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20 de marzo de 2013

Próxima reunión de Biología Filogenética en México?

El 14 sería un buen año para celebrar la segunda reunión! Bueno ... cualquier año seria bueno, con tal de volver a reunirnos.
La 1ª. Reunión Mexicana de Biología Filogenética se celebró en Xalapa, Ver. durante Junio19-24, 2004.  La reunión fue financiada por el Instituto de Ecología AC, el Instituto de Biología, el Instituto de Ecología, el Instituto de Geología y la Fac de Ciencias de la UNAM, la UAM-Iztapalapa, la Universidad Veracruzana, Society of Systematic Biologists. Fue una reunión muy exitosa en la cual participaron al menos 150 asistentes provenientes de 17 instituciones y 39 dependencias nacionales y 25 instituciones de 10 países. La información, el programa, los conferencistas y una galería todavia podemos verla en unas páginas web guardadas en: http://www.filogenetica.org/reunion1.htm
Incluso todavia esta activo un blog exprofeso para la primera reunión en:
http://biologiafilogenetica.blogspot.com

La comunidad de investigadores y estudiantes aplicando métodos filogenéticos sin duda ha crecido. Ya es tiempo que despertemos y nos organicemos nuevamente para una segunda reunión. Ojala este llamado genere la iniciativa necesaria para poner en movimiento la organización de la siguiente reunión.
Agradeceré sus comentarios y sus propuestas aquí.
Saludos,
Efrain

21 de febrero de 2013

Taxonomy: no decline, but inertia

Taxonomy: no decline, but inertia

  1. Elise Tancoigne*,
  2. Alain Dubois
Article first published online: 8 FEB 2013
DOI: 10.1111/cla.12019
CLADISTICS

Abstract

The recent literature is rich in papers sounding the alarm about taxonomy. We analyzed data from the Zoological Record (1864–2010 and 1978–2010) to show that we cannot speak of a decline. The number of authors describing new species is growing, along with the number of articles describing new species and the number of new species. We also observed a growing interdisciplinarity and a change in the number of species described per author, suggesting that taxonomy is experiencing new ways of doing research. The modalities of these changes remain to be explored. It is therefore more pertinent to speak not of a decline, i.e. of a degradation relative to a previous situation, but of inadequacy relative to its objective, namely the scientific inventory and classification of the planet's living taxa.


4 de enero de 2013

USO DE TECNICAS MOLECULARES EN SISTEMATICA Y GENÉTICA DE POBLACIONES

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UNIVERSIDAD NACIONAL DE CÓRDOBA


CURSO DE POST-GRADO

USO DE TECNICAS MOLECULARES EN SISTEMATICA  Y GENÉTICA DE POBLACIONES


Unidad Académica Organizadora: Cátedra de Genética de Poblaciones y Evolución y Doctorado en Ciencias Biológicas. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales, Universidad Nacional de Córdoba (Res. 951-T-2012).

Modalidad: Teórico-práctico

Duración: 45 hs. (40 presenciales, 5 no-presenciales).

Fecha de realización: 11 al 15 de marzo de 2013.
Lugar: Facultad de Ciencias Exactas, Av. Vélez Sarsfield 299. Córdoba.
Destinatarios: alumnos del doctorado en Ciencias Biológicas, egresados de la carrera de Biología y carreras afines (Cs. Agropecuarias, Lic. en Genética, etc.)
Responsable académico y administrador de los fondos: C. N. Gardenal

 

Cupo: 12 alumnos. En lo posible, traer notebook para llevar a cabo la parte de uso de programas de análisis de datos.


Arancel: $ 700. Alumnos inscriptos en el Doctorado en Ciencias Biológicas de la Universidad Nacional de Córdoba,  $ 560.

Docentes participantes: Dres. C. Noemí Gardenal, Marina Chiappero, Beatriz García, Raúl González Ittig, Paula Rivera y Alicia R. Pérez.


OBJETIVOS

1. Conocer los principios, aplicaciones y limitaciones de las técnicas moleculares en Sistemática y en Genética de Poblaciones.
2. Conocer criterios que permitan seleccionar los marcadores más adecuados para resolver problemas taxonómicos a diferentes niveles (intra e inter-específico, a nivel de género y taxones superiores).
3. Recibir entrenamiento en la utilización de nuevas herramientas para el análisis de la biodiversidad, teniendo en cuenta la historia evolutiva de poblaciones y de especies.
4. Comprender el uso de diferentes programas de computación corrientemente utilizados para el análisis de datos.

