Aqui presento el programa que realizamos, y los estudiantes de pre, post y profesionales que asistieron. Lo próximo será realizar talleres prácticos y posteriormente a finales de año o inicios del 2014 posiblemente armar el segundo curso teórico-práctico.
saludos desde Quito,
JC
______
Juan Carlos Navarro, Ph.D.
Investigador Prometeo, Senescyt-Ecuador
Afiliación Institucional:
Instituto Nacional de Investigación en Salud Publica &
Centro Internacional de Zoonosis, Univ.Central del Ecuador.
Quito, Ecuador
Dirección Permanente
Profesor-Investigador, Titular
Lab Biología de Vectores, Instituto de Zoología y Ecología Tropical,
Universidad Central de Venezuela, Caracas, Venezuela.
Website: http://ucv.academia.edu/JuanCarlosNavarro
https://www.researchgate.net/profile/Juan-Carlos_Navarro/?ev=hdr_xprf
Universidad
Central del Ecuador (UCE)
Centro
Internacional de Zoonosis (CIZ)
Proyecto
Prometeo-Senescyt
CURSO:
PRINCIPIOS
BASICOS TEORICOS DE CLADISTICA Y METODOS DE FILOGENIA:
Desde
la morfología hasta el ADN.
26 Abril – 14 Junio 2013[*]
Coordinador Científico: Prof. Washington Benítez-Ortiz Ph.D.
Coordinador
Académico: Prof. Juan-Carlos
Navarro, Ph.D, Investigador Prometeo-Senescyt-INSPI-CIZ-UCE
(Universidad Central de Venezuela)
Lugar:
Auditorio
2 / CIZ-UCE
Número de horas: TOTAL 36 horas
21 horas teóricas
15 horas práctica
10
horas consultas e informes
Aval Académico:
Instituto Universitario de Capacitación Pedagógica
OBJETIVO GENERAL
Iniciar al participante en los conceptos,
filosofía y práctica de la Cladística como método de inferencia evolutiva para
estudios y análisis de filogenia, así como sus aplicaciones en las diferentes
áreas de la Biología general.
JUSTIFICACION
Diversas áreas de la Biología requieren
estudios para inferir patrones evolutivos. Esto permite la definición de
patrones taxonómicos,
clasificaciones naturales en sistemática,
así como inferencia en patrones evolutivos
en biogeografía, ecología y comportamiento, en diferentes dominios
de proteínas, organismos vivientes y en el desarrollo de enfermedades
emergentes (epidemiología molecular).
El uso caracteres morfológicos y
morfométricos, de comportamiento y ecológicos, así como el uso de secuencias de
ADN y de Aminoácidos pueden ser
incorporados en estudios evolutivos filogenéticos mediante métodos explícitos,
reproducibles y comprobables como la CLADISTICA
para obtener hipótesis evolutivas en grupos animales, vegetales y
microorganismos.
Por estas razones, la aplicación de métodos
filogenéticos (cladísticos) son útiles para estudiantes y profesionales en
diferentes áreas de la Biología, Medicina, Agronomía y Veterinaria.
En la mayoría de los pensa de Biología en
muchos países existe la posibilidad de que el estudiante adquiera una formación
en ésta área de la sistemática con todas las aplicaciones señaladas, siendo
cada vez mas importante en el ámbito científico general. Este curso
proporcionará los aspectos filosóficos, técnicos teóricos básicos cladísticos
de una manera holística, ofreciendo al estudiante los conocimientos básicos y
sus aplicaciones, con la posibilidad de interpretación y discusión de artículos
en el área, así como de propuestas o ideas de tesis y proyectos de
investigación. Igualmente se introducirá al participante en otros métodos
utilizados como los algoritmos inductivos (Máxima Verosimilitud y análisis
Bayesianos).
PROGRAMA SINÓPTICO
I.
Introducción
Semana 1
II.
