Estudios filogenéticos de la familia Thuidiaceae (Bryophyta)

García-Avila, D. 2009. Estudios filogenéticos de la familia Thuidiaceae (Bryophyta). Tesis de Doctorado. Instituto de Ecología, AC. Xalapa, Veracruz. México.

En esta tesis se presenta una visión cladística de las relaciones filogenéticas de la familia Thuidiaceae mediante análisis de secuencias de ADN de tres regiones del genoma del cloroplasto. La problemática taxonómica de esta familia se ha abordado mediante el análisis de caracteres morfológicos y herramientas de taxonomía clásica. El principal problema ha sido el límite de la familia Thuidiaceae, ya que frecuentemente se ha asociado y desasociado de la familia Leskeaceae. Los caracteres moleculares analizados demuestran que la familia Thuidiaceae contiene a los géneros Thuidium, Pelekium, Aequatoriella y Thuidiopisis y que Leskeaceae es parafilética.

Se secuenció una región intergénica (rps4-trnS) que nunca se había usado en musgos pleurocarpos en los análisis filogenéticos. Este marcador molecular incrementó el número de caracteres informativos brindando resolución a las filogenias moleculares. Los problemas de alineamiento que presentan las regiones no codificadoras del genoma llevó a la evaluación de diferentes alineamientos provenientes de diferentes esquemas de penalizaciones de “gaps” y tipo de homología. En esta tesis doctoral se propone utilizar el método estadístico de selección de modelos como una estrategia de evaluación de hipótesis de alineamiento. La metodología que se propone es novedosa pues clásicamente se ha evaluado el alineamiento a posteriori considerando atributos combinados del alineamiento y su relación con los árboles como hipótesis filogenéticas, y no las propiedades del alineamiento en sí.

Filogenia, Alometría y Evolución de las especies de Puya subgénero Puya (Bromeliaceae).

Hornung-Leoni, C. 2005. Filogenia, Alometria y Evolución de las especies de Puya subgénero Puya (Bromeliaceae). Tesis de Doctorado. Instituto de Ecología AC. Xalapa, México.

Aunque la familia Bromeliaceae ha mostrado ser monofilética, existen conflictos en la ubicación de algunos géneros, como Puya Molina, que muestra distribución principalmente en los andes suramericanos y agrupa alrededor de 195 especies. El género ha sido dividido taxonómicamente en dos subgéneros, Puyopsis (187 spp) y Puya (8 spp). En este trabajo se realizón un análisis filogenético con base en caracteres morfológicos, para determinar si el subgénero Puya es un grupo monofilético y para explorar si el carácter que define al subgénero, ápice estéril de las ramas de la inflorescencia, es una sinapomorfía para el grupo. Los resultados muestran que si es un grupo natural y está soportado por varias sinapomorfías dentro de las cuales está el carácter diagnóstico del subgénero.

Otro aspecto interesante en Puya es la diferencia en tamaño, dado que las plantas varían desde 1 hasta 10 m de altura. En este estudio se realizó un análisis alométrico para determinar si existe un efecto de tamaño y forma como patrón de respuesta que explique dichas diferencias. Se estudiaron especies representativas del género Puya para determinar su hay relaciones alométricas entre las partes vegetativas y florales, y si existe correlación entre el tamaño y diversos factores como polinización, elevación y latitud, que expliquen las diferencias en tamaño. Se consideraron las variables altura de la planta, longitud de la hoja e inflorescencia, así como la longitud de los sépalos y pétalos, y se incluyó el tipo de polinizador (en los casos en que es conocido) para realizar análisis univariados y multivariados. Los resultados muestran que los caracteres estudiados están correlacionados con un componente de tamaño. A su vez se encontró que existe alometría, positiva para la longitud de los sépalos y pétalos, y negativa para longitud de la hoja. El tamaño de la inflorescencia es un carácter isométrico. No se encontró correlación entre el tamaño de la planta con la elevación y latitud. El único carácter correlacionado con tipo de polinizador resultó ser la longitud de los pétalos. En Puya se encontraron varios patrones alométricos. Plantas pequeñas con flores pequeñas están correlacionadas con una polinización por insectos, mientras que plantas medianas-grandes con aves y murciélagos.

