Recordatorio para la III Conferencia Internacional del Código de Barras de la Vida. Mexico

Fecha limite para registro con descuento en la Tercera Conferencia Internacional del Código de Barras de la Vida

A los posibles interesados,

Del 7 al 13 de noviembre se llevará a cabo la Tercera Conferencia Intenacional del Código de Barras de la Vida en la ciudad de México.

Esta Conferencia va a reunir líderes nacionales e internacionales en diferentes campos de la biología (taxonomía, ecología, conservación, manejo, especies invasoras, plagas, etc) interesados en el desarrollo de esta nueva heramienta molecular para la identificación expedita de especies, y sus aplicaciones.

La parte científica más importante de la Conferencia se llevará a cabo en las instalaciones de la Academia Mexicana de Ciencias del 10 al 12 de noviembre, pero también se tienen preparadas reuniones o talleres previos a la misma en las instalaciones de la UNAM del 7 al 9  de noviembre, y eventos abiertos al público el 13 de noviembre en el Museo Universum.

Esta Conferencia está siendo organizada por el Instituto de Biología de la UNAM y por el Consorcio para el Código de Barras de la Vida, basado en Smithsonian Institution. Toda la información sobre la Conferencia se puede consultar en la pagina web www.dnabarcodes2009.org.

Es importante notar que el día de mañana es el último día para inscribirse al evento con una cuota de descuento. Para los organizadores es de suma importancia conocer el número de personas interesadas en asistir, para todos los arreglos logísticos de la Conferencia, por lo que los invitamos a inscribirse lo antes posible si están interesados en participar, por otro lado, el cupo en la Conferencia conforme se acerque la fecha podría estar limitado.

Por lo tanto, los invito cordialmente a que de estar interesados en el tema y la Conferencia visiten la página y programen su inscripción tomando en cuenta el descuento.

Atentamente,

Patricia Escalante
Presidenta de la Tercera Conferencia Internacional del Código de Barras de la Vida

56th Annual Systematics Symposium, MOBOT, Saint Louis

9-11 October 2009

With support from the National Science Foundation

"Angiosperm phylogeny: not just trees, but insects, fungi, and much more"

Organizing committee: Peter Stevens

FRIDAY
7:30 – 9:30 p.m. Informal mixer in Ridgway Center

SATURDAY
8:30 a.m. – 8:30 p.m. Talks in Ridgway Center

SUNDAY
Sunday 9:00 a.m. – noon. Talks in Ridgway Center

Website:  http://www.mobot.org/mobot/research/symposium/

Encuesta: Como usa este blog y el sitio Filogenetica.org?

Actualización (Nov 2009): Vea los resultados aqui >>>

Este Septiembre el sitio web Filogenetica.org y este blog de noticias cumple tres años que esta en linea. En este periodo se han acumulado mas de 100, 000 visitantes! Desde este lado del teclado parece ser que el sitio esta funcionando como un espacio para difundir información sobre actividades, cursos, investigación, congresos, etc y promover el contacto entre nuestra comunidad filogenética. Pero realmente es asi?

En vista de los tres años en linea y del ritmo regular de unos 250 visitantes diarios a este sitio, ayudara mucho explorar que es lo que los lectores buscan. Mediante correo electrónico recibo frecuentemente solicitudes de ayuda. Las necesidades mas comunes son de  información sobre cursos, eventos, logros, etc y también los lectores de este blog solicitan se publiquen notas que divulguen conocimientos técnicos básicos sobre teoría y métodos filogenéticos.

Una manera mas abierta de examinar las expectativas de quienes visitan el sitio es preguntando directamente "Como usa este blog y el sitio Filogenetica.org? A todos se les invita a participar en esta encuesta.
Al igual que en las anteriores, pueden elegir más de una respuesta. La lista de opciones y los resultados estarán disponibles hasta Noviembre. Si la lista de opciones no incluye su situación, por favor deje su comentario aquí

Gracias por participar y ayudar en el mejoramiento de este servicio de información y divulgación!
E

Systematics and taxonomy research scheme launch event

BBSRC - Systematics and taxonomy research scheme launch event

Systematics and taxonomy research scheme launch event
Date: 12 November 2009, 6pm
Venue: Linnean Society, Burlington House, Piccadilly, London W1J 0BF

Map of venue

The Research Councils are launching a new funding scheme for research in systematics and taxonomy. The Systematics and Taxonomy (SynTax) scheme is designed to provide short-term funding for preliminary research that will form the basis of novel responsive mode proposals with a substantial systematics/taxonomy component.