PROGRAMA

1. Toma y conservación de muestras para la aplicación de diferentes técnicas. Manejo del laboratorio de Biología Molecular. Preparación y esterilizado de material. Práctica de pipeteo con micropipetas automáticas.
2. Fundamento de los métodos de extracción de ADN. Aislamiento de ADN de tejidos animales y vegetales.
3. Conceptos teóricos sobre la amplificación de segmentos de ADN mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR).
4. Amplificación por PCR utilizando cebadores específicos: a) amplificación del gen citocromo b del ADN mitocondrial de especies del género Oligoryzomys (Rodentia: Sigmodontinae); b) amplificación de loci microsatélites (genoma nuclear) de especies de Calomys (Rodentia: Sigmodontinae).
5. Conceptos teóricos sobre la amplificación por PCR utilizando cebadores arbitrarios: ISSR  y AFLP. Amplificación de fragmentos ISSR en Myrcianthes cisplatensis (mato).
6. Polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción (RFLP): conceptos teóricos y análisis de geles. Digestión del gen cit b de varias especies de roedores sigmodontinos con enzimas de restricción.
7. Secuenciamiento. Alineación de secuencias.
8. Métodos de análisis. Tratamiento de los distintos tipos de datos. Construcción de matrices. Uso de programas como PAUP, Mr Bayes, jModeltest, Arlequin, Genalex y Structure.


BIBLIOGRAFIA BASICA

1.     Avise J C. 2004. Molecular markers, Natural History and Evolution. Chapman & Hall, New York.
2.     De Salle, R., Giribert, G. y Wheeler, W. 2002. Techniques in Molecular Systematics and Evolution. Birkhäuser, Basilea.
3.     Hillis D M, C. Moritz, B K Mable. 1996. Molecular Systematics. Sinauer Ass., Inc. Sunderland, Massachusetts.
4.     Freeland, J R. 2011, S D Petersen y H Kirk. 2011. Molecular Ecology. Wiley-Blackwell.
5.     Wiley E. O. y B S Lieberman. 2011. Phylogenetics: Theory and Practice of Phylogenetic Systematics. Wiley-Blackwell.
6.     Yang Z. 2006. Computational Molecular Evolution. Oxford Series in Ecology and Evolution, Oxford.
7.     Hoelzel, A R. 1992. Molecular Genetic Analysis of Populations. A practical approach. IRL Press. Oxford.

Trabajos en publicaciones periódicas empleados para Seminarios durante el curso: se actualizan anualmente.


Evaluación final: escrita, a cargo de C.N. Gardenal, R. González Ittig y M. Chiappero.


Informes y pre-inscripciones:
vía e-mail entre el 1º de febrero hasta el 1º de marzo de  2013
 marina.chiappero@gmail.com

Requisitos para la pre-inscripción:
- Curriculum Vitae de no más de 5 páginas,
- Carta de presentación explicando las motivaciones que lo llevan a realizar el curso.

Los alumnos que queden finalmente inscriptos recibirán la comunicación a más tardar el lunes 4 de marzo de 2012.

3 de octubre de 2012

Workshop: QUANTITATIVE CLADISTICS AND USE OF TNT. 2013

QUANTITATIVE CLADISTICS AND USE OF TNT 

June 3-7, 2013

Instructors:

Dr. Pablo Goloboff

Dr. Claudia Szumik

Els Hostalets de Pierola, Barcelona

Workshop director:

Soledad de Esteban Trivigno

The workshop will cover the basics of parsimony analysis and character optimization, tree-searches, diagnosing and summarizing results efficiently, and measuring group supports.

More information: website.



