Mini-symposium on Bayesian inference of phylogeny, UC Berkeley

SYMPOSIUM / WORKSHOP on
Bayesian inference of phylogeny

Talks: Monday & Tuesday, August 15-16
Workshop: Wednesday to Friday, August 17-19

Where: UC Berkeley campus
(talks will be held in 155 Dwinelle Hall and the workshop will be held in 4110 VLSB)

There will be a mini-symposium on Bayesian inference of phylogeny to be held on the UC Berkeley campus from August 15th to 19th. There will be two days of talks (August 15th and 16th) on various aspects of Bayesian inference as it applies to the phylogeny problem. The following three days will be a workshop for people interested in developing for the RevBayes program. RevBayes implements an R-like language for specifying complex evolutionary models and (attempts) to perform solid statistical estimation of a model's parameters.

web site: http://cteg.berkeley.edu/events/201108Symposium.html

Job opening - curator of Diptera

The Zoologisches Forschungsmuseum Alexander Koenig (ZFMK), Bonn, Germany (
http://www.zfmk.de) seeks to fill a research position
(curator of Diptera) in the Department of Arthropods. The position is
available from October 2011. Potential candidates will hold a PhD in zoology
or related areas, have their research focus on taxonomy and systematics of
Diptera, and present a substantial publication record in taxonomy,
phylogenetics and/or other aspects of biodiversity research. The candidate
is expected to work in these fields from a sound theoretical basis and be
able to apply an array of appropriate modern methods. He/she should be able
to combine collection-based work with modern phylogenetic and/or ecological
approaches. The candidate is also expected to integrate into ongoing
research projects at the ZFMK and teaching programs at the University of
Bonn, and to obtain competitive grant funds.



As a curator, the successful candidate will be responsible for caring,
managing and further increasing and developing the Diptera collections at
the ZFMK. He/she will also be involved in the self-administration of the
institute and is expected to demonstrate commitment to community engagement
in his/her field of research. Non-German candidates are expected to acquire
basic knowledge of German.



The successful candidate will be employed for an initial probation period of
up to five years - determined on his/ her experience - according to the
German legislation, after which he/she will obtain tenure depending on
his/her performance. Salary is according provisionally to grade TV-L/13 in
the German Public Service scheme).



The ZFMK is a fellow institute of the "Wissenschaftsgemeinschaft Gottfried
Wilhelm Leibniz" (WGL Science Community) and works in close cooperation with
the University of Bonn. It comprises internationally important scientific
collections, libraries, electron microscopy unit, and bioacoustics,
histological and molecular laboratories.



The ZFMK is an equal opportunity employer. Women are therefore strongly
encouraged to apply. Equally qualified handicapped applicants will be given
preference.



Interested applicants should submit a CV, complete publication record, a
statement of teaching experience and research funding, certificates of
university degrees, and selected publications in hard copies to the
following address:



Heike Lenz, Zoologisches Forschungsmuseum Alexander Koenig, Adenauerallee
160, D-53113 Bonn, Germany, by August 31 2011. E-mail inquiries:
h.lenz.zfmk@uni-bonn.de.

Please note that application documents will not be returned.



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Taxacom Mailing List
Taxacom@mailman.nhm.ku.edu
http://mailman.nhm.ku.edu/mailman/listinfo/taxacom

I Congreso Ibérico de Sistemática Animal. Madrid

La Universidad Autónoma de Madrid (UAM) y la Universidad de Barcelona (UB) organizan un foro de intercambio científico de sistemática y evolución animal para la presentación y discusión de resultados científicos. El I Congreso de Sistemática Animal, tendrá lugar en el campus de la UAM, Cantoblanco, Madrid, durante los días 17 al 19 de Enero de 2012. La conferencia consta de simposios con temática
concreta y sesiones abiertas.

