Popularidad del software para hacer filogenias desde los 80s

Encontré una buena nota sobre la popularidad del uso de varios programas de análisis filogenéticos. Habiendo personalmente recorrido esa historia desde mis años de estudiante de doctorado en los 80s con Hennig86, Clados, y luego las primeras versiones de PAUP en 1990 me parece un muy buen registro histórico.
Aqui les dejo la nota y una de las muy interesantes gráficas:
http://phylobotanist.blogspot.com/2016/04/the-popularity-of-phylogenetic-programs.html

Con cual programa empieza su historia personal?

Strange seaweed rewrites history of green plants

Strange Seaweed Rewrites the History of Green Plants An ancient alga developed large size and complex structure independently of other plants
Emma Marris, 09 may 2016

A mysterious deep-ocean seaweed diverged from the rest of the green-plant family around 540 million years ago, developing a large body with a complex structure independently from all other sea or land plants. All of the seaweed’s close relatives are unicellular plankton. The finding, published today in Scientific Reports, upends conventional wisdom about the early evolution of the plant kingdom. “People have always assumed that within the green-plant lineage, all the early branches were unicellular,” says Frederik Leliaert, an evolutionary biologist at Ghent University in Belgium. “It is quite surprising that among those, a macroscopic seaweed pops up.”


LEER HISTORIA COMPLETA AQUI>>>

Curso de Análisis Multivariante en Ecología y Evolución, 18-22 de Enero, Barcelona.

Matrícula reducida extendida al 30 de Octubre para el curso  "MULTIVARIATE DATA ANALYSIS FOR ECOLOGY AND EVOLUTION IN R"; del 18 al 22 de Enero, 2016.

Profesores: Dr. Dean C. Adams (Iowa State University, Estados Unidos) y Dr. Antigoni Kaliontzopoulou (Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos (CIBIO), Portugal).

Web e inscripciones: http://www.transmittingscience.org/courses/stats/multi-ecol-evol-in-r/

 
Este curso está dirigido a estudiantes de doctorado e investigadores interesados en explorar el potencial de R para análisis multivariantes en los campos de la ecología y la evolución. El curso constará de una presentación general de las herramientas estadísticas principales para análisis multivariantes, incluyendo métodos de exploración, GLM multivariado, métodos de control de no-independencia evolutiva y ecológica, selección de modelos y análisis de dispersión.

El curso incluirá sesiones de mañana y tarde. Durante las sesiones de mañana, los profesores discutirán temas clave en ecología y evolución y los asociarán a las herramientas estadísticas existentes para explorar cuestiones científicas específicas. Las sesiones de tarde empezarán con una corta (1h) demostración de R en base a un ejemplo y seguirán con prácticas de los participantes. Al final del curso cada participante dará una presentación sobre su investigación, a poder ser incluyendo algunos análisis hechos durante el curso, así como ideas sobre cómo podrían incorporar lo aprendido en el curso en su investigación.

WHS Hennig XXXV será en Buenos Aires, 2016

La reunión de la Willy Hennig Society para el 2016 será en Buenos Aires!

Los que recibieron su ejemplar impreso de Cladistics 31 #4 encontrarán en el interior de la contraportada un mensaje impreso con esta información: "Henning XXXV will be held in Buenos Aires in October 2016".

Participantes del taller de Winclada, Xalapa 2015

Hoy nos reunimos en la Sala de videoconferencias del Edificio A para el taller de Winclada. El Dr. Nixon amablemente aceptó impartir este taller como parte de su viista al INECOL para una Conferencia magistral.

Todos muy puntuales a las 9 am nos dimos a la tarea de repasar métodos de analisis filogenéticos con las varias operaciones implementadas en "Winclada-Asado v. Xalapa", tal como Kevin la denominó aqui esta mañana. Con esta version super nueva, se pueden enviar tareas desde WinClada a TNT, MrBayes y raxML!
Aqui una foto de algunos de los participantes!

Agradecemos a todos los que ayudaron en la organización de este Taller, la Dra. Gabriela Heredia, Celia Lozano, Joaquin Cázares, Juan Chavez, Noe Carmona, Martha Bonilla, Dolores Gonzalez, Carolina Solis y Eleuterio Velasco.

Taller de WINCLADA, Ago 18, 2015, en Xalapa

Taller de WINCLADA

Fecha: Agosto 18, 2015.

