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4 de mayo de 2011

Bio::Phylo, a Perl5 toolkit for phyloinformatic analysis

BIO::Phylo-phyloinformatic analysis using perl
Rutger A Vos, Jason Caravas, Klaas Hartmann, Mark A Jensen, Chase Miller.
BMC Bioinformatics 2011, 12:63
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/12/63
open access

Abstract
Background
Phyloinformatic analyses involve large amounts of data and metadata of complex structure. Collecting, processing, analyzing, visualizing and summarizing these data and metadata should be done in steps that can be automated and reproduced. This requires flexible, modular toolkits that can represent, manipulate and persist phylogenetic data and metadata as objects with programmable interfaces.
Results
This paper presents Bio::Phylo, a Perl5 toolkit for phyloinformatic analysis. It implements classes and methods that are compatible with the well-known BioPerl toolkit, but is independent from it (making it easy to install) and features a richer API and a data model that is better able to manage the complex relationships between different fundamental data and metadata objects in phylogenetics. It supports commonly used file formats for phylogenetic data including the novel NeXML standard, which allows rich annotations of phylogenetic data to be stored and shared. Bio::Phylo can interact with BioPerl, thereby giving access to the file formats that BioPerl supports. Many methods for data simulation, transformation and manipulation, the analysis of tree shape, and tree visualization are provided.
Conclusions
Bio::Phylo is composed of 59 richly documented Perl5 modules. It has been deployed successfully on a variety of computer architectures (including various Linux distributions, Mac OS X versions, Windows, Cygwin and UNIX-like systems). It is available as open source (GPL) software from http://search.cpan.org/dist/Bio-Phylo

29 de abril de 2011

Plazas para taxonomía vegetal, diversidad y morfología de plantas vasculares

El INECOL ha publicado una convocatoria para ocupar dos plazas de investigacion en la Red de Biodiversidad y Sistemática, en el Centro Regional del Bajío en Pátzcuaro, Michoacán.
El aspirante deberá contar con amplios conocimientos sobre la taxonomía vegetal, diversidad y morfología de plantas vasculares, además de tener experiencia en su colecta y determinación. La plaza requiere experiencia en el uso de metodologías filogenéticas y es necesario que el candidato esté familiarizado y tenga experiencia de primera mano con las técnicas de laboratorio necesarias para la recopilación de datos moleculares, así como con las técnicas para su análisis, tanto por métodos de parsimonia como de probabilidad. Se dará preferencia a los candidatos con experiencia probada en la flora mexicana, aunque no contar con la misma no cancela la candidatura.

Los detalles de la convocatoria estan en:
http://www1.inecol.edu.mx/inecol/documentos/PlazasCRB%2807abril2011%29.pdf


