Convocatoria para el Posgrado en el INECOL, Xalapa

::: INECOL ::: Maestría y Doctorado :::

Se ha publicado la Convocatoria para ingreso al Posgrado del INECOL, Xalapa (ecología, biodiversidad, sistemática, conservación y manejo de los recursos naturales)
La Secretaría de Posgrado tiene como misión la formación de recursos humanos de alto nivel (Maestria y Doctorado en Ciencias) con el objeto de:

• Capacitarlos para realizar investigación científica original.
• Que apliquen los conocimientos científicos y tecnológicos a la solución de los problemas concretos enfrentados por la sociedad a la cual pertenecen.

Las áreas de investigación con mayor énfasis en el programa académico del posgrado incluyen:

• Biodiversidad y Sistemática
• Conservación
• Ecología
• Manejo de Recursos

Los estudiantes latinoamericanos pueden optar a becas de CONACYT México.
La información sobre la convocatoria esta aquí >>>

Computational Biology in Colombia

PLoS Computational Biology: Computational Biology in Colombia

High-throughput techniques are somewhat restricted in developing countries. However, computational resources have evolved in recent years to become available to the general public, with greater ability to solve intense computational problems at low cost. Therefore, the vast amount of information that is currently being generated and the need for finding the underpinnings of several issues in biology, have been the impetus of the computational biology area in Latin America. Colombia is no exception, as its rich genetic diversity has convened the attention of several institutions, including both governmental and academic departments, to find how, where, and when these resources could be employed to its benefit. In this review, we introduce the efforts being made throughout the country to spread the word and establish a strong network from a mid- and long-term perspective.

In Colombia, computational biology is just starting to be known as a field of research in its own right. Until now, mainly chemists and biologists have used bioinformatics as a tool to try to solve their particular research problems. We start by reviewing the work of some research groups and their projects. Next, we identify the driving forces of computational research and the problems to be faced in the future. This review is not exhaustive and we apologize for any groups that were not mentioned or acknowledged.

Restrepo S, Pinzón A, Rodríguez-R LM, Sierra R, Grajales A, et al. (2009) Computational Biology in Colombia. PLoS Comput Biol 5(10): e1000535. doi:10.1371/journal.pcbi.1000535

http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pcbi.1000535

Postdoctoral Fellowship in Vertebrate Evolution - University of Arizona

George Gaylord Simpson Postdoctoral Fellowship in Vertebrate Evolution -
University of Arizona

The Department of Ecology and Evolutionary Biology announces one
postdoctoral fellowship position for Fall 2010, named in honor of G. G.
Simpson's long tenure at the University of Arizona.

Simpson Fellows are expected to conduct an active research program in evolutionary biology,
especially projects that are facilitated and complemented by the
Department's extensive natural history collections in ichthyology,
herpetology, ornithology, and mammalogy. The positions are part of a
renewed commitment to natural history collections on the University of
Arizona campus and an initiative in biodiversity informatics
(http://loco.biosci.arizona.edu/bdii/). Postdoctoral Fellows are
encouraged to establish research collaborations with faculty in the
Department of Ecology and Evolutionary Biology and are expected to teach
or contribute to one course per year in the Fellow's research specialty.
Salary is $37,500 plus benefits (nine-month appointment). A research
stipend of $5000 will also be included. The positions are renewable for
at least a second year contingent on satisfactory performance.

Applicants should submit application materials online at the University
of Arizona Human Resources website (https://www.uacareertrack.com; look
for job #44102), including C.V., statement of research and teaching
interests and experience, and two letters of reference. Reference
letters should be emailed directly to sand...@email.arizona.edu.
Position is open until filled, but we anticipate reviewing applications
beginning on Jan. 15, 2010.
Contact Dr. Peter Reinthal (p...@email.arizona.edu),
Dr. Renee Duckworth (r...@email.arizona.edu),or
Dr. Michael Sanderson (sand...@email.arizona.edu) for further information.

