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18 de junio de 2013

"1er Curso Básico de Cladística y Métodos en Filogenia"- realizado en Quito, Ecuador


1er curso "PRINCIPIOS BASICOS TEORICOS DE CLADISTICA Y METODOS DE FILOGENIA:
Desde la morfología hasta el ADN" 

Foto de los participantes, Prof Washington Benitez (Director del Centro Internacional de Zoonosis, Universidad Central del Ecuador, sede del curso) y Prof Juan-Carlos Navarro





Universidad Central del Ecuador (UCE)
Centro Internacional de Zoonosis (CIZ)
Proyecto Prometeo-Senescyt

CURSO:

PRINCIPIOS BASICOS TEORICOS DE CLADISTICA Y METODOS DE FILOGENIA:
Desde la morfología hasta el ADN.
26 Abril – 14 Junio 2013[1]

 

Coordinador Científico: Prof. Washington Benítez-Ortiz Ph.D.
Coordinador Académico: Prof. Juan-Carlos Navarro, Ph.D, Investigador Prometeo-Senescyt-INSPI-CIZ-UCE / (Universidad Central de Venezuela)
Lugar: Auditorio 2 / CIZ-UCE
Número de horas:  TOTAL 46 horas
21 horas teóricas
15 horas práctica
10 horas consultas e informes
Aval Académico: Instituto Universitario de Capacitación Pedagógica

 


OBJETIVO GENERAL

 

Iniciar al participante en los conceptos, filosofía y práctica de la Cladística como método de inferencia evolutiva para estudios y análisis de filogenia, así como sus aplicaciones en las diferentes áreas de la Biología general.

JUSTIFICACION


Diversas áreas de la Biología requieren estudios para inferir patrones evolutivos. Esto permite la definición de patrones taxonómicos, clasificaciones naturales en sistemática, así como inferencia en patrones evolutivos en biogeografía, ecología y comportamiento, en diferentes dominios de proteínas, organismos vivientes y en el desarrollo de enfermedades emergentes (epidemiología molecular).

El uso caracteres morfológicos y morfométricos, de comportamiento y ecológicos, así como el uso de secuencias de ADN y de Aminoácidos pueden ser incorporados en estudios evolutivos filogenéticos mediante métodos explícitos, reproducibles y comprobables como la CLADISTICA para obtener hipótesis evolutivas en grupos animales, vegetales y microorganismos.

Por estas razones, la aplicación de métodos filogenéticos (cladísticos) son útiles para estudiantes y profesionales en diferentes áreas de la Biología, Medicina, Agronomía y Veterinaria.

En la mayoría de los pensa de Biología en muchos países existe la posibilidad de que el estudiante adquiera una formación en ésta área de la sistemática con todas las aplicaciones señaladas, siendo cada vez mas importante en el ámbito científico general. Este curso proporcionará los aspectos filosóficos, técnicos teóricos básicos cladísticos de una manera holística, ofreciendo al estudiante los conocimientos básicos y sus aplicaciones, con la posibilidad de interpretación y discusión de artículos en el área, así como de propuestas o ideas de tesis y proyectos de investigación. Igualmente se introducirá al participante en otros métodos utilizados como los algoritmos inductivos (Máxima Verosimilitud y análisis Bayesianos).

PROGRAMA SINÓPTICO


I.               Introducción Semana 1
II.              Bases Teóricas de Cladística Semana 1
III.            Codificación de Caracteres Semana 2
IV.            Determinación de la Polaridad de Caracteres Semana 2
V.              Construcción de Árboles Semana 3
VI.            Estimadores y Estadísticos en Árboles Semana 3
VII.           Cladística y ADN: Teoría y métodos Semana 4
VIII.         Métodos alternativos a la Parsimonia Semana 5
IX.            Bioinformática y utilización de software (demostrativo) Semana 5
X.              Aplicaciones de la Cladística, discusión de trabajos publicados
(Morfología, ADN; aplicaciones en Zoología, Botánica, Ecología,
Comportamiento, Bioquímica, Virología, Epidemiología) y
Proyectos de Tesis e Investigación Semana 6/7
XI.            Clausura Semana 7


CONTENIDO PROGRAMATICO


I. INTRODUCCION
Taxonomía alfa, beta y gamma. Nomenclatura Zoológica. Concepto de especie, discusión. Escuelas de Sistemática, discusión. Hennig y la sistemática filogenética.

II. BASES TEORICAS DE CLADISTICA
Homología y analogía, similaridad especial. Conflicto entre similaridad y parsimonia. Homoplasia. Monofilia, parafilia y polifilia. Grupos hermanos y relaciones ancestro-descendencia. Discusión sobre el método evolucionista, fenético y filogenético.

III. CODIFICACION DE CARACTERES
Tipos de caracteres. Caracteres binarios y multiestado. Series de transformación. Caracteres ordenados y desordenados. Aditivos y no-aditivos.

IV. DETERMINACION DE LA POLARIDAD DE CARACTERES
Polaridad y mitos sobre la polaridad de caracteres. Determinación de polaridad, métodos a priori y a posteriori.

V. CONSTRUCCION DE ARBOLES
Construcción de matrices. Distancia. Parsimonia: tipos de parsimonia. Transformaciones aceleradas y retardadas. Optimización de caracteres y de “datos perdidos”. Algoritmos exactos y heuristicos. Enraizamiento.

VI. CONFLICTO DE CARACTERES. ESTIMADORES Y ESTADISTICOS EN ARBOLES
Estadisticos. Valores de confiabilidad. Arboles de consenso. Alternativas a la parsimonia. Repesado. Re-evaluación de caracteres y taxa.

