Curso de posgrado: Introducción a la informática de la biodiversidad

Curso de posgrado: Introducción a la informática de la biodiversidad
26 de julio - 6 de agosto, 2010, 9 a 17hs.
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires

Docente responsable:

• Martín Ramírez (investigador independiente, CONICET. Profesor adjunto, EGE FCEyN-UBA).

Profesor invitado:

• Renato Mazzanti (profesor adjunto, Universidad Nacional de la Patagonia).

Pre-Inscripción: Hasta el 15 de julio de 2010, enviar un e-mail a Martín Ramírez incluyendo: CV, cargo actual, lugar de trabajo y tema de estudio. Carta de intención explicando cómo piensa aplicar los conocimientos adquiridos en el curso.

Cupo máximo: 30 alumnos (prioridad: doctorandos UBA; de otras universidades con proyectos de tesis afines a los contenidos del curso)
Arancel: $80

Programa

Contenidos teóricos y metodológicos

Introducción general
Tipos de datos de biodiversidad: Taxonómicos, geográficos, ambientales, cronológicos, anatómicos, desarrollo, parentescos.
Origen de datos de biodiversidad: Colecciones biológicas, observaciones, multimedia.
Datos y metadatos. Especificaciones utilizadas en biodiversidad y disciplinas relacionadas.

Introducción a las bases de datos
Concepto de normalización e integridad referencial. El modelo entidad-relación.
Bases relacionales vs. bases orientadas a objetos, estado del arte.
Las bases de datos heterogéneas distribuidas, su aplicación a la biodiversidad.
Repositorios de datos.

Introducción a los metadatos
Datos y metadatos.
Especificaciones utilizadas en biodiversidad y disciplinas relacionadas.
Darwin Core: Versiones e implementaciones.

Metadatos de conjuntos de datos
Catálogos de metadatos de recursos de biodiversidad.

Metadatos de ubicación geoespacial
Método punto-radio.
Protocolos de georreferenciación.

Metadatos de imágenes biológicas
Metadatos embebidos.
Vistas estandarizadas.
Repositorios.
Digitalización de ejemplares mediante imágenes.

Datos taxonómicos
Catálogos de autoridad taxonómica.
Agregadores de datos taxonómicos.
Estimas de diversidad con taxonomía incompleta.

Identificadores únicos
Importancia y problemas de identificadores únicos.
URIs, LSIDs.

Ontologías biológicas
Conceptos, relaciones y razonamientos automáticos.
Web semántica, repositorios RDF.
Anotaciones utilizando ontologías.

Herramientas de adquisición de datos de colecciones biológicas
Funciones y problemática general.
Modelos de datos usuales.

Proveedores de datos
Función y tecnología empleada.
Proveedores TAPIR, IPT

Portales de datos
Función y tecnología empleada.
Portales de iniciativas de biodiversidad.

Aplicaciones de datos de biodiversidad
Cybertaxonomía.
Identificación taxonómica automática: DNA Barcodes y sistemas basados en imágenes.
Modelado de distribuciones predictivas.
Áreas de endemismo.
Inventarios y estimas de riqueza.


Trabajos prácticos

Búsquedas y procesamiento de datos de portales: GBIF, SNDB, BOLD, Morphbank.
Consultas en bases de datos relacionales.
Mapeo de campos de colecciones biológicas a Darwin Core.
Validación de colecciones de datos. Problemas generales, métodos manuales y automáticos.
Georreferenciación de localidades geográficas.
Uso de servicios web.

Martin J. Ramirez
Profesor Adjunto UBA FCEyN EGE
Curador General & División Aracnología
Museo Argentino de Ciencias Naturales - CONICET
Av. Angel Gallardo 470
C1405DJR Buenos Aires
Argentina
tel +54 11 4982-8370 int. 169
fax +54 11 4982-6670 int. 172

Taller sobre Evolución Comparada. Colima, Mexico

Taller sobre Evolución Comparada

Assumption 0: Analysis in Comparative Evolutionary Biology
Daniel R. Brooks, University of Toronto

2 y 3 de septiembre de 2010

Biblioteca de Ciencias, Universidad de Colima
Colima, Colima

Se entregarán constancias de asistencia.
Mayores informes y registro: vleon@ibiologia.unam.