NESCent:: Call for Proposals

NESCent: Science & Synthesis: Call for Proposals

Description:
We are now accepting proposals for Postdoctoral Fellowships at The National Evolutionary Synthesis Center (NESCent). We are looking to fund innovative approaches to outstanding problems in evolutionary biology.

Applications:

Proposals are due December 1.

For more information, please see our website at https://www.nescent.org/science/proposals.php.

Proposal Categories

Post-Doctoral Fellowships (December 1st deadline)

Sabbaticals (July 10th and December 1st deadlines)

Short-Term Visitors (Jan. 1st, April 1st, July 1st, Sept. 1st deadlines)

Servidor de Filogenetica.org temporalmente fuera de linea

El sitio web Filogenetica.org ha estado inaccesible.



A los visitantes de Filogenetica.org les pido disculpas por esta interrupción temporal.
El sitio web debera estar en linea pronto.
 --------------
Actualización: El sitio web ya esta en linea nuevamente!  Oct 22.

Genomic basis of adaptation and speciation in Senecio

Postdoctoral Research Assistant at University of Oxford

Applications are invited for a three-year postdoctoral position on a NERC-funded project, Genomic basis of adaptation and speciation in Senecio, led by Dr Dmitry Filatov, Department of Plant Sciences, University of Oxford. This project is devoted to a genome-wide analysis of molecular bases of speciation and adaptation in plant genus Senecio. In collaboration with Professor Hiscock’s laboratory in Bristol (UK) we will conduct functional and evolutionary genetic analyses of coding and regulatory regions in Senecio genome in order to study their evolution during adaptation to contrasting environments of high and low altitudes. The research will involve high throughput DNA pyrosequencing from three Senecio species and population genetic and evolutionary genomic analyses of these sequences.
Further particulars of the post are available at www.plants.ox.ac.uk/. It is anticipated that the successful candidate will begin on 1 February 2010 or soon thereafter and should hold a PhD or equivalent in a relevant discipline.
For more details of the Filatov laboratory see: dps.plants.ox.ac.uk/plants/staff/DmitryFilatov.aspx.
Applications, including application form, full curriculum vitae, the names and contact details of two referees, and clearly quoting reference AP09014 should be sent to the Departmental Administrator, Department of Plant Sciences, University of Oxford, South Parks Road, Oxford OX1 3RB or by email to recruit [at] plants.ox.ac [.] uk. The closing date for applications is noon on Thursday 19 November 2009.

III Congreso Colombiano de Zoología. Medellin

III Congreso Colombiano de Zoología,

Medellín - Antioquia, 

21 al 26 de noviembre de 2010.

En nombre de las instituciones organizadoras, me es grato extenderles una invitación especial a participar en el III Congreso Colombiano de Zoología que se llevará a cabo en la ciudad de Medellín - Antioquia, del 21 al 26 de noviembre de 2010.
Motivados por el hecho de pertenecer a un país que ostenta un lugar privilegiado, al ser depositario de gran parte de la riqueza natural de nuestro planeta, este evento estará enfocado en compartir los avances en el conocimiento de los diferentes tópicos de la diversidad animal y en dimensionar la importancia de los servicios ambientales que ésta nos ofrece, especialmente sobre el impacto al que se enfrenta la humanidad con la alteración del equilibrio natural, incluyendo los efectos del cambio climático global. Siendo coherentes con este reto en el congreso hemos decidido minimizar el impacto ambiental de su desarrollo mediante la utilización de medios digitales informáticos a todo nivel y durante las diferentes fases del Evento.


José Vicente Rodríguez Mahecha

Coordinador General

III Congreso Colombiano de Zoología

Presidente Asociación Colombiana de Zoología – ACZ

X Congreso Argentino de Paleontología Y Bioestratigrafía - VII Congreso Latinoamericano de Paleontología

X Congreso Argentino de Paleontología Y Bioestratigrafía - VII Congreso Latinoamericano de Paleontología

La Comisión Organizadora del X Congreso Argentino de Paleontología y Bioestratigrafía y VII Congreso Latinoamericano de Paleontología se complace en invitarlos a participar en esta reunión conjunta que se realizará en la ciudad de La Plata, Argentina, del 20 al 24 de Septiembre de 2010.

