Short course on using R to perform comparative methods

R Methods in Macroevolution Workshop
July 31st to August 5th
Santa Barbara.

We are pleased to announce an intensive short course on using R to perform comparative methods to be held in Santa Barbara on July 31-Aug 5, 2011. This course is funded by the National Science Foundation, and a number of stipends to cover or defray travel, room, and board are available to qualified students and post-docs. Topics covered will include an introduction to the R programming language, tree manipulation, independent contrasts and phylogenetic generalized least squares, ancestral state reconstruction, models of character evolution, diversification analyses, and community phylogenetic analysis.

Application deadline: June 15th.

More Information:
http://pandorasboxfish.squarespace.com/r-methods-in-macroevolution-wo/

Esta semana inició el curso de métodos filogenéticos de la WHS en Xalapa

Este Lunes 23 de Mayo inicio el taller de la WHS en el INECOL, Xalapa.
El curso despertó mucho interés y asisten 25 participantes de varios países: EUA, Mexico, Costa Rica, Colombia, Perú, Brasil, Argentina y España!
Varias fotos del grupo están en la Galería en el sito web del curso aquí.

En la foto arriba, John Wenzel a cargo de las clases el Lunes. Entre él y Kevin Nixon (foto abajo) impartieron las clases y prácticas del Lunes y Martes.



La tarde del Martes fuimos a un restaurant local para cenar como grupo. Disfrutamos de buena comida mexicana y un ambiente muy agradable con viejos y nuevos amigos. Para algunos la noche terminó en un karaoke muy revelador de habilidades vocales y musicales!



El taller sigue esta semana hasta el viernes. Miércoles y Jueves Ward Wheeler y Viernes con Chris Randle.

Junio 6, PD: Me informan que el viernes por la noche también hubo karaoke! Sin duda, todo un exito el taller!

La Galeria del curso esta en:
http://www.filogenetica.org/cursos/WHSphotos/Gallery/

Computational phyloinformatics workshop. Kyoto

Computational Phyloinformatics is an 11-day intensive summer workshop co-sponsored by the Bioinformatics Center of Kyoto University, DBCLS/JST and NESCent, and will take place at the Bioinformatics Center in Kyoto, Japan following the SMBE 2011 meeting.

The workshop aims to give biologists practical knowledge and hands-on programming skills in phyloinformatics.

Instructors and Course Organizers

• Christian Zmasek (Sanford-Burnham Medical Research Institute; Functional Genomics with BioRuby)
• Karen Cranston (NESCent Training Coordinator)
• Rutger A. Vos (University of Reading; Phyloinformatics with BioPerl and Bio::Phylo)
• Susumu Goto (Bioinformatics Center, KEGG laboratory)
• Toshiaki Katayama (Human Genome Center, University of Tokyo)
• William H. Piel (Yale Peabody Museum; Phyloinformatics with SQL)

MORE INFORMATION >>>

Faster exact maximum parsimony search with XMP

W. Timothy J. White1, and Barbara R. Holland. 2011. Faster exact maximum parsimony search with XMP. Bioinformatics (2011) 27 (10): 1359-1367. doi: 10.1093/bioinformatics/btr147 First published online: March 27, 2011


Abstract

Motivation: Despite trends towards maximum likelihood and Bayesian criteria, maximum parsimony (MP) remains an important criterion for evaluating phylogenetic trees. Because exact MP search is NP-complete, the computational effort needed to find provably optimal trees skyrockets with increasing numbers of taxa, limiting analyses to around 25–30 taxa. This is, in part, because currently available programs fail to take advantage of parallelism.

Results: We present XMP, a new program for finding exact MP trees that comes in both serial and parallel versions. The serial version is faster in nearly all tests than existing software. The parallel version uses a work-stealing algorithm to scale to hundreds of CPUs on a distributed-memory multiprocessor with high efficiency. An optimized SSE2 inner loop provides additional speedup for Pentium 4 and later CPUs.

Availability: C source code and several binary versions are freely available from http://www.massey.ac.nz/~wtwhite/xmp.
The parallel version requires an MPI implementation, such as the freely available MPICH2.

Bio::Phylo, a Perl5 toolkit for phyloinformatic analysis

BIO::Phylo-phyloinformatic analysis using perl
Rutger A Vos, Jason Caravas, Klaas Hartmann, Mark A Jensen, Chase Miller.
BMC Bioinformatics 2011, 12:63
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/12/63
open access

Abstract

Background

Phyloinformatic analyses involve large amounts of data and metadata of complex structure. Collecting, processing, analyzing, visualizing and summarizing these data and metadata should be done in steps that can be automated and reproduced. This requires flexible, modular toolkits that can represent, manipulate and persist phylogenetic data and metadata as objects with programmable interfaces.