Bases
Teóricas de Cladística Semana 1
III.
Codificación
de Caracteres Semana
2
IV.
Determinación
de la Polaridad de Caracteres Semana 2
V.
Construcción
de Árboles Semana 3
VI.
Estimadores
y Estadísticos en Árboles Semana 3
VII.
Cladística y
ADN: Teoría y métodos Semana
4
VIII.
Métodos
alternativos a la Parsimonia Semana 5
IX.
Bioinformática
y utilización de software (demostrativo) Semana 5
X.
Aplicaciones
de la Cladística, discusión de trabajos publicados
(Morfología, ADN; aplicaciones en
Zoología, Botánica, Ecología,
Comportamiento, Bioquímica,
Virología, Epidemiología) y
Proyectos de Tesis e
Investigación Semana 6/7
XI.
Clausura Semana
7
CONTENIDO PROGRAMATICO
I. INTRODUCCION
Taxonomía alfa, beta y gamma.
Nomenclatura Zoológica. Concepto de especie, discusión. Escuelas de
Sistemática, discusión. Hennig y la sistemática filogenética.
II. BASES
TEORICAS DE CLADISTICA
Homología y analogía, similaridad
especial. Conflicto entre similaridad y parsimonia. Homoplasia. Monofilia,
parafilia y polifilia. Grupos hermanos y relaciones descendencia-descendencia.
Discusión sobre el método evolucionista, fenético y filogenético.
III.
CODIFICACION DE CARACTERES
Tipos de caracteres. Caracteres
binarios y multiestado. Series de transformación. Caracteres ordenados y
desordenados. Aditivos y no-aditivos.
IV.
DETERMINACION DE LA POLARIDAD DE CARACTERES
Polaridad y mitos sobre la polaridad
de caracteres. Determinación de polaridad, métodos a priori y a posteriori.
V.
CONSTRUCCION DE ARBOLES
Construcción de matrices.
Distancia. Parsimonia: tipos de parsimonia. Transformaciones aceleradas y
retardadas. Optimización de caracteres y de “datos perdidos”. Algoritmos
exactos y heuristicos. Enraizamiento.
VI. CONFLICTO DE CARACTERES. ESTIMADORES Y
ESTADISTICOS EN ARBOLES
Estadisticos. Valores de
confiabilidad. Arboles de consenso. Alternativas a la parsimonia. Repesado.
Re-evaluación de caracteres y taxa.
VII.
CLADISTICA Y ADN: Teoría y métodos
Homología, similaridad, pruebas
de homología. Nucleótidos y aminoácidos como data: substituciones, gaps,
alineamientos de secuencias. Distancia y parsimonia. Alternativas.
VIII.
METODOS ALTERNATIVOS A LA PARSIMONIA.
Maxima verosimilitud, Análisis
bayesianos. Uso de reloj molecular en estimación de tiempos de divergencia.
IX.
APLICACIONES DE LA CLADISTICA
Taxonomía, sistemática,
comportamiento, ecología, coevolución, epidemiología, biogeografía, filogeografía.
XI. DISCUSION. APLICACIÓN DE LOS
CONOCIMINEROS ADQUIRIDOS. EVALUACION.
BIBLIOGRAFIA BASICA
1.
Crampton JM,
Beard CB, C Louis 1997. The molecular
biology of Insect disease vectors. Chapman & may, NY. 578 p.
2.
Crisci JV, L
Katinas, P Posadas. 2000. Introducción a la Teoría y Práctica de la
Biogeografía Histórica. Ed Soc Argentina de Botánica., Buenos Aires. 169 pp.
3.
De Luna, E.
, Guerero J.A., & T. Chew-Taracena. 2005. Sistemática biológica: avances y
direcciones en la teoría y los métodos de la reconstrucción filogenética.
Hidrobiológica., 15:351-370.
4.