TEMAS

• Relaciones Evolutivas de Animales
• Biogeografía y Filogeografía
• Taxonomía integratica y código de barras
• Filogenómica
• Evolución de planes morfológicos y desarrollo
• Biodiversidad y Conservación
• Aproximaciones filogenéticas a la Ecología

Más información:
cisa.sistematica@gmail.com
Sitio web
Boletín de Preinscripción (PDF)

AIDA VERDES GORÍN

Profile of David M. Hillis

Nota tomada de:
PNAS July 12, 2011 vol. 108 no. 28 11320-11322
doi: 10.1073/pnas.1107823108
http://www.pnas.org/content/108/28/11320.short?rss=1
-

Hillis, elected to the National Academy of Sciences in 2008, has devoted his research career to phylogeny, the study of evolutionary relationships. His work tackles some of the greatest questions of evolutionary biology: How do species arise? How do genes diversify and acquire new functions? How do pathogens evolve, and how can that information be used to understand diseases? And ultimately, can we reconstruct the complete Tree of Life and use that information to help make predictions about biology?

Before the Padieu case, Hillis and colleagues had used phylogeny to determine the degree of relatedness among HIV carriers. However, in the Padieu case, prosecutors needed to show that the HIV traveled from Padieu to his victims, rather than the other way around. HIV was known to infect each host with billions of virions. However, when the virus travels from a source to recipient, a genetic bottleneck occurs and typically only one of those virions makes the jump into the new host. Because the virus evolves rapidly, Hillis’ team was able to show that six of the samples were derived from the seventh. In court, that seventh sample was revealed as belonging to Padieu ( 1).

VII Congreso Latinoamericano de Micología, Costa Rica

La Junta Directiva y el Comité Organizador del VII Congreso Latinoamericano de Micología (CLAM) de la Asociación Latinoamericana de Micología (ALM) tienen el placer de informarles que esta actividad se llevará a cabo del 18 al 21 de Julio del 2011 en San Pedro de Montes de Oca, Costa Rica.

Me resultò dificil buscar ponencias sobre sistemàtica en el PDF del Programa, pues la estructura es por grupos taxonomicos, las ponencias no estan ordenadas por disciplinas. Asi que hay conferencias sobre sistematica casi en cada bloque del programa todos los dias!

Entre muchos simposia, uno que encontre sobre filogenia es el siguiente:
Martes 19 de Julio: Taxonomía y Filogenia de Basidiomycota
(10:00 – 11:30 am, 2:30 – 3:30 pm) Coordinadores: Mario Rajchenberg y Tatiana Gibertoni
10:00 – 10:30 am *Terry W. Henkel, M. Catherine Aime Steven L. Miller, Matthew E. Smith Rytas Vilgalys. Ectomycorrhizal fungal diversity of Dicymbe-dominated forests in the Guiana Shield.
10:30 – 10:45 am Darío Javier Cruz Sarmiento J.P. Suárez, I. Kottke, M. Piepenbring F. Overwinkler. Definiendo especies de Tulasnella correlacionando morfología y secuencias de rnDNA (ITS-5.8S) desde basidiomas en un bosque Tropical Andino.
10:45 – 11:00 am Meike Piepenbring, Roland Kirschner Fabian Nold, Tanja Trampe
Revisión del género Graphiola - microhongos curiosos parásitos de palmas.
11:00 – 11:15 am Dolores González Diversidad y sistemática en el complejo de especies del hongo fitopatógeno Rhizoctonia solani (Ceratobasidiaceae: Basidiomycota)
11:15 – 11:30 am Juliano Marcon Baltazar Mario Rajchenberg Rosa Mara B. da Silveira Corticiaceae s.l. (Basidiomycetes) del Sur de Brasil: estado actual de su conocimiento y desafíos
11:30 – 12:00 pm *Mario Rajchenberg Sexo, comida y comportamiento de los Políporos su relación con la filogenia. (Cont… 2:30 – 3:30 pm

Sitio web del congreso: http://almic.org/alm/esp/congreso.html

Curso Internacional “Bioinformatics for Phylogenetic Reconstruction in Virology”, Buenos Aires