28 de septiembre de 2012

CURSO INTERNACIONAL: CLADISTICA Y BIOGEOGRAFIA, Enero 2013 Lima – Perú

CURSO INTERNACIONAL: CLADISTICA Y BIOGEOGRAFIA

14 – 23 de Enero de 2013
Lima – Perú

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Fecha Limite de Inscripción: 1 de octubre de 2012
Resultados: 5 de Octubre de 2012 

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Cladística: Métodos Cuantitativos de Clasificación

  • Responsable: Dr. Pablo Goloboff (Inv. Ppal CONICET)
  • Colaboradora: Dra. Claudia Szumik (Inv. Indep. CONICET)

NDM/VNDM/VIP: Programas de Computación para Biogeografía: Fundamentos y Aplicaciones

  • Responsable: Dra. Claudia A. Szumik (Inv. Indep. CONICET)
  • Colaborador: Dr. Pablo A. Goloboff (Inv. Ppal. CONICET)
MAS INFORMACIÓN: http://cebioperu.org/courses/cladistic_biogeography.php

27 de septiembre de 2012

Curso Analisis Filogeneticos

Amigos y Colegas,

Me gustaria utilizar este espacio para invitarlos a un curso que vamos a ofrecer en la Facultad de Medicina Veterinaria de la Universidad Autonoma de Nuevo Leon en Febrero del 2013. Pueden visitar el sitio https://sites.google.com/site/filogeneticauanl/ para obtener mas informacion. Espero contar con su participacion.

Atte. Jose F Garcia Mazcorro.

19 de agosto de 2012

Epibio2012. 1er. Curso/Simposio Internacional en Epigenética y Biología del Desarrollo

Epibio2012.

1er Curso/Simposio Internacional en Epigenética y Biología del Desarrollo.

Instituto de Biotecnología y Ecología Aplicada de la Universidad Veracruzana (INBIOTECA-UV).

Museo de Antropología de Xalapa.

Noviembre 5 y 6, 2012.


Ponentes confirmados:
Rich Jorgensen (LANGEBIO-México),
Jean Philippe Vielle-Calzada (LANGEBIO-México),
Stewart Gillmor (LANGEBIO-México),
Daniel Grimanelli (IRD-Francia),
Marie Mirouze (IRD-Francia),
Olivier Leblanc (IRD-Francia),
Alejandra Covarrubias (IBT-México),
Patricia León (IBT-México),
Mario Zurita (IBT-México),
Félix Recillas (IFC-México),
Alfredo Cruz (Universidad De La Salle-Mexico),
Jeremy Haag (Indiana University Bloomington-Estados Unidos),
Rebecca Mosher (University of Arizona-Estados Unidos),
Ana Dorantes-Acosta (INBIOTECA-México) y
Mario Arteaga-Vazquez (INBIOTECA-México).

INSCRIPCIÓN SIN COSTO
gracias al valioso apoyo del Institut de Recherche pour le Développement (IRD-Francia) y a la Universidad Veracruzana (Área Biológica-Agropecuaria y Dirección General de Vinculación).

SITIO WEB: EPIBIO2012

Recepción de resúmenes hasta el 15 de Octubre del 2012 al correo electrónico: epibio2012@gmail.com.

Para mayores informes comunicarse con el comité organizador
(Mario A. Arteaga-Vázquez, Daniel Grimanelli y Ana Dorantes Acosta) vía:
email: epibio2012@gmail.com
twitter: @epibio2012
facebook:


15 de agosto de 2012

Se busca taxonomo(a) vegetal: Mexico

El INECOL ha publicado la convocatoria para ocupar UNA plaza de investigacion en la Red de Biodiversidad y Sistemática, en el Centro Regional del Bajío en Pátzcuaro, Michoacán.

Se espera que la persona elegida para ocupar la plaza disponible, en la medida de lo
posible, retome el liderazgo académico del Dr. Rzedowski y contribuya decididamente a
la continua publicación de la Flora del Bajío y de Regiones Adyacentes. El candidato
elegido se incorporará a un grupo de trabajo conformado por cinco investigadores y cinco
técnicos académicos involucrados en dicho proyecto. El aspirante deberá contar con
amplios conocimientos sobre la taxonomía vegetal, diversidad y morfología de plantas
vasculares, además de tener experiencia en su colecta y determinación. Es deseable tener
experiencia en las técnicas de laboratorio necesarias para la recopilación de datos
moleculares, así como su análisis y el uso de metodologías filogenéticas, aunque no
contar con la misma no cancela la candidatura. Para garantizar la continua publicación de
la Flora del Bajío y de Regiones Adyacentes y de la Revista Acta Botanica Mexicana, se
dará preferencia a los candidatos con experiencia comprobada en el trabajo editorial.