The scheme aims to stimulate high quality taxonomy and systematics-related research proposals to the UK’s Research Councils.

The scheme follows on from the Collaborative Systematics (CoSyst) scheme, through which a number of projects have gone on to receive responsive mode funding.

Programme

The launch event will provide details of the SynTax scheme and will showcase successful projects funded under its predecessor CoSyst.

Tea will be served in the library from 5.30pm and the lecture will be followed by a wine reception and poster session.

Speakers

• SynTax Scheme
  Amanda Read, BBSRC
• CoSyst Showcase:
  • Genomic tools for studying the Origin of Species
    Professor Vincent Savolainen, Imperial College London
  • Hydatellaceae: a key to reassessing morphological evolution in angiosperms
    Dr Paula Rudall, Royal Botanic Gardens Kew
  • Molecular diversity of microbial eukaryotes using a large-scale parallel tag sequencing strategy
    Dr Tom Richards, University of Exeter

Posters are invited from CoSyst grantholders.

How to register

This meeting is free. Registration is not necessary.

Convocatoria para hacer Codigos de ADN, Mexico

Se ha dado a conocer en México la convocatoria del CONACYT para la "Integración de las Redes Temáticas CONACYT de Investigación 2009".
La convocatoria esta dirigida a investigadores, tecnólogos, empresarios y demás personas interesadas en participar en alguna de las Redes Temáticas CONACYT de Investigación. Estará vigente hasta el 18 de septiembre de 2009.

El objeto de esta convocatoria es:

"Promover la incorporación de investigadores y personas interesadas en la conformación de las Redes Temáticas y fortalecer la construcción y desarrollo de las mismas, entre los grupos de investigación científica y tecnológica en las instituciones de educación superior, en los centros de investigación, empresas y/o laboratorios nacionales de todo el país, en áreas estratégicas para alcanzar soluciones articuladas y estructuradas que contribuyan al desarrollo nacional y al bienestar de su población en las áreas temáticas que el Consejo Asesor de Redes Temáticas ha aprobado."

Relevante para nuestra comunidad es el párrafo tres de la Convocatoria:

"Código de Barras de la Vida: Biología Molecular y Sistemática; Generación de códigos de barras de ADN para las especies de plantas, animales y hongos; Códigos de barras de las colecciones biológicas y herbarios; Aplicaciones de los códigos de barras para el reconocimiento de especies que sirven como marcadores biológicos, parásiots y plagas; Aplicación de los códigos de barras en especies de interés económico y en conservación de la biodiversidad; Reconocimiento de los ámbitos de distribución de las especies utilizando los códigos de barras; Códigos de barras para reconocer la ontogenia de especies con metamorfosis; Uso de los códigos de barras para la explotación sustentable de especies; etc."

El financiamiento ofrecido incluye:

a) Estancias académicas para investigadores y estudiantes incluidas en el Programa General de Trabajo establecido y justificado
b) Gastos para el desarrollo de trabajos de campo, para el diagnóstico del tema.
c) Gastos de organización de eventos académicos sobre el tema y que contemplen la formación de Recursos Humanos (Simposio, escuelas, talleres etc.).
d) Gastos de los investigadores (viáticos y pasajes).
e) Becarios.
f) Gastos relacionados con las reuniones de los miembros de la Red Temática.
g) Pago de servicios profesionales externos o de apoyo consultivo.
h) Ediciones e impresiones de libros para divulgación de los resultados, relacionados a la línea temática de la Red Temática.
i) Operación y mantenimiento de un portal y páginas informativas incluyendo las bases de datos.
j) Trámites para el registro de la propiedad intelectual a nivel nacional y/o internacional, derivados del proyecto de la Red Temática. Los costos de las patentes y su mantenimiento deberán ser cubiertos por la institución que tenga la titularidad de esos derechos.
k) En casos excepcionales se dará a poyo para adquisición de infraestructura

-----------------------
Sitio web: http://www.conacyt.gob.mx/Fondos/Institucional/RedesTematicas/Index_RedesTematicas.html

Bioinformatics: Computer Methods in Molecular Biology

Practical Course
21-26 June, 2010.
“Bioinformatics: Computer Methods in Molecular Biology”
Trieste, Italy

Organiser: Sándor Pongor (ICGEB, Trieste, Italy)
Topics

• Genome and proteome databases
• Analysis of protein and DNA sequences
• Similarity searching, alignments
• Sequence phylogeny
• WWW-based services
• Genome projects, functional genomics

Participants must have a basic working knowledge of biochemistry and molecular biology, a basic familiarity with computer uses and a need for DNA or protein sequence analysis for their ongoing research. Preference will be given to Ph.D. students and junior scientists below the age of 35 years. Registration for the course is limited to 30 participants.

