Algoritmos de solucion de matrices filogeneticas

¿Cuales son los algoritmos matemáticos que utilizan los software cladisticos para resolver las matrices? Mi pregunta se basa en el hecho de que mientras en la TN es perfectamente conocible que las matrices son resueltas a través de índices de similitud o de distancias y no pueden consignarse signos como ? y - para denotar que no se conoce o no es evaluable el caracter, en el caso de las matrices resueltas a traves de software filogeneticos estos signos son perfectamente admisibles y evaluables, lo cual he supuesto debe ser interpretado de alguna forma por el algoritmo empleado en la solucion. Hasta el presente no he podido encontrar los algoritmos que se utilizan en la solución de las matrices filogenéticas en los diferentes progrmas como POY,TNT, HENNIG, Mc CLADE y otos tantos.