Preguntas de los lectores

1. ¿es posible usar como marcador evolutivo a los ARNm (solo exones) teniendo en cuenta que puede haber mucha variaciones debido al splicing alternativo?

2. ¿Conoces de otros sitios como CIPRES (http://www.phylo.org/) para analizar moderadas cantidades de secuencias?

Luis Tataje,
http://www.blogger.com/profile/07472607612141390238
Perú

Nuestros lectores quieren saber

Esta es una invitación a nuestros lectores para que envíen sus preguntas sobre temas de sistemática en general para publicarlas en esta sección del blog.

Una vez publicadas las preguntas esperamos que entre la comunidad surjan varias respuestas.

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¿Desaparece siempre el ancestro?

De acuerdo al principio de dicotomía utilizado para elaboración de los cladogramas, el ancestro solo puede dar lugar a dos descendientes en cada nodo de manera que la lectura de la topologia representada nos induce a pensar que este ancestro nunca sobrevive. ¿Refleja esto siempre la realidad? ¿El ancestro siempre desaparece? ¿No niega esto tanto la especiacion alopatrida como la simpatrida?

Software y algoritmos. Realidad, Cuasi-Realidad o Subjetividad

Actualmente muchos investigadores se dedican a buscar "mejores" metodos y disenan software con el proposito de "optimizar" los resultados de las relaciones filogeneticas que se derivan de una matriz de estados de caracteres.

Mi duda es: Cual es la referencia corroborativa que se tienen en cuenta para afirmar que un algoritmo o un software determinado representa mejor que otro las verdaderas relaciones filogeneticas (relaciones naturales producto de su evolucion) existentes entre los miembro del grupo objeto de estudio (grupo interno). Dicho de otro modo, estamos tratando de explicar relaciones naturales (reales pero desconocidas por supuesto pues es lo que estamos tratando de explicar) a traves de algoritmos matematicos que han sido creados. Como tener un referente a partir de estos elementos para decir que una topologia A (hipotesis A) a la cual hemos llegado a traves de el software 1 con el grupo externo C, representa mejor la evolucion del grupo interno X que otra topologia B (hipotesis B) a la cual se llega a traves del software 2 con el grupo externo D. Siendo por supuesto la topologia A y B diferentes incluso si el grupo externo es igual para ambos procesos y solo cambian el software utilizado.

No existe en esto una dosis mas o menos alta de subjetividad?

Polarizacion de caracteres y Papel del Grupo Externo

Como se realiza la polarización de los estados de los caracteres para definir cual de estos es el ancestral y cual el derivado? En ocasiones al leer literatura basica acerca de Cladistica me parece que una de las funciones del grupo externo es esta y que el proceso se realiza automáticamente a través del software seleccionado para el procesamiento de la matriz. Sin embargo, hay otros textos que explican procesos que me parecen basados en la experiencia del investigador y su criterio acerca de cual estado es ancestral y cual derivado.
¿Cual es el verdadero papel del grupo externo? He encontrado estudios de un mismo grupo en que los grupos externos son diferentes y por lo tanto los cladogramas presentan diferente topología. Pienso que a veces los investigadores manipulan la topología del cladograma cambiando el grupo externo.

Algoritmos de solucion de matrices filogeneticas

¿Cuales son los algoritmos matemáticos que utilizan los software cladisticos para resolver las matrices? Mi pregunta se basa en el hecho de que mientras en la TN es perfectamente conocible que las matrices son resueltas a través de índices de similitud o de distancias y no pueden consignarse signos como ? y - para denotar que no se conoce o no es evaluable el caracter, en el caso de las matrices resueltas a traves de software filogeneticos estos signos son perfectamente admisibles y evaluables, lo cual he supuesto debe ser interpretado de alguna forma por el algoritmo empleado en la solucion. Hasta el presente no he podido encontrar los algoritmos que se utilizan en la solución de las matrices filogenéticas en los diferentes progrmas como POY,TNT, HENNIG, Mc CLADE y otos tantos.

Diferencias entre Sistematicas

¿Cual es la diferencia fundamental entre la Sistemática Evolutiva (SE) fundada por Huxley, Mayr y Simpson, la Taxonomia Numérica (TN) de Sneath y Sokal (Dendrogramas) y la Sistemática Filogenética (SF) de Willi Hennig (Cladística)? Conozco que la TN basa sus análisis en el parecido fenotípico de las especies actuales sin considerar a los ancestros y que la SF considera las relaciones ancestrales de esas especies actuales a través de las sinapomorfias pero además de eso se habla en algunos textos de que las diferencias radican básicamente en si se consideran, especies, individuos, poblaciones, clases o tipos. Esta parte es la que no logro contextualizar además de que nos e me hace clara la diferencia en la SF y la SE.