PHYLOGENY AND BIODIVERSITY: INTEGRATING SYSTEMATIC, GEOGRAPHIC, AND PHYLOGENETIC INFORMATION FOR ECOLOGY AND CONSERVATION

Taller de postgrado
PHYLOGENY AND BIODIVERSITY: INTEGRATING SYSTEMATIC, GEOGRAPHIC, AND PHYLOGENETIC INFORMATION FOR ECOLOGY AND CONSERVATION.

Docentes:
Brent Mishler,  Bruce Baldwin, David Ackerly.
Department of Integrative Biology, University of California, Berkeley.

Lugar: Universidad de Chile, Santiago, Chile.
Fecha: 17 -19 de Noviembre 2014

El taller mismo se realizará los días 17 y 18, finalizando con un seminario abierto de cierre, el día 19 de Noviembre.
Temáticas a abordar:

• Importancia de la clasificación filogenética en conservación
• Basesde datos y su importancia en evaluación y conservación de flora.
• Ejemplos de su implementación y uso (Jepson eFlora Project)
• Índices basados en filogenias para cuantificar biodiversidad
• Diversidad y endemismo filogenético, paleo versus neo endemismo.
• Modelos de distribución de especies y su interacción con los modelos evolutivos

Taller práctico para el uso de software: Phylocom, Picante, Biodiverse.

Cupos limitados. Los interesados favor enviar Curriculum Vitae y carta de interés al mail rscherson@uchile.cl antes del 3 de Noviembre.
 Importante: Los asistentes al taller deberán llevar su propio computador personal. Los software a utilizar serán de acceso libre y se detallarán a los seleccionados para ser descargados antes del taller.

El taller es gratuito, sin embargo los gastos de viaje y estadía deberán ser cubiertos por los interesados.

Convocatoria para hacer Codigos de ADN, Mexico

Se ha dado a conocer en México la convocatoria del CONACYT para la "Integración de las Redes Temáticas CONACYT de Investigación 2009".
La convocatoria esta dirigida a investigadores, tecnólogos, empresarios y demás personas interesadas en participar en alguna de las Redes Temáticas CONACYT de Investigación. Estará vigente hasta el 18 de septiembre de 2009.

El objeto de esta convocatoria es:

"Promover la incorporación de investigadores y personas interesadas en la conformación de las Redes Temáticas y fortalecer la construcción y desarrollo de las mismas, entre los grupos de investigación científica y tecnológica en las instituciones de educación superior, en los centros de investigación, empresas y/o laboratorios nacionales de todo el país, en áreas estratégicas para alcanzar soluciones articuladas y estructuradas que contribuyan al desarrollo nacional y al bienestar de su población en las áreas temáticas que el Consejo Asesor de Redes Temáticas ha aprobado."

Relevante para nuestra comunidad es el párrafo tres de la Convocatoria:

"Código de Barras de la Vida: Biología Molecular y Sistemática; Generación de códigos de barras de ADN para las especies de plantas, animales y hongos; Códigos de barras de las colecciones biológicas y herbarios; Aplicaciones de los códigos de barras para el reconocimiento de especies que sirven como marcadores biológicos, parásiots y plagas; Aplicación de los códigos de barras en especies de interés económico y en conservación de la biodiversidad; Reconocimiento de los ámbitos de distribución de las especies utilizando los códigos de barras; Códigos de barras para reconocer la ontogenia de especies con metamorfosis; Uso de los códigos de barras para la explotación sustentable de especies; etc."

El financiamiento ofrecido incluye:

a) Estancias académicas para investigadores y estudiantes incluidas en el Programa General de Trabajo establecido y justificado
b) Gastos para el desarrollo de trabajos de campo, para el diagnóstico del tema.
c) Gastos de organización de eventos académicos sobre el tema y que contemplen la formación de Recursos Humanos (Simposio, escuelas, talleres etc.).
d) Gastos de los investigadores (viáticos y pasajes).
e) Becarios.
f) Gastos relacionados con las reuniones de los miembros de la Red Temática.
g) Pago de servicios profesionales externos o de apoyo consultivo.
h) Ediciones e impresiones de libros para divulgación de los resultados, relacionados a la línea temática de la Red Temática.
i) Operación y mantenimiento de un portal y páginas informativas incluyendo las bases de datos.
j) Trámites para el registro de la propiedad intelectual a nivel nacional y/o internacional, derivados del proyecto de la Red Temática. Los costos de las patentes y su mantenimiento deberán ser cubiertos por la institución que tenga la titularidad de esos derechos.
k) En casos excepcionales se dará a poyo para adquisición de infraestructura

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Sitio web: http://www.conacyt.gob.mx/Fondos/Institucional/RedesTematicas/Index_RedesTematicas.html

Filogenia de Puntas de Projectil de la Puna de Salta, Argentina

Quise adjuntar un archivo pdf de un trabajo que recientemente se ha publicado....