Curso Internacional / International Workshop

“Bioinformatics for Phylogenetic Reconstruction in Virology”

Hospital de Pediatría S.A.M.I.C.“Prof. Dr. Juan P. Garrahan” Buenos Aires, Argentina

3 – 7 de Octubre , 2011

ORGANIZADORES CIENTÍFICOS / SCIENTIFIC ORGANIZERS:

Dra. Luisa Sen, Dra. Paula Aulicino, Dra. Andrea Mangano,

Dr. Carlos Rocco ( Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus)

.COORDINADORA / COORDINATOR:

Dra. Paula Aulicino

.DIRIGIDO A / DIRECTED TO:

Bioquímicos , Licenciados en Biología, Biotecnología, Genética y profesionales de áreas afines de países latinoamericanos / Young investigators with a degree in Biology, Biotechnology, Biochemistry and related areas who are currently doing their Master, Ph.D. thesis, or similar in a laboratory from Latin America.

MAS INFORMACIÓN EN EL SITIO WEB DEL CURSO

Inicia el Lab de Epigenética y Biología del Desarrollo (INBIOTECA) de la Universidad Veracruzana

A principios de este año, inició actividades el Laboratorio de Epigenética y Biología del Desarrollo en el Instituto de Biotecnología y Ecología Aplicada (INBIOTECA) de la Universidad Veracruzana.

Informes: Dr. Mario Alberto Arteaga-Vázquez

El blog del Lab esta aqui:
http://paramutation.blogspot.com/

"Fungal phylogenomics: Getting lost in the moldy forest." on Phyloseminar.org

Jason Stajich speaks Wednesday, June 29th at noon PST on "Fungal phylogenomics: Getting lost in the moldy forest."

Fungi occupy diverse ecological niches in roles from nutrient cycling in rainforest floors to aggressive plant and animal pathogens. Molecular phylogenetics has helped resolve many of branches on the Fungal tree of life and enabling studies of evolution across this diverse kingdom. The genome sequences from hundreds of fungi now permit the study of change in genes and gene content in this phylogenetic context and to connect molecular evolution with adaptation to ecological niches or changes in lifestyles. I will describe our work in studies contrasting pathogenic and non-pathogenic fungi and efforts to unravel the evolution of multicellularity in fungi comparing unicellular basal fungi with multicellular mushrooms and molds.

The development of tools for data mining and use of fungal genomics is also driving the pace of molecular biology and genetics of fungi. I will highlight new approaches to make this easier and the ways data integration can inform and transform studies of functional biology of fungi.

http://phyloseminar.org./

Short course on using R to perform comparative methods

R Methods in Macroevolution Workshop
July 31st to August 5th
Santa Barbara.

We are pleased to announce an intensive short course on using R to perform comparative methods to be held in Santa Barbara on July 31-Aug 5, 2011. This course is funded by the National Science Foundation, and a number of stipends to cover or defray travel, room, and board are available to qualified students and post-docs. Topics covered will include an introduction to the R programming language, tree manipulation, independent contrasts and phylogenetic generalized least squares, ancestral state reconstruction, models of character evolution, diversification analyses, and community phylogenetic analysis.

Application deadline: June 15th.

More Information:
http://pandorasboxfish.squarespace.com/r-methods-in-macroevolution-wo/

Esta semana inició el curso de métodos filogenéticos de la WHS en Xalapa

Este Lunes 23 de Mayo inicio el taller de la WHS en el INECOL, Xalapa.
El curso despertó mucho interés y asisten 25 participantes de varios países: EUA, Mexico, Costa Rica, Colombia, Perú, Brasil, Argentina y España!
Varias fotos del grupo están en la Galería en el sito web del curso aquí.

En la foto arriba, John Wenzel a cargo de las clases el Lunes. Entre él y Kevin Nixon (foto abajo) impartieron las clases y prácticas del Lunes y Martes.