Results

This paper presents Bio::Phylo, a Perl5 toolkit for phyloinformatic analysis. It implements classes and methods that are compatible with the well-known BioPerl toolkit, but is independent from it (making it easy to install) and features a richer API and a data model that is better able to manage the complex relationships between different fundamental data and metadata objects in phylogenetics. It supports commonly used file formats for phylogenetic data including the novel NeXML standard, which allows rich annotations of phylogenetic data to be stored and shared. Bio::Phylo can interact with BioPerl, thereby giving access to the file formats that BioPerl supports. Many methods for data simulation, transformation and manipulation, the analysis of tree shape, and tree visualization are provided.

Conclusions

Bio::Phylo is composed of 59 richly documented Perl5 modules. It has been deployed successfully on a variety of computer architectures (including various Linux distributions, Mac OS X versions, Windows, Cygwin and UNIX-like systems). It is available as open source (GPL) software from http://search.cpan.org/dist/Bio-Phylo

Plazas para taxonomía vegetal, diversidad y morfología de plantas vasculares

El INECOL ha publicado una convocatoria para ocupar dos plazas de investigacion en la Red de Biodiversidad y Sistemática, en el Centro Regional del Bajío en Pátzcuaro, Michoacán.
El aspirante deberá contar con amplios conocimientos sobre la taxonomía vegetal, diversidad y morfología de plantas vasculares, además de tener experiencia en su colecta y determinación. La plaza requiere experiencia en el uso de metodologías filogenéticas y es necesario que el candidato esté familiarizado y tenga experiencia de primera mano con las técnicas de laboratorio necesarias para la recopilación de datos moleculares, así como con las técnicas para su análisis, tanto por métodos de parsimonia como de probabilidad. Se dará preferencia a los candidatos con experiencia probada en la flora mexicana, aunque no contar con la misma no cancela la candidatura.

Los detalles de la convocatoria estan en:
http://www1.inecol.edu.mx/inecol/documentos/PlazasCRB%2807abril2011%29.pdf


Transcribo el texto de la convocatoria aquí pero solo con propósitos informativos.

