/bio/pages/PhyloFiles/index.html
Encontraran recursos en internet muy utiles, sobre todo para ayuda en la enseñanza de la filogenética y para canalizar positivamente su impulso adictivo de navegar en internet.
Saludos,
E
11 de junio de 2009
Conference on Next Generation Sequencing: Challenges and Opportunities. Barcelona
Barcelona (Spain),
1-3rd October 2009
So far, most DNA sequences have been obtained with Sanger capillary technology. However, next generation sequencers (NGS) or ultrasequencers are revolutionizing genetics and hence biology since 2005. It is not just a dramatic increase in sequencing speed; it means a change in paradigm that obliges researchers and institutions alike. It is also a tremendous and passionate technological race worth millions.
This conference will focus on the computational and statistical challenges that pose NGS data. These aspects are often neglected, yet are important to successful research. While wet lab prices are steadily decreasing, bioinformatics and statistical analyses have become a serious bottleneck for traditional molecular laboratories.
We have broadly organized the conference around two focal points: technology and applications. The first part will embrace bioinformatics, statistical and computational problems. The second will raise some of the most emblematic areas where NGS has exerted a dramatic influence.
10 de junio de 2009
150 years of Darwin's Evolutionary Theory: a South American celebration. Uruguay
“150 years of Darwin's Evolutionary Theory: a South American celebration” will gather internationally renowned evolutionary scientists in Punta del Este, Uruguay, on September 2-6, 2009.
The meeting is the single Latin American scale of the Darwin200 Symposia, organized by The International Union of Biological Sciences (IUBS), and will include keynote lectures, several symposia and poster sessions.
Confirmed keynote speakers:
* Giorgio Bernardi
* Daniel Dennett
* Douglas Futuyma
* Takashi Gojobori
* Eviatar Nevo
* Francisco Salzano
* Emile Zuckerkandl
Symposia to be held:
(chairs * and preliminary list of invited speakers)
- - Evolutionary Genomics and Molecular Evolution: Fernando Álvarez*, Hugo Naya*,Giorgio Bernardi, Gastón Gonnet, Olivier Gascuel and Pablo Goloboff
- - Evolutionary Physiology: Francisco Bozinovic*, Ernesto Gianoli, Carlos Navas, Pablo Sabat, Ariovaldo P. Cruz-Neto and Enrique Caviedes- Vidal
- - Viral Evolution: Juan Cristina*, Raul Andino and Eckard Wimmer
- - Paleontology and Evolution: Richard Fariña*, Sergio Martínez*, Sergio Vizcaíno and Laura del Río
- - Human Evolution: Monica Sans*, Francisco Salzano and Héctor Puccarelli
- - Darwinism and Society: Alción Cheroni* and Daniel Dennett
Abstract & Scholarship deadline: June 30th, 2009
A 150 Km horse back ride, following part of Darwin's path in Maldonado, will take place the two days before the meeting.
For more information on Abstract submission, Fellowships for Students, Registration and Housing, please visit our web site www.darwin200.edu.uy
You can also contact us by e-mail: darwin200@fcien.edu.uy
Fernando Alvarez
On behalf of the Organizing Committee
I Reunión de Biología Evolutiva del Cono Sur. Argentina
A 150 años de la publicación de “El Origen de las Especies” de Charles Darwin
23-25 de Noviembre de 2009
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales
Universidad de Buenos Aires
Argentina
Organizan:
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales (FCEyN), Universidad de Buenos Aires
Departamento de Ciencias Antropológicas, Facultad de Filosofía y Letras (FFyL), Universidad de Buenos Aires
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET)
Instituto Nacional de Antropología y Pensamiento Latinoamericano –
Secretaría de Cultura de la Nación
Contacto
E-mail: 150.darwin.sur@ege.fcen.uba.ar
Página Web: www. ege.fcen.uba.ar/darwin150
9 de junio de 2009
Filogenia de Puntas de Projectil de la Puna de Salta, Argentina
TEMPORAL TRENDS IN THE MORPHOMETRIC VARIATION OF THE LITHIC PROJECTILE POINTS DURING THE MIDDLE
HOLOCENE OF SOUTHERN ANDES (PUNA REGION) – A COEVOLUTIONARY APPROACH
Marcelo CARDILLO
Departamento de Investigaciones Prehistóricas y Arqueológicas (DIPA-IMHICIHU) CONICET. Saavedra 15. 5to piso
Abstract: The focus of this paper is to discuss theoretical and methodological issues regarding the study of artifact's morphometric variation, which to some extent can be considered as an outcome of three interrelated dimensions: a) prior history (heredability of a particular shape), b) adaptation to proximate requirements and c) design constraints (architectural restrictions). The methodology proposed here, is based on the application of metrical and non metrical techniques, as geometric morphometrics. The last one, and the principal focus of this paper, allows us to perform shape and form analysis, treating these two variables independently one from the other. Based from the analysis of a small sample of middle Holocene projectiles lithiqués from the South Andes (Puna), we discuss here the potentials and limitations of the phylogenetic analysis over morphometric data. The results of this analysis suggest
that while some basic traits of the form and shape have changed in different ways through time, other have tended to endure.
