18 de abril de 2008
Diferencias entre Sistematicas
¿Cual es la diferencia fundamental entre la Sistemática Evolutiva (SE) fundada por Huxley, Mayr y Simpson, la Taxonomia Numérica (TN) de Sneath y Sokal (Dendrogramas) y la Sistemática Filogenética (SF) de Willi Hennig (Cladística)? Conozco que la TN basa sus análisis en el parecido fenotípico de las especies actuales sin considerar a los ancestros y que la SF considera las relaciones ancestrales de esas especies actuales a través de las sinapomorfias pero además de eso se habla en algunos textos de que las diferencias radican básicamente en si se consideran, especies, individuos, poblaciones, clases o tipos. Esta parte es la que no logro contextualizar además de que nos e me hace clara la diferencia en la SF y la SE.
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Brevemente, la primera diferencia entre SE y las demas es si hay o no medida cuantitativa de similitud.
ResponderEliminarLuego las diferencias entre TN y SF es como se mide esa similitud (el algoritmo). Todos los algoritmos suman algun tipo de distancia sea entre unidades taxonomicas o entre caracteres. Las usadas en TN son distancias absolutas mas cortas a la que contribuyen igual todos los caracteres. Las distancias en SF tambien son las mas cortas pero son relativas, es decir no todas las similitudes contribuyen igual a la distancia.
Gracias Dr. Luna. Respecto a la relatividad de las distancias utilizadas en SF habiamos conversado de la aplicacion de la formula de Bayes la cual se realciona con probabilidades condicionales. Conozco que la misma ha sido extensamente utilizada en estudios de cinetica de medicamentos, sin embargo no tengo una idea de como aplica esto a en el caso de la solucion de matrices filogeneticas con representaciones de 0s y 1s y menos aun me hago una idea de cuando no se conoce la manifestacion del estado del caracter evaluado para un grupo determinado (?) o el mismo no puede ser evaluado por inexistecia de este en el grupo (-). Sera que puedo tener un ejemplo de estas aplicaciones? Alguien ayuda? Gracias
ResponderEliminarOrthoptera:
ResponderEliminarDesde mi punto de vista la SE y la SF comparten el partir del reconocimiento de homologías (algo que no hace la TN), en el caso de las diferencias creo que están son muy marcadas:
La SE acepta como válidos los grupos parafiléticos y monofiléticos, la SF sólo acepta los grupos monofiléticos como naturales
En la SE no existe un criterio de optimización, de tal forma que la reconstrucción de las relaciones filogenéticas depende de la experiencia y el criterio del investigador, en la SF sí existe un criterio claro para la optimización y reconstrucción de filogenias que en principio permitiría obtener reproducibilidad por investigadores diferentes
En la SE los ancestros son asignados a taxa descritos, en la SF los ancestros son hipóteticos o denominados como algo parecido a X taxón
En la SE se construyen filogramas, en la SF se construyen cladogramas
Si revisas un filograma a detalles te darás cuenta de 3 cosas importantes:
1) El ángulo de las ramas te indica el grado de diferenciación del taxón respecto al ancestro
2) La amplitud de la rama te da una idea de la abundancia relativa del taxón a través del registro fósil
3) La longitud de las ramas te indica el nivel de diferenciación del taxón respecto al ancestro
En la SE se utiliza el concepto biológico de especie o el concepto evolutivo sensu Simpson, en la SF se utiliza el concepto filogenético, el evolutivo sensu Wiley, el cladista, etc...
Respecto a tu pregunta de los métodos bayesianos, estos requieren un modelo implícito de evolución, por ejemplo, para el caso de secuencias utilizas JC, Kimura, Tamura-Nei, HKY, GTR, parámetro gamma, etc...
En el caso de los caracteres morfológicos según recuerdo estos métodos sólo pueden utilizarse para caracteres morfométricos, te recomiendo ver el manual del programa Mr.Bayes, si mal no recuerdo la última versión ya permite el uso de estos caracteres
Hola Omar, gracias por tu comentario, se me van aclarando algunas cosas respecto a mi pregunta inicial. Una cosa sobre lo que em dices de las ramas de los cladogramas, no creo que en todos los casos los cladogramas se presentan con diferencias de longitud en sus ramas, eso depende del metodo de presentacion o construccion que determines para ellos.
ResponderEliminarAun sigo sin comprender muy bien el uso de los metodos Bayesianos en la determinacion de las distancias entre Unidades Taxonomicas. Por eso habia escrito que si me podian ofrecer un ejemplo parctico de la aplicacion.
El programa TNT en su ultima version permite evaluar caracteres cuantitativos (o sea numericos como medidas y otros). Antes se podia hacer con este u otro progarma si dividias el rango de la medida en cuestion en tantos caracteres como te resultara significativo y le asignabas un numero a cada uno.
Una vez mas gracias y revisare tus referencias sobre Mr. Bayes
Orthoptera:
ResponderEliminarYo he utillzado los Métodos bayesianos para reconstrucción de filogenias con secuencias y para detectar estructura genética y flujo génico, desconozco como se analizan los datos morfológicos.
Yo creo que debes partir de una matriz de distancia, si tienes datos de presencia-ausencia o morfométricos la distancia euclidiana es de utilidad (no sé si esta sea la que implementa Mr.Bayes), el problema surge cuando tienes que modelar los parámetros de la distribución, aunque el programa especifica que se pueden utilizar este tipo de caracteres, no especifica en ninguna parte como es que procede,
quiza este artículo te de una idea:
Nylander, J.A.A., F. Ronquist, J.P. Hulsenbeck y J.L. Nieves Aldey. 2004. Bayesian phylogenetic analysis of combined data. Systematic Biology, 53:47-67.
Gracias Omar ya tengo el trabajo que me recomendaste.
ResponderEliminarRespecto a la utilizacion de distancias creo que es la unica posibilidad en estos metodos pero la Distancia Euclidiana es una medidad de distancia absoluta, cosa que me aclaro el Dr. De Luna y es utilizada basicamente en la TN mientras que la Cladistica utiliza Distancias Relativas y estas son las que no acabo de encontrar pues realmente nunca se han divulgado los algiritmos que utilizan los programas como el TNT, PAUP, WINCLADA y otros para resolver estas matrices. Tambien pienso como resuelven esos algoritmos la presencia en las matrices de los simbolos (?) y (-)los cuales nunca son resueltos por los metodos de TN ya que los algoritmos utilizados por esta siempre necesitan de la presencia de un valor.
Cuando lea el articulo comento mas pues las cuestiones filogeneticas cada dia se complican mas desde el punto de vista matematico y segun mi entender este no debe ser el objetivo fundamental de la Cladistica sobre todo cuando no hay un referente real para decir que este u otro algoritmo resuelve mejor la filogenia o la historia evolutiva.
Los algoritmos usados por parsimonia son bastante conocidos y han sido publicados en journals como Cladistics y Systematic Biology.
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