Puya raimondii es la especie más grande de toda la familia, y ha sido poco estudiada debido a su floración prolongada y su condición monocárpica. En este trabajo se cuantificó y se identificaron los componentes químicos del néctar así como se observaron los visitantes florales que van en busca de este rico recurso ofrecido en dos localidades de la Puna peruana. Uno de los principales visitantes florales es el colibrí gigante, Patagona giga, a su vez se encontraron otros colibríes de menor tamaño. El néctar está compuesto por glucosa, fructosa, sucrosa, manosa, xilosa y derivados de la xilosa. También se encontró el aminoácido alanina. El néctar de Puya raimondii es producido en gran cantidad, suficiente para sostener un grupo de aves. La predominancia de esta especie en la puna y su gran producción de néctar hace de Puya raimondii un oasis de néctar.

Analisis Filogenetico de 5 Familias de Micromurcielagos en la Cuenca del Lago de Cuitzeo Michoacan Mexico

HERNANDEZ JIMENEZ, ARMANDO. 2008. Analisis Filogenetico de 5 Familias de Micromurcielagos en la Cuenca del Lago de Cuitzeo Michoacan Mexico. Tesis de Licenciatura, Centro Multidiciplinario de estudios en Biotecnologia, Universidad Michoacana de San Nicolas De Hidalgo. Morelia, Michoacan Mexico. 68 pp., ripsus@hotmail.com

Los quirópteros forman, después de los roedores, el segundo orden mas grande de los mamiferos, este orden incluye casi un cuarto de la diversidad de todos los mamiferos conocidos actualmente (916 especies). A pesar de la importancia de estos, sus relaciones evolutivas han permanecido escasamente estudiadas. Se analizo ADN con Marcadores Inter Simple Sequence Repeat (ISSR) para determinar las relaciones filogeneticas y de similitud entre 45 individuos capturados, de 15 especies pertenecientes a 5 familias: Molossidae, Vespertilionidae, Phylostomidae, Mormooptidae y Natalidae; Esta determinacion se baso en 172 loci obtenidos con 6 oligonucleotidos diseñados de forma aleatoria. Los dendogramas obtenidos por diferentes metodos mostraron una topologia poco consistente definida por clados debilmente soportados mostrando un alto grado de parafilia, concluyendo en la presencia de homoplasia demostrada por los valores de indice de consistencia (0.1652) e indice de homoplasia (0.8348) sugiriendo que el orden quiroptera representa un grupo complejo con muchos retos en cuanto a filogenia que requiere investigacion adicional.
Quiropteros ISSR Filogenia Sistematica Cordados 2008-06-26 13:57:25

Evaluacion de algunas regiones del ADNmt para analizar relaciones filogeneticas y variabilidad genetica en Cynomys mexicanus y Spermophilus spilosoma

Guevara-Chumacero, Luis Manuel. 2004. Evaluacion de algunas regiones del ADNmt para analizar relaciones filogeneticas y variabilidad genetica en Cynomys mexicanus y Spermophilus spilosoma (Rodentia: Sciuridae), Tesis de Maestria en Biolog1a, Division de Ciencias Biologicas y de la Salud, UAM Iztapalapa. Mexico D.F. e-mail: lmgc1@yahoo.com
Sistematica Resto de Animales 2008-04-29 01:57:15

Invitación: Tesis en Filogenética

Se invita a todos, profesores, investigadores y estudiantes a anunciar aquí su trabajo de tesis a todos los niveles con temas afines a la filogenética (sistemática, biogeografía, ecología evolutiva, etc). Podrán incluirse en este registro las Tesis de cualquier nivel (Licenciatura o pre-grado. Maestría y Doctorado) que se relacionen con cualquier aspecto de la filogenética (en su sentido más amplio).
Dos opciones para publicar los resumenes.
Una es usar el formulario aqui. Su resumen es enviado y el Editor en unos dias lo pone en linea en este blog.