La convocatoria esta anunciada en el sitio web del INECOL
Los detalles de la convocatoria estan en:
http://www1.inecol.edu.mx/inecol/documentos/convocatorias/PlazasCRB(abril2012)FINAL.pdf

26 de julio de 2012

Curso de Analisis Filogenetico

Estimados colegas,

Estoy pensando en ofrecer un curso teorico-practico para docentes, investigadores y estudiantes acerca de Analisis Filogeneticos basado en el Libro "The Phylogenetic Handbook: A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing" de Lemey, Salemi, Vandamme, y me gustaria primero darme una idea de cuanta gente podria estar interesada, esto con el fin de determinar si es factible llevarlo a cabo.

Por sus comentarios y sugerencias, muchas gracias!

Jose F. Garcia-Mazcorro

23 de julio de 2012

Will DNA Barcoding wreck the NCBI Genbank?

This recent paper (An update on DNA barcoding: low species coverage and numerous unidentified sequences; published in Cladistics) on an update of the Global DNA barcoding effort should be a real eye-opener to all people who love the NCBI Genbank and the process and openness of science, and especially to taxonomists.
....
So the paper published in cladistics, looks at the claims of these “barcoders” and find some problems. They check whether:
  1. This project lived up to its initial speech act? (species coverage problem)
  2. Is it progressing scientifically? (“taxonomy” wise is it 100% percent right?)
Well, the answers are in the negative.
They find ~60,000 “metazoa” species’ barcodes in the NCBI database, which is well below the number of 10-20 million total species on earth (some claims are less but see the link). This is despite having substantial funding from the governments for the barcoding initiative. This paper says that they (Barcoding consortium) received $80 million from the Canadian government, we know about many other sources where every small barcoder gets tens of millions.
....

In short, DNA barcoding has performed below par, and their quest to barcode all species has failed at least until now. The main problems could be that they did not have trained taxonomists in their ranks. They are against taxonomy using morphological identification, thus these taxonomists distance themselves from barcoding, and barcoders know little taxonomy to correctly identify a species to its specific level. If barcoders say that they found cryptic diversity that was deposited as “sp.” in databases, then why 1000 specimens (with <1% identity), and I would also ask those people to read better about species delimitation methods.

....
LEER MAS AQUI>

16 de julio de 2012

DNA barcoding: mucho ruido ... pocas nueces .... muy ... muy caras!


Cladistics Early on line: An update on DNA barcoding: low species coverage and numerous unidentified sequences

Abstract

DNA barcoding was proposed in 2003, the Consortium for the Barcode of Life was established in 2004, and the movement has since attracted more than $80 million funding. Here we investigate how many species of multicellular animals have been barcoded. We compare the numbers in a public database (GenBank as of January 2012) with those in the Barcode of Life Database (BOLD) and find that GenBank contains COI (cytochrome c oxidase subunit 1) sequences for ca. 60 000 species while BOLD reports barcodes for ca. 150 000 species. The discrepancy is likely due to a large amount of unpublished data in BOLD. Overall, the species coverage remains sparse, growth rates are low, and the barcode accumulation curve for Metazoa is linear with only 4788 species having been added in 2011. In addition, the vast majority of species in the public database (73%) were barcoded by projects that are unlikely to be related to the DNA barcoding movement. Particularly surprising was the large number of DNA barcodes in GenBank that were not identified to species (Jan 2012: 74%), with insect barcodes often being identified only to order. Of these several hundred thousand have since been suppressed by NCBI because they did not satisfy the iBOL/GenBank early release agreement. Species coverage is considerably better for target taxa of DNA barcoding campaigns (e.g. birds, fishes, Lepidoptera), although it also falls short of published campaign targets.
© The Willi Hennig Society 2012

5 de julio de 2012

Tema de la semana‎ > ‎ Homoplasia: De bestia negra a caso valioso.

Homoplasia: De bestia negra a caso valioso

publicado a la‎(s)‎ 12/10/2011 06:36 por Martín Ramírez 

Tradicionalmente concebida como un problema para la sistemática, la homoplasia nos ofrece una oportunidad única de estudiar fenómenos históricos que de otra manera sería únicos.  Wake et al. (2011) presentan una revisión didáctica de la utilidad del estudio de convergencias y reversiones para comprender los mecanismos subyacentes a la evolución de la morfología.

