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18 de agosto de 2009

Molecular evolution and phylogenetics

Primer on Molecular Evolution and Phylogenetics

http://www.biomed.cam.ac.uk/gradschool/current/courses/phylogeny.html

Dr Hernan Javier Dopazo and Leonardo Daniel Arbiza Brustin

Pharmacogenomics & Comparative Genomics Unit, Bioinformatics Department, Centro de Investigación Príncipe Felipe, Valencia, Spain


Dates: 5th-7th October 2009
Time: 9.30am-5pm
Venue: Genetics Room G12 (map)
Maximum number: 20
Codes: BM02
Credits: 6

Bookings are made via the online booking form.

6 de agosto de 2009

Chris Humphries – Natural History Museum, London (1947—2009)

It is our sad task to record the death of Professor Chris Humphries,
merit researcher in the Botany Department until his retirement in 2007,
on Friday 31st July. Chris was a leading figure in the cladistic
revolution in systematics and biogeography. Without his tireless
efforts, systematic botany - perhaps systematic biology - would be a
very different beast.



Chris joined the Botany Department in 1972 as an assistant curator, a
nearly-finished PhD student, coming directly from Vernon Heywood's
Botany Department in Reading University. With the exception of three
sabbaticals - two of them at the University of Melbourne (1979-80, 1986)
and a six month stay as a fellow at the Wissenschaftskolleg zu Berlin
(Institute for Advanced Study, Berlin) in 1994 - Chris spent his entire
career in the Museum.



Chris's early botanical research was on Asteraceae (daisies) and
Macaronesia but during the 1970s and 1980s most of his intellectual
effort went into developing, exploring and promoting cladistic
systematics and cladistic biogeography. These efforts yielded two much
acclaimed books: Cladistic Biogeography (1986) (with Lynne Parenti, of
the Smithsonian; a revised 2nd edition appeared in 1999) for
biogeography, and Cladistics: A practical course in systematics (1992)
(with staff of the Natural History Museum; a revised 2nd edition
appeared in 1998 as Cladistics: the theory and practice of parsimony
analysis). Both books became standard works in their field.



Chris's interest in art made him the perfect choice for organising and
annotating the first complete full-colour edition of Banks' Florilegium,
published between 1980 and 1990. The project marked the beginning of
Chris's love affair with Australia and her flora, the enigmatic southern
beeches and the problems of explaining organism distribution in the
Southern Hemisphere. The Florilegium consists of over 700 botanical line
engravings made from Sydney Parkinson's watercolours, recording the
plants collected by Joseph Banks and Daniel Carl Solander on Captain
James Cook's first voyage around the world (1768-1771).



After 1990, Chris (with Dick Vane-Wright and Paul Williams, both of the
Entomology Department) put biogeographical matters to more practical
use, addressing what they called the "Agony of Choice" - the
conservationists' dilemma - with their 'WorldMap' approach to
conservation biology, combining taxonomic, ecological and biogeographic
information into one system. After a decade of collaboration with many
different and diverse groups of researchers working on many different
organisms, Chris returned to more fundamental matters in biogeographical
investigation and to the distribution of plants on Macaronesia, the
islands he began with as a student.



During his career, Chris received many honours; the Linnean Society's
Bicentenary Medal in 1980 and their Gold Medal in 2001; he was also an
Honorary Fellow of the American Association for the Advancement of
Science. He was President of the Systematics Association (2001-2003) as
well as its Treasurer (1996-9), and President of the Willi Hennig
Society (1989-1991), being elected a Fellow honoris causa in 1998. Chris
was also Vice-President and Botanical Secretary of the Linnean Society
(1994-1998).



In 2008, a three-day Meeting was held in his honour at the Linnean
Society; a Festschrift will be published in early 2010.



David M. Williams & Charlie Jarvis

Botany Department

The Natural History Museum

Cromwell Road

London SW7 5BD

UK

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Taxacom Mailing List

4 de agosto de 2009

Enlace a clases del OSU Cladistics Workshop

OSU Cladistics Workshop

Concluyó el taller de métodos filogenéticos de la Willi Hennig Society y en el sitio web del curso se ha publicado en linea la fotografía de los participantes.

