The EEB & flow: Picante's coming out party
.... a new R package, picante has been created by Steve Kembel and colleagues which runs many of the same routines as in phylocom, but in the R framework, allowing one to tie these analyses in better with other, non-phylogenetic tests. Picante also has a number of features and tests not found in phylocom, including tests of phylobetadiversity and phylogenetic signal using Blomberg’s K.
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11 de mayo de 2010
10 de mayo de 2010
Beca para Tesis Doctoral en filogenia de crustáceos decápodos ibéricos
Propuesta de beca/contrato para realizacion de Tesis Doctoral - Puerto Real
El proyecto de investigación: “Aplicación de técnicas morfológicas y moleculares en la identificación de estados larvarios planctónicos de crustáceos decápodos ibéricos”(CGL2009-11225) ha sido financiado por el Ministerio de Ciencia e Innovación (Plan Nacional I+D+I), y se desarrollará de enero de 2010 a diciembre de 2012. En el contexto de este proyecto se oferta la posibilidad de solicitar una beca/contrato FPI para realizar una Tesis Doctoral.
El objetivo principal de este proyecto es optimizar la aplicación de técnicas moleculares, en concreto el análisis de secuencias de ADN mitocondrial, conjuntamente con técnicas morfológicas, para facilitar la correcta identificación de las megalopas de los braquiuros ibéricos colectadas en el plancton y, posteriormente, poder realizar descripciones detalladas de la morfología de las mismas. Las nuevas descripciones junto con las ya existentes permitirán elaborar una clave ilustrada, dirigida a investigadores y técnicos, que facilite la correcta identificación de estos organismos tan importantes en las poblaciones planctónicas. Así mismo se realizarán estudios de filogenia molecular en los taxa (superfamilias, familias o géneros) que están bien representados en la Península Ibérica, y de los que ya existen datos para especies de otras áreas. Esto ayudará a conocer las relaciones filogenéticas, y en su caso modificar la sistemática, de algunos grupos hasta ahora poco estudiados, así como revisar la validez taxonómica de algunas especies.
La realización de esta Tesis Doctoral implicará el uso tanto de técnicas tradicionales en taxonomía y filogenia (estudio de los caracteres morfológicos de adultos y larvas), como el de técnicas moleculares, particularmente el análisis de secuencias de ADN mitocondrial. Será necesario realizar periódicamente trabajo de campo, colecta de larvas en el plancton, así como trabajo diario de laboratorio.
Se busca por tanto un/una candidat@ con licenciatura en Biología o Ciencias del Mar, con fuerte motivación por la investigación científica. Con disponibilidad para viajar tanto por España como por el extranjero, e incluso realizar estancias breves en Centros de Investigación de otros países.Se valorará un buen nivel de inglés (hablado y escrito), conocimientos previos de fundamentos de taxonomía y filogenia, experiencia previa de laboratorio en técnicas moleculares básicas, posesión de carnets de conducir y de buceador, y habilidad para el dibujo.
El proyecto se desarrollará en el Instituto de Ciencias Marinas de Andalucía, CSIC, situado en Puerto Real, Cádiz (www.icman.csic.es). Para más información contactar con José A. Cuesta (email)
El objetivo principal de este proyecto es optimizar la aplicación de técnicas moleculares, en concreto el análisis de secuencias de ADN mitocondrial, conjuntamente con técnicas morfológicas, para facilitar la correcta identificación de las megalopas de los braquiuros ibéricos colectadas en el plancton y, posteriormente, poder realizar descripciones detalladas de la morfología de las mismas. Las nuevas descripciones junto con las ya existentes permitirán elaborar una clave ilustrada, dirigida a investigadores y técnicos, que facilite la correcta identificación de estos organismos tan importantes en las poblaciones planctónicas. Así mismo se realizarán estudios de filogenia molecular en los taxa (superfamilias, familias o géneros) que están bien representados en la Península Ibérica, y de los que ya existen datos para especies de otras áreas. Esto ayudará a conocer las relaciones filogenéticas, y en su caso modificar la sistemática, de algunos grupos hasta ahora poco estudiados, así como revisar la validez taxonómica de algunas especies.
La realización de esta Tesis Doctoral implicará el uso tanto de técnicas tradicionales en taxonomía y filogenia (estudio de los caracteres morfológicos de adultos y larvas), como el de técnicas moleculares, particularmente el análisis de secuencias de ADN mitocondrial. Será necesario realizar periódicamente trabajo de campo, colecta de larvas en el plancton, así como trabajo diario de laboratorio.
Se busca por tanto un/una candidat@ con licenciatura en Biología o Ciencias del Mar, con fuerte motivación por la investigación científica. Con disponibilidad para viajar tanto por España como por el extranjero, e incluso realizar estancias breves en Centros de Investigación de otros países.Se valorará un buen nivel de inglés (hablado y escrito), conocimientos previos de fundamentos de taxonomía y filogenia, experiencia previa de laboratorio en técnicas moleculares básicas, posesión de carnets de conducir y de buceador, y habilidad para el dibujo.
El proyecto se desarrollará en el Instituto de Ciencias Marinas de Andalucía, CSIC, situado en Puerto Real, Cádiz (www.icman.csic.es). Para más información contactar con José A. Cuesta (email)
OSU Cladistics Workshop, 2010
OSU Cladistics Workshop: "workshop on phylogenetic methods"
The Ohio State University will conduct its fourth workshop on phylogenetic methods in Columbus, Ohio, June 28 - July 2, 2010. The purpose is to provide further instruction and experience to students who already have some familiarity with phylogenetic analysis. The format is a series of lectures and laboratory sessions that will give students the opportunity to gain a deeper understanding of the logic of the phylogenetic method, parsimony, maximum likelihood and Bayesian approaches, tree search strategies, measures of support, DNA alignment, morphological character coding, and analysis of multiple and large data sets.
Lecturers are expected to include Cyrille D'Haese (Muséum National d'Histoire Naturelle, Paris), Kevin Nixon (Cornell University), Christopher P. Randle (Sam Houston State University) and John W. Wenzel (Ohio State University). The software used for the course will include WinClada, Encino, Mesquite, TNT, PAUP*, Clustal, POY, RaxML, GARLI, and MrBayes, and will be distributed with a course packet and workbook. You can see the planned syllabus here.
Cost for the workshop, is $1200. The workshop will be limited to 40 participants. Twenty Fellowships will be made available on a competitive basis. Fellowships cover lodging in a bloc of rooms rented by the workshop and $600 of fees paid directly to the workshop. Thus Fellows will be responsible for only a workshop cost of $600, the cost of transportation to and from the Ohio State campus, and meals. Other enrollees will be given a list of local motels that are close to campus.
An application consists of a completed application form, a current CV for the student, and a letter from the student’s advisor regarding the relevance of the course to the student’s career goals. Applications are due May 15, 2009, and notification of acceptance will begin by May 25. Please email all application materials to osuphylo@osu.edu. Further information may be obtained by emailing the same address..
This workshop is sponsored by the Ohio State University Museum of Biological Diversity (http://mbd.osu.edu), Department of Evolution Ecology and Organismal Biology (http://eeob.osu.edu) Organized by Marymegan Daly, John V. Freudenstein, and John W. Wenzel.
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