Otra opción si Ud ya esta registrado como colaborador en este blog es publicar directamente una "nueva entrada". Para ello, sugiero que en el campo del titulo de la "entrada" escriban
El titulo completo de la tesis (en el idioma original).

y en el campo de contenido, las primeras lineas de texto pueden escribir la referencia bibliográfica completa de la tesis.
En un párrafo nuevo inserten el resumen.
Cualquier otro dato, palabras clave, comentarios, gráficas, esquemas o fotografías pueden agregarse al final.
La etiqueta sugerida es: Tesis en Filogenética. Desde luego que pueden usar adicionalmente otras etiquetas.

Anteriormente, se había iniciado la compilación de Tesis en Filogenética y se publicaron unas cuantos resúmenes en la pag web: http://www.filogenetica.org/TesisEnFilogenetica.htm.
Esas tesis las he transferido aqui al blog y pueden considerarse como ejemplos para los formatos deseables. El sistema anterior de publicación dependía de enviar el texto por correo electrónico y después lo ponía en linea. Ahora con el blog, el colaborador podrá publicar y editar directamente su texto y gráficos en linea!

Que les parece? Ojala en el transcurso de las siguientes semanas veamos sus colaboraciones. Profesores, pidan a sus estudiantes que den a conocer sus tesis!
Saludos!

Sistemática molecular de especies del género Astragalus (Fabaceae) distribuidas en el centro de México

Salgado Hernández, Esmeralda. 2006.. Sistemática molecular de especies del género Astragalus (Fabaceae) distribuidas en el centro de México . Tesis de grado Licenciatura, Universidad Autonóma del estado de Hidalgo.Pachuca Hgo. México.

Resumen: Se investigó la posición filogenética de diez de las 12 especies del género Astragalus (Fabaceae) reportadas para el centro de México, mediante un análisis cladístico de secuencias de la región del espaciador interno transcrito (ITS) del DNA ribosomal del núcleo. Seis de las especies recolectadas pertenecen a la sección Strigulosi y las cuatro especies restantes pertenecen a otras secciones del género. Las secuencias de las especies del centro de México fueron analizadas junto con otras disponibles en el GenBank. Los resultados obtenidos indican que las especies del centro de México (n = 11 y 15) son miembros del clado de "Neo-Astragalus", en donde se encuentran todas las especies aneuploides con distribución en Norteamérica y Sudamérica. El clado de Neo-Astragalus presentó tres clados resueltos en el consenso estricto y el resto de las especies fueron politómicas. Las seis especies de la sección Strigulosi con distribución en el centro de México se encontraron en uno de los tres clados resueltos en Neo-Astragalus junto con ocho especies de Sudamérica, una especie de la sección Quinqueflori (A. aff. quinqueflorus), una especie de la sección Hypoleuci (A. hypoleucus) y dos especies de la sección Leptocarpi (A. arizonicus, A. nothoxys). Dos especies (A. cobrensis y A. rusbyi) de la sección Strigulosi, cuya secuencia se obtuvo del GenBank, se encontraron fuera del clado en el que están todas las especies de la sección con distribución en el centro de México. Las especies A. wootonii y A. mollissimus recolectadas en el centro de México se incluyeron en el segundo clado resuelto en Neo-Astragalus. La posición filogenética de estas especies fue apoyada por un carácter morfológico del fruto. También se delimitó a las especies A. strigulosus, A. guatemalensis. A. lyonnetii, A. micranthus, A. hypoleucus y A. mollissimus, para esto se consideró el concepto filogenético de especie y la formación de grupos monofiléticos, parafiléticos y polifiléticos..

Palabras clave: Astragalus, nrDNA ITS, Neo-Astragalus, Filogenia, especie.

Disciplina: Sistemática,

Grupo Taxonómico: Angiospermas

Filogenia del género Pachycereus (Pachycereeae, Cactaceae)

Arias Montes, Angel Salvador. 2002. Filogenia del género Pachycereus (Pachycereeae, Cactaceae). Tesis de Doctorado, Instituto de Recursos Naturales, Colegio de Postgraduados. Montecillo, Texcoco. México. 185 pp.

