Hoy en PhyloSeminar: Consistency properties of species tree inference algorithms under the multispecies coalescent

Noah Rosenberg
February 24th, 13h PST
http://phyloseminar.org/

Abstract:
The topologies of gene trees that evolve along the branches of a
species tree need not match the species tree topology. As a result of
this discordance, when gene tree evolution is assumed to follow a
"multispecies coalescent" model, simple phylogenetic algorithms can
exhibit peculiar statistical inconsistencies in inferring species
trees. This talk will examine the statistical consistency under the
multispecies coalescent of several algorithms - based on consensus
trees, ranked gene trees, and the "minimize deep coalescences"
algorithm. A summary will be presented of the known consistency
properties of the various algorithms.

PhyloSphere: un servicio para compartir enlaces web

Con tantos sitios web y recursos en linea con contenido filogenético, es difícil navegar en internet para encontrar los contenidos. Entonces en vez de visitar sitio tras sitio, lo mejor es recibir encabezados de los contenidos con enlaces a los sitios web de su interes. Lo que es mejor aun: comparta los enlaces a sitios interesantes que encuentra. PhyloSphere es un servicio de agregación ("feed") que permite compartir enlaces a contenidos web.

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El sitio Filogenetica.org tiene nueva cara

El sitio web Filogenetica.org se ha renovado. Lo que empezó a mediados del 2006 se ha convertido en un canal de comunicación y un sitio de información para la comunidad filogenética en nuestro idioma. Espero que este cambio sea bienvenido.
Uno de los cambios más importantes es también la gestión de contenido. Ahora con Joomla! será posible la participacion de los interesados, investigadores y estudiantes. Podrán cambiar y enriquecer el contenido del sitio. Solo debe registrarse una vez y tendrá acceso a subir contenido. Ojala esto funcione para beneficio de la comunidad.

Lo destacado en la literatura reciente

Phylogenetic morphometrics (I): the use of landmark data in a phylogenetic framework
Santiago A. Catalano a,b,* , Pablo A. Goloboff a,c and Norberto P. Giannini a,d

a Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas ; b Fundación Miguel Lillo, Miguel Lillo 251, 4000 S.M. de Tucumán, Argentina ; c Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo, Miguel Lillo 205, 4000 S.M. de Tucumán, Argentina ; d Programa de Investigaciones de Diversidad Biológica Argentina, Facultad de Ciencias Naturales, Miguel Lillo 205, 4000 S.M. de Tucumán, Argentina
*Corresponding author:

Cladistics 26: (2010).
Published Online: 28 Jan 2010

ABSTRACT

A method for the direct use of aligned landmark data (2D or 3D coordinates of comparable points) in phylogenetic analysis is described. The approach is based on finding, for each of the landmark points, the ancestral positions that minimize the distance between the ancestor/descendant points along the tree. Doing so amounts to maximizing the degree to which similar positions of the landmarks in different taxa can be accounted for by common ancestry, i.e. parsimony. This method requires no transformation of the aligned data or the results: the data themselves are the x, y, z coordinates of the landmarks, and the output of mapping a character onto a given tree is the x, y, z coordinates for the hypothetical ancestors. In the special case of collinear points, the results are identical to those of optimization of (continuous) additive characters.

Accepted 21 November 2009
DIGITAL OBJECT IDENTIFIER (DOI)
10.1111/j.1096-0031.2010.00302.x About DOI