Transcribo el texto de la convocatoria aquí pero solo con propósitos informativos.
INSTITUTO DE ECOLOGIA A.C. (INECOL) CONVOCATORIA PARA
OCUPAR DOS PLAZAS DE INVESTIGADOR
EL INECOL es un centro público de investigación adscrito al Consejo Nacional de
Ciencia y Tecnología que lleva a cabo investigación y formación de estudiantes en los
campos de la ecología, biodiversidad y sistemática, conservación y manejo de recurso
naturales. Cuenta con instalaciones en Xalapa, Veracruz y en Pátzcuaro, Michoacán así
como con estaciones de campo en zonas templadas y desérticas de Durango y en la zona
costera de Veracruz. Actualmente se encuentran asociados al INECOL 103
investigadores de tiempo completo, 95 técnicos académicos, 88 administrativos y 134
estudiantes de posgrado. La vida académica está organizada en nueve departamentos o
redes: Biodiversidad y Sistemática, Ecología Funcional, Ambiente y Sustentabilidad,
Biología Evolutiva, Manejo Biorracional de Plagas y Vectores, Manejo Biotecnológico
de Recursos, Ecoetología, Biología y Conservación de Vertebrados e Interacciones
Multitróficas. El INECOL invita a los investigadores interesados a ocupar dos plazas,
descritas a continuación.
DOS PLAZAS DISPONIBLES
Categoría disponible: Investigador Titular A
Contratación: Tiempo completo por 12 meses. Dependiendo del desempeño académico
se renovará el contrato. Después de tres años, los candidatos podrán solicitar su
definitividad.
Descripción de la Investigación:
El candidato seleccionado formará parte de la Red de Biodiversidad y Sistemática,
estando asignado y llevando a cabo sus investigaciones en el Centro Regional del Bajío
en Pátzcuaro, Michoacán. El proyecto principal del Centro es la Flora del Bajío y de
Regiones Adyacentes, un inventario detallado de las plantas vasculares de Guanajuato,
Querétaro y la parte norte de Michoacán, y la persona elegida se incorporará a un grupo
de cuatro investigadores y cinco técnicos académicos involucrados en dicho proyecto. El
aspirante deberá contar con amplios conocimientos sobre la taxonomía vegetal,
diversidad y morfología de plantas vasculares, además de tener experiencia en su colecta
y determinación. La plaza requiere experiencia en el uso de metodologías filogenéticas y
es necesario que el candidato esté familiarizado y tenga experiencia de primera mano con
las técnicas de laboratorio necesarias para la recopilación de datos moleculares, así como
con las técnicas para su análisis, tanto por métodos de parsimonia como de probabilidad.
Se dará preferencia a los candidatos con experiencia probada en la flora mexicana,
aunque no contar con la misma no cancela la candidatura.
Responsabilidades:
• Participar en trabajo de campo para la colecta de ejemplares para el herbario IEB y su
programa de intercambio.
• Colaborar en el proyecto Flora del Bajío y de Regiones Adyacentes a través de la
preparación de fascículos y la coordinación de tratamientos taxonómicos por especialistas
externos.
• Llevar a cabo estudios a largo plazo sobre la sistemática (molecular y tradicional) de
uno o varios grupos de plantas vasculares.
• Ayudar en el equipamiento, desarrollo y manejo del laboratorio de análisis moleculares.
• Impartir cursos de posgrado y dirigir tesis en los programas de Maestría y Doctorado
del INECOL.
• Publicar artículos en revistas reconocidas internacionalmente con factor de impacto, en
revistas nacionales, de divulgación y periódicos y ocasionalmente en libros.
• Presentar proyectos de investigación ante instituciones mexicanas o internacionales
tanto gubernamentales como privadas.
Requisitos:
• Licenciatura en Biología o Ecología y contar con un Doctorado en Ciencias con
especialidad en Sistemática Vegetal.
• Contar con al menos un posdoctorado en el área de conocimiento.
• Ser autor o co-autor de 5-7 artículos en revistas científicas con factor de impacto,
habiendo publicado al menos 3 de ellos en los últimos 3 años.
• Contar con experiencia en la colecta de ejemplares botánicos.
• Haber preparado revisiones y tratamientos florísticos sobre plantas vasculares.
• Haber llevado a cabo investigación en sistemática molecular sobre un grupo de plantas
vasculares.
• Tener experiencia en el uso de metodologías filogenéticas, tanto por métodos de
parsimonia como de probabilidad
• Tener experiencia de primera mano con las técnicas de laboratorio necesarias para la
recopilación de datos moleculares
• Es deseable pero no indispensable haber vivido y trabajado en Latinoamérica.
• Hablar y escribir en español e inglés de manera correcta.
• Capacidad de trabajar en equipo, habilidad para negociar, atender con precisión y
rapidez situaciones que así lo requieran, así como llevar a cabo simultáneamente varias
tareas.
• Contar con experiencia en presentación de proyectos.
• Disposición para viajar y trabajar fuera de horario regular.
• Contar con licencia de manejo (recomendable).
Procedimiento para presentar solicitudes:
Los interesados enviarán una carta describiendo su experiencia relacionada con el perfil
de la plaza, su curriculum vitae e información de tres referencias, incluyendo sus
teléfonos y sus correos electrónicos. Se contactará únicamente a las referencias de los
candidatos finalistas. La revisión de solicitudes comenzará en la fecha de publicación de
la convocatoria y se extenderá hasta el 31 de de julio de 2011. Los candidatos
seleccionados deberán ocuparlas antes del 1 de octubre de 2011. Favor de enviar los
documentos citados en archivos PDF o Word a:
Secretaría Académica
Instituto de Ecología A. C.
Correo electrónico: secretaria.academica@inecol.edu.mx
Página web: www.inecol.edu.mx

Biennial conference of the Systematics Association, Belfast



8th Biennial Meeting: July 2011
Queen's University, Belfast

4th - 8th July 2011

Introduction

The Biennial conferences of the Systematics Association provide a forum for systematists from different disciplines to present and discuss their research. The Sixth Biennial Conference was held at Royal Botanic Garden Edinburgh in August 2007. The conference was attended by about 240 delegates from a broad international audience. The format was a mixture of open sessions and focussed thematic symposia.

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