INSTITUTO DE ECOLOGIA A.C. (INECOL) CONVOCATORIA PARA
OCUPAR DOS PLAZAS DE INVESTIGADOR
EL INECOL es un centro público de investigación adscrito al Consejo Nacional de
Ciencia y Tecnología que lleva a cabo investigación y formación de estudiantes en los
campos de la ecología, biodiversidad y sistemática, conservación y manejo de recurso
naturales. Cuenta con instalaciones en Xalapa, Veracruz y en Pátzcuaro, Michoacán así
como con estaciones de campo en zonas templadas y desérticas de Durango y en la zona
costera de Veracruz. Actualmente se encuentran asociados al INECOL 103
investigadores de tiempo completo, 95 técnicos académicos, 88 administrativos y 134
estudiantes de posgrado. La vida académica está organizada en nueve departamentos o
redes: Biodiversidad y Sistemática, Ecología Funcional, Ambiente y Sustentabilidad,
Biología Evolutiva, Manejo Biorracional de Plagas y Vectores, Manejo Biotecnológico
de Recursos, Ecoetología, Biología y Conservación de Vertebrados e Interacciones
Multitróficas. El INECOL invita a los investigadores interesados a ocupar dos plazas,
descritas a continuación.
DOS PLAZAS DISPONIBLES
Categoría disponible: Investigador Titular A
Contratación: Tiempo completo por 12 meses. Dependiendo del desempeño académico
se renovará el contrato. Después de tres años, los candidatos podrán solicitar su
definitividad.
Descripción de la Investigación:
El candidato seleccionado formará parte de la Red de Biodiversidad y Sistemática,
estando asignado y llevando a cabo sus investigaciones en el Centro Regional del Bajío
en Pátzcuaro, Michoacán. El proyecto principal del Centro es la Flora del Bajío y de
Regiones Adyacentes, un inventario detallado de las plantas vasculares de Guanajuato,
Querétaro y la parte norte de Michoacán, y la persona elegida se incorporará a un grupo
de cuatro investigadores y cinco técnicos académicos involucrados en dicho proyecto. El
aspirante deberá contar con amplios conocimientos sobre la taxonomía vegetal,
diversidad y morfología de plantas vasculares, además de tener experiencia en su colecta
y determinación. La plaza requiere experiencia en el uso de metodologías filogenéticas y
es necesario que el candidato esté familiarizado y tenga experiencia de primera mano con
las técnicas de laboratorio necesarias para la recopilación de datos moleculares, así como
con las técnicas para su análisis, tanto por métodos de parsimonia como de probabilidad.
Se dará preferencia a los candidatos con experiencia probada en la flora mexicana,
aunque no contar con la misma no cancela la candidatura.
Responsabilidades:
• Participar en trabajo de campo para la colecta de ejemplares para el herbario IEB y su
programa de intercambio.
• Colaborar en el proyecto Flora del Bajío y de Regiones Adyacentes a través de la
preparación de fascículos y la coordinación de tratamientos taxonómicos por especialistas
externos.
• Llevar a cabo estudios a largo plazo sobre la sistemática (molecular y tradicional) de
uno o varios grupos de plantas vasculares.
• Ayudar en el equipamiento, desarrollo y manejo del laboratorio de análisis moleculares.
• Impartir cursos de posgrado y dirigir tesis en los programas de Maestría y Doctorado
del INECOL.
• Publicar artículos en revistas reconocidas internacionalmente con factor de impacto, en
revistas nacionales, de divulgación y periódicos y ocasionalmente en libros.
• Presentar proyectos de investigación ante instituciones mexicanas o internacionales
tanto gubernamentales como privadas.
Requisitos:
• Licenciatura en Biología o Ecología y contar con un Doctorado en Ciencias con
especialidad en Sistemática Vegetal.
• Contar con al menos un posdoctorado en el área de conocimiento.
• Ser autor o co-autor de 5-7 artículos en revistas científicas con factor de impacto,
habiendo publicado al menos 3 de ellos en los últimos 3 años.
• Contar con experiencia en la colecta de ejemplares botánicos.
• Haber preparado revisiones y tratamientos florísticos sobre plantas vasculares.
• Haber llevado a cabo investigación en sistemática molecular sobre un grupo de plantas
vasculares.
• Tener experiencia en el uso de metodologías filogenéticas, tanto por métodos de
parsimonia como de probabilidad
• Tener experiencia de primera mano con las técnicas de laboratorio necesarias para la
recopilación de datos moleculares
• Es deseable pero no indispensable haber vivido y trabajado en Latinoamérica.
• Hablar y escribir en español e inglés de manera correcta.
• Capacidad de trabajar en equipo, habilidad para negociar, atender con precisión y
rapidez situaciones que así lo requieran, así como llevar a cabo simultáneamente varias
tareas.
• Contar con experiencia en presentación de proyectos.
• Disposición para viajar y trabajar fuera de horario regular.
• Contar con licencia de manejo (recomendable).
Procedimiento para presentar solicitudes:
Los interesados enviarán una carta describiendo su experiencia relacionada con el perfil
de la plaza, su curriculum vitae e información de tres referencias, incluyendo sus
teléfonos y sus correos electrónicos. Se contactará únicamente a las referencias de los
candidatos finalistas. La revisión de solicitudes comenzará en la fecha de publicación de
la convocatoria y se extenderá hasta el 31 de de julio de 2011. Los candidatos
seleccionados deberán ocuparlas antes del 1 de octubre de 2011. Favor de enviar los
documentos citados en archivos PDF o Word a:
Secretaría Académica
Instituto de Ecología A. C.
Correo electrónico: secretaria.academica@inecol.edu.mx
Página web: www.inecol.edu.mx

Biennial conference of the Systematics Association, Belfast

8th Biennial Meeting: July 2011
Queen's University, Belfast

4th - 8th July 2011

Introduction

The Biennial conferences of the Systematics Association provide a forum for systematists from different disciplines to present and discuss their research. The Sixth Biennial Conference was held at Royal Botanic Garden Edinburgh in August 2007. The conference was attended by about 240 delegates from a broad international audience. The format was a mixture of open sessions and focussed thematic symposia.

MORE INFORMATION >>>

Botany 2011

The Botany 2011 conference web site is now open for registration, including field trips, banquets and other social events, and housing:http://www.2011.botanyconference.org/

Articulos básicos para filogenetica: Introducciones

Quiero poner a disposicion de la comunidad una lista de referencias muy ... muy básicas para filogenetica. Voy a ponerla aqui en el blog poco a poco por temas (Introducciones, caracteres, arboles, etc).