La tarde del Martes fuimos a un restaurant local para cenar como grupo. Disfrutamos de buena comida mexicana y un ambiente muy agradable con viejos y nuevos amigos. Para algunos la noche terminó en un karaoke muy revelador de habilidades vocales y musicales!



El taller sigue esta semana hasta el viernes. Miércoles y Jueves Ward Wheeler y Viernes con Chris Randle.

Junio 6, PD: Me informan que el viernes por la noche también hubo karaoke! Sin duda, todo un exito el taller!

La Galeria del curso esta en:
http://www.filogenetica.org/cursos/WHSphotos/Gallery/

Computational phyloinformatics workshop. Kyoto

Computational Phyloinformatics is an 11-day intensive summer workshop co-sponsored by the Bioinformatics Center of Kyoto University, DBCLS/JST and NESCent, and will take place at the Bioinformatics Center in Kyoto, Japan following the SMBE 2011 meeting.

The workshop aims to give biologists practical knowledge and hands-on programming skills in phyloinformatics.

Instructors and Course Organizers

• Christian Zmasek (Sanford-Burnham Medical Research Institute; Functional Genomics with BioRuby)
• Karen Cranston (NESCent Training Coordinator)
• Rutger A. Vos (University of Reading; Phyloinformatics with BioPerl and Bio::Phylo)
• Susumu Goto (Bioinformatics Center, KEGG laboratory)
• Toshiaki Katayama (Human Genome Center, University of Tokyo)
• William H. Piel (Yale Peabody Museum; Phyloinformatics with SQL)

MORE INFORMATION >>>

Faster exact maximum parsimony search with XMP

W. Timothy J. White1, and Barbara R. Holland. 2011. Faster exact maximum parsimony search with XMP. Bioinformatics (2011) 27 (10): 1359-1367. doi: 10.1093/bioinformatics/btr147 First published online: March 27, 2011


Abstract

Motivation: Despite trends towards maximum likelihood and Bayesian criteria, maximum parsimony (MP) remains an important criterion for evaluating phylogenetic trees. Because exact MP search is NP-complete, the computational effort needed to find provably optimal trees skyrockets with increasing numbers of taxa, limiting analyses to around 25–30 taxa. This is, in part, because currently available programs fail to take advantage of parallelism.

Results: We present XMP, a new program for finding exact MP trees that comes in both serial and parallel versions. The serial version is faster in nearly all tests than existing software. The parallel version uses a work-stealing algorithm to scale to hundreds of CPUs on a distributed-memory multiprocessor with high efficiency. An optimized SSE2 inner loop provides additional speedup for Pentium 4 and later CPUs.

Availability: C source code and several binary versions are freely available from http://www.massey.ac.nz/~wtwhite/xmp.
The parallel version requires an MPI implementation, such as the freely available MPICH2.

Bio::Phylo, a Perl5 toolkit for phyloinformatic analysis

BIO::Phylo-phyloinformatic analysis using perl
Rutger A Vos, Jason Caravas, Klaas Hartmann, Mark A Jensen, Chase Miller.
BMC Bioinformatics 2011, 12:63
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/12/63
open access

Abstract

Background

Phyloinformatic analyses involve large amounts of data and metadata of complex structure. Collecting, processing, analyzing, visualizing and summarizing these data and metadata should be done in steps that can be automated and reproduced. This requires flexible, modular toolkits that can represent, manipulate and persist phylogenetic data and metadata as objects with programmable interfaces.

Results

This paper presents Bio::Phylo, a Perl5 toolkit for phyloinformatic analysis. It implements classes and methods that are compatible with the well-known BioPerl toolkit, but is independent from it (making it easy to install) and features a richer API and a data model that is better able to manage the complex relationships between different fundamental data and metadata objects in phylogenetics. It supports commonly used file formats for phylogenetic data including the novel NeXML standard, which allows rich annotations of phylogenetic data to be stored and shared. Bio::Phylo can interact with BioPerl, thereby giving access to the file formats that BioPerl supports. Many methods for data simulation, transformation and manipulation, the analysis of tree shape, and tree visualization are provided.