Toda la información referida a este evento se canalizará a través de nuestra página web, incluyendo la presentación de resúmenes, simposios, inscripción y fechas límite.

EDIT General Meeting (Carvoeiro, Portugal)

European Distributed Institute of Taxonomy



The European Distributed Institute of Taxonomy is a network of excellence gathering 28 major institutions devoted to knowing the living world better with the support of the European Commission.

EDIT General Meeting 2009
15-17 December 2009, Hotel Tivoli Almansor, Carvoeiro

This year’s edition of EDIT’s main events will take place once again in the small town of Carvoeiro (southern Portugal). We hope to meet as many as possible of you there to discuss EDIT’s past, present and future.

EDIT Young Taxonomist Symposium
15 December 2009

Demonstrating the future of taxonomy, EDIT invites earl-career researchers to present their work. The call for applications from EDIT institutions (up to two candidates per institution) is now open.

EDIT General Meeting
15-16 December 2009

As EDIT approaches its final year, we hope to engage in a practical discussion of what taxonomy and taxonomists achieve when working together in EDIT. We will discuss the transformation of taxonomy into a global cyberscience, with speakers inside and outside EDIT defining a picture of a discipline that experiences growing relevance and capability. As in previous editions, all EDIT institutions will be able to send a number of delegates to this event.

Click here to see the event programme and speakers.

Poster and Demonstration Sessions
15-17 December 2009

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Taxonomy comes of age: Book review in Nature

Taxonomy comes of age : Article : Nature

BOOK REVIEWED-


Naming Nature: The Clash Between Instinct and Science
by Carol Kaesuk Yoon.
W. W. Norton: 2009.
352 pp.

Faced with the bewildering diversity of nature, humans have long attempted to classify it. In her personal and readable perspective on taxonomy, Carol Yoon argues that the basic instinct to recognize natural groups has gradually been replaced by an increased rationality.

Yoon explores the formative environment, motives and personality of the field and scientists within it, from its origins to maturity. She argues that taxonomy generates new views of the world that are counterintuitive, for example that fungi are more like animals than plants; reductionist, depending on molecular data and statistical techniques; and bewildering, such as the prolific yet invisible domains of bacteria and archaea. She is concerned that the professionalization of biology has distanced humanity from nature. But her incursions into anthropology, neuroscience and psychology to explain our empathy with nature are disappointingly superficial.

The first major step in taxonomy was taken by Carl Linneaus some 250 years ago. In a magnificent work, Systema Naturae, he ordered the known natural world. Although the places of some organisms in his scheme have changed, his binomial system for naming organisms has stood the test of time.

A century later, in 1859, came Darwin's theory of evolution, with its seismic impact on science and society. Surprisingly, its effect on taxonomy was minimal. Taxonomists continued for another century to explore the world and discover new species as before, now drawing tree diagrams to represent the relationships between organisms and their evolution. Some of these evolutionary trees were insightful, others fanciful. Unfortunately none was testable, repeatable or objective. So taxonomy got a bad name.

Yoon rightly recognizes the role of the 1960s movement of quantitative experimentalists in being the most significant first step in transforming the field into a full science. These numerical taxonomists started a serious debate on how to articulate earlier opinions and experience, and distil them into testable conclusions. As a result, data and transparent methodology came to challenge 'expert' opinion. However, these researchers treated all data equally, without considering their relative evolutionary or biological significance.

A more rational and evolution-based approach was needed. For some this was found in DNA sequences. But this approach attracted a similar criticism, namely that a complex organism couldn't be reduced to a string of nucleotides.

