Curso de posgrado: Introducción a la informática de la biodiversidad

Curso de posgrado: Introducción a la informática de la biodiversidad
26 de julio - 6 de agosto, 2010, 9 a 17hs.
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires

Docente responsable:

• Martín Ramírez (investigador independiente, CONICET. Profesor adjunto, EGE FCEyN-UBA).

Profesor invitado:

• Renato Mazzanti (profesor adjunto, Universidad Nacional de la Patagonia).

Pre-Inscripción: Hasta el 15 de julio de 2010, enviar un e-mail a Martín Ramírez incluyendo: CV, cargo actual, lugar de trabajo y tema de estudio. Carta de intención explicando cómo piensa aplicar los conocimientos adquiridos en el curso.

Cupo máximo: 30 alumnos (prioridad: doctorandos UBA; de otras universidades con proyectos de tesis afines a los contenidos del curso)
Arancel: $80

Programa

Contenidos teóricos y metodológicos

Introducción general
Tipos de datos de biodiversidad: Taxonómicos, geográficos, ambientales, cronológicos, anatómicos, desarrollo, parentescos.
Origen de datos de biodiversidad: Colecciones biológicas, observaciones, multimedia.
Datos y metadatos. Especificaciones utilizadas en biodiversidad y disciplinas relacionadas.

Introducción a las bases de datos
Concepto de normalización e integridad referencial. El modelo entidad-relación.
Bases relacionales vs. bases orientadas a objetos, estado del arte.
Las bases de datos heterogéneas distribuidas, su aplicación a la biodiversidad.
Repositorios de datos.

Introducción a los metadatos
Datos y metadatos.
Especificaciones utilizadas en biodiversidad y disciplinas relacionadas.
Darwin Core: Versiones e implementaciones.

Metadatos de conjuntos de datos
Catálogos de metadatos de recursos de biodiversidad.

Metadatos de ubicación geoespacial
Método punto-radio.
Protocolos de georreferenciación.

Metadatos de imágenes biológicas
Metadatos embebidos.
Vistas estandarizadas.
Repositorios.
Digitalización de ejemplares mediante imágenes.

Datos taxonómicos
Catálogos de autoridad taxonómica.
Agregadores de datos taxonómicos.
Estimas de diversidad con taxonomía incompleta.

Identificadores únicos
Importancia y problemas de identificadores únicos.
URIs, LSIDs.

Ontologías biológicas
Conceptos, relaciones y razonamientos automáticos.
Web semántica, repositorios RDF.
Anotaciones utilizando ontologías.

Herramientas de adquisición de datos de colecciones biológicas
Funciones y problemática general.
Modelos de datos usuales.

Proveedores de datos
Función y tecnología empleada.
Proveedores TAPIR, IPT

Portales de datos
Función y tecnología empleada.
Portales de iniciativas de biodiversidad.

Aplicaciones de datos de biodiversidad
Cybertaxonomía.
Identificación taxonómica automática: DNA Barcodes y sistemas basados en imágenes.
Modelado de distribuciones predictivas.
Áreas de endemismo.
Inventarios y estimas de riqueza.


Trabajos prácticos

Búsquedas y procesamiento de datos de portales: GBIF, SNDB, BOLD, Morphbank.
Consultas en bases de datos relacionales.
Mapeo de campos de colecciones biológicas a Darwin Core.
Validación de colecciones de datos. Problemas generales, métodos manuales y automáticos.
Georreferenciación de localidades geográficas.
Uso de servicios web.

Martin J. Ramirez
Profesor Adjunto UBA FCEyN EGE
Curador General & División Aracnología
Museo Argentino de Ciencias Naturales - CONICET
Av. Angel Gallardo 470
C1405DJR Buenos Aires
Argentina
tel +54 11 4982-8370 int. 169
fax +54 11 4982-6670 int. 172

Taller sobre Evolución Comparada. Colima, Mexico

Taller sobre Evolución Comparada

Assumption 0: Analysis in Comparative Evolutionary Biology
Daniel R. Brooks, University of Toronto

2 y 3 de septiembre de 2010

Biblioteca de Ciencias, Universidad de Colima
Colima, Colima

Se entregarán constancias de asistencia.
Mayores informes y registro: vleon@ibiologia.unam.

Inició el curso de métodos filogenéticos de la WHS en Columbus

Este lunes ha iniciado el taller de métodos filogenéticos de la WHS en Columbus, OSU. El curso esta organizado por John Wenzel y en esta ocasión han asistido unos 24 participantes de Europa, Estados Unidos y Latinoamérica.
La foto oficial del grupo esta aqui>>
En la foto arriba, Kevin Nixon dando las primeras clases este Lunes por la mañana.
Las sesiones practicas en las PC son en las tardes. La foto abajo, John Wenzel mostrando procedimientos con Nona y Winclada.

Esta tarde todos hemos disfrutado una cena en la casa de John (mejor dicho, el Outgroup Inn). La entrada de su casa esta bien marcada, no habia manera de pasarla sin notar la señal.


Estas son un par de fotos del grupo. Pasamos una excelente tarde gracias a la hospitalidad de la familia de John.