De interes para los lectores de este blog son los enlaces a documentos de algunas de las clases. Muy buenas presentaciones en PDF! De la presentación de Giribet sobre "Homology" tome esta figura:



Visiten el sitio!
http://www.biosci.ohio-state.edu/~jfreuden/cladwork/main.htm

Workshop on Molecular Evolution, Europe 2010

Se ha anunciado el próximo "Workshop on Molecular Evolution, Europe 2010"

Lugar: Cesky Krumlov, Czech Republic
Fecha: 10 - 22 January 2010, individual research session 22 - 29 January 2010
Application Deadline: 1 October 2009
Sitio web: http://workshop.molecularevolution.org/
Organizadores: Michael P. Cummings and Scott A. Handley, Co-Directors
Naiara Rodriquez-Ezpeleta, Associate Director.

"Topics to be covered include:

  • Databases and sequence matching: database searching: protein sequence versus protein structure; homology; mathematical, statistical, and theoretical aspects of sequence database searches
  • Phylogenetic analysis: theoretical, mathematical and statistical bases; sampling properties of sequence data; Bayesian analysis; hypothesis testing
  • Maximum likelihood theory and practice in phylogenetics and population genetics: coalescent theory; maximum likelihood estimation of population genetic parameters
  • Molecular evolution integrated at organism and higher levels: population biology; biogeography; ecology; systematics and conservation; population genetics
  • Molecular evolution and development: gene duplication and divergence; gene family organization; coordinated expression in evolution
  • Comparative genomics: genome content; genome structure; genome evolution
  • Molecular evolution of recently diverged species
The course is designed for established investigators, postdoctoral scholars, and advanced graduate students with prior experience in molecular evolution and related fields. Scientists with strong interests in molecular evolution, phylogenetics, population genetics, and related fields are encouraged to apply for admission."

31 de julio de 2009

Curso de Posgrado: Análisis Cladísticos y su Aplicación en Paleontología

ASOCIACIÓN PALEONTOLÓGICA ARGENTINA: Cladística y Paleontología
Curso de Postgrado de la APA
Análisis Cladísticos y su Aplicación en Paleontología

Docente: Dr. Diego Pol (CONICET-Museo Paleontológico Egidio Feruglio, Trelew)
Duración: 5 días (40 horas)
Fecha: del 13/7/09 al 17/7/09
Lugar: Museo Argentino de Ciencias Naturales “Bernardino Rivadavia” Av. Angel Gallardo 470, C1405DJR Ciudad Autónoma de Buenos Aires, TE 4982-6670

Mas informacion: Aqui>

30 de julio de 2009

Linux para filogenética: PhyLIS


Mac OS le parece caro? Windows .... caro y muy problemático? Bueno pues ahora sera más fácil adoptar Linux como sistema operativo en su investigación filogenética. No solo Linux es gratis sino mucho mas robusto y estable (al menos comparado con Windows), por lo cual en los últimos años este sistema operativo ha estado ganando popularidad, especialmente entre la comunidad científica.

Ahora el nivel de dificultad para instalar Linux y configurar la numerosa colección de programas ya disponibles para análisis filogenéticos ha disminuido significativamente con la disponibilidad de PhyLIS o "Linux Filogenético para Informática y Sistemática" (Phylogenetic Linux for Informatics and Systematics).
PhyLIS incluye dos componentes: el sistema operativo Linux y una colección básica de programas filogenéticos (los que han sido gratis). La configuración tanto del sistema operativo como de los programas incluidos ya esta lista para solo instalar y trabajar.
" ..... [PhyLIS] comes with most commonly used
phylogenetic software pre-compiled, installed,
and configured, which allows this software to
be executed by simply typing the appropriate
command (Table 1). PhyLIS also contains popular
scripting languages (and appropriate phyloinformatic
packages) including Perl (with BioPerl), Python
(with BioPython), and R (with several packages).
It implements parallel versions of several particularly
processor-intensive programs using MPI (including
BEST,4 MrBayes,5 and raxML).6 PhyLIS aims to
present a complete phylogenetic workbench for all
steps of analysis from sequence data manipulation to
alignment and tree search, including visualization (for
alignments and trees), model selection, divergence
time estimation, macroevolutionary analyses and
tools for automation and batch analysis." (Thomson, 2009).