Instructor: Dr. Kevin Nixon, Cornell University,

Organizador: Dr. Efrain De Luna, INECOL, Xalapa, México

Lugar: INECOL, Xalapa. Salon de Usos Multiples, Edificio A, segundo Nivel. Biodiversidad y Sistematica,

Horario: 9 am a 3 pm.

Kevin Nixon of the L. H. Bailey Hortorium at Cornell University in Ithaca, New York has written WINCLADA.

Winclada is a full-featured menu and mouse driven WINDOWS program for phylogenetic analysis.
1) Reads Hennig86, NONA, DADA, CLADOS, and most NEXUS format files that contain cladistic data matrices.
2) Allows the user to edit and manipulate data matrices, both morphological and molecular.
3) Displays, manipulates, and prints cladograms (phylogenetic trees). The latest versions also have a print preview function that allows the user to position trees on a page. Several tree styles are supported.
4) Winclada has the standard types of tree manipulation functions, such branch move and collapse, and recalculates tree lengths automatically under the currently selected optimization parameters (e.g., show only unambiguously supported nodes, fast optimization, slow optimization). Character changes can be mapped as colored hashmarks and labeled both by character number or name and states.
5) Winclada can be set up to directly spawn the programs NONA, PIWE, and HENNIG86. Nona is currently the fastest available program for parsimony analysis. NONA is available by download from the WIlli Hennig Society Web site.

Para propositos de organización, agradeceriamos saber si tiene intenciones de asistir, pues el salón tiene cupo limitado (20 participantes).
Use la herramienta de "comentarios" para solicitar que le apartemos su lugar. 
Disculpas por lo apresurado del anuncio. Hasta hoy se concretó esta posibilidad.

Esta es la lista de quienes tienen lugar reservado:

1. Sandra Ospina, IB, UNAM.
2, 3, 4. Mario Arteaga, más dos estudiantes. UV.
5, 6. Hector Gasca, mas un estudiante, INECOL.
7. Cynthia Becerra, Posgrado, INECOL.
8. Gabriela Aguilar, Universidad del Mar, Puerto Angel, Oaxaca.
9. Leticia Montoya, INECOL.
10. Mariana Herrera, Posgrado, INECOL.
11. Herman Bojorquez, Posgrado, INECOL.
12. Dolores González, INECOL.
13. Cesar Gabriel Duran, IB, UNAM.
14. Marilyn Vasquez. Posgrado, INECOL.
15, 16. Felipe Flores, mas otro investigador, INBIOTECA, UV.
17. Anwar Israel Medina, Posgrado, INECOL.
18. Carolina Solis, Posgrado, INECOL
19. Ernesto López, Posgrado, INECOL.
20. Ma. Elena Medina, INECOL.

------- cupo lleno, muchas gracias por el interes -------

Costo? El taller es ofrecido "gratis" por cortesia del Dr. Nixon, como parte de su visita al INECOL para una Conferencia especial. No se podrá dar ningún certificado o constancia de participación.
Idioma? El taller será en Ingles.
Compu? Cada participante deberá traer su propia computadora con sistema operativo Windows. Software? Aunque podemos descargar Winclada en su sitio de internet, el Dr. Nixon traerá la versión más nueva, la cual ahora permite enviar tareas a MrBayes (para probabilidades posteriores) y a RaxML (para calculo de verosimilitudes).

Articulo en Systematic Biology sobre el impacto de las publicaciones taxonomicas

Accepted April 27, 2015.
Syst Biol (2015) doi: 10.1093/sysbio/syv026 First published online: May 4, 2015
This article is Open Access
Full Text (PDF)Free
                     
A Falsification of the Citation Impediment in the Taxonomic Literature

Florian M. Steiner1,*,
Marco Pautasso2,3,§,
Herbert Zettel4,
Karl Moder5,
Wolfgang Arthofer1 and
Birgit C. Schlick-Steiner1