Aquí les va mi primera colección de lecturas recomendadas y los enlaces a los PDFs:

INTRODUCCIONES
Harrison, C. J & J. A. Langdale. 2006. A step by step guide to phylogeny reconstruction. PDF.
De Luna, E. J.A. Guerrero & T. Chew-Taracena. 2005. Sistemática biológica: avances y direcciones en la teoría y los métodos de la reconstrucción filogenética. PDF.
De Luna, E y B.D. Mishler. 1996. El concepto de homologia filogenetica. PDF.

Espero esta lista de lecturas sea útil a un numero amplio de interesados e incentive aportaciones de referencias (y PDFs) para compartir..... y eliminar sesgos por preferencias personales!

Por favor, en los comentarios ponga la referencia bibliográfica que quisiera agregar a esta lista. Si tiene el PDF, enviemelo por correo electrónico para depositarlo en el servidor de Filogenetica.org y compartirlo desde ahí.

Becas de la Red Latinoamericana de Botanica

Con el apoyo de Andrew W. Mellon Foundation, la Red Latinoamericana de Botánica ha abierto la

Nueva Convocatoria 2011

para postular a

• Becas de Perfeccionamiento para realizar estadías en temáticas adscritas a las Ciencias Vegetales, en alguno de los centros colaboradores de la RLB, y a
• Becas Parciales de Apoyo para el desarrollo de tesis de postgrado en Ciencias Vegetales.

EL PLAZO PARA RECIBIR LAS POSTULACIONES VENCE IMPOSTERGABLEMENTE EL LUNES 11 DE ABRIL DE 2011

Taller Avanzado de Morfometría Geométrica, Cuernavaca, MÉXICO

Facultad de Ciencias Biológicas

Centro de Investigación en Biodiversidad y Conservación

Cuerpo Académico de Biología Comparada

Taller Avanzado de Morfometría Geométrica

8-12 de Mayo de 2011

Universidad Autónoma del Estado de Morelos, Cuernavaca, México

PONENTE. Dr. P. David Polly, Associate Professor, Department of Geology, Indiana University

OBJETIVO. Es un curso teórico-práctico dirigido a estudiantes de posgrado y profesionales con conocimientos básicos de morfometría geométrica. El taller está enfocado en el uso de la morfometría geométrica para abordar temas como ecomorfología, integración morfológica, evolución morfológica y filogenia.

COSTO DE INSCRIPCIÓN. $1,500

INFORMES.

Dr. José Antonio Guerrero aguerrero@uaem.mx

Más información http://www.uaem.mx/cibyc/cursos.html

Reunión anual de la WHS en Brasil, 2011

La Willi Hennig Society ha anunciado la organización de la reunión

Hennig XXX

July 29 to August 2, 2011

São José do Rio Preto, State of São Paulo, BRAZIL

Co-organizadores: Dalton de Souza Amorim and Fernando Barbosa Noll
Patrocinadores: Universidade de São Paulo and UNESP-São José do Rio Preto.

Detalles: sitio web de la WHS

Postdoctoral Position -- Molecular Systematics

At the University of Vienna (15 faculties, 3 centres, about 180 fields
of study, approx. 8.600 members of staff, approx. 85.000 students) the
position of a University Assistant (post doc) at the Department of
Animal Biodiversity is vacant.

Identification number of advertisement: 1979

Molecular data are nowadays an indispensable source of information to
answer research questions in ecology and biodiversity. In our department
we study patterns of species diversity and species composition at the
community level in order to unravel mechanisms that generate and
maintain biodiversity. Emphasis is on tropical biota, but temperate-zone
communities are also studied (see www.univie.ac.at/animal_biodiversity).
We are seeking for a scientist with an organismal perspective and broad
command of molecular biology techniques, working at the interface
between biodiversity research, ecology, and evolution. The focus should
be on insects as target organisms. A fully equipped lab is available, as
is support through a technician. The successful candidate is expected to
develop an independent, internationally visible research agenda.
Teaching obligation is 4 hours per semester week.

Degree of Employment: 40 hours/week

Areas of work: Generating and using of DNA sequence data for research
questions in evolution and ecology. Teaching in the field of biology,
with emphasis on animal biodiversity, evolution and ecology.

Profile: PhD degree in Biology, preferably with focus on ecology,
evolution, or zoology. Postdoc experience from a competitive research
laboratory. Experience with applying relevant analytical skills,
techniques and methods, including a broad range of molecular biology
techniques. Good command of up-to-date statistical and bioinformatics
methods to analyse molecular data. Strong interest in the field of
biodiversity and evolution. Good command of English language. Interest
in academic teaching in BSc and MSc curricula (e.g. molecular methods
for biologists, insect biodiversity). High motivation and commitment to
work in a team.