Keywords: Canalization Morphometric phylogenies design evolution
El PDF esta AQUI >>>
4 de junio de 2009
Southeast Asian Gateway Evolution
14-17 September 2009
Royal Holloway University of London
An international multidisciplinary meeting focusing on the history and biological diversity (past, present and future) of SE Asia.
This will be a three-day multidisciplinary meeting to discuss this important region with an emphasis on reporting new ideas and exchanging views between a wide range of Earth and Life Scientists. It will promote interaction between Earth and Life Scientists working in the region. The programme will include plenary sessions, overview presentations, and breakouts for specialist groups. We seek contributions on all geological and biological aspects of the Southeast Asian Gateway, the region including Indonesia, Malaysia, the Philippines, Indochina, New Guinea and the NW Shelf of Australia.
Contacts
The meeting is organised jointly by the SE Asia Research Group at Royal Holloway University of London, and the Natural History Museum, London.
Please click here to add your name to the mailing list, propose titles for presentations, suggest topics for discussion and identify your interest in this meeting.
* Email - sage2009@es.rhul.ac.uk - Geology, Tectonics & Oceanography Enquiries
* Email - sage2009@nhm.ac.uk - Biodiversity, Speciation & Climate Enquirie
Mail Address: SAGE2009, SE Asia Research Group, Royal Holloway University of London, Egham, Surrey, TW200EX, UK
3 de junio de 2009
Estudios filogenéticos de la familia Thuidiaceae (Bryophyta)
En esta tesis se presenta una visión cladística de las relaciones filogenéticas de la familia Thuidiaceae mediante análisis de secuencias de ADN de tres regiones del genoma del cloroplasto. La problemática taxonómica de esta familia se ha abordado mediante el análisis de caracteres morfológicos y herramientas de taxonomía clásica. El principal problema ha sido el límite de la familia Thuidiaceae, ya que frecuentemente se ha asociado y desasociado de la familia Leskeaceae. Los caracteres moleculares analizados demuestran que la familia Thuidiaceae contiene a los géneros Thuidium, Pelekium, Aequatoriella y Thuidiopisis y que Leskeaceae es parafilética.
Se secuenció una región intergénica (rps4-trnS) que nunca se había usado en musgos pleurocarpos en los análisis filogenéticos. Este marcador molecular incrementó el número de caracteres informativos brindando resolución a las filogenias moleculares. Los problemas de alineamiento que presentan las regiones no codificadoras del genoma llevó a la evaluación de diferentes alineamientos provenientes de diferentes esquemas de penalizaciones de “gaps” y tipo de homología. En esta tesis doctoral se propone utilizar el método estadístico de selección de modelos como una estrategia de evaluación de hipótesis de alineamiento. La metodología que se propone es novedosa pues clásicamente se ha evaluado el alineamiento a posteriori considerando atributos combinados del alineamiento y su relación con los árboles como hipótesis filogenéticas, y no las propiedades del alineamiento en sí.
2 de junio de 2009
Fungal Genomics. Irapuato
International Training Course on Fungal Genomics
National Laboratory of Genomics for Biodiversity, CINVESTAV
Irapuato, Guanajuato, Mexico
Curso teórico-práctico
Del 5 al 17 de octubre, 2009
En el Langebio (CINVESTAV-Irapuato)
Instructores del IPICYT:
- Lina Riego .
- Sergio Casas.
- Alejandro De Las Peñas.
- Irene Castaño.
- Alfredo Herrera-Estrella
- Alexander De Luna
- Alicia González
- Jordi Folch
Mayores Informes:
Dr. Alfredo Herrera, aherrera@ira.cinvestav.mx
O bien, consulte el siguiente enlace.
Primer curso taller regional de Bioinformática, Yucatan
fecha:
- 22 al 26 de Junio, 2009
- Universidad Anáhuac del Mayab,
- Carretera Mérida-Progreso Km. 15.5 AP. 96 Cordemex, CP. 97310
- Mérida, Yucatán, México.
El curso será impartido por el Dr. Ernesto Perez-Rueda, Profesor de Instituto de Biotecnología de la UNAM.