TEMPORAL TRENDS IN THE MORPHOMETRIC VARIATION OF THE LITHIC PROJECTILE POINTS DURING THE MIDDLE
HOLOCENE OF SOUTHERN ANDES (PUNA REGION) – A COEVOLUTIONARY APPROACH
Marcelo CARDILLO
Departamento de Investigaciones Prehistóricas y Arqueológicas (DIPA-IMHICIHU) CONICET. Saavedra 15. 5to piso

Abstract: The focus of this paper is to discuss theoretical and methodological issues regarding the study of artifact's morphometric variation, which to some extent can be considered as an outcome of three interrelated dimensions: a) prior history (heredability of a particular shape), b) adaptation to proximate requirements and c) design constraints (architectural restrictions). The methodology proposed here, is based on the application of metrical and non metrical techniques, as geometric morphometrics. The last one, and the principal focus of this paper, allows us to perform shape and form analysis, treating these two variables independently one from the other. Based from the analysis of a small sample of middle Holocene projectiles lithiqués from the South Andes (Puna), we discuss here the potentials and limitations of the phylogenetic analysis over morphometric data. The results of this analysis suggest
that while some basic traits of the form and shape have changed in different ways through time, other have tended to endure.
Keywords: Canalization Morphometric phylogenies design evolution

El PDF esta AQUI >>>

Phylogenomics: hace diez años!!

Vol. 8, Issue 3, 163-167, March 1998

INSIGHT/OUTLOOK
Phylogenomics: Improving Functional Predictions for Uncharacterized Genes by Evolutionary Analysis
Jonathan A. Eisen¹
Genome Research -- Eisen 8 (3): 163

The ability to accurately predict gene function based on gene sequence is an important tool in many areas of biological research. Such predictions have become particularly important in the genomics age in which numerous gene sequences are generated with little or no accompanying experimentally determined functional information. Almost all functional prediction methods rely on the identification, characterization, and quantification of sequence similarity between the gene of interest and genes for which functional information is available. Because sequence is the prime determining factor of function, sequence similarity is taken to imply similarity of function. There is no doubt that this assumption is valid in most cases. However, sequence similarity does not ensure identical functions, and it is common for groups of genes that are similar in sequence to have diverse (although usually related) functions. Therefore, the identification of sequence similarity is frequently not enough to assign a predicted function to an uncharacterized gene; one must have a method of choosing among similar genes with different functions. In such cases, most functional prediction methods assign likely functions by quantifying the levels of similarity among genes. I suggest that functional predictions can be greatly improved by focusing on how the genes became similar in sequence (i.e., evolution) rather than on the sequence similarity itself. It is well established that many aspects of comparative biology can benefit from evolutionary studies (Felsenstein 1985), and comparative molecular biology is no exception (e.g., Altschul et al. 1989; Goldman et al. 1996). In this commentary, I discuss the use of evolutionary information in the prediction of gene function. To appreciate the potential of a phylogenomic approach to the prediction of gene function, it is necessary to first discuss how gene sequence is commonly used to predict gene function and some general features about gene evolution.

Filogenética en la lingüistica

The Austronesian Basic Vocabulary Database: from bioinformatics to lexomics
Simon J. Greenhill, Robert Blust and Russell D. Gray
Publication Date: 15 Oct 2008
Evolutionary Bioinformatics 2008:4

Abstract

Phylogenetic methods have revolutionised evolutionary biology and have recently been applied to studies of linguistic and cultural evolution. However, the basic comparative data on the languages of the world required for these analyses is often widely dispersed in hard to obtain sources. Here we outline how our Austronesian Basic Vocabulary Database (ABVD) helps remedy this situation by collating wordlists from over 500 languages into one web-accessible database. We describe the technology underlying the ABVD and discuss the benefits that an evolutionary bioinformatic approach can provide. These include facilitating computational comparative linguistic research, answering questions about human prehistory, enabling syntheses with genetic data, and safe-guarding fragile linguistic information.

¿que hay de comer?

Algunos organismos se alimentan de las especies de un grupo monofilético en particular, mientras que otros presentan menor sesgo filogenético. Nuestra especie parece ajustarse a la segunda categoría, lo que nos ubica cerca de los generalistas. Aunque los antropólogos conocen esto desde tiempo atrás, recientemente Proches et al 2008, decidieron probar ésto utilizando filogenias de plantas. Lo que encontraron es que nuestra dependencia de algunos taxa no es muy diferente de lo esperado al azar, posiblemente la biogeografía vegetal y no sesgos filogenéticos explican mejor nuestros patrones culinarios. Les comparto este artículo >>AQUÍ>> que aborda desde un punto de vista filogenético una de las preguntas más cotidianas ¿qué hay de comer?: Pues taxa no emparentados.

Filogenética en epidemiología

Phylogenetic Analysis as a Tool in Molecular Epidemiology of Infectious Diseases

Barry G. Hall and Miriam Barlow

Annals of Epidemiology
Volume 16, Issue 3, March 2006, Pages 157-169

"Phylogenetics is a powerful tool for microbial epidemiology, but it is a tool that is often misused and misinterpreted by the field. Microbial epidemiologists are cautioned that in order to draw any inferences about the order of descent from a common ancestor it is necessary to correctly root a phylogenetic tree. Epidemiological samples of microbial populations typically include both ancestors and their descendants. In order to illustrate the relationships of those isolates, the phylogenetic method used must be able to detect zero-length branches. Unweighted Pair-Group Method (UPGMA) is the phylogenetic method that is most widely used in microbial epidemiology. Because UPGMA cannot detect zero length branches, and because it places the root of the tree based on a usually-false assumption, UPGMA is the worst possible choice among the several phylogenetic methods available. Because microbial epidemiology deals with relationships among strains within a species, rather than with relationships among species, recombination within those species can render phylogenetic trees meaningless and positively misleading. When there is evidence of significant recombination within the species of interest phylogenetic trees should not be used at all. Instead, alternative tools such as eBURST should be used to understand relationships among isolates."