DeSalle, R,
G Giribet, W Wheeler (2002). Molecular Systematics en Evolution: Theory and
Practice. Birkauser Verlag, 309 pp.
5.
Felsenstein,
J. 2004. Inferring phylogenies. Sinauer Associates, Inc. Publ. Sunderland, Mass
pp. 663
6.
Forey P, Humphries C, Kitching I, Scotland R,
Siebert D, Williams D. 1995. Cladistics,
A practical course of systematics (S
A Publications, Ed.), , Claredon Press, Oxford. p.
7.
Freeland, JR
(2005). Molecular Ecology.John Wiley & Sons, Ltd. England. 388 pp.
8.
Futuyma DJ.
1998. Evolutionary Biology. Sinauer Associates, Inc. Publ. Sunderland, Mass 3rd
Ed. 763 pp.
9.
Goloboff P.
1998. Principios Basicos de Cladistica
1era edit (S A d Botanica, Ed.), , Sociedad Argentina de Botanica, Buenos
Aires. p.
10.
Harvey PH,
AJ Leigh Brown, J Maynard, Nee S1998. New uses for new Phylogenies. Oxford Univ
Press. 349 pp
11.
Henning W.
1966. Elementos de una sistemática
filogenética, Ed. Universitaria de Buenos Aires, Buenos Aires. p.
12.
Hillis DM,
Moritz C, Mable BK. 1996. Molecular
Systematics (1996). Molecular
Systematics. Sinauer Assoc. Inc., Pub. Sunderland, MA. Second Edition.655 pp.
edit, , Sinauer Assoc. Inc., Pub., Sunderland, MA. p.
13.
Humphries
CJ, Parenti LR. 1999. Cladistic Biogeography. Second Ed. Oxford Biogeography
Series No.12. 187 pp.
14.
Li WH 1997.
Molecular Evolution. Sinauerr Assoc Inc Pub. Mass. 487 p.
15.
Hoy MA 1994.
Insect molecular genetics. Academis Press, NY. 546 p.
16.
Limpscomb D.
1998. Basic of Cladistic Analysis,
George Washington Univ., Washington. p.
17.
Lorente-Bousquets
J, Luna Vega I. 1994. Taxonomia Biológica. UNAM, Mexico, Dir Gral Pub y Fomento
Editorial. 626 pp.
18.
Morrone
JJ 2000.
El Lenguaje de la Cladística. UNAM, Mexico, Dir Gral Pub y Fomento
Editorial. 109 pp.
19.
Morrone JJ,
J Llorente-Bousquets 2002. Cuatro mitos acerca de la Cladistica. Dugesiana: 9(1): 47-51.
20.
Miyamoto MM,
Cracraft J. 1991. Phylogenetic analysis
of DNA sequences. Oxford University Press, Oxford. p.
21.
Page R,
Holmes E. 1998. Molecular Evolution, A
Phylogenetic Approach. Blackwell Science, Oxford. p.
22.
Perera, J, A
Tormo y JL Garcia. Ingenieria Genética. Vol I. Preparación, análisis,
manipulación y clonaje de DNA. Editorial Sintesis, Madrid. 527 pp.
23.
Quicke DL.
1995. Principles and Techniques of
contemporary taxonomy. Terciary Level Biology (C Hall, Ed.), Blackie
Academic & Profesional, Glasgow. p.
24.
Russo
Matioli S. 2001. Biologia Molecular e
Evolucão. Holos Editora Ltda Riberão Preto, SP, Brasil.
25.
Scrocchi G,
Dominguez E. 1992. Introducción a las
Escuelas de Sistemática y Biogeografía. No.40 . Opera Lilloana, , Fundación Migel Lillo,
Tucumán, Argentina. p.
26.
Wheeler,
W.C. 2012. Systematics: A course of Lectures. John Wiley & Sons, Ltd, West
Sussex, PO19 8SQ, UK. 452 pp.
No hay comentarios:
Publicar un comentario