Este evento esta dirigido a:
Profesionistas interesados en el área de la Bioinformatica, estudiantes de posgrado y/o Licenciaturas de carreras químico-biológicas, matemáticas y/o ciencias computacionales. El curso es teórico-practico.
El curso NO tiene costo alguno. Las inscripciones se cerraran el 18 de Junio. El cupo máximo es de 30 personas.
INSCRIPCIONES:
Enviar un mensaje antes del 15 de Junio a la dirección: bioinf.curso2009@gmail.com con el asunto ó “subject” Curso_2009, en donde se haga una solicitud expresa para asistir al curso. Se les pide enviar una breve descripción de su área de trabajo para organizar los grupos de trabajo.
Programa
Sesión 1 - lunes 22
- Introducción a las bases de datos
- Secuencias de nucleótidos: EMBL y Gene Bank
- Secuencias de aminoácidos: SWISSPROT
- Estructuras de proteínas y su clasificación: PDB, CATH, SCOP
- Alineamientos de Secuencias
- Alineamientos en Pares: Smith-waterman, Needleman-Wunsch
- Búsqueda por similitud usando BLAST.
- Alineamiento múltiples: CLUSTAL, Tcoffee, muscle
- Las matrices de calificación: BLOSUM, PAM, y matrices basadas en clasificaciones de
- aminoácidos.
- Filogenia Molecular
- Métodos basados en distancia
- Métodos basados en parsimonia
- Máximo Likelihood, Protpars, Protdist.
- Estructura de Proteínas y Función
- Identificación de dominios en proteínas: Superfamily, PFAM.
- Predicción de estructura secundaria: nnPredict, Predator, PHD, Psipred..
- Predicción de estructuras transmembranales.
- Predicción de Motivos funcionales
- Identificación de señales en el DNA y Proteínas
- Promotores, Operadores, activadores, Shine Dalgarno
- Motivos, Prosite, MEME, Wconsensus
Conferencias
1. Jueves 24 de junio, 17:00 hrs. Introducción a la computación cuántica. Dr. Salvador Venegas Andraca. Auditorio del CITI, Mérida, Yucatán.
2. Viernes 25 de junio, 17:00 hrs. Algoritmos cuánticos adiabáticos aplicados en el plegado de proteínas. Dr. Salvador Venegas Andraca. Auditorio del CITI, Mérida, Yucatán
Informes en bioinf.curso2009@gmail.com
Comité organizador
Dr. Ernesto Pérez Rueda. IBT@UNAM - eprueda@gmail.com - Instructor
Dr. Alberto Muñoz Ubando. Universidad del Mayab - luis.munoz@unimayab.edu.mx
Dra. Leticia Arena. UMDI@UNAM - arena.leticia@gmail.com
Biól. Javier Apodaca. UMDI@UNAM - javier.apodaca@gmail.com
1 de junio de 2009
ICSEB VII "Extending the Darwinian Panorama" CANCELADO
Este congreso habría de celebrarse en Veracruz este Julio próximo. Aquí en el blog lo habiamos anunciado en Noviembre 2008.
El sitio web de la reunión comunica simplemente: "Due to the low level of registrations and hotel room bookings, plus withdrawal of plenary and symposium speakers, it has become necessary to cancel ICSEB7 in Veracruz, Mexico, 5-10 July 2009."
Esto si que es una mala noticia. Cuales eran sus expectativas? ... altas?. Y el programa, lo veía Ud interesante?
Computational Phyloinformatics. Portugal
Computational Phyloinformatics July 9-19 2009
An International Collaboration between Instituto Gulbenkian de Ciência and NESCent
This year, Computational Phyloinformatics will be traveling to the Instituto Gulbenkian de Ciência, near Lisbon, Portugal. The IGC is one of Portugal's top research institutes that focuses on the genetic basis of development and evolution of complex systems. Please consult the main IGC GTPB course page here.
The course will provide a hands-on instruction in phyloinformatics using Perl (BioPerl and Bio::Phylo) and SQL (Postgres and BioSQL).
Phylogenetics is key to studying evolution, systematics, comparative genomics, and bioinformatics — phylogenies are now ubiquitous in the biological literature. However, with the growth in computational power and DNA sequencing, and with ever more complex substitution models and analytical methods, it is less and less practical to run simple, one-shot analyses on a personal computer with an off-the-shelf program. As a result, we increasingly rely on custom-scripted analyses or custom-designed computational pipelines, and often on large compute machines or clusters. While books and courses on phylogenetics are common, it is harder to find information on how to script large-scale and complex analyses, or how to write your own scripts and programs.
This course aims to address this gap by introducing these skills in a practical, hands-on setting at the Instituto Gulbenkian de Ciência, near the mouth of the Tagus river in Oeiras, Portugal. This year's course will focus on hands-on training in Perl and SQL and will be structured to accommodate students with less prior programming experience.