Resumen: Se desarrolló una hipótesis filogenética para el género Pachycereus (A. Berger) Britton & Rose con el propósito de fundamentar la monofilia del género, basada en la clasificación más reciente que propone 12 especies más una descrita recientemente. 30 taxa se\r\nanalizaron mediante el método de la cladística Y bajo el criterio de parsimonia. Las fuentes de información filogenética utilizadas fueron la morfología Y las secuencias génicas. Los caracteres morfológicos empleados fueron del tallo, flor, fruto y semilla, así como anatomía del tallo. Caracteres de la madera y la semilla se exploraron con particular interés, encontrando pocos caracteres filogenéticamente informativos. Se evaluaron 42 caracteres morfológicos en total. Fueron analizadas tres secuencias génicas, de las cuales dos son genes del cloroplasto (intron trnL y espaciador trnL-F, intron rpl16) y una es nuclear (ITS). Los resultados usando las dos fuentes por separado y combinadas (evidencia total) indicaron que: (a) la subtribu Pachycereinae sólo puede ser monofilética si se incluyen dos especies de Stenocereus: S. aragonii y S. eichlamii; (b) el género Pachycereus no es monofilético de acuerdo con la clasificación más reciente; (c) Pachycereus hollianus y P. lepidanthus forman un grupo basal en la subtribu Pachycereinae y no pertenecen al género Pachycereus; (d) Pachycereus fulviceps está relacionada con los géneros Cephalocereus y Neobuxbaumia y no con otros miembros del género Pachycereus; (e) se define un clado con 13 especies al que se le llamo informalmente grupo Pachycereus. En este grupo se resuelve un clado con cinco especies (P. grandis, P. pecten-aboriginum, P. pring/ei, P. tepamo y P. weben), que se define como monofilético con dos sinapomorfias morfológicas: un surco interareolar y la forma de la flor tipo G. Este grupo de cinco especies integran el género Pachycereus y se sugiere que Carnegiea es su género hermano. Pachycereus gatesii, P. schottii y P. marginatus se definen en un clado bien apoyado al cual se le llama género ophocereus. Stenocereus aragonii y S. eich/amii forman un clado al cual se le aplica el nombre genérico de Marshallocereus. Pachycereus gaumeri y P. mi/itaris son divergentes dentro del grupo y con las evidencias presentadas se considera apropiado restablecer los\r\ngéneros Pterocereus y Backebergia. Se presenta un tratamiento taxonómico para el género Pachycereus, redefiniendo el número de especies con base en el análisis filogenético, una clave de identificación y las descripciones para cada especie. Se señalan las especies a excluir del género Pachycereus.

Palabras clave: anatomia, semillas, cladistica, taxonomia.

Disciplina: Sistemática.

Grupo taxonómico: Angiospermas.

RELACIONES FILOGENTICAS EN PSOROPHORA ROBINEAU-DESVOIDY (DIPTERA: CULICIDAE) POR MEDIO DE METODOS CLADISTICOS

LIRIA SALAZAR, JONATHAN. 2002. RELACIONES FILOGENTICAS EN PSOROPHORA ROBINEAU-DESVOIDY (DIPTERA: CULICIDAE) POR MEDIO DE METODOS CLADISTICOS. Trabajo Especial de Grado (Maestría). Postgrado en Entomología, Facultad de Agronomia. Universidad Central de Venezuela. Maracay-Estado Aragua, VENEZUELA. 113p.