Inició el curso de métodos filogenéticos de la WHS en Columbus

Este lunes ha iniciado el taller de métodos filogenéticos de la WHS en Columbus, OSU. El curso esta organizado por John Wenzel y en esta ocasión han asistido unos 24 participantes de Europa, Estados Unidos y Latinoamérica.
La foto oficial del grupo esta aqui>>
En la foto arriba, Kevin Nixon dando las primeras clases este Lunes por la mañana.
Las sesiones practicas en las PC son en las tardes. La foto abajo, John Wenzel mostrando procedimientos con Nona y Winclada.

Esta tarde todos hemos disfrutado una cena en la casa de John (mejor dicho, el Outgroup Inn). La entrada de su casa esta bien marcada, no habia manera de pasarla sin notar la señal.


Estas son un par de fotos del grupo. Pasamos una excelente tarde gracias a la hospitalidad de la familia de John.

Encuesta: curso de la WHS en México?

La Willi Hennig Society (WHS) ha organizado varios talleres internacionales sobre cladística (Finlandia, República Checa, EUA). El taller sobre métodos filogenéticos de este año será en Ohio a finales de Junio. En Latinoamérica ya se ha realizado uno en Argentina (2002) y van dos en Brasil (2008, 2010). El próximo año, durante la reunión de la WHS en Sao Paolo, posiblemente se realizará uno más.

El propósito de esta nota es explorar mediante una encuesta (en la columna de la derecha) cuanto interés hay en traer el curso de la WHS a México. Como parte del inicio de la organización de un POSIBLE curso intensivo de la WHS para ofrecerse en Xalapa (México) en el 2011, necesito tener una idea del interés en este curso. Dependiendo de eso podría solicitar fondos a diferentes instituciones. Ya está en tramite la solicitud de apoyo a la Secretaria del Posgrado del INECOL. También se ha iniciado el contacto con la WHS, por supuesto.

Fecha?
2011. Probablemente Junio. Obviamente la semana todavía por decidir. De concretarse estos planes, el anuncio de la fecha definitiva se hará en aviso posterior en este blog.

Lugar:
Instituto de Ecologia, AC. Xalapa, Ver (México). Sitio web: http://www.inecol.edu.mx/joomla/

Profesores invitados:
Dr. John Wenzel et al.
En las once ediciones anteriores del curso de la WHS han participado varias combinaciones de cuatro a seis profesores. He estado en contacto con el Dr. Wenzel y él coordinará el grupo de profesores, todavía por decidir. Para tener una idea de quienes PODRÍAN venir a Xalapa, la siguiente es la lista de los investigadores que han participado en los talleres anteriores (alfabéticamente):

• James Carpenter (American Museum of Natural History, New York),
• Jonathan Coddington (Smithsonian Institution, Washington DC),
• Cyrille D'Haese (Muséum National d'Histoire Naturelle, Paris),
• James Farris (Naturhistoriska riksmuseet, Stockholm, Suecia),
• Gonzalo Giribet (Museum of Comparative Zoology, Harvard University),
• Pablo Goloboff (Instituto M. Lillo, Tucuman),
• Mari Källersjö (Naturhistoriska riksmuseet, Stockholm, Suecia),
• Diana Lipscomb (George Washington University, Washington DC),
• Kevin Nixon (Cornell University),
• Christopher P. Randle (Sam Houston State University), y
• Ward Wheeler (American Museum of Natural History, New York).

Reconocimento oficial:
El curso y taller intensivo consistirá de al menos 40 horas, De Lunes a Viernes. Podrá acreditarse como "curso a nivel posgrado". Se tramitará el reconocimiento oficial, para los que lo necesiten, a través de la Secretaría del Posgrado del INECOL.

Cualquier pregunta, comentario, sugerencia, por favor déjenla AQUI.
Muchas gracias por su participación en esta encuesta.

Si lo desean, pueden enviarme un correo electrónico para hacer una lista de los interesados en recibir los avisos futuros.
Efraín

OSU Cladistics Workshop, 2010

OSU Cladistics Workshop: "workshop on phylogenetic methods"

The Ohio State University will conduct its fourth workshop on phylogenetic methods in Columbus, Ohio, June 28 - July 2, 2010. The purpose is to provide further instruction and experience to students who already have some familiarity with phylogenetic analysis. The format is a series of lectures and laboratory sessions that will give students the opportunity to gain a deeper understanding of the logic of the phylogenetic method, parsimony, maximum likelihood and Bayesian approaches, tree search strategies, measures of support, DNA alignment, morphological character coding, and analysis of multiple and large data sets.

