Actualmente muchos investigadores se dedican a buscar "mejores" metodos y disenan software con el proposito de "optimizar" los resultados de las relaciones filogeneticas que se derivan de una matriz de estados de caracteres.
Mi duda es: Cual es la referencia corroborativa que se tienen en cuenta para afirmar que un algoritmo o un software determinado representa mejor que otro las verdaderas relaciones filogeneticas (relaciones naturales producto de su evolucion) existentes entre los miembro del grupo objeto de estudio (grupo interno). Dicho de otro modo, estamos tratando de explicar relaciones naturales (reales pero desconocidas por supuesto pues es lo que estamos tratando de explicar) a traves de algoritmos matematicos que han sido creados. Como tener un referente a partir de estos elementos para decir que una topologia A (hipotesis A) a la cual hemos llegado a traves de el software 1 con el grupo externo C, representa mejor la evolucion del grupo interno X que otra topologia B (hipotesis B) a la cual se llega a traves del software 2 con el grupo externo D. Siendo por supuesto la topologia A y B diferentes incluso si el grupo externo es igual para ambos procesos y solo cambian el software utilizado.
No existe en esto una dosis mas o menos alta de subjetividad?
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