Current science evaluation still relies on citation performance, despite criticisms of purely bibliometric research assessments. Biological taxonomy suffers from a drain of knowledge and manpower, with poor citation performance commonly held as one reason for this impediment. But is there really such a citation impediment in taxonomy? We compared the citation numbers of 306 taxonomic and 2,291 non-taxonomic research articles (2009-2012) on mosses, orchids, ciliates, ants, and snakes, using Web of Science and correcting for journal visibility. For three of the five taxa, significant differences were absent in citation numbers between taxonomic and non-taxonomic papers. This was also true for all taxa combined, although taxonomic papers received more citations than non-taxonomic ones. Our results show that, contrary to common belief, taxonomic contributions do not generally reduce a journal’s citation performance and might even increase it. The scope of many journals rarely featuring taxonomy would allow editors to encourage a larger number of taxonomic submissions. Moreover, between 1993 and 2012, taxonomic publications accumulated faster than those from all biological fields. However, less than half of the taxonomic studies were published in journals in Web of Science. Thus, editors of highly visible journals inviting taxonomic contributions could benefit from taxonomy’s strong momentum. The taxonomic output could increase even more than at its current growth rate if (i) taxonomists currently publishing on other topics returned to taxonomy and (ii) non-taxonomists identifying the need for taxonomic acts started publishing these, possibly in collaboration with taxonomists. Finally, considering the high number of taxonomic papers attracted by the journal Zootaxa, we expect that the taxonomic community would indeed use increased chances of publishing in Web of Science indexed journals. We conclude that taxonomy’s standing in the present citation-focussed scientific landscape could easily improve – if the community becomes aware that there is no citation impediment in taxonomy.

Key words

Animals
citations
impact factor
microorganisms
plants
scientometrics
taxonomic impediment
taxonomy
................................................

Five New Bess Beetles Discovered in Colombia, Bolivia, and Peru

TAKEN FROM:

 

April 7, 2015 by Entomology Today 3 Comments

Beetles in the family Passalidae are one of the few groups of beetles that are subsocial — the adults actually care for their young and nest in decaying logs. Male and female adults pre-chew the wood and feed it to the larvae, which otherwise would not be able to digest it. They can even communicate audibly by rubbing their wings and their abdomens together — an act known as stridulation, which is often associated with crickets and other insects. Even the larvae are able to stridulate.
Five new passalid beetle species from South America were recently found and described in an article published in the Annals of the Entomological Society of America.

READ MORE@  HERE

Workshop "The use of Phylogenies in the study of Macroevolution - 3rd edition", Barcelona

Registration is open for the course "THE USE OF PHYLOGENIES IN THE STUDY OF MACROEVOLUTION - 3rd edition"

Dates: Septiembre 28 - October 2, 2015.

Instructor: Dr. Juan López Cantalapiedra (Museo de Ciencias Naturales, CSIC, Spain).

This course is aimed at postgraduate students, postdoctoral reserachers and established academics, and can be validated by 4 ECTS at European Universities.

Webpage and registration: http://www.transmittingscience.org/courses/evol/phylogeny-and-macroevolution/ or writing to courses@transmittingscience.org

First, this course will introduce participants to the use, modification and representation of phylogenetic trees. Then, we will focus on the use of phylogenetic information to reconstruct ancestral characters and biogeographic histories, learning how to apply Phylogenetic Comparative Methods. This course will also tackle trait evolution modeling and the assessment of phylogenetic signal. Finally, we will learn about the shape of phylogenetic trees and its evolutionary causes and how to estimate the rates of diversification throughout the evolutionary history of groups. Participants are encouraged to bring their data sets to use in the practical class.
Important note: Please bear in mind that this course is not about reconstructing (building) phylogenetic trees.

Software: Mesquite, FigTree, BayesTraits (using BayesTraits Wrapper in R), RASP and R (ape, TreeSim, TreePar, Geiger, OUwie, BioGeoBEARS).

Place:  Facilities of the CRIP at  Els Hostalets de Pierola, Barcelona (Spain).

Organized by: Transmitting Science, the Centre de Restauració i Interpretació Paleontologic and the Institut Catalá de Paleontologia Miquel Crusafont.

El sitio web Filogenetica.org: llegará a los diez años?

Lo que empezó en el 2006 como una curiosidad por aprender a desplegar un sitio web y la inquietud de proporcionar un servicio de información sobre recursos para filogenética, que es lo que ha llegado a ser este sitio web?
Las circunstancias han cambiado. Ahora es muy fácil encontrar la información en internet. Por eso, amables lectores, les pregunto: vale la pena seguir con este servicio? Llegará este sitio web a su décimo año?

Hennig meeting XXXIV in New York, June 28 - July 2, 2015

ANNOUNCEMENT

Please join us for
Hennig XXXIV
June 28 - July 2, 2015
at The New York Botanical Garden and Fordham University. The scientific program will include symposia, contributed papers, and posters. Social activities will include a welcome reception, poster presentation reception, coffee breaks, pre-banquet mixer, and optional ticketed banquet.

PROGRAMS OVERVIEW
• Scientific and Social Programs Overview


Information here

Graduate Student Research Grants for taxonomic work

The deadline for applications for ASPT Graduate Student Research Grants is March 6, 2015. 