A limited number of grants, covering accommodation (twin share) and local hospitality for the duration of the Course, are available to nationals of ICGEB Member States*.
Travel is NOT funded. Please note that there is no registration fee.
Closing date
for applications 28 January 2010
Contact Submit your participation form, curriculum vitae in English and a short list of publications (if any) to:
ICGEB - Conferences and Meetings, Padriciano 99, I-34149 Trieste, Italy.
Tel: +39-040-3757333; Fax: +39-040-226555; E-mail: courses@icgeb.org

website: http://www.icgeb.org/meetings-2010.html
*
*ICGEB Member States (@ 5th January 2009 – refer to URL http://www.icgeb.org/member-states.html for updates)
Afghanistan, Algeria, Argentina, Bangladesh, Bhutan, Bosnia and Herzegovina, Brazil, Bulgaria, Burundi, Cameroon, Chile, China, Colombia, Costa Rica, Côte d’Ivoire, Croatia, Cuba, Ecuador, Egypt, FYR Macedonia, Hungary, India, Iran, Iraq, Italy, Jordan, Kuwait, Kyrgyzstan, Liberia, Lybian Arab Jamahiriya, Malaysia, Mauritius, Mexico, Morocco, Nigeria, Pakistan, Panama, Peru, Poland, Qatar, Romania, Russia, Saudi Arabia, Senegal, Serbia, Slovakia, Slovenia, South Africa, Sri Lanka, Sudan, Syria, Tanzania, Trinidad and
Tobago, Tunisia, Turkey, United Arab Emirates, Uruguay, Venezuela, Viet Nam

Phylogeny and diversity of land plants and fungi

Course objective

The goal is to gain basic knowledge of recently established phylogenetic lineages in the land plants and fungi and based thereon of essential understanding of modern insights in the morphological characterization, the origin and evolutionary development of the main clades and the angiosperm pollen.
The following items will be discussed and demonstrated:

• – Changing views on phylogenetic relations within the land plants and fungi
  
• – Overview of morphological and taxonomic diversity and morphological characterization of the presently accepted main clades
  
• – Present insights in and disputes over key innovations, and functional characterizations (adaptations)
  
• – State of the art overview of the various uses by mankind of the taxa and of the applications of these fields of knowledge
  

Remarks

Language: Dutch (English in case foreign MSc-students participate).

Coordinator

Dr.M.Roos,

Time table

Sept. 22-26: Mosses and Ferns
Sept. 29 – Oct. 2: Angiosperm pollen
Oct. 6-10: Fungi

Website: http://studiegids.leidenuniv.nl/en/courses/show/16935/phylogeny-and-diversity-of-land-plants-and-fungi

4th Dresden Meeting on Insect Phylogeny

4th Dresden Meeting on Insect Phylogeny,
September 18 - 20, 2009

The Dresden Meetings on Insect Phylogeny are dedicated to a broad variety of topics concerning phylogeny reconstruction in Insecta; this includes both the interordinal and intraordinal levels, both morphological and molecular work, and both extant and fossil taxa, as well as occasional methodological contributions. The 4th Dresden Meeting on Insect Phylogeny (2009) will have a strong focus on key taxa and key characters insects; this will also include some presentations on fossil key taxa. The about 30 oral contributions, all in English, will be presented by invited high-profile specialists.

Organized by

Klaus-Dieter Klass (Museum für Tierkunde Dresden)
Niels Peder Kristensen (Zoological Museum Copenhagen)

Contact: insectphyl2009 (at) snsd.de - Please copy and paste this addess, replace "(at)" by "@"

Molecular evolution and phylogenetics

Primer on Molecular Evolution and Phylogenetics

http://www.biomed.cam.ac.uk/gradschool/current/courses/phylogeny.html

Dr Hernan Javier Dopazo and Leonardo Daniel Arbiza Brustin

Pharmacogenomics & Comparative Genomics Unit, Bioinformatics Department, Centro de Investigación Príncipe Felipe, Valencia, Spain

Dates: 5th-7th October 2009
Time: 9.30am-5pm
Venue: Genetics Room G12 (map)
Maximum number: 20
Codes: BM02
Credits: 6

Bookings are made via the online booking form.