Si aun no ha entrado al mundo Linux, esta es una muy buena oportunidad.

Para bajar el archivo de instalacion ISO ingrese al sitio web de PhyLIS.

Referencia:
Thomson RC. 2009. PhyLIS: a simple Gnu/Linux distribution for phylogenetics and phyloinformatics. Evolutionary Bioinformatics. 5:91-95 (Link)

29 de julio de 2009

Curso de Introducción a la Filogenia Molecular de Microorganismos

Introducción a la Filogenia Molecular de Microorganismos
Curso a realizarse en la Facultad de Ciencias Naturales y Museo
UNLP
Argentina

Fecha: Del 19-10-2009 hasta 24-10-2009.

Horario: L. a V.9:30 a 13-14:30 a 19:30.Sab. 9 a 13

Modalidad: Presencial con evaluación final

Duración: 50 horas.

Cupo de teoría: 25 alumnos.

Cupo de práctica: 25 alumnos.

Arancel para alumnos internos: $350

Arancel para alumnos externos: $450


Mas informacion:
http://postgrado.fcnym.unlp.edu.ar/postgrado/index_pg.html

13 de julio de 2009

CONGRESO DE LA SOCIEDAD MESOAMERICANA PARA LA BIOLOGÍA Y LA CONSERVACIÓN (SMBC)



Se ha distribuido la II Circular del XII Congreso Regional de la Sociedad Mesoamericana para la Biología y la Conservación que este año tendrá como sede Belize del 26 al 30 de Octubre, y cuyo lema es '' Conservation Challenges in a Rapidly Shrinking Planet''
Contenido de la Segunda Circular:
¿Qué es la SMBC?
¿Qué es el Congreso de la SMBC?
El XIII Congreso de la SMBC
Sede
Programa Académico
Actividades no-Académicas
Áreas Temáticas
Instrucciones para presentar propuestas para simposios y otros eventos especiales
Guía para presentaciones
Instrucciones para el envío de resúmenes de ponencias orales y carteles
Inscripción al Congreso
Fechas Importantes
Información de contacto del Comité Organizador
Membresía a la SMBC

Inscripción y envío de resúmenes en línea a partir del 22 de mayo.
www.msbcbelize2009.com

Visiten nuestro portal oficial para conocer algo de nuestra historia.
www.sociedadmesoamericana.org

Lic. Carlos Armando Mondragòn
Presidente del Capìtulo de Honduras
Sociedad Mesoamericana para la Biologìa y la Conservaciòn
(504) 33 65 85 64

6 de julio de 2009

Multiple Means Of Identifying Species Better Than DNA Barcoding Alone

Multiple Means Of Identifying Species Better Than DNA Barcoding Alone

Esta nota es respecto al articulo reciente en AJB sobre los problemas en las papas.

Muy ilustrativo de un punto de vista cada vez mas moderado y cauteloso sobre los peligros de enfatizar los códigos de barras de DNA como "la solución" a la identificación taxonómica.

3 de julio de 2009

Resucitará la Taxonomia en China?

China Searches for an 11th-Hour Lifesaver for a Dying Discipline -- Jiao 325 (5936): 31 -- Science
Una nota reciente en Science 3 July 2009 describe la urgente necesidad de revitalizar la investigación taxonómica en China. Como lo estan haciendo?
La receta incluye tomar una posición clave en las instituciones para el financiamiento de la ciencia. Resulta que el Presidente de NSFC, la agencia principal de financiamiento de ciencia basica en China, es Chen Yiyu, un taxonomo. La segunda parte es aventar dinero, mucho dinero $500,000 dolares a los taxónomos. Y se anuncia que para 2010 viene mas dinero!

La tercera y cuarta parte son dos argumentos cuestionables: evaluación especial para taxónomos y voltear a la taxonomía molecular. Se propone que los taxónomos deberían ser evaluados con otros estándares, en vez de contar artículos publicados en revistas de impacto y numero de citas. Le han hecho caso a Chen? Parece que si! Algunas instituciones ahora evalúan a los taxonomos por las monografias que producen, no el factor de impacto. Es la solucion?