Conclusions

Bio::Phylo is composed of 59 richly documented Perl5 modules. It has been deployed successfully on a variety of computer architectures (including various Linux distributions, Mac OS X versions, Windows, Cygwin and UNIX-like systems). It is available as open source (GPL) software from http://search.cpan.org/dist/Bio-Phylo

Plazas para taxonomía vegetal, diversidad y morfología de plantas vasculares

El INECOL ha publicado una convocatoria para ocupar dos plazas de investigacion en la Red de Biodiversidad y Sistemática, en el Centro Regional del Bajío en Pátzcuaro, Michoacán.
El aspirante deberá contar con amplios conocimientos sobre la taxonomía vegetal, diversidad y morfología de plantas vasculares, además de tener experiencia en su colecta y determinación. La plaza requiere experiencia en el uso de metodologías filogenéticas y es necesario que el candidato esté familiarizado y tenga experiencia de primera mano con las técnicas de laboratorio necesarias para la recopilación de datos moleculares, así como con las técnicas para su análisis, tanto por métodos de parsimonia como de probabilidad. Se dará preferencia a los candidatos con experiencia probada en la flora mexicana, aunque no contar con la misma no cancela la candidatura.

Los detalles de la convocatoria estan en:
http://www1.inecol.edu.mx/inecol/documentos/PlazasCRB%2807abril2011%29.pdf


Transcribo el texto de la convocatoria aquí pero solo con propósitos informativos.

