Multiple Means Of Identifying Species Better Than DNA Barcoding Alone
Esta nota es respecto al articulo reciente en AJB sobre los problemas en las papas.
Muy ilustrativo de un punto de vista cada vez mas moderado y cauteloso sobre los peligros de enfatizar los códigos de barras de DNA como "la solución" a la identificación taxonómica.
6 de julio de 2009
3 de julio de 2009
Resucitará la Taxonomia en China?
China Searches for an 11th-Hour Lifesaver for a Dying Discipline -- Jiao 325 (5936): 31 -- Science
Una nota reciente en Science 3 July 2009 describe la urgente necesidad de revitalizar la investigación taxonómica en China. Como lo estan haciendo?
La receta incluye tomar una posición clave en las instituciones para el financiamiento de la ciencia. Resulta que el Presidente de NSFC, la agencia principal de financiamiento de ciencia basica en China, es Chen Yiyu, un taxonomo. La segunda parte es aventar dinero, mucho dinero $500,000 dolares a los taxónomos. Y se anuncia que para 2010 viene mas dinero!
La tercera y cuarta parte son dos argumentos cuestionables: evaluación especial para taxónomos y voltear a la taxonomía molecular. Se propone que los taxónomos deberían ser evaluados con otros estándares, en vez de contar artículos publicados en revistas de impacto y numero de citas. Le han hecho caso a Chen? Parece que si! Algunas instituciones ahora evalúan a los taxonomos por las monografias que producen, no el factor de impacto. Es la solucion?
Chen identifica el cuarto ingrediente: el futuro de la taxonomia mejorará si se incluyen métodos de la biología molecular, por ejemplo el uso de DNA barcodes para identificación de especies. Según Chen es tiempo de que la taxonomía clásica en China avance: "El periodo de los taxónomos simplemente identificando especies ya ha pasado".
Su visión contempla taxónomos trabajando junto a biólogos moleculares rejuveneciendo la taxonomía en China.
Una nota reciente en Science 3 July 2009 describe la urgente necesidad de revitalizar la investigación taxonómica en China. Como lo estan haciendo?
La receta incluye tomar una posición clave en las instituciones para el financiamiento de la ciencia. Resulta que el Presidente de NSFC, la agencia principal de financiamiento de ciencia basica en China, es Chen Yiyu, un taxonomo. La segunda parte es aventar dinero, mucho dinero $500,000 dolares a los taxónomos. Y se anuncia que para 2010 viene mas dinero!
La tercera y cuarta parte son dos argumentos cuestionables: evaluación especial para taxónomos y voltear a la taxonomía molecular. Se propone que los taxónomos deberían ser evaluados con otros estándares, en vez de contar artículos publicados en revistas de impacto y numero de citas. Le han hecho caso a Chen? Parece que si! Algunas instituciones ahora evalúan a los taxonomos por las monografias que producen, no el factor de impacto. Es la solucion?
Chen identifica el cuarto ingrediente: el futuro de la taxonomia mejorará si se incluyen métodos de la biología molecular, por ejemplo el uso de DNA barcodes para identificación de especies. Según Chen es tiempo de que la taxonomía clásica en China avance: "El periodo de los taxónomos simplemente identificando especies ya ha pasado".
Su visión contempla taxónomos trabajando junto a biólogos moleculares rejuveneciendo la taxonomía en China.
2 de julio de 2009
Treevolution: análisis visual de árboles filogenéticos
Treevolution es una herramienta para visualizar árboles filogenéticos dotada de una gran interacción. Los árboles son representados mediante dendrogramas circulares, pudiendo modificar el tamaño de los sectores o anillos.Además, podemos seleccionar familias y representarlas mediante dendrogramas lineales o generar estadísticas del árbol.
La idea subyacente es facilitar la navegación e inspección del árbol, incluso aunque este sea bastante grande.
Treevolution puede descargarse de manera gratuita aquí
Puedes citar Treevolution referenciando su artículo en Bioinformatics
Treevolution es una creación del grupo VisUsal en la Universidad de Salamanca (España)
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Treevolution is a highly interactive tool to visualize philogenetic trees. The trees are represented by means of radial dendrograms, allowing to modify the size of sectors and rings.
In addition, you can select clades and represent them as linear dendrograms, or generate tree statistics.
The main goal of this tool is to facilitate the navigation and inspection of phylogenetic trees, even if they are large.
Treevolution is available to download here
You can cite Treevolution with this paper on Bioinformatics
Treevolution is credited by the VisUsal group from the University of Salamanca (Spain)
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