Fast, Free Phylogenies: HPC for Phylogenetics Tutorial

Topic: High Performance Computing for Phylogenetics

Meeting dates: October 13-15, 2010

Location: NIMBioS at the University of Tennessee, Knoxville

Co-sponsors: NIMBioS, iPlant, and National Institute for Computational Sciences

Tutorial leaders Eric Carr (NIMBioS); Jim Ferguson (National Institute for Computational Sciences, Univ. of Tennessee/Oak Ridge National Laboratory); Susan Holmes (Stanford Univ.); Brian O'Meara (Univ. Tennessee); Alexis Stamatakis (Technical Univ. of Munich); Dan Stanzione (Texas Advanced Computing Center/iPlant); Bob Thomson (Univ. California Davis); and James Wilgenbusch (Florida State Univ.)

Objectives: This tutorial focuses on how to use TeraGrid, the CIPRES Portal, the iPlant Discovery environment, university clusters, and other typically free HPC resources for phylogenetic analysis. The tutorial is geared primarily toward biologists (including students, postdocs and faculty) who are at least moderately experienced with phylogenetic analysis and who have datasets to run but who are typically running analyses on their own desktops, though other researchers, such as statisticians or mathematicians working in phylogenetics, are encouraged to apply. Learning can be enhanced for people applying as a team (such as a pairing of a biologist and a statistician who collaborate in their work).

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Curso Cladística - Tucumán - 16-20 Agosto

clado : Mensaje: Curso Cladística - Tucumán - 16-20 Agosto

NOMBRE DEL CURSO: CLADÍSTICA: MÉTODOS CUANTITATIVOS DE CLASIFICACIÓN

16 al 20 de Agosto de 2010
Facultad de Ciencias Naturales, Universidad Nacional de Tucumán

Docente: Pablo Goloboff (Inv. Ppal CONICET)
Ayudantes del Curso (en orden analfabético): Claudia Szumik, Marcos
Mirande, Santiago Catalano, J. Salvador Arias (todos de CONICET)

CONTENIDO Y CRONOGRAMA

DIA 1
Teórico: Parsimonia y sistemática filogenética. Optimización y mapeo de
caracteres (mapeo/reconstrucciones/cambios específicos).
Práctico: Input/output. Formatos de datasets. Archivos de instrucciones.
Opciones de output como metafiles; creación de “batch filesâ€�. Edición de árboles.
Manejo de archivos de árboles. Grupos de árboles, caracteres, y taxones.

DIA 2
Teórico: Búsquedas, parte I. Soluciones exactas, árboles de Wagner,
branch-swapping.
Optimos locales y óptimos globales; estrategias de búsqueda. Factores que
afectan la eficiencia de las búsquedas.
Práctico: Uso de secuencias múltiples de adición al azar. Constraints y
Estrategias de búsquedas heurísticas.

DIA 3
Teórico/Práctico: Reglas de colapsamiento. Consensos (incluyendo: mejoras de
consensos y superárboles). Comparaciones de topologías de árboles; distancias de SPR.
Pesado de caracteres.
Funciones de pesado definidas por el usuario.

DIA 4
Teórico/Práctico: Medidas de soporte. Soporte de Bremer; búsqueda de
árboles subóptimos. Medidas basadas en remuestreo; efectos de tipos de búsquedas y reglas de
colapsamientos.

DIA 5
Teórico/Práctico: Búsquedas, parte II: Nuevos algoritmos de búsqueda.
Análisis de datasets de gran tamaño; estrategias generales. Scripts; control de flujo, expresiones y
variables.


MODALIDAD DEL CURSO

Teórico/práctico, con fuerte énfasis en los aspectos prácticos. Las clases
teóricas se usan para introducir la problemática general en cada tema, y los prácticos se utilizan
para ilustrar y terminar de entender los temas vistos en las clases teóricas. La dinámica del
curso es bastante informal, pasando de modalidad "teórico" a modalidad "práctico" rápidamente y
a requerimiento de los participantes.
El curso se dictará en la sala de computadoras de CompuTronic, San Lorenzo 982,
San Miguel de Tucumán.
Las clases serán diarias, de 9:30 a 18:30 hs.

CUPO
El curso puede incluir hasta 30 personas; se efectuarán las inscripciones por
estricto orden de llegada.

DURACION
40 hs. aprox.

New Book: Beyond Cladistics

Systematics and Biogeography: New Book: Beyond Cladistics

Nuevo blog de Cladistica y Biogeografia

He recibido noticia del lanzamiento en linea de un nuevo blog relacionado con Filogenia y Biogeografia:
http://cladisticaybiogeografia.blogspot.com/

Bienvenido a la blogosfera! Estaremos pendientes de este foro y le deseamos larga vida.

