Estimados colegas filogenetistas y evolucionistas, les escribo para informarles que hemos liberado al dominio público el servidor web primers4clades.Es un servidor de fácil manejo, totalmente automatizado, útil en el diseño de primers de PCR para estudios metagenómicos y/o de diversidad.
Se trata de una herramienta para ayudar en el diseño de primers de PCR taxon-específicos, o clado-específicos para genes condificantes de proteínas (con o sin intrones, es decir de bacterias o eucariontes) a partir de alineamientos múltiples y árboles filogenéticos. Las parejas de oligos encontradas para un conjunto de secuencias enviadas por el usuario son ordenadas en función de un parámetro compuesto de calidad", basado en criterios termodinámicos de los oligos y en el contenido de información filogenética del conjunto de amplicones.
Hemos preparado una documentación muy detallada sobre los requisitos de los datos de entrada, opciones de cómputo, interpretación de resultados, un análisis estadístico a escala genómica del comportamiento del servidor y dos estudios de caso. Además hay tres conjuntos de datos disponibles directamente desde el servidor, para poderlo probar rápida y cómodamente.
El servidor corre en dos espejos, uno en el CCG/UNAM-México y otro en la EEAD/CSIC - España.
Tambien encuentran ligas a estas URLs desde mi sitio web personal, donde además encontrarás muchos tutoriales en español sobre biocómputo, bioinformática y filogenética.
Todavía no tenemos una publicación, pero el Editor del “server issue” de la revista Nucleic Acids Research, nos respondió positivamente para enviar el manuscrito a finales de mes, por lo que esperamos sea publicado en el mes de Julio. La referencia provisional está aquí.
Esperamos que esta herramienta les sea de utilidad y agradeceríamos tus comentarios y sugerencias sobre mejoras al mismo o a la documentación, surgidas en base a tu experiencia en el manejo de primers4clades.
Me despido deseándoles un feliz y productivo 2009!!!
Pablo Vinuesa,
Centro de Ciencias Genómicas, UNAM,
México