INECOL convoca a concurso una plaza en biologia evolutiva

INSTITUTO DE ECOLOGIA A.C. (INECOL)
CONVOCATORIA PARA OCUPAR SIETE PLAZAS DE INVESTIGADOR

EL INECOL es un Centro Público de Investigación adscrito al Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología que lleva a cabo investigación y formación de estudiantes en el campo de la ecología. Cuenta con instalaciones en Xalapa, Veracruz y en Pátzcuaro, Michoacán así como con estaciones de campo en zonas templadas y desérticas de Durango y en la zona costera de Veracruz. Actualmente se encuentran asociados al INECOL 106 investigadores de tiempo completo, 91 técnicos académicos, 88 adminsitradores y 123 estudiantes graduados. La vida académica está organizada en nueve departamentos o redes: Biodiversidad y Sistemática, Ecología Funcional, Ambiente y Sustentabilidad, Biología Evolutiva, Manejo Biorracional de Plagas y Vectores, Manejo Biotecnológico de Recursos, Ecoetología, Biología y Conservación de Vertebrados e Interacciones Multitróficas.

El INECOL invita a los investigadores interesados a ocupar siete plazas en los siguientes campos de investigación, descritos a continuación. La revisión de solicitudes comenzará en la fecha de publicación de la convocatoria y se extenderá por tres meses, hasta el 15 de septiembre. Los candidatos seleccionados deberán ocuparlas antes del 15 de noviembre de 2010.

[una de las siete plazas es la siguiente]

INVESTIGADOR EN BIOLOGIA EVOLUTIVA

UNA PLAZA DE INVESTIGADOR

Categoría disponible: Investigador Titular A.

Contratación: Tiempo completo por 12 meses. Dependiendo del desempeño académico se renovará el contrato. Después de tres años, los candidatos podrán solicitar su definitividad.

Descripción de la Investigación: La investigación se llevará a cabo en la Red de Biología Evolutiva en un grupo de expertos en genética, ecología molecular, conducta y evolución de plantas vasculares, aves, peces y otros grupos. El candidato seleccionado llevará a cabo investigación para integrar datos moleculares con métodos comparados para entender procesos y patrones evolutivos en plantas (preferentemente angiospermas) y/o en animales (preferentemente aves). La plaza requiere experiencia en métodos moleculares. Las áreas de investigación incluyen evolución molecular, génetica evolutiva, filogeografía, filogeografía comparada, sistemática molecular, cambio global y biología de poblaciones. El candidato seleccionado deberá contar con la habilidad de trabajar con colegas, personal y estudiantes con diferentes especialidades y formación académica.

Responsabilidades:

•  Llevar a cabo investigación que integre métodos moleculares para entender la evolución de grupos de plantas y/o animales.
•  Participar en la formación de recursos humanos, impartiendo cursos y dirigiendo tesis en los programas de maestría y doctorado del INECOL.
•  Preparar proyectos para presentarse en instituciones nacionales e internacionales.
•  Publicar artículos en revistas reconocidas internacionalmente con factor de impacto, en revistas nacionales, en revistas de divulgación y periódicos, y ocasionalmente en libros.

Requisitos:

•  Licenciatura en Biología y Doctorado en Ciencias en biología molecular o campos relacionados.
•  Contar con al menos un posdoctorado en el área de biología molecular.
•  Contar con experiencia en el laboratorio molecular.
•  Es deseable pero no indispensable haber vivido y trabajado en Latinoamérica.
•  Hablar y escribir en español y en inglés.
•  Capacidad de trabajar en equipo.
•  Contar con experiencia en presentación de proyectos.
•  Contar con la capacidad de trabajo en grupos multidisciplinarios.
•  Disposición para trabajar fuera de horario y de viajar a los sitios de estudio.
•  Haber publicado 5-7 artículos en revistas internacionales reconocidas con factor de impacto en el área y al menos ser el primer autor o el autor para la correspondencia en tres de ellos.
•  Contar con licencia de manejo (recomendable).

Procedimiento para presentar solicitudes:

Los interesados enviarán una carta describiendo su experiencia relacionada con la plaza, su curriculum vitae e información de tres referencias, incluyendo su teléfono, y su correo electrónico. Se consultarán únicamente para el caso de los finalistas. Favor de enviar estos documentos en archivos PDF o Word a:

Secretaría Académica

Instituto de Ecología A. C.

Carretera antigua a Coatepec No. 351

El Haya, Apartado Postal 63

C.P. 910070 Xalapa, Veracruz, México

Correo electrónico: secretaria.academica@inecol.edu.mx

Página web: www.inecol.edu.mx

iEvoBio Conference

iEvoBio: Home

About the Conference

iEvoBio aims to be a forum bringing together biologists working in evolution, systematics, and biodiversity, with software developers, and mathematicians, both to catalyse the development of new tools, and to increase awareness of the possibilities offered by existing technologies (ranging from standards and reusable toolkits to mega-scale data analysis to rich visualization). The meeting extends over two full days and will feature traditional elements, including a keynote presentation at the beginning of each day and contributed talks, as well as more dynamic and interactive elements, including a challenge, lightning talk-style sessions, a software bazaar, and Birds-of-a-Feather gatherings.
iEvoBio is being held jointly with the Evolution Meetings as a satellite conference, for the first time in 2010 in Portland, OR. In 2010, iEvoBio overlaps with the last day of the Evolution Meetings and extends one day longer. The satellite conference is expected to become a self-sustained annual event that remains affiliated with the Evolution Meetings.


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