VII. CLADISTICA Y ADN: Teoría y métodos
Homología, similaridad, pruebas de homología. Nucleótidos y aminoácidos como data: substituciones, gaps, alineamientos de secuencias. similaridad vs homología.

VIII. METODOS ALTERNATIVOS A LA PARSIMONIA.
Maxima verosimilitud, Análisis bayesianos. Uso de reloj molecular en estimación de tiempos de divergencia.

IX. APLICACIONES DE LA CLADISTICA
Taxonomía, sistemática, comportamiento, ecología, coevolución, epidemiología, biogeografía, filogeografía.

XI. DISCUSION. APLICACIÓN DE LOS CONOCIMIENTOS ADQUIRIDOS. EVALUACION.


BIBLIOGRAFIA BASICA

  •       Crampton JM, Beard CB,  C Louis 1997. The molecular biology of Insect disease vectors. Chapman & may, NY. 578 p
  •      Crisci JV, L Katinas, P Posadas. 2000. Introducción a la Teoría y Práctica de la Biogeografía Histórica. Ed Soc Argentina de    Botánica., Buenos Aires. 169 pp.
  •      De Luna, E. , Guerero J.A., & T. Chew-Taraceno. 2005. Sistemática biológica: avances y direcciones en la teoría y los métodos de la reconstrucción filogenética. Hydrobiológica., 15:351-370.
  •       DeSalle, R, G Giribet, W Wheeler (2002). Molecular Systematics en Evolution: Theory and Practice. Birkauser Verlag, 309 pp.
  •       Felsenstein, J. 2004. Inferring phylogenies. Sinauer Associates, Inc. Publ. Sunderland, Mass pp. 663
  •      Forey P, Humphries C, Kitching I, Scotland R, Siebert D, Williams D. 1995. Cladistics, A practical course of systematics  (S A Publications, Ed.), , Claredon Press, Oxford. p.
  •      Freeland, JR (2005). Molecular Ecology.John Wiley & Sons, Ltd. England. 388 pp.
  •      Futuyma DJ. 1998. Evolutionary Biology. Sinauer Associates, Inc. Publ. Sunderland, Mass 3rd Ed. 763 pp.
  •     Goloboff P. 1998. Principios Basicos de Cladistica 1era edit (S A d Botanica, Ed.), , Sociedad Argentina de Botanica, Buenos Aires. p.
  •       Harvey PH, AJ Leigh Brown, J Maynard, Nee S1998. New uses for new Phylogenies. Oxford Univ Press. 349 pp
  •       Henning W. 1966. Elementos de una sistemática filogenética, Ed. Universitaria de Buenos Aires, Buenos Aires. p.
  •      Hillis DM, Moritz C, Mable BK. 1996. Molecular Systematics  (1996). Molecular Systematics. Sinauer Assoc. Inc., Pub. Sunderland, MA. Second Edition.655 pp. edit, , Sinauer Assoc. Inc., Pub., Sunderland, MA. p.
  •       Humphries CJ, Parenti LR. 1999. Cladistic Biogeography. Second Ed. Oxford Biogeography Series No.12. 187 pp.
  •       Li WH 1997. Molecular Evolution. Sinauerr Assoc Inc Pub. Mass. 487 p.
  •       Hoy MA 1994. Insect molecular genetics. Academis Press, NY. 546 p.
  •       Limpscomb D. 1998. Basic of Cladistic Analysis, George Washington Univ., Washington. p.
  •      LLorente-Bousquets J, Luna Vega I. 1994. Taxonomia Biológica. UNAM, Mexico, Dir Gral Pub y Fomento Editorial. 626 pp.
  •      Morrone JJ  2000.  El Lenguaje de la Cladística. UNAM, Mexico, Dir Gral Pub y Fomento Editorial. 109 pp.
  •      Morrone JJ, J Llorente-Bousquets 2002. Cuatro mitos acerca de la Cladistica. Dugesiana:  9(1): 47-51.
  •      Miyamoto MM, Cracraft J. 1991. Phylogenetic analysis of DNA sequences. Oxford University Press, Oxford. p.
  •       Page R, Holmes E. 1998. Molecular Evolution, A Phylogenetic Approach. Blackwell Science, Oxford. p.
  •      Perera, J, A Tormo y JL Garcia. Ingenieria Genética. Vol I. Preparación, análisis, manipulación y clonaje de DNA. Editorial Sintesis, Madrid. 527 pp.
  •      Quicke DL. 1995. Principles and Techniques of contemporary taxonomy. Terciary Level Biology (C Hall, Ed.), Blackie Academic & Profesional, Glasgow. p.
  •      Russo Matioli S. 2001.  Biologia Molecular e Evolucão. Holos Editora Ltda Riberão Preto, SP, Brasil.
  •      Scrocchi G, Dominguez E. 1992. Introducción a las Escuelas de Sistemática y Biogeografía. No.40 .    Opera Lilloana, , Fundación Miguel Lillo, Tucumán, Argentina. p.
  •      Wheeler, W.C. 2012. Systematics: A course of Lectures. John Wiley & Sons, Ltd, West Sussex, PO19 8SQ, UK. 452 pp.









[1] NOTA: El curso se llevó a cabo los días viernes entre el 26 de abril y el 14 de junio.








1 comentario:

  1. Soy de realizar distintos tipos de cursos y por eso trato de buscar en internet las posibilidades que hay al respecto. Desde hace rato que quiero hacer algunos cursos a distancia en ecuador relacionados con la salud, y por eso estoy buscando las propuestas que hay en internet para ello. Espero hallar lo que necesito

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