Chris Humphries – Natural History Museum, London (1947—2009)

It is our sad task to record the death of Professor Chris Humphries,
merit researcher in the Botany Department until his retirement in 2007,
on Friday 31st July. Chris was a leading figure in the cladistic
revolution in systematics and biogeography. Without his tireless
efforts, systematic botany - perhaps systematic biology - would be a
very different beast.



Chris joined the Botany Department in 1972 as an assistant curator, a
nearly-finished PhD student, coming directly from Vernon Heywood's
Botany Department in Reading University. With the exception of three
sabbaticals - two of them at the University of Melbourne (1979-80, 1986)
and a six month stay as a fellow at the Wissenschaftskolleg zu Berlin
(Institute for Advanced Study, Berlin) in 1994 - Chris spent his entire
career in the Museum.



Chris's early botanical research was on Asteraceae (daisies) and
Macaronesia but during the 1970s and 1980s most of his intellectual
effort went into developing, exploring and promoting cladistic
systematics and cladistic biogeography. These efforts yielded two much
acclaimed books: Cladistic Biogeography (1986) (with Lynne Parenti, of
the Smithsonian; a revised 2nd edition appeared in 1999) for
biogeography, and Cladistics: A practical course in systematics (1992)
(with staff of the Natural History Museum; a revised 2nd edition
appeared in 1998 as Cladistics: the theory and practice of parsimony
analysis). Both books became standard works in their field.



Chris's interest in art made him the perfect choice for organising and
annotating the first complete full-colour edition of Banks' Florilegium,
published between 1980 and 1990. The project marked the beginning of
Chris's love affair with Australia and her flora, the enigmatic southern
beeches and the problems of explaining organism distribution in the
Southern Hemisphere. The Florilegium consists of over 700 botanical line
engravings made from Sydney Parkinson's watercolours, recording the
plants collected by Joseph Banks and Daniel Carl Solander on Captain
James Cook's first voyage around the world (1768-1771).



After 1990, Chris (with Dick Vane-Wright and Paul Williams, both of the
Entomology Department) put biogeographical matters to more practical
use, addressing what they called the "Agony of Choice" - the
conservationists' dilemma - with their 'WorldMap' approach to
conservation biology, combining taxonomic, ecological and biogeographic
information into one system. After a decade of collaboration with many
different and diverse groups of researchers working on many different
organisms, Chris returned to more fundamental matters in biogeographical
investigation and to the distribution of plants on Macaronesia, the
islands he began with as a student.



During his career, Chris received many honours; the Linnean Society's
Bicentenary Medal in 1980 and their Gold Medal in 2001; he was also an
Honorary Fellow of the American Association for the Advancement of
Science. He was President of the Systematics Association (2001-2003) as
well as its Treasurer (1996-9), and President of the Willi Hennig
Society (1989-1991), being elected a Fellow honoris causa in 1998. Chris
was also Vice-President and Botanical Secretary of the Linnean Society
(1994-1998).



In 2008, a three-day Meeting was held in his honour at the Linnean
Society; a Festschrift will be published in early 2010.



David M. Williams & Charlie Jarvis

Botany Department

The Natural History Museum

Cromwell Road

London SW7 5BD

UK

_______________________________________________

Taxacom Mailing List

Enlace a clases del OSU Cladistics Workshop

OSU Cladistics Workshop

Concluyó el taller de métodos filogenéticos de la Willi Hennig Society y en el sitio web del curso se ha publicado en linea la fotografía de los participantes.

De interes para los lectores de este blog son los enlaces a documentos de algunas de las clases. Muy buenas presentaciones en PDF! De la presentación de Giribet sobre "Homology" tome esta figura:



Visiten el sitio!
http://www.biosci.ohio-state.edu/~jfreuden/cladwork/main.htm

Workshop on Molecular Evolution, Europe 2010

Se ha anunciado el próximo "Workshop on Molecular Evolution, Europe 2010"

Lugar: Cesky Krumlov, Czech Republic
Fecha: 10 - 22 January 2010, individual research session 22 - 29 January 2010
Application Deadline: 1 October 2009
Sitio web: http://workshop.molecularevolution.org/
Organizadores: Michael P. Cummings and Scott A. Handley, Co-Directors
Naiara Rodriquez-Ezpeleta, Associate Director.