29 de mayo de 2009
Beca doctoral en Genética y Ecología: conservación de la bidiversidad y restauración vegetal
Se buscan candidatos interesados en solicitar una beca doctoral del Ministerio de Educación y Ciencia (España) o una beca del Gobierno de Aragón (España) asociada al proyecto de investigación GENÉTICA DEL PAISAJE Y ECOLOGÍA DE LOS PASTOS SUBALPINOS (FESTUCA, GRAMINEAE): CONSERVACIÓN DE LA BIODIVERSIDAD Y RESTAURACIÓN VEGETAL financiado por el Gobierno de Aragón y la Fundación La Caixa al equipo de investigadores de la Universidad de Zaragoza y el Instituto Pirenaico de Ecología (CSIC).
Requisitos de los solicitantes:
- - Licenciados en Biología, Ciencias Ambientales, Ingeniería Agroforestal o titulaciones similares con formación en Botánica y Ecología, cuya titulación haya sido obtenida en el año 2007 o en fecha posterior.
- - Expediente académico con nota promedio igual o superior a Notable (8 sobre 10)
- - Dominio del castellano y del inglés
- - Experiencia en trabajos de campo (Botánica, Ecología vegetal) y de laboratorio (Biología molecular y Genética)
- - Autonomía en trabajos de campo
Características de la tesis doctoral:
Duración: 4 años (2009/10 2012/13)
Tesis doctoral: Genética del paisaje y ecología de los pastos subalpinos (Festuca, Gramineae) de los Pirineos y la Cordillera Cantabrica: conservación de la biodiversidad y restauración vegetal. Incluye análisis genéticos con marcadores microsatélites, modelizaciones de nichos ecológicos y simulaciones de respuestas de los pastos a factores del cambio climático.
Centros de ejecución: Universidad de Zaragoza e Instituto Pirenaico de Ecología (España).
Directora: Dra. Pilar Catalán
Dotación económica: cuantía de la beca según la convocatoria
Zaragoza, 29 de mayo de 2009
Pilar Catalan
26 de mayo de 2009
Anunciando "ResearchBlogging" en Español

Cada vez hay mas divulgación de la investigación científica en internet, frecuentemente acompañada de opiniones o discusiones sobre su trascendencia, impacto o controversias. Ademas de los sitios web de noticias asociados a las casas editoras o las revistas científicas, los blogs se han convertido en un medio muy prolífico. No obstante, la libre publicación de discusiones sobre la ciencia en los blogs permite mucha heterogeneidad en cuanto a la seriedad y calidad académica de los contenidos.
El problema ahora es identificar las colaboraciones de calidad académica.
- son opiniones serias, documentadas y escritas por conocedores del tema de investigación?
- son opiniones o revisiones basadas en investigación publicada en revistas arbitradas?
Desde 2007 se ha ofrecido este servicio de identificación y agregación de entradas en blogs escritos en Ingles y Alemán. A partir de hoy también podremos ver las entradas de calidad publicadas en diversos blogs en Español, sobre la investigación arbitrada.
Se invita a que se registren blogs en Español. Si tu publicas entradas en español (o inglés o alemán) acerca de investigación arbitrada, visita nuestra página de registro para darte de alta y formar parte de la comunidad de ResearchBlogging.org. Para más información en Español visita Spanish.ResearchBloggingLanguages.org.
Invitación a los colaboradores de Filogenetica.org
Nuestro blog ya esta admitido en ResearchBlogging.org. Si colabora en el blog de "Noticias sobre Filogenética", quiere escribir opiniones sobre artículos publicados en revistas arbitradas y desea que sus discusiones ahora sean identificadas por su calidad académica, entonces solicite su ingreso como usuario en ResearchBlogging.org.

Ingrese a la pagina: http://www.researchblogging.org/account/createChooseBlog y seleccione la opción 2: "Request to be added as an additional user to a blog that someone has already registered", seleccione el blog "Noticias sobre Filogenética" y provea su nombre, el mismo que ha usado como autor en este blog.
Comparta sus opiniones sobre los artículos que lee y ayude en el esfuerzo de divulgación del conocimiento científico (ver Lineamientos).
24 de mayo de 2009
Top 10 New Species - 2009
Cada año un grupo de taxonómos selecciona las "Top 10 New Species". Entre las especies descritas durante 2008 hay una palma, un fasmido y una bacteria descubierta en el spray para el cabello!
Las fotos y descripciones de las características especiales que hicieron estas especies las diez más sobresalientes las pueden leer en el sitio web del International Institute for Species Exploration.
