Estudios filogenéticos de la familia Thuidiaceae (Bryophyta)

García-Avila, D. 2009. Estudios filogenéticos de la familia Thuidiaceae (Bryophyta). Tesis de Doctorado. Instituto de Ecología, AC. Xalapa, Veracruz. México.

En esta tesis se presenta una visión cladística de las relaciones filogenéticas de la familia Thuidiaceae mediante análisis de secuencias de ADN de tres regiones del genoma del cloroplasto. La problemática taxonómica de esta familia se ha abordado mediante el análisis de caracteres morfológicos y herramientas de taxonomía clásica. El principal problema ha sido el límite de la familia Thuidiaceae, ya que frecuentemente se ha asociado y desasociado de la familia Leskeaceae. Los caracteres moleculares analizados demuestran que la familia Thuidiaceae contiene a los géneros Thuidium, Pelekium, Aequatoriella y Thuidiopisis y que Leskeaceae es parafilética.

Se secuenció una región intergénica (rps4-trnS) que nunca se había usado en musgos pleurocarpos en los análisis filogenéticos. Este marcador molecular incrementó el número de caracteres informativos brindando resolución a las filogenias moleculares. Los problemas de alineamiento que presentan las regiones no codificadoras del genoma llevó a la evaluación de diferentes alineamientos provenientes de diferentes esquemas de penalizaciones de “gaps” y tipo de homología. En esta tesis doctoral se propone utilizar el método estadístico de selección de modelos como una estrategia de evaluación de hipótesis de alineamiento. La metodología que se propone es novedosa pues clásicamente se ha evaluado el alineamiento a posteriori considerando atributos combinados del alineamiento y su relación con los árboles como hipótesis filogenéticas, y no las propiedades del alineamiento en sí.

Fungal Genomics. Irapuato

International Training Course on Fungal Genomics
National Laboratory of Genomics for Biodiversity, CINVESTAV
Irapuato, Guanajuato, Mexico

Curso teórico-práctico
Del 5 al 17 de octubre, 2009
En el Langebio (CINVESTAV-Irapuato)
Instructores del IPICYT:

• Lina Riego .
• Sergio Casas.
• Alejandro De Las Peñas.
• Irene Castaño.

Instructores del CINVESTAV-Irapuato

• Alfredo Herrera-Estrella
• Alexander De Luna

Instructores del IFC de la UNAM

• Alicia González

Instructores del CEIB de la UAEM

• Jordi Folch

Al final del curso, del 15 al 17 de octubre, se ofrecerá un simposio dirigido a público en general.

Mayores Informes:
Dr. Alfredo Herrera, aherrera@ira.cinvestav.mx

O bien, consulte el siguiente enlace.

Primer curso taller regional de Bioinformática, Yucatan

La Red Nacional de Bioinformática tiene el agrado de invitar al

“Primer curso taller regional de Bioinformática”,

fecha:

• 22 al 26 de Junio, 2009

lugar:

• Universidad Anáhuac del Mayab,
• Carretera Mérida-Progreso Km. 15.5 AP. 96 Cordemex, CP. 97310
• Mérida, Yucatán, México.

El curso será impartido por el Dr. Ernesto Perez-Rueda, Profesor de Instituto de Biotecnología de la UNAM.

Este evento esta dirigido a:
Profesionistas interesados en el área de la Bioinformatica, estudiantes de posgrado y/o Licenciaturas de carreras químico-biológicas, matemáticas y/o ciencias computacionales. El curso es teórico-practico.
El curso NO tiene costo alguno. Las inscripciones se cerraran el 18 de Junio. El cupo máximo es de 30 personas.
INSCRIPCIONES:
Enviar un mensaje antes del 15 de Junio a la dirección: bioinf.curso2009@gmail.com con el asunto ó “subject” Curso_2009, en donde se haga una solicitud expresa para asistir al curso. Se les pide enviar una breve descripción de su área de trabajo para organizar los grupos de trabajo.

