Polarizacion de caracteres y Papel del Grupo Externo

Como se realiza la polarización de los estados de los caracteres para definir cual de estos es el ancestral y cual el derivado? En ocasiones al leer literatura basica acerca de Cladistica me parece que una de las funciones del grupo externo es esta y que el proceso se realiza automáticamente a través del software seleccionado para el procesamiento de la matriz. Sin embargo, hay otros textos que explican procesos que me parecen basados en la experiencia del investigador y su criterio acerca de cual estado es ancestral y cual derivado.
¿Cual es el verdadero papel del grupo externo? He encontrado estudios de un mismo grupo en que los grupos externos son diferentes y por lo tanto los cladogramas presentan diferente topología. Pienso que a veces los investigadores manipulan la topología del cladograma cambiando el grupo externo.