Expertise in conservation biology would be welcome.

Applications including a letter of motivation (German or English) should
be sent via Job Center to the University of Vienna
(http://jobcenter.univie.ac.at) no later than 31.03.2011 and be
referenced to the identification number 1979.

For further information please contact Univ.-Prof. Mag. Dr. Konrad
Fiedler (konrad.fiedler@univie.ac.at).

The University of Vienna intends to increase the number of women on its
faculty, particularly in high-level positions, and therefore
specifically invites applications by women. Among equally qualified
applicants women will receive preferential consideration.

Identification number of advertisement: 1979

E-Mail: jobcenter@univie.ac.at

--
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Dr. Brigitte Gottsberger

Department of Animal Biodiversity
Faculty of Life Sciences
University of Vienna

Rennweg 14
A- 1030 Vienna

Tel: +43-1-4277-57405
Fax: +43-1-4277-9574

e-mail: brigitte.gottsberger@univie.ac.at
http://www.univie.ac.at/animal_biodiversity/

ASPT Research Grants for Graduate Students in Systematics

American Society of Plant Taxonomists
2011 Research Grants for Graduate Students

The ASPT is pleased to announce the Society’s annual competition for research grants
for graduate student investigators. Support is available for both masters and doctoral
students to conduct fieldwork, herbarium studies, and/or laboratory research in any area
of plant systematics. No award will exceed $1000, and it is unlikely that proposals from
previous recipients will be funded. Proposals will be funded on the basis of merit,
regardless of the research area within systematics.

Proposals will be reviewed by the Society’s Awards and Honors Committee and must
include the following:

1. Curriculum vitae;
2. Proposal (the text, including figures but excluding literature cited, should
not exceed two single-spaced pages) that describes the research to be conducted,
emphasizing the role the grant funds will play;
3. Itemized budget;
4. A letter of recommendation from the student’s major professor or primary
research facilitator at the time of the proposal.

Eligibility: Applicants must be members of ASPT at the time of the application
deadline. Details regarding ASPT membership can be found at the ASPT homepage
(http://www.aspt.net/index.php).

Proposal submission: Proposal materials and letters of recommendation must be
submitted electronically as pdf files. Items 1-3 above should be submitted as a single
document. Use the following formats for filenames for the proposal materials and
reference letter, respectively:

student name_proposalASPT.pdf
student name_letterASPT.pdf.

All application materials should be submitted to Chelsea Specht via e-mail to
cdspecht at berkeley.edu

A list of past awardees and research topics can be found at
http://www.aspt.net/society/funding/gradstudentgrants.php

Submission deadline for all materials: 9 March 2011.

This message was sent from the ASPT Business Office:

Ms. Linda Brown
Business Office Manager
American Society of Plant Taxonomists
University of Wyoming
Department of Botany 3165
1000 E University Avenue
Laramie, WY 82071

Telephone: (307) 766-2556
Fax: (307) 766-2851
Email: aspt at uwyo.edu
URL ASPT: http://www.aspt.net/
URL Systematic Botany: http://www.sysbot.org
Online Application: https://extranet.sheridan.com/aspt/

"Making comparative methods as easy as ABC" on Phyloseminar.org

RESCHEDULED:

Brian O'Meara speaks Wednesday, March 30th at 11am PST on "Making comparative methods as easy as ABC"

For decades, biologists have addressed evolutionary and ecological questions using measurements of species traits, phylogenies, and an assortment of comparative methods. Unfortunately, while there is a large assortment of these methods, they are still fairly limited and development of new methods is slow. It took seven years between the introduction of using a simple Brownian motion model for looking at trait evolution (Felsenstein, 1985) and the use of this same model for looking at rates of trait evolution (Garland, 1992), and an additional 14 years to more powerful tests using a small modification of the basic model (O'Meara et al., 2006). Still other promising methods are described and even tested but remain unavailable to empiricists because they are not put into software. As a result, the questions empiricists can ask about the world are limited by the research productivity of the few dozen scientists who develop and implement new methods in phylogenetics. We describe a new approach based on Approximate Bayesian Computation and implemented in R that will allow researchers to easily develop their own models for trait evolution without requiring them to have specialized mathematical or computational knowledge.

http://phyloseminar.org./