Graduate student research grants support fieldwork, herbarium travel, and/or laboratory research in any area of plant systematics. Both master's and doctoral students are encouraged to apply.  Every year we present 10-15 of these awards to promising young scientists. Please go to the ASPT website or use this link to access the application instructions.

All completed application materials should be e-mailed to Melissa Luckow at MAL8--oa---cornell.edu by March 6, 2015. In order to be considered for an award, the  the student must be a member of ASPT before submitting the grant application!

Taller de Reconstrucción Filogenética Molecular, Patzcuaro, México. 2015

Detalle del curso

Nombre del curso:	Taller de Reconstrucción Filogenética Molecular
Inicia	02/03/2015	Finaliza	13/03/2015
Horario de clases:	Será impartido en Pátzcuaro de lunes a viernes de 9:00 a 17:00 hrs.
Estudiantes mínimo:	4	máximo:	12
Costo:	$ 3000	Creditos:	9	Horas:	90
Coordinadores:	Eduardo Ruíz Sánchez
Profesores invitados:
Ver datos de inscripción, requisitos y formatos
Presentación
Los datos moleculares (secuencias de AND, nuclear, mitocondrial y cloroplasto), utilizados para los estudios de la sistemática filogenética molecular, son empleados todos los días para reconstruir la historia evolutiva de los linajes existentes y/o extintos de nuestro planeta, con la finalidad e inferir relaciones de parentesco (ancestría - descendencia), resolver problemas taxonómicos, realizar dataciones moleculares, reconstrucción de áreas ancestrales, biología comparada, estudios ecológicos con referencia en diversidades filogenéticas, filogeografía entre otros usos que se dan actualmente a la reconstrucción filogenética. Estos problemas se abordan con métodos de parsimonia, máxima verosimilitud e inferencia bayesiana. De ahí la importancia de que los estudiantes del posgrado del INECOL y de otros posgrados interesados en la reconstrucción filogenética molecular, aprendan a bajar las secuencias de la web (GenBank), editar, alinear secuencias y realizar reconstrucciones filogenéticas, dataciones moleculares, reconstrucción de áreas ancestrales y redes de parsimonia para trabajos filogeográficos, todo ello, solamente con caracteres moleculares del ADN.

Two Postdoc Positions Available for computational phylogenetics and molecular evolution

Two postdoctoral researcher positions are available in the computational evolutionary biology lab of Jeremy M. Brown at Louisiana State University. Research in the Brown lab is broadly centered on the use of phylogenetic approaches to understand organismal history and molecular evolution.
Position 1 is part of a project funded by the National Science Foundation to develop and apply a suite of related statistical approaches for assessing the fit of stochastic models to sequence and trait data. The Brown lab is collaborating extensively on this project with the lab of Bob Thomson at the University of Hawaii – Manoa, as well as the developers of RevBayes and the authors of various R packages.
Position 2 is not tied to a specific project, but research connected to other areas of active inquiry in the Brown lab will be strongly preferred. These areas include the development of new techniques for extracting information from large collections of phylogenetic trees, the exploration of new models and priors for Bayesian phylogenetics, and the investigation of genome-wide phylogenetic and evolutionary patterns.

MORE INFO HERE >>>

Curso QUANTITATIVE CLADISTICS AND USE OF TNT - Segunda edición

Fechas: del 29 de Junio al 3 de Julio del 2015.

 

Profesores: Dr. Goloboff and Dra. Szumik (Conicet, Argentina).

 

Lugar:  Centre de Restauració i Interpretació Paleontologica, Els Hostalets de Pierola,  Barcelona (España).

Página web e inscripciones: http://www.transmittingscience.org/courses/phylo/cladistics/

 

El curso cubrirá los conceptos básicos de análisis de parsimonia y optimización de caracteres, búsquedas de árboles, el diagnóstico y el resumen de los resultados de manera eficiente, y medir el apoyo a los grupos. Tendrá extensos ejercicios prácticos que ayudarán a los participantes familiarizarse con los principales aspectos del análisis filogenético utilizando TNT. También habrá una demostración y un poco de práctica con GB-> TNT, un programa para crear matrices de TNT a partir de datos GenBank.

 

Este curso es co-organizado por Transmitting Science, el Institut Catalá de Paleontologia M. Crusafont y el Centre de Restauració i Interpretació Paleontologica. Las plazas son limitadas y se cubrirán por estricto orden de inscripción.