Software y algoritmos. Realidad, Cuasi-Realidad o Subjetividad

Actualmente muchos investigadores se dedican a buscar "mejores" metodos y disenan software con el proposito de "optimizar" los resultados de las relaciones filogeneticas que se derivan de una matriz de estados de caracteres.

Mi duda es: Cual es la referencia corroborativa que se tienen en cuenta para afirmar que un algoritmo o un software determinado representa mejor que otro las verdaderas relaciones filogeneticas (relaciones naturales producto de su evolucion) existentes entre los miembro del grupo objeto de estudio (grupo interno). Dicho de otro modo, estamos tratando de explicar relaciones naturales (reales pero desconocidas por supuesto pues es lo que estamos tratando de explicar) a traves de algoritmos matematicos que han sido creados. Como tener un referente a partir de estos elementos para decir que una topologia A (hipotesis A) a la cual hemos llegado a traves de el software 1 con el grupo externo C, representa mejor la evolucion del grupo interno X que otra topologia B (hipotesis B) a la cual se llega a traves del software 2 con el grupo externo D. Siendo por supuesto la topologia A y B diferentes incluso si el grupo externo es igual para ambos procesos y solo cambian el software utilizado.

No existe en esto una dosis mas o menos alta de subjetividad?

Invitación: Tesis en Filogenética

Se invita a todos, profesores, investigadores y estudiantes a anunciar aquí su trabajo de tesis a todos los niveles con temas afines a la filogenética (sistemática, biogeografía, ecología evolutiva, etc). Podrán incluirse en este registro las Tesis de cualquier nivel (Licenciatura o pre-grado. Maestría y Doctorado) que se relacionen con cualquier aspecto de la filogenética (en su sentido más amplio).
Dos opciones para publicar los resumenes.
Una es usar el formulario aqui. Su resumen es enviado y el Editor en unos dias lo pone en linea en este blog.

Otra opción si Ud ya esta registrado como colaborador en este blog es publicar directamente una "nueva entrada". Para ello, sugiero que en el campo del titulo de la "entrada" escriban
El titulo completo de la tesis (en el idioma original).

y en el campo de contenido, las primeras lineas de texto pueden escribir la referencia bibliográfica completa de la tesis.
En un párrafo nuevo inserten el resumen.
Cualquier otro dato, palabras clave, comentarios, gráficas, esquemas o fotografías pueden agregarse al final.
La etiqueta sugerida es: Tesis en Filogenética. Desde luego que pueden usar adicionalmente otras etiquetas.

Anteriormente, se había iniciado la compilación de Tesis en Filogenética y se publicaron unas cuantos resúmenes en la pag web: http://www.filogenetica.org/TesisEnFilogenetica.htm.
Esas tesis las he transferido aqui al blog y pueden considerarse como ejemplos para los formatos deseables. El sistema anterior de publicación dependía de enviar el texto por correo electrónico y después lo ponía en linea. Ahora con el blog, el colaborador podrá publicar y editar directamente su texto y gráficos en linea!

Que les parece? Ojala en el transcurso de las siguientes semanas veamos sus colaboraciones. Profesores, pidan a sus estudiantes que den a conocer sus tesis!
Saludos!

Sistemática molecular de especies del género Astragalus (Fabaceae) distribuidas en el centro de México

Salgado Hernández, Esmeralda. 2006.. Sistemática molecular de especies del género Astragalus (Fabaceae) distribuidas en el centro de México . Tesis de grado Licenciatura, Universidad Autonóma del estado de Hidalgo.Pachuca Hgo. México.

Resumen: Se investigó la posición filogenética de diez de las 12 especies del género Astragalus (Fabaceae) reportadas para el centro de México, mediante un análisis cladístico de secuencias de la región del espaciador interno transcrito (ITS) del DNA ribosomal del núcleo. Seis de las especies recolectadas pertenecen a la sección Strigulosi y las cuatro especies restantes pertenecen a otras secciones del género. Las secuencias de las especies del centro de México fueron analizadas junto con otras disponibles en el GenBank. Los resultados obtenidos indican que las especies del centro de México (n = 11 y 15) son miembros del clado de "Neo-Astragalus", en donde se encuentran todas las especies aneuploides con distribución en Norteamérica y Sudamérica. El clado de Neo-Astragalus presentó tres clados resueltos en el consenso estricto y el resto de las especies fueron politómicas. Las seis especies de la sección Strigulosi con distribución en el centro de México se encontraron en uno de los tres clados resueltos en Neo-Astragalus junto con ocho especies de Sudamérica, una especie de la sección Quinqueflori (A. aff. quinqueflorus), una especie de la sección Hypoleuci (A. hypoleucus) y dos especies de la sección Leptocarpi (A. arizonicus, A. nothoxys). Dos especies (A. cobrensis y A. rusbyi) de la sección Strigulosi, cuya secuencia se obtuvo del GenBank, se encontraron fuera del clado en el que están todas las especies de la sección con distribución en el centro de México. Las especies A. wootonii y A. mollissimus recolectadas en el centro de México se incluyeron en el segundo clado resuelto en Neo-Astragalus. La posición filogenética de estas especies fue apoyada por un carácter morfológico del fruto. También se delimitó a las especies A. strigulosus, A. guatemalensis. A. lyonnetii, A. micranthus, A. hypoleucus y A. mollissimus, para esto se consideró el concepto filogenético de especie y la formación de grupos monofiléticos, parafiléticos y polifiléticos..

Palabras clave: Astragalus, nrDNA ITS, Neo-Astragalus, Filogenia, especie.

Disciplina: Sistemática,

Grupo Taxonómico: Angiospermas