Philippe Lemey speaks Friday July 16 at noon PDT in Phyloseminar.org

Hello phyloseminar-interested folk:

We are very excited to have Philippe Lemey presenting on Friday July
16 at noon PDT concerning

"Phylogenetic diffusion models and their applications in viral epidemiology"

Abstract:
Emerging infectious diseases continue to appear all over the world,
and importantly, they have also risen significantly over time after.
Having the potential to quickly adapt to new hosts and environments,
RNA viruses are prime candidates to emerge as global threats to human
health. Their rapid rate of evolution, however, also turns viral
genomes into valuable resources to reconstruct the spatial and
temporal processes that are shaping epidemic or endemic dynamics. In
this seminar, I will highlight recent developments in phylogenetic
diffusion models that tie together sequence evolution and geographic
history in a coherent statistical framework. Both discrete and
continuous phylogeographic models have recently been implemented in a
Bayesian statistical approach. I will position this approach among
other popular phylogeographic methods, and then focus on applications
in viral molecular epidemiology to demonstrate their use. Finally, I
will hint at future extensions that may provide entirely new
opportunities for phylogeographic hypothesis testing.

Thanks,

Erick

To attend this and other talks, learn how to connect ahead of time.

If you can't make it, don't fret-- you can always watch the recording.

Curso de posgrado: Introducción a la informática de la biodiversidad

Curso de posgrado: Introducción a la informática de la biodiversidad
26 de julio - 6 de agosto, 2010, 9 a 17hs.
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires

Docente responsable:

• Martín Ramírez (investigador independiente, CONICET. Profesor adjunto, EGE FCEyN-UBA).

Profesor invitado:

• Renato Mazzanti (profesor adjunto, Universidad Nacional de la Patagonia).

Pre-Inscripción: Hasta el 15 de julio de 2010, enviar un e-mail a Martín Ramírez incluyendo: CV, cargo actual, lugar de trabajo y tema de estudio. Carta de intención explicando cómo piensa aplicar los conocimientos adquiridos en el curso.

Cupo máximo: 30 alumnos (prioridad: doctorandos UBA; de otras universidades con proyectos de tesis afines a los contenidos del curso)
Arancel: $80

Programa

Contenidos teóricos y metodológicos

Introducción general
Tipos de datos de biodiversidad: Taxonómicos, geográficos, ambientales, cronológicos, anatómicos, desarrollo, parentescos.
Origen de datos de biodiversidad: Colecciones biológicas, observaciones, multimedia.
Datos y metadatos. Especificaciones utilizadas en biodiversidad y disciplinas relacionadas.

Introducción a las bases de datos
Concepto de normalización e integridad referencial. El modelo entidad-relación.
Bases relacionales vs. bases orientadas a objetos, estado del arte.
Las bases de datos heterogéneas distribuidas, su aplicación a la biodiversidad.
Repositorios de datos.

Introducción a los metadatos
Datos y metadatos.
Especificaciones utilizadas en biodiversidad y disciplinas relacionadas.
Darwin Core: Versiones e implementaciones.

Metadatos de conjuntos de datos
Catálogos de metadatos de recursos de biodiversidad.

Metadatos de ubicación geoespacial
Método punto-radio.
Protocolos de georreferenciación.

Metadatos de imágenes biológicas
Metadatos embebidos.
Vistas estandarizadas.
Repositorios.
Digitalización de ejemplares mediante imágenes.

Datos taxonómicos
Catálogos de autoridad taxonómica.
Agregadores de datos taxonómicos.
Estimas de diversidad con taxonomía incompleta.

Identificadores únicos
Importancia y problemas de identificadores únicos.
URIs, LSIDs.

Ontologías biológicas
Conceptos, relaciones y razonamientos automáticos.
Web semántica, repositorios RDF.
Anotaciones utilizando ontologías.

Herramientas de adquisición de datos de colecciones biológicas
Funciones y problemática general.
Modelos de datos usuales.

Proveedores de datos
Función y tecnología empleada.
Proveedores TAPIR, IPT

Portales de datos
Función y tecnología empleada.
Portales de iniciativas de biodiversidad.

Aplicaciones de datos de biodiversidad
Cybertaxonomía.
Identificación taxonómica automática: DNA Barcodes y sistemas basados en imágenes.
Modelado de distribuciones predictivas.
Áreas de endemismo.
Inventarios y estimas de riqueza.


Trabajos prácticos

Búsquedas y procesamiento de datos de portales: GBIF, SNDB, BOLD, Morphbank.
Consultas en bases de datos relacionales.
Mapeo de campos de colecciones biológicas a Darwin Core.
Validación de colecciones de datos. Problemas generales, métodos manuales y automáticos.
Georreferenciación de localidades geográficas.
Uso de servicios web.

Martin J. Ramirez
Profesor Adjunto UBA FCEyN EGE
Curador General & División Aracnología
Museo Argentino de Ciencias Naturales - CONICET
Av. Angel Gallardo 470
C1405DJR Buenos Aires
Argentina
tel +54 11 4982-8370 int. 169
fax +54 11 4982-6670 int. 172

Taller sobre Evolución Comparada. Colima, Mexico

Taller sobre Evolución Comparada

Assumption 0: Analysis in Comparative Evolutionary Biology
Daniel R. Brooks, University of Toronto

2 y 3 de septiembre de 2010

Biblioteca de Ciencias, Universidad de Colima
Colima, Colima

Se entregarán constancias de asistencia.
Mayores informes y registro: vleon@ibiologia.unam.