Chen identifica el cuarto ingrediente: el futuro de la taxonomia mejorará si se incluyen métodos de la biología molecular, por ejemplo el uso de DNA barcodes para identificación de especies. Según Chen es tiempo de que la taxonomía clásica en China avance: "El periodo de los taxónomos simplemente identificando especies ya ha pasado".

Su visión contempla taxónomos trabajando junto a biólogos moleculares rejuveneciendo la taxonomía en China.

2 de julio de 2009

Treevolution: análisis visual de árboles filogenéticos

Treevolution es una herramienta para visualizar árboles filogenéticos dotada de una gran interacción. Los árboles son representados mediante dendrogramas circulares, pudiendo modificar el tamaño de los sectores o anillos.

Además, podemos seleccionar familias y representarlas mediante dendrogramas lineales o generar estadísticas del árbol.

La idea subyacente es facilitar la navegación e inspección del árbol, incluso aunque este sea bastante grande.

Treevolution puede descargarse de manera gratuita aquí
Puedes citar Treevolution referenciando su artículo en Bioinformatics

Treevolution es una creación del grupo VisUsal en la Universidad de Salamanca (España)


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Treevolution is a highly interactive tool to visualize philogenetic trees. The trees are represented by means of radial dendrograms, allowing to modify the size of sectors and rings.

In addition, you can select clades and represent them as linear dendrograms, or generate tree statistics.

The main goal of this tool is to facilitate the navigation and inspection of phylogenetic trees, even if they are large.

Treevolution is available to download here
You can cite Treevolution with this paper on Bioinformatics

Treevolution is credited by the VisUsal group from the University of Salamanca (Spain)

1 de julio de 2009

Curso de Dibujo Científico Botánico. Chiapas


Curso
Dibujo Científico Botánico

Impartido por:

Elvia Esparza

21 al 26 de septiembre de 2009

CUPO LIMITADO

Costo de recuperación $ 2, 500.00

Incluye material

El lenguaje de las imágenes
Las imágenes tienen un papel muy importante para una completa comunicación. En el trabajo taxonómico y biológico en donde se estudian los caracteres de un organismo, en un contexto evolutivo; este texto descriptivo tiene un lenguaje llano con un vocabulario especializado, es donde, las imágenes complementan y dan soporte para una mejor comprensión.
Una buena ilustración puede derribar las barreras lingüísticas.

Programa del curso:
Este curso se desarrollará de manera presencial, con exposiciones y una activa participación de los estudiantes elaborando ejercicios.
La temática consiste desde el conocimiento de materiales, trazos básicos, griseados y degradados, la comprensión y manejo de la perspectiva, así como de las escalas, para abordar la técnica de entintado y la realización de ilustraciones.

Instructores:
  • Elvia Esparza Alvarado, Dibujo Científico, Instituto de Biología, UNAM
  • M.C. Silvia Erika Pérez Parra, Asistente
  • Dr. Mario Ishiki Ishihara, Coordinador
Informes e inscripciones

Isabel R. Vázquez Lara
Herbario
Tel. 9676749000 Ext. 1307

Dr. Mario Ishiki Ishihara
Herbario
Tel. 9676749000 Ext. 1319

M. C. Gerardo González Figueroa
Coordinación de Educación Continua
Tel. 9676749000 Ext. 1741, 42 y 43

26 de junio de 2009

SIMPOSIO: BIODIVERSIDAD-ENFOQUES EN BIOLOGÍA MOLECULAR. Yucatan


SIMPOSIO: BIODIVERSIDAD-ENFOQUES EN BIOLOGÍA MOLECULAR


19-23 de Octubre del 2009
Centro de Investigación Científica de Yucatán (CICY),
Calle 43 No 130 Col. Chuburná de Hidalgo, CP. 97200,
Mérida, Yucatán, México.


El Simposio que se propone a continuación se ofrece por primera vez para el sureste del país e incluye una diversidad de enfoques novedosos. Este Simposio permitirá difundir algunos de los conocimientos que se tienen del manejo y uso de datos moleculares en el conocimiento de la biodiversidad con énfasis en plantas vasculares, hongos y virus. Se pretende dar a conocer las áreas de investigación de los ponentes y establecer posibles proyectos de colaboración con la institución receptora ya sea tanto de estudiantes como de la comunidad científica en general.