"Topics to be covered include:

• Databases and sequence matching: database searching: protein sequence versus protein structure; homology; mathematical, statistical, and theoretical aspects of sequence database searches
• Phylogenetic analysis: theoretical, mathematical and statistical bases; sampling properties of sequence data; Bayesian analysis; hypothesis testing
• Maximum likelihood theory and practice in phylogenetics and population genetics: coalescent theory; maximum likelihood estimation of population genetic parameters
• Molecular evolution integrated at organism and higher levels: population biology; biogeography; ecology; systematics and conservation; population genetics
• Molecular evolution and development: gene duplication and divergence; gene family organization; coordinated expression in evolution
• Comparative genomics: genome content; genome structure; genome evolution
• Molecular evolution of recently diverged species

The course is designed for established investigators, postdoctoral scholars, and advanced graduate students with prior experience in molecular evolution and related fields. Scientists with strong interests in molecular evolution, phylogenetics, population genetics, and related fields are encouraged to apply for admission."

Curso de Posgrado: Análisis Cladísticos y su Aplicación en Paleontología

ASOCIACIÓN PALEONTOLÓGICA ARGENTINA: Cladística y Paleontología
Curso de Postgrado de la APA
Análisis Cladísticos y su Aplicación en Paleontología

Docente: Dr. Diego Pol (CONICET-Museo Paleontológico Egidio Feruglio, Trelew)
Duración: 5 días (40 horas)
Fecha: del 13/7/09 al 17/7/09
Lugar: Museo Argentino de Ciencias Naturales “Bernardino Rivadavia” Av. Angel Gallardo 470, C1405DJR Ciudad Autónoma de Buenos Aires, TE 4982-6670

Mas informacion: Aqui>

Linux para filogenética: PhyLIS

Mac OS le parece caro? Windows .... caro y muy problemático? Bueno pues ahora sera más fácil adoptar Linux como sistema operativo en su investigación filogenética. No solo Linux es gratis sino mucho mas robusto y estable (al menos comparado con Windows), por lo cual en los últimos años este sistema operativo ha estado ganando popularidad, especialmente entre la comunidad científica.

Ahora el nivel de dificultad para instalar Linux y configurar la numerosa colección de programas ya disponibles para análisis filogenéticos ha disminuido significativamente con la disponibilidad de PhyLIS o "Linux Filogenético para Informática y Sistemática" (Phylogenetic Linux for Informatics and Systematics).
PhyLIS incluye dos componentes: el sistema operativo Linux y una colección básica de programas filogenéticos (los que han sido gratis). La configuración tanto del sistema operativo como de los programas incluidos ya esta lista para solo instalar y trabajar.
" ..... [PhyLIS] comes with most commonly used
phylogenetic software pre-compiled, installed,
and configured, which allows this software to
be executed by simply typing the appropriate
command (Table 1). PhyLIS also contains popular
scripting languages (and appropriate phyloinformatic
packages) including Perl (with BioPerl), Python
(with BioPython), and R (with several packages).
It implements parallel versions of several particularly
processor-intensive programs using MPI (including
BEST,4 MrBayes,5 and raxML).6 PhyLIS aims to
present a complete phylogenetic workbench for all
steps of analysis from sequence data manipulation to
alignment and tree search, including visualization (for
alignments and trees), model selection, divergence
time estimation, macroevolutionary analyses and
tools for automation and batch analysis." (Thomson, 2009).

Si aun no ha entrado al mundo Linux, esta es una muy buena oportunidad.

Para bajar el archivo de instalacion ISO ingrese al sitio web de PhyLIS.

Referencia:
Thomson RC. 2009. PhyLIS: a simple Gnu/Linux distribution for phylogenetics and phyloinformatics. Evolutionary Bioinformatics. 5:91-95 (Link)

Curso de Introducción a la Filogenia Molecular de Microorganismos

Introducción a la Filogenia Molecular de Microorganismos
Curso a realizarse en la Facultad de Ciencias Naturales y Museo
UNLP
Argentina

Fecha: Del 19-10-2009 hasta 24-10-2009.	Horario: L. a V.9:30 a 13-14:30 a 19:30.Sab. 9 a 13
Modalidad: Presencial con evaluación final
Duración: 50 horas.
Cupo de teoría: 25 alumnos.	Cupo de práctica: 25 alumnos.
Arancel para alumnos internos: $350	Arancel para alumnos externos: $450

Mas informacion:
http://postgrado.fcnym.unlp.edu.ar/postgrado/index_pg.html