Lecturers are expected to include Cyrille D'Haese (Muséum National d'Histoire Naturelle, Paris), Kevin Nixon (Cornell University), Christopher P. Randle (Sam Houston State University) and John W. Wenzel (Ohio State University). The software used for the course will include WinClada, Encino, Mesquite, TNT, PAUP*, Clustal, POY, RaxML, GARLI, and MrBayes, and will be distributed with a course packet and workbook. You can see the planned syllabus here.

Cost for the workshop, is $1200. The workshop will be limited to 40 participants. Twenty Fellowships will be made available on a competitive basis. Fellowships cover lodging in a bloc of rooms rented by the workshop and $600 of fees paid directly to the workshop. Thus Fellows will be responsible for only a workshop cost of $600, the cost of transportation to and from the Ohio State campus, and meals. Other enrollees will be given a list of local motels that are close to campus.

An application consists of a completed application form, a current CV for the student, and a letter from the student’s advisor regarding the relevance of the course to the student’s career goals. Applications are due May 15, 2009, and notification of acceptance will begin by May 25. Please email all application materials to osuphylo@osu.edu. Further information may be obtained by emailing the same address..

This workshop is sponsored by the Ohio State University Museum of Biological Diversity (http://mbd.osu.edu), Department of Evolution Ecology and Organismal Biology (http://eeob.osu.edu) Organized by Marymegan Daly, John V. Freudenstein, and John W. Wenzel.

Curso de Evolución, morfología, taxonomía y metodología de los corales post paleozoicos (Scleractinia). México

Dr. Hannes Löser (UNAM, IGL, ERNO, Hermosillo, Sonora)
Biol. José Juan Jiménez González (UNICACH, Tuxtla Gutiérrez, Chiapas)
M. en C. Leonora Martin M.(Facultad de Ciencias, UNAM, Ciudad de México)

Fecha	21-25 Junio 2010
Horario	9-14h
Lugar	Taller de Paleobiología Edificio Tlahuizcalpan Facultad de Ciencias Universidad Nacional Autónoma de México México, D.F.

* El curso es libre (sin costos).
* El nivel del curso es licenciatura avanzada hasta doctorado.
* El curso demanda inscripción.
* No hay requerimientos especiales, pero preferimos estudiantes con conocimientos básicos de la biología.
* Al término del curso se otorgara a los participantes una constancia con valor curricular.

Leer más >>>
http://www.paleotax.de/cursocor/

La dimensión filogenética de la diversidad biológica

Curso de Posgrado en la Universidad Nacional del Sur, Bahía Blanca, Buenos Aires.

"La dimensión filogenética de la diversidad biológica"

a cargo del Dr. Fernando Pérez-Miles (Sección Entomología, Facultad de Ciencias, Universidad de la República, Montevideo, Uruguay)

Coordinador responsable: Dra. Adriana Ferrero

• Lugar: Sala de Conferencias, Depto. De Biología, Bioquímica y Farmacia
• Fecha de Inicio: lunes 19 de octubre, 17 horas.
• Modalidad: Teórico – Práctico

Contacto: Lic. Nelson Ferretti, Laboratorio de Zoologia de Invertebrados II, Tel: 4595101 Int. 2425. Email

Temario Básico
Programa Teórico:

1.- Diversidad biológica y Sistemática. Bases criterios y formas de clasificación. Características de las clasificaciones científicas, jerarquía y claves. Sistemática, Taxonomía, Clasificación y Nomenclatura. El concepto de especie en sistemática.

2.- Referencias históricas de la sistemática, escuelas. Origen de la Sistemática Cladista. Filogenia y Parentesco. Principios Cladistas: parsimonia, máxima verosimilitud y distancia.

3.- Caracteres sistemáticos y variación. Tipos de caracteres. Variables cualitativas y cuantitativas. Variables discretas y contínuas. Transformación y estados de los caracteres. Homología y homoplasia. Codificación de caracteres. Ordenamiento y polarización. Criterios de optimalidad y optimización de caracteres.