Over the following period of great change in biology and computational technology, taxonomists struggled to find their way. In the 1970s, the phylogenetics movement arose with a simple message: to seek close relatives with similarities that are shared uniquely by their descendants and no other groups. With this powerful new methodological tool came fervent disciples, called 'cladists', who wanted to purge the field of non-adherents. Taxonomy again turned in on itself, ignoring the huge strides being made in areas such as developmental genetics, population genetics and population biology that could have crucially informed their interpretations of nature. Describing these ideological waves, Yoon's book comes alive with her tales of meeting influential figures, including the God-like Ernst Mayr.

Yoon leaves us with taxonomy having passed though its rebellious adolescence into maturity. But what of its future? Taxonomy has never had so many tools at its disposal and so many connections to the rest of biology. The tragedy is that there are too few taxonomists who can utilize these advances and tackle the challenging questions of our time.

Book review by
Richard Lane. Director of science at the Natural History Museum, London SW7 5BD, UK, and author of the recent report Taxonomy in Europe in the 21st Century.

La dimensión filogenética de la diversidad biológica

Curso de Posgrado en la Universidad Nacional del Sur, Bahía Blanca, Buenos Aires.

"La dimensión filogenética de la diversidad biológica"

a cargo del Dr. Fernando Pérez-Miles (Sección Entomología, Facultad de Ciencias, Universidad de la República, Montevideo, Uruguay)

Coordinador responsable: Dra. Adriana Ferrero

• Lugar: Sala de Conferencias, Depto. De Biología, Bioquímica y Farmacia
• Fecha de Inicio: lunes 19 de octubre, 17 horas.
• Modalidad: Teórico – Práctico

Contacto: Lic. Nelson Ferretti, Laboratorio de Zoologia de Invertebrados II, Tel: 4595101 Int. 2425. Email

Temario Básico
Programa Teórico:

1.- Diversidad biológica y Sistemática. Bases criterios y formas de clasificación. Características de las clasificaciones científicas, jerarquía y claves. Sistemática, Taxonomía, Clasificación y Nomenclatura. El concepto de especie en sistemática.

2.- Referencias históricas de la sistemática, escuelas. Origen de la Sistemática Cladista. Filogenia y Parentesco. Principios Cladistas: parsimonia, máxima verosimilitud y distancia.

3.- Caracteres sistemáticos y variación. Tipos de caracteres. Variables cualitativas y cuantitativas. Variables discretas y contínuas. Transformación y estados de los caracteres. Homología y homoplasia. Codificación de caracteres. Ordenamiento y polarización. Criterios de optimalidad y optimización de caracteres.

4.- Construcción de cladogramas. Búsquedas: métodos exactos, métodos heurísticos. Permutación de ramas: podado y reinserción de sub-árboles (SPR), corte y reconección (TBR). Polaridad y enraizamiento. 9.- Pesado de caracteres y medidas de ajuste. Longitud del cladograma. Indices de consistencia, de retención y ajuste. Pesado a priori y a posteriori. Pesajes sucesivos y pesajes implicados.

5.- Soporte y medidas de confiabilidad de cladogramas y grupos. Decisividad, distribución de longitudes de árboles, “Bremer support”. Métodos probabilísticos: Bootstrap, Jacknife. Consensos: estricto, de mayoría, de Nelson, de Adams. Análisis separados versus evidencia total. Comentarios sobre nuevos métodos de búsqueda para matrices muy grandes o “sucias”.


Programa Práctico:
1.- Polarización y codificación de caracteres, matrices básicas de datos, manejo básico del programa NEXUS

2.- Análisis filogenético, búsquedas de árboles por parsimonia, manejo básico del programa TNT.

3.- Pensando en árboles, ejercicios (domiciliarios) de interpretación de árboles.


Bibliografía:

Libros

Goloboff, P.A. 1998. Principios basicos de cladística. Sociedad Argentina de Botánica, Buenos Aires, 81 pp.

Kitching, I.J., P.L. Forey, C.J. Humphries & D. M. Williams. 1998. Cladistics. The theory and practice of parsimony analysis. 2nd. Ed. Oxford Univ. Press, Oxford, 228 pp.