Resumen: Se determinaron las relaciones filogenéticas en el género Psorophora con base al análisis cladístico de 66 caracteres morfologícos (L4, pupas, machos y hembras) en 29 especies de las 45 reportadas en este taxón. El grupo interno utilizado incluye tres subgéneros: Cinco de Psorophora, siete de Grabhamia, y doce de Janthinosoma. Como grupos externos y hermanos se utilizaron dos géneros de Culicini (Culex y Toxorhynchites) y dos géneros de Aedini (Aedes y Haemagogus), y un Mansoniini (Mansonia), respectivamente. En el análisis parsimonioso se utilizó NONA/WINCLADA obteniéndose 11 árboles de 164 pasos de longitud (IC=0,66 e IR=0,83). La hipótesis muestra a Aedini (Haemagogus, Aedes y Psorophora) como grupo monofilético incluyendo a Mansonia titillans (Mansoniini), sugiriendo la inclusión de este taxón en Aedini como grupo natural. La monofilia del género Psorophora es soportada por tres sinapomorfías: Larva con peine del segmento VIII en forma de tridente, hembra con tergo y externo VIII con estructuras tipo barra, y genitales masculinos con pocos dientes en el proceso del esternito X. Los clados de los subgéneros Psorophora, Grabhamia, y Janthinosoma fueron soportados por cuatro, tres y dos sinapomorfías respectivamente, validando la clasificación subgenérica. Sin embargo en Grabhamia y Janthinosoma se apreciaron politomías internas, por lo cual las relaciones evolutivas no fueron explicadas.

Abstract: Phylogenetic relationships in the genus Psorophora were examined based on a cladistic analysis of 66 morphological characters (fourth instar larvae, pupae, males and females) of 29 species available from the 45 species reported in the genus, representing the three subgenera. The ingroup species were: five Psorophora (10 spp total, 50%), seven Grabhamia (15 spp total, 47%) and twelve Janthinosoma (20 spp total, 60%). Two Culicini genera (Culex and Toxorhynchites), two Aedini genera (Aedes and Haemagogus), and one Mansoniini (Mansonia) were used as outgroups and sister groups respectively. A parsimony analysis using NONA/WINCLADA resulted in 11 trees, each with 164 steps (CI = 0.66 and RI = 0.83). The analysis indicated that Aedini (Haemagogus, Aedes and Psorophora), is monophyletic group that includes Mansonia titillans (Mansoniini), suggesting natural inclusion of the Mansoniini tribe with Aedini. The genus Psorophora is monophyletic, supported by 3 synapomorphies: larvae with presence of trident-like scales in segment VIII; female with tergo and sternum VIII with rod-like structure and male genitalia with few teeth on the sternite process on segment X. The current subgeneric classification was validated by our results. The clades representing the subgenera Psorophora, Grabhamia and Janthinosoma were supported by four, three and two synapomorphies respectively. However, within Grabhamia and Janthinosoma, internal polytomies were observed leaving the internal evolutionary relationships unresolved.

Palabras clave: Aedini, cladistica, mosquitos, Mansoniini, morfología.

Disciplina: Sistemática.

Grupo taxonómico: Insectos Culicidae.

Bases metodológicas del uso de Grupo Externo en los análisis cladísticos

Keller Pérez, Roberto Andrés. 1998. Bases metodológicas del uso de Grupo Externo en los análisis cladísticos. Tesis de Licenciatura, Facultad de Ciencias, UNAM. México DF. México. 81 pp.

El objetivo de este trabajo es muy concreto: entender las bases metodológicas del MGE bajo los estándares de la teoría cladista actual. Los capítulos primero y segundo tratan principalmente la parte teórica y operacional del método. En el primer capítulo se describe la manera en que opera el MGE y se discute las suposiciones de trabajo, las condiciones que el método requiere y sus resultados. En el segundo capítulo se explora la relación que el MGE tiene con el criterio de parsimonia, como concepto fundamental en la reconstrucción filogenética. Cada capítulo presenta una discusión alrededor de una idea particular y, por lo tanto, existe como una pieza independiente con su introducción, desarrollo, conclusiones y bibliografía. No obstante, todos los capítulos están unidos bajo los temas de la polaridad y el MGE. El orden que guardan estos dos capítulos es irrelevante para su lectura, aunque ambos se apoyan mutuamente uno en el otro. Sin embargo, el tercer capítulo no puede leerse de la misma forma que los dos anteriores. En este capítulo, a diferencia de los otros, no se realiza un análisis profundo de una idea, sino que se hace una revisión general de los métodos para polarizar caracteres.