Objetivos

  • -Dar a conocer la importancia de los análisis moleculares en el estudio de la biodiversidad con énfasis en plantas vasculares, hongos y virus.
  • -Presentar avances sobresalientes relacionados al manejo de secuencias de ADN que son el fundamento de los proyectos de Código de barras.
  • -Establecer el interés en estudiantes e investigadores sobre el impacto del uso y manejo de los datos moleculares.
  • -Establecer colaboraciones científicas con proyectos relacionados al tema del simposio con investigadores o estudiantes.
Este simposio se llevará a cabo en el Auditorio Principal del Centro de Investigación Científica de Yucatán (CICY). Calle 43 No 130 Col. Chuburná de Hidalgo, CP. 97200, Mérida, Yucatán, México.


Reglamentos
Biblioteca
OIC
Servicios

25 de junio de 2009

Tercera Conferencia del Código de Barras de la Vida, México,


Tercera Conferencia del Código de Barras de la Vida, Ciudad de México,
7-13 noviembre 2009

Estimados miembros de la comunidad biológica:
El Consorcio para el Código de Barras de la Vida y el Instituto de Biología de la UNAM están organizando la Tercera Conferencia Internacional para el Código de Barras de la Vida, la cual se llevará a cabo en la Ciudad de México entre el 7 y el 13 de noviembre próximos.

Los invitamos a conocer la información del evento en el siguiente enlace:
www.dnabarcodes2009.org

Atentamente
Patricia Escalante
Coordinadora del Comité Local de la Conferencia
Dra. Patricia Escalante
Instituto de Biología UNAM
Ap. Post. 70-153, 04510 México DF MEXICO
Tel. (01 5255) 5622 9161 / 9171, 9150
Fax (01 5255) 5550 0164
http://mexbolibunam.wordpress.com


--------

Dear Colleagues,

The Consortium for the Barcode of Life (CBOL; www.barcoding.si.edu) and the Instituto de Biologia of the Universidad Nacional Autonoma de Mexico (UNAM) invite you to the Third International Barcode of Life Conference in Mexico City during the week of 7-12 November 2009. The main conference will be Tuesday-Thursday, 10-12 November at the Mexican Academy of Sciences, and there will be three days of pre-conference workshops and a post-conference public event at UNAM's Science Museum.

The conference website is now open at www.dnabarcodes2009.org and the online registration system will be opening next week. Calls for abstracts and applications for travel bursaries (only for participants from developing countries) will also be available through the website in the coming week.

If you would like to be placed on the distribution list to receive future notices about the conference, please send an email to message to inquiries.dnabarcodes2009@si.edu with "MAILING LIST" on the subject line. Please include your name and institutional affiliation in the body of your message.
We look forward to seeing you in Mexico City in November!

Best regards,

David

David E. Schindel, Executive Secretary

Consortium for the Barcode of Life
202/633-0812; fax 202/633-2938; portable 202/557-1149

CBOL WEBSITE: http://www.barcoding.si.edu

--
Mariana de Jesús
Instituto de Biología, UNAM
Barcode of Life/Código de Barras de la Vida
Tel. 56229150
http://mexbolibunam.wordpress.com

17 de junio de 2009

Jornada: Arqueología Argentina y el legado de Charles Darwin

Tenemos el agrado de invitarlos a participar de una jornada en conmemoración de los 200 años del nacimiento de Charles Darwin y los 150 años de la publicación de El Origen de las Especies. La misma se llevará a cabo el día viernes 20 noviembre. El objetivo de la jornada es generar un espacio para discutir tanto aspectos históricos como aplicaciones actuales de la teoría de Darwin en la arqueología.

Auspician: IMHICIHU (Instituto Multidisciplinario de Historia y Ciencias Humanas y CONICET (Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas)

Lugar. Saavedra 15. 5to Piso. Buenos Aires, Argentina

Organizan: Hernán Muscio hmuscio@gmail.com, Marcelo Cardillo marcelo.cardillo@gmail.com

Desde ya, están invitados a participar todos los interesados

Invitación: Quiclear para ampliar

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