Lanteri, A.A. & M.M. Cigliano. Sistemática biológica fundamentos teóricos y ejercitaciones. Edlup, La Plata, 241 pp.

Diniz, J.A.F. 2000. Métodos filogenéticos comparativos. Holos, Riberao Preto, 162 pp.



Trabajos científicos

Bremer, K.1994. Branch support and tree stability. Cladistics 10:295-304.

Gobloboff, P.A. 1993. Estimating character weights during search. Cladistics 9:83-91.

Goloboff, P.A., J.Farris & K. Nixon. 2003. Tree Analisis using new technology, ver 1.1. Program and documentation at http:// www.zmuc.dk/public/phylogeny/tnt.

Platnick, N.I. 1979. Phylosophy and the transformation of cladistics. Syst. Zool. 28:537-544.

BOTANY 2010, Rhode Island

Botany 2010
Call for Symposia, Colloquia, and Workshops
Overview
BOTANY 2010 will be held at Providence, Rhode Island, July 31 – August 4, 2010.

Societies participating in BOTANY 2010 will include:

• the American Bryological and Lichenological Society (ABLS),
• the American Fern Society (AFS),
• the American Society of Plant Taxonomists (ASPT), and
• the Botanical Society of America (BSA).

In preparation for Botany 2010 we are now soliciting proposals for symposia, colloquia, workshops, discussion sessions, and field trips. Symposia are organized around a topic of potential broad interest, are timely because of recent advances or synthesis in the field, or are particularly relevant to the conference venue. Colloquia are organized around more specialized topics with all presentations adhering to the standard 15 minute timeframe. The number of presentations in a colloquium is variable. Discussion sessions (“roundtable discussion”) are organized around a particular topic of interest with the bulk of the time devoted to discussion that engages the audience. Workshops are distinguished from symposia and colloquia by the inclusion of time devoted to hands-on activities (e.g., software demonstrations, data analysis tutorials, etc.).

websites
Call for Symposium - http://www.2010.botanyconference.org/2010Calls/2010ls_Symposia.php
Call for Workshops - http://www.2010.botanyconference.org/2010Calls/2010ls_Workshops.php

Escarabajo nombrado en honor a Darwin

"A dung beetle from Costa Rica has been named after Charles Darwin and the Darwin Initiative (DEFRA) by scientists at the National Biodiversity Institute of Costa Rica (INBio) and the EARTH University, Costa Rica.

The beetle, named Canthidium (Eucanthidium) darwini, was discovered in a remote and unexplored UNESCO World Heritage Site in the Talamanca Mountains as part of a Natural History Museum led project."

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Sistemática en el X Congreso Nacional de Micologia. México

 
El Comité Organizador invita a la comunidad académica, científica, estudiantil y público interesado a asistir al:
X Congreso Nacional de Micología
a celebrarse en Guadalajara, Jalisco
del 20 al 25 de septiembre de 2009. 


Simposio: Sistemática de hongos

Coordinador: M. en C. Ricardo Valenzuela Garza

1. Systematics of Cordyceps sensu lato
Dr. Bhushan Shrestha

2. El género Phellinus Quél. (Hymenochaetaceae) en la actualidad
Dra. Clarice Loguercio Leite

3. El orden Boletales en México, los criterios tradicionales y actuales de su clasificación
M. en C. Jesús García Jiménez

4. Sistemática de los hongos gasteroides
Dr. Martín Esqueda Valle


sitio web: http://www.cucba.udg.mx/actividadescucba/2009/micologia/sishongos.html

La $eductora pre$ion de una vi$ion molecular reduccioni$ta en la $istematica

Ante la efervescencia dominante de los últimos años por el uso de códigos de DNA para problemas taxonómicos, se han suscitado diversas reacciones criticas para alertar sobre las expectativas ingenuas, límites, errores de apreciación y hasta peligros de tal enfoque reduccionista y hegemónico molecular en la Sistemática [link ;  link]. Una reacción reciente es la discusión en "e-Clado" iniciada estos días y motivada al menos en parte por el anuncio de la disponibilidad de financiamiento para el uso de códigos de barras de DNA, allá en Argentina.