4.- Construcción de cladogramas. Búsquedas: métodos exactos, métodos heurísticos. Permutación de ramas: podado y reinserción de sub-árboles (SPR), corte y reconección (TBR). Polaridad y enraizamiento. 9.- Pesado de caracteres y medidas de ajuste. Longitud del cladograma. Indices de consistencia, de retención y ajuste. Pesado a priori y a posteriori. Pesajes sucesivos y pesajes implicados.

5.- Soporte y medidas de confiabilidad de cladogramas y grupos. Decisividad, distribución de longitudes de árboles, “Bremer support”. Métodos probabilísticos: Bootstrap, Jacknife. Consensos: estricto, de mayoría, de Nelson, de Adams. Análisis separados versus evidencia total. Comentarios sobre nuevos métodos de búsqueda para matrices muy grandes o “sucias”.


Programa Práctico:
1.- Polarización y codificación de caracteres, matrices básicas de datos, manejo básico del programa NEXUS

2.- Análisis filogenético, búsquedas de árboles por parsimonia, manejo básico del programa TNT.

3.- Pensando en árboles, ejercicios (domiciliarios) de interpretación de árboles.


Bibliografía:

Libros

Goloboff, P.A. 1998. Principios basicos de cladística. Sociedad Argentina de Botánica, Buenos Aires, 81 pp.

Kitching, I.J., P.L. Forey, C.J. Humphries & D. M. Williams. 1998. Cladistics. The theory and practice of parsimony analysis. 2nd. Ed. Oxford Univ. Press, Oxford, 228 pp.

Lanteri, A.A. & M.M. Cigliano. Sistemática biológica fundamentos teóricos y ejercitaciones. Edlup, La Plata, 241 pp.

Diniz, J.A.F. 2000. Métodos filogenéticos comparativos. Holos, Riberao Preto, 162 pp.



Trabajos científicos

Bremer, K.1994. Branch support and tree stability. Cladistics 10:295-304.

Gobloboff, P.A. 1993. Estimating character weights during search. Cladistics 9:83-91.

Goloboff, P.A., J.Farris & K. Nixon. 2003. Tree Analisis using new technology, ver 1.1. Program and documentation at http:// www.zmuc.dk/public/phylogeny/tnt.

Platnick, N.I. 1979. Phylosophy and the transformation of cladistics. Syst. Zool. 28:537-544.

Bioinformatics: Computer Methods in Molecular Biology

Practical Course
21-26 June, 2010.
“Bioinformatics: Computer Methods in Molecular Biology”
Trieste, Italy

Organiser: Sándor Pongor (ICGEB, Trieste, Italy)
Topics

• Genome and proteome databases
• Analysis of protein and DNA sequences
• Similarity searching, alignments
• Sequence phylogeny
• WWW-based services
• Genome projects, functional genomics

Participants must have a basic working knowledge of biochemistry and molecular biology, a basic familiarity with computer uses and a need for DNA or protein sequence analysis for their ongoing research. Preference will be given to Ph.D. students and junior scientists below the age of 35 years. Registration for the course is limited to 30 participants.

A limited number of grants, covering accommodation (twin share) and local hospitality for the duration of the Course, are available to nationals of ICGEB Member States*.
Travel is NOT funded. Please note that there is no registration fee.
Closing date
for applications 28 January 2010
Contact Submit your participation form, curriculum vitae in English and a short list of publications (if any) to:
ICGEB - Conferences and Meetings, Padriciano 99, I-34149 Trieste, Italy.
Tel: +39-040-3757333; Fax: +39-040-226555; E-mail: courses@icgeb.org

website: http://www.icgeb.org/meetings-2010.html
*
*ICGEB Member States (@ 5th January 2009 – refer to URL http://www.icgeb.org/member-states.html for updates)
Afghanistan, Algeria, Argentina, Bangladesh, Bhutan, Bosnia and Herzegovina, Brazil, Bulgaria, Burundi, Cameroon, Chile, China, Colombia, Costa Rica, Côte d’Ivoire, Croatia, Cuba, Ecuador, Egypt, FYR Macedonia, Hungary, India, Iran, Iraq, Italy, Jordan, Kuwait, Kyrgyzstan, Liberia, Lybian Arab Jamahiriya, Malaysia, Mauritius, Mexico, Morocco, Nigeria, Pakistan, Panama, Peru, Poland, Qatar, Romania, Russia, Saudi Arabia, Senegal, Serbia, Slovakia, Slovenia, South Africa, Sri Lanka, Sudan, Syria, Tanzania, Trinidad and
Tobago, Tunisia, Turkey, United Arab Emirates, Uruguay, Venezuela, Viet Nam