Programa
Sesión 1 - lunes 22

• Introducción a las bases de datos
• Secuencias de nucleótidos: EMBL y Gene Bank
• Secuencias de aminoácidos: SWISSPROT
• Estructuras de proteínas y su clasificación: PDB, CATH, SCOP

Sesión 2 - martes 23

• Alineamientos de Secuencias
• Alineamientos en Pares: Smith-waterman, Needleman-Wunsch
• Búsqueda por similitud usando BLAST.
• Alineamiento múltiples: CLUSTAL, Tcoffee, muscle
• Las matrices de calificación: BLOSUM, PAM, y matrices basadas en clasificaciones de
• aminoácidos.

Sesión 3 - miércoles 24

• Filogenia Molecular
• Métodos basados en distancia
• Métodos basados en parsimonia
• Máximo Likelihood, Protpars, Protdist.

Sesión 4 - jueves 25

• Estructura de Proteínas y Función
• Identificación de dominios en proteínas: Superfamily, PFAM.
• Predicción de estructura secundaria: nnPredict, Predator, PHD, Psipred..
• Predicción de estructuras transmembranales.

Sesión 5 - viernes 26

• Predicción de Motivos funcionales
• Identificación de señales en el DNA y Proteínas
• Promotores, Operadores, activadores, Shine Dalgarno
• Motivos, Prosite, MEME, Wconsensus

Conferencias

1. Jueves 24 de junio, 17:00 hrs. Introducción a la computación cuántica. Dr. Salvador Venegas Andraca. Auditorio del CITI, Mérida, Yucatán.
2. Viernes 25 de junio, 17:00 hrs. Algoritmos cuánticos adiabáticos aplicados en el plegado de proteínas. Dr. Salvador Venegas Andraca. Auditorio del CITI, Mérida, Yucatán

Informes en bioinf.curso2009@gmail.com

Comité organizador

Dr. Ernesto Pérez Rueda. IBT@UNAM - eprueda@gmail.com - Instructor
Dr. Alberto Muñoz Ubando. Universidad del Mayab - luis.munoz@unimayab.edu.mx
Dra. Leticia Arena. UMDI@UNAM - arena.leticia@gmail.com
Biól. Javier Apodaca. UMDI@UNAM - javier.apodaca@gmail.com

ICSEB VII "Extending the Darwinian Panorama" CANCELADO

Se ha anunciado la cancelación del VII International Congress of Systematic and Evolutionary Biology ICSEB VII "Extending the Darwinian Panorama"

Este congreso habría de celebrarse en Veracruz este Julio próximo. Aquí en el blog lo habiamos anunciado en Noviembre 2008.
El sitio web de la reunión comunica simplemente: "Due to the low level of registrations and hotel room bookings, plus withdrawal of plenary and symposium speakers, it has become necessary to cancel ICSEB7 in Veracruz, Mexico, 5-10 July 2009."

Esto si que es una mala noticia. Cuales eran sus expectativas? ... altas?. Y el programa, lo veía Ud interesante?

Computational Phyloinformatics. Portugal

Computational Phyloinformatics July 9-19 2009

An International Collaboration between Instituto Gulbenkian de Ciência and NESCent

This year, Computational Phyloinformatics will be traveling to the Instituto Gulbenkian de Ciência, near Lisbon, Portugal. The IGC is one of Portugal's top research institutes that focuses on the genetic basis of development and evolution of complex systems. Please consult the main IGC GTPB course page here.

The course will provide a hands-on instruction in phyloinformatics using Perl (BioPerl and Bio::Phylo) and SQL (Postgres and BioSQL).

Phylogenetics is key to studying evolution, systematics, comparative genomics, and bioinformatics — phylogenies are now ubiquitous in the biological literature. However, with the growth in computational power and DNA sequencing, and with ever more complex substitution models and analytical methods, it is less and less practical to run simple, one-shot analyses on a personal computer with an off-the-shelf program. As a result, we increasingly rely on custom-scripted analyses or custom-designed computational pipelines, and often on large compute machines or clusters. While books and courses on phylogenetics are common, it is harder to find information on how to script large-scale and complex analyses, or how to write your own scripts and programs.

This course aims to address this gap by introducing these skills in a practical, hands-on setting at the Instituto Gulbenkian de Ciência, near the mouth of the Tagus river in Oeiras, Portugal. This year's course will focus on hands-on training in Perl and SQL and will be structured to accommodate students with less prior programming experience.