INSTITUTO DE ECOLOGIA A.C. (INECOL) CONVOCATORIA PARA
OCUPAR DOS PLAZAS DE INVESTIGADOR
EL INECOL es un centro público de investigación adscrito al Consejo Nacional de
Ciencia y Tecnología que lleva a cabo investigación y formación de estudiantes en los
campos de la ecología, biodiversidad y sistemática, conservación y manejo de recurso
naturales. Cuenta con instalaciones en Xalapa, Veracruz y en Pátzcuaro, Michoacán así
como con estaciones de campo en zonas templadas y desérticas de Durango y en la zona
costera de Veracruz. Actualmente se encuentran asociados al INECOL 103
investigadores de tiempo completo, 95 técnicos académicos, 88 administrativos y 134
estudiantes de posgrado. La vida académica está organizada en nueve departamentos o
redes: Biodiversidad y Sistemática, Ecología Funcional, Ambiente y Sustentabilidad,
Biología Evolutiva, Manejo Biorracional de Plagas y Vectores, Manejo Biotecnológico
de Recursos, Ecoetología, Biología y Conservación de Vertebrados e Interacciones
Multitróficas. El INECOL invita a los investigadores interesados a ocupar dos plazas,
descritas a continuación.
DOS PLAZAS DISPONIBLES
Categoría disponible: Investigador Titular A
Contratación: Tiempo completo por 12 meses. Dependiendo del desempeño académico
se renovará el contrato. Después de tres años, los candidatos podrán solicitar su
definitividad.
Descripción de la Investigación:
El candidato seleccionado formará parte de la Red de Biodiversidad y Sistemática,
estando asignado y llevando a cabo sus investigaciones en el Centro Regional del Bajío
en Pátzcuaro, Michoacán. El proyecto principal del Centro es la Flora del Bajío y de
Regiones Adyacentes, un inventario detallado de las plantas vasculares de Guanajuato,
Querétaro y la parte norte de Michoacán, y la persona elegida se incorporará a un grupo
de cuatro investigadores y cinco técnicos académicos involucrados en dicho proyecto. El
aspirante deberá contar con amplios conocimientos sobre la taxonomía vegetal,
diversidad y morfología de plantas vasculares, además de tener experiencia en su colecta
y determinación. La plaza requiere experiencia en el uso de metodologías filogenéticas y
es necesario que el candidato esté familiarizado y tenga experiencia de primera mano con
las técnicas de laboratorio necesarias para la recopilación de datos moleculares, así como
con las técnicas para su análisis, tanto por métodos de parsimonia como de probabilidad.
Se dará preferencia a los candidatos con experiencia probada en la flora mexicana,
aunque no contar con la misma no cancela la candidatura.
Responsabilidades:
• Participar en trabajo de campo para la colecta de ejemplares para el herbario IEB y su
programa de intercambio.
• Colaborar en el proyecto Flora del Bajío y de Regiones Adyacentes a través de la
preparación de fascículos y la coordinación de tratamientos taxonómicos por especialistas
externos.
• Llevar a cabo estudios a largo plazo sobre la sistemática (molecular y tradicional) de
uno o varios grupos de plantas vasculares.
• Ayudar en el equipamiento, desarrollo y manejo del laboratorio de análisis moleculares.
• Impartir cursos de posgrado y dirigir tesis en los programas de Maestría y Doctorado
del INECOL.
• Publicar artículos en revistas reconocidas internacionalmente con factor de impacto, en
revistas nacionales, de divulgación y periódicos y ocasionalmente en libros.
• Presentar proyectos de investigación ante instituciones mexicanas o internacionales
tanto gubernamentales como privadas.
Requisitos:
• Licenciatura en Biología o Ecología y contar con un Doctorado en Ciencias con
especialidad en Sistemática Vegetal.
• Contar con al menos un posdoctorado en el área de conocimiento.
• Ser autor o co-autor de 5-7 artículos en revistas científicas con factor de impacto,
habiendo publicado al menos 3 de ellos en los últimos 3 años.
• Contar con experiencia en la colecta de ejemplares botánicos.
• Haber preparado revisiones y tratamientos florísticos sobre plantas vasculares.
• Haber llevado a cabo investigación en sistemática molecular sobre un grupo de plantas
vasculares.
• Tener experiencia en el uso de metodologías filogenéticas, tanto por métodos de
parsimonia como de probabilidad
• Tener experiencia de primera mano con las técnicas de laboratorio necesarias para la
recopilación de datos moleculares
• Es deseable pero no indispensable haber vivido y trabajado en Latinoamérica.
• Hablar y escribir en español e inglés de manera correcta.
• Capacidad de trabajar en equipo, habilidad para negociar, atender con precisión y
rapidez situaciones que así lo requieran, así como llevar a cabo simultáneamente varias
tareas.
• Contar con experiencia en presentación de proyectos.
• Disposición para viajar y trabajar fuera de horario regular.
• Contar con licencia de manejo (recomendable).
Procedimiento para presentar solicitudes:
Los interesados enviarán una carta describiendo su experiencia relacionada con el perfil
de la plaza, su curriculum vitae e información de tres referencias, incluyendo sus
teléfonos y sus correos electrónicos. Se contactará únicamente a las referencias de los
candidatos finalistas. La revisión de solicitudes comenzará en la fecha de publicación de
la convocatoria y se extenderá hasta el 31 de de julio de 2011. Los candidatos
seleccionados deberán ocuparlas antes del 1 de octubre de 2011. Favor de enviar los
documentos citados en archivos PDF o Word a:
Secretaría Académica
Instituto de Ecología A. C.
Correo electrónico: secretaria.academica@inecol.edu.mx
Página web: www.inecol.edu.mx

Biennial conference of the Systematics Association, Belfast

8th Biennial Meeting: July 2011
Queen's University, Belfast

4th - 8th July 2011

Introduction

The Biennial conferences of the Systematics Association provide a forum for systematists from different disciplines to present and discuss their research. The Sixth Biennial Conference was held at Royal Botanic Garden Edinburgh in August 2007. The conference was attended by about 240 delegates from a broad international audience. The format was a mixture of open sessions and focussed thematic symposia.

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