Acá en México, también estamos estamos sorprendidos por la benevolencia de CONACYT ofreciendo tanto dinero para que se hagan códigos de barras de DNA [link]. Ante una tendencia continua y cada vez mas preocupante de menor dinero disponible para los taxónomos, este financiamiento viene al investigador ahogado como una bocanada de aire (no importa que sea tan contaminado, como el de la Cd de Mexico!). Obviamente aplican las mismas preguntas planteadas en Argentina.
Transcribo aquí la invitación de Claudia Szumick con el objetivo que los lectores de este blog sigan y participen en la interesante discusión en "e-Clado".

Recientemente, por varias vías (e-groups, correos personales o de trabajo) y TAMBIEN por el e-group de clado hemos estado recibiendo un montón de propaganda e información (enviados por Martín Ramírez) sobre un nuevo
llamado del IBOL.

Y qué es el IBOL?

"Fondo iBOL Argentina, destinado a la difusión de la tecnología del código de barras de ADN para la identificación de especies"

Este llamado del IBOL financiado por Conicet, Fundación Williams, y otros, es
aparentemente administrado, coordinado y evaluado por el MACN. Financia salidas de campo, para identificación a nivel específico de grupos particulares de eukariotas y la extracción de tejido para el proyecto IBOL.

Este bombardeo propagandístico puede entenderse porque la gente del IBOL debe asegurarse de que todos los potenciales interesados tengan acceso a la información y puedan presentarse.

Sin embargo queda una sensación extraña, se toman muchas cosas como dadas y ya no sujetas a discusión, sin espacio alguno para reflexionar o discutir.

Las dudas que esta situación me genera las resumen perfectamente Jorge Crisci y Liliana Katinas en su nota reciente de Ciencia Hoy (réplica a la nota de Tubaro y Astarloa). Crisci y Katinas hablan sobre los peligros de la "hegemonía"; lo que más me llamó la atención es que ellos marcan que el programa de barcote implica:

1. un programa de investigación reduccionista que ignora muchos aspectos de la biología organísmica;

2. una disminución del trabajo taxonómico, disminución que afecta la conservación de la biodiversidad; y

3. un clima intelectual que margina a aquellos que tienen otros puntos de vista.

Creo no ser la única en preguntarme qué habría pasado si, en lugar de esto, el
CONICET y Williams y otros hubieran financiado a estudiantes avanzados e
investigadores para pequeñas campañas que cubran baches de información en plantas, animales, hongos, etc.? Cuánto habría sido el avance del conocimiento taxonómico en ese caso? Lo que implica: una vez más, nos despeinaron sin aviso a los taxónomos?

Por qué es ahora política institucional del CONICET apoyar y financiar este tipo de actividades?
Por qué los adeptos al barcode lograron que el CONICET apoyara esto como lo apoya, cuando el CONICET jamás consideró en su agenda con tanta generosidad a taxónomos y sistemáticos ...

Quisiera abrir acá el debate, porque me interesa saber qué piensa de este tema la gente que participa de este e-group.

Incluyo la nota de Ciencia Hoy donde están los defensores de esta técnica, así como la nota sobre los peligros de la "hegemonía" de Crisci y Katinas.

http://arbol.uniandes.edu.co/Archivos/Tubaro-Que%20bicho%20es.pdf

obviamente, existe además una larga lista de papers sobre los problemas
metodológicos y teóricos de esta nueva "técnica". Dejo esta parte a otro que quiera incluir esos papers.

Saludos cordiales,

Claudia
--
Claudia Szumik
INSUE-CONICET
Miguel Lillo 205 - CP4000
Tucumán - Argentina
0381-4232965