Phyloseminar: Huelsenbeck and Höhna demonstrate RevBayes. Feb 29.

"RevBayes: An R like Environment for Bayesian phylogenetic inference"
John P. Huelsenbeck and Sebastian Höhna (UC Berkeley and Stockholm University)
connect to Phyloseminar.org
Feb 29
http://phyloseminar.org/

RevBayes is a computer program that uses directed acyclic graphs
(DAG's) to specify any type of model, to hold the model and data in
memory, and to compute the likelihood of the parameters of the model.
DAG's provide a framework for the construction of modular models.
Models can easily be extended and/or parts of the model exchanged
(e.g., the substitution process and clock model) and several models
can be combined. The design of RevBayes should allow the
implementation of any extension to existing models. RevBayes is mainly
developed for Bayesian phylogenetic analyses, but it can be extended
to any inference on probabilistic models.

In this talk, I will give a brief introduction to the concept of DAG's
and how they are used to construct a model. Once the model is
specified, I will show how to simulate new observations under the
model and how to estimate its parameters. I will demonstrate this in
the RevLanguage, which is an R-like language for building DAG's for
phylogenetic problems. The RevLanguage is used interactively to
specify the model, as done with R. I will show how a full phylogenetic
model is specified, step-by-step. I will mainly focus on various
standard substitution models, relaxed clock models, and divergence
times priors. Specifically, I will show a new birth-death model with
speciation and extinction rates varying over time and use this in a
integrative analysis. In the integrative analysis I condition only on
the alignment (only the alignment is considered to be known) and
estimate the tree and divergence times simultaneously as well as the
speciation and extinction rates.

CURSO DE POST-GRADO USO DE TECNICAS MOLECULARES EN SISTEMATICA Y GENÉTICA DE POBLACIONES. ARGENTINA

UNIVERSIDAD NACIONAL DE CÓRDOBA

CURSO DE POST-GRADO

USO DE TECNICAS MOLECULARES EN SISTEMATICA Y GENÉTICA DE POBLACIONES

Unidad Académica Organizadora: Cátedra de Genética de Poblaciones y Evolución y Doctorado en Ciencias Biológicas. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales, Universidad Nacional de Córdoba (Res. 734/10, HCD).

Modalidad: Teórico-práctico
Duración: 45 hs. (40 presenciales, 5 no-presenciales).
Fecha de realización: 12 al 16 de marzo de 2012.
Lugar: Facultad de Ciencias Exactas, Av. Vélez Sarsfield 299. Córdoba.
Destinatarios: alumnos del doctorado en Ciencias Biológicas, egresados de la carrera de Biología y carreras afines (Cs. Agropecuarias, Lic. en Genética, etc.)
Responsable académico y administrador de los fondos: C. N. Gardenal
Cupo: 12 alumnos
Arancel: $ 600. Alumnos inscriptos en el Doctorado en Ciencias Biológicas de la Universidad Nacional de Córdoba, $ 480.

Docentes participantes: Dres. C. Noemí Gardenal, Marina Chiappero, Beatriz García, Raúl González Ittig, Paula Rivera y Alicia R. Pérez.

OBJETIVOS

1. Conocer los principios, aplicaciones y limitaciones de las técnicas moleculares en Sistemática y en Genética de Poblaciones.
2. Conocer criterios que permitan seleccionar los marcadores más adecuados para resolver problemas taxonómicos a diferentes niveles (intra e inter-específico, a nivel de género y taxones superiores).
3. Recibir entrenamiento en la utilización de nuevas herramientas para el análisis de la biodiversidad, teniendo en cuenta la historia evolutiva de poblaciones y de especies.
4. Comprender el uso de diferentes programas de computación corrientemente utilizados para el análisis de datos.