Wake, D.B., Wake, M.H., Specht, C.D., 2011. Homoplasy: from detecting pattern to determining process and mechanism of evolution. Science 331, 1032-1035. [PDF]

24 de junio de 2012

Inicia la reunión de la Willi Hennig Soc en Riverside, CA

Como si estuviera en casa. Español por todos lados. El sábado por la tarde fue el registro y la recepción, con un buen representativo latinoamericano, bueno sobre todo argentinos. Hoy Domingo inicia el programa de presentaciones y se extenderá hasta el Miércoles.

Stevenson, Farris y Carpenter durante la recepción de bienvenida. (foto de GY Zhang)


Quentin Wheeler, en la conferencia plenaria inaugural. (foto de GY Zhang)

 
Wheeler, Meier y Mishler durante el simposio sobre el concepto de especie. (foto de GY Zhang)

Los premios a estudiantes:
John Denton fue distinguido con el premio Willi Hennig para la mejor presentacion por estudiantes.
Guayang Zhang ganó el premio Don Rosen para el mejor cartel.
Cecilia Waichert recibió el premio Lars Brundin para la mejor segunda presentación oral.

Quieren ver más fotos?  GY Zhang, del equipo organizador local estarár subiendo fotos a Picasa:‎ https://picasaweb.google.com/112984361567457674060/Hennnig2012Riverside
Saludos desde Riverside!

5 de junio de 2012

Salvador Arias ha ganado el premio GBIF

Salvador Arias ha ganado el premio GBIF - jóvenes investigadores- por el desarrollo del programa para estudios biogeográficos  VIP (Vicariance Inference Program).

Salvador  esta actualmente trabajando en el INSUE-Tucumán, haciendo su Doctorado bajo la dirección de Pablo Goloboff y Claudia Szumik.

Acá mando el Link  de la noticia:


http://www.gbif.org/communications/news-and-events/showsingle/article/awards-tar\
get-novel-research-on-species-distributions



y aquí el del programa:

www.zmuc.dk/public/phylogeny/VIP/intro.htm


Un groso! Felicitaciones Salva!

Santiago Catalano

23 de mayo de 2012

Hennig XXXI Workshop: Scripting with TNT, Riverside, CA

Participantes del taller de scripts con TNT

 
Durante las sesiones del taller

Pablo Goloboff y participantes
There has been enough interest expressed for a post-meeting workshop: Scripting in TNT.
The exact location of that, and where you might book accommodations has not been determined yet.
The workshop will run on the 28th, 29th and 30th, June, 2012



Pablo Goloboff (one of the co-authors of the program) and Mark Siddall (who has experience writing scripts) are offering to give a short, 3-day course on scripting for TNT, in connection with the next meeting of the Willi Hennig Society in Riverside, California (June 23-27, 2012).
TNT is a program for phylogenetic analysis under parsimony. Even David Swofford praises it as a good phylogeny program, and it is widely recognized as one of the most powerful programs for phylogenetic analysis. Casual users find it very difficult, because it presents so many options that it is difficult to begin using it. Thus, the program left Matthew Vavrek totally confused, and The Manual caused irreparable damage to the eyes of poor Paulo Nuin (see the Blind Scientist blog).
The powerful scripting language of TNT makes it possible to use the program for an enormous variety of calculations and tests, with a flexibility far beyond any other single program for phylogenetic analysis. See the script for consistency and retention indices as an example of a very simple script, Siddall's script for partition bootstrapping as something easily accomplished with slightly more knowledge and then as well Pol and Escapa's script for iterative PCR or Goloboff's script for testing delayed character correlation as examples of more complex scripts.
This course (see the syllabus below) would be directed to those people who already have some experience with TNT, those who are capable at least of running an entire standard analysis by means of commands (and, ideally, those with some specific problems which need scripts for resolution). The course will start from the simplest ideas and build up from there; no previous scripting or programming knowledge is required (although it doesn't hurt). It will cover the main aspects of the scripting possibilities, with Goloboff and Siddall tutoring exercises directed at solving gradually more complex problems. The last day will be dedicated to people's projects, helping them design (the initial stage, at least) of their own specific projects. People should bring their own laptops (any operating system is OK).

Course syllabus and more information here >>>

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