Phylogeny and diversity of land plants and fungi

Course objective

The goal is to gain basic knowledge of recently established phylogenetic lineages in the land plants and fungi and based thereon of essential understanding of modern insights in the morphological characterization, the origin and evolutionary development of the main clades and the angiosperm pollen.
The following items will be discussed and demonstrated:

• – Changing views on phylogenetic relations within the land plants and fungi
  
• – Overview of morphological and taxonomic diversity and morphological characterization of the presently accepted main clades
  
• – Present insights in and disputes over key innovations, and functional characterizations (adaptations)
  
• – State of the art overview of the various uses by mankind of the taxa and of the applications of these fields of knowledge
  

Remarks

Language: Dutch (English in case foreign MSc-students participate).

Coordinator

Dr.M.Roos,

Time table

Sept. 22-26: Mosses and Ferns
Sept. 29 – Oct. 2: Angiosperm pollen
Oct. 6-10: Fungi

Website: http://studiegids.leidenuniv.nl/en/courses/show/16935/phylogeny-and-diversity-of-land-plants-and-fungi

Molecular evolution and phylogenetics

Primer on Molecular Evolution and Phylogenetics

http://www.biomed.cam.ac.uk/gradschool/current/courses/phylogeny.html

Dr Hernan Javier Dopazo and Leonardo Daniel Arbiza Brustin

Pharmacogenomics & Comparative Genomics Unit, Bioinformatics Department, Centro de Investigación Príncipe Felipe, Valencia, Spain

Dates: 5th-7th October 2009
Time: 9.30am-5pm
Venue: Genetics Room G12 (map)
Maximum number: 20
Codes: BM02
Credits: 6

Bookings are made via the online booking form.

Workshop on Molecular Evolution, Europe 2010

Se ha anunciado el próximo "Workshop on Molecular Evolution, Europe 2010"

Lugar: Cesky Krumlov, Czech Republic
Fecha: 10 - 22 January 2010, individual research session 22 - 29 January 2010
Application Deadline: 1 October 2009
Sitio web: http://workshop.molecularevolution.org/
Organizadores: Michael P. Cummings and Scott A. Handley, Co-Directors
Naiara Rodriquez-Ezpeleta, Associate Director.

"Topics to be covered include:

• Databases and sequence matching: database searching: protein sequence versus protein structure; homology; mathematical, statistical, and theoretical aspects of sequence database searches
• Phylogenetic analysis: theoretical, mathematical and statistical bases; sampling properties of sequence data; Bayesian analysis; hypothesis testing
• Maximum likelihood theory and practice in phylogenetics and population genetics: coalescent theory; maximum likelihood estimation of population genetic parameters
• Molecular evolution integrated at organism and higher levels: population biology; biogeography; ecology; systematics and conservation; population genetics
• Molecular evolution and development: gene duplication and divergence; gene family organization; coordinated expression in evolution
• Comparative genomics: genome content; genome structure; genome evolution
• Molecular evolution of recently diverged species

The course is designed for established investigators, postdoctoral scholars, and advanced graduate students with prior experience in molecular evolution and related fields. Scientists with strong interests in molecular evolution, phylogenetics, population genetics, and related fields are encouraged to apply for admission."

Curso de Posgrado: Análisis Cladísticos y su Aplicación en Paleontología

ASOCIACIÓN PALEONTOLÓGICA ARGENTINA: Cladística y Paleontología
Curso de Postgrado de la APA
Análisis Cladísticos y su Aplicación en Paleontología

Docente: Dr. Diego Pol (CONICET-Museo Paleontológico Egidio Feruglio, Trelew)
Duración: 5 días (40 horas)
Fecha: del 13/7/09 al 17/7/09
Lugar: Museo Argentino de Ciencias Naturales “Bernardino Rivadavia” Av. Angel Gallardo 470, C1405DJR