PROGRAMA
1. Toma y conservación de muestras para la aplicación de diferentes técnicas. Manejo del laboratorio de Biología Molecular. Preparación y esterilizado de material. Práctica de pipeteo con micropipetas automáticas.
2. Fundamento de los métodos de extracción de ADN. Aislamiento de ADN de tejidos animales y vegetales.
3. Conceptos teóricos sobre la amplificación de segmentos de ADN mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR).
4. Amplificación por PCR utilizando cebadores específicos: a) amplificación del gen citocromo b del ADN mitocondrial de especies del género Oligoryzomys (Rodentia: Sigmodontinae); b) amplificación de loci microsatélites (genoma nuclear) de especies de Calomys (Rodentia: Sigmodontinae).
5. Conceptos teóricos sobre la amplificación por PCR utilizando cebadores arbitrarios: RAPDs, ISSR, AFLP. Amplificación de fragmentos ISSR en Myrcianthes cisplatensis (mato).
6. Polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción (RFLP): conceptos teóricos y análisis de geles. Digestión del gen cit b de varias especies de roedores sigmodontinos con enzimas de restricción.
7. Secuenciamiento. Alineación de secuencias.
8. Métodos de análisis. Tratamiento de los distintos tipos de datos. Construcción de matrices. Uso de programas como PAUP, Mr Bayes, jModeltest, Arlequin, Genalex y Structure.

BIBLIOGRAFIA BASICA

1. Avise J C. 2004. Molecular markers, Natural History and Evolution. Chapman & Hall, New York.
2. De Salle, R., Giribert, G. y Wheeler, W. 2002. Techniques in Molecular Systematics and Evolution. Birkhäuser, Basilea.
3. Hillis D M, C. Moritz, B K Mable. 1996. Molecular Systematics. Sinauer Ass., Inc. Sunderland, Massachusetts.
4. Freeland, J R. 2011, S D Petersen y H Kirk. 2011. Molecular Ecology. Wiley-Blackwell.
5. Wiley E. O. y B S Lieberman. 2011. Phylogenetics: Theory and Practice of Phylogenetic Systematics. Wiley-Blackwell.
6. Yang Z. 2006. Computational Molecular Evolution. Oxford Series in Ecology and Evolution, Oxford.
7. Hoelzel, A R. 1992. Molecular Genetic Analysis of Populations. A practical approach. IRL Press. Oxford.

Trabajos en publicaciones periódicas empleados para Seminarios durante el curso: se actualizan anualmente.

Evaluación final: escrita, a cargo de C.N. Gardenal, Beatriz A. García y M. Chiappero.


Informes y pre-inscripciones: vía e-mail hasta el 2 de marzo de 2012 >>>M. Chiappero

Requisitos para la pre-inscripción:
- Curriculum Vitae de no más de 5 páginas
- Carta de presentación explicando las motivaciones que lo llevan a realizar el curso.

Los alumnos que queden finalmente inscriptos recibirán la comunicación a más tardar el viernes 3 de marzo de 2012.

Research Grants for Graduate Students

American Society of Plant Taxonomists

2012 Research Grants for Graduate Students

The American Society of Plant Taxonomists is pleased to announce the Society’s annual competition for research grants for graduate student investigators.  Support is available for both masters and doctoral students to conduct fieldwork, herbarium studies, and/or laboratory research in any area of plant systematics.  No award will exceed $1000, and it is unlikely that proposals from previous recipients will be funded.  Proposals will be funded on the basis of merit, regardless of the research area within systematics.

Proposals will be reviewed by the Society’s Awards and Honors Committee and must include the following:

1. Curriculum vitae;
2. Proposal (the text, including figures but excluding literature cited, should not exceed two single-spaced pages) that describes the research to be conducted, emphasizing the role the grant funds will play;
3. Itemized budget.

Eligibility:  Applicants must be members of ASPT at the time of the application deadline.  Details regarding ASPT membership can be found at the ASPT homepage (http://www.aspt.net/index.php).
Proposal submission:  Proposal materials must be submitted electronically as pdf files. Items 1-3 above should be submitted as a single document.  Use the following format for the filename for the proposal materials: 
student name_proposalASPT.pdf.

All application materials should be submitted to Javier Francisco-Ortega via e-mail

Additional details can be found at:
http://www.aspt.net/society/funding/gradstudentgrants.php
http://www.aspt.net/society/funding/gradstudentguidelines.php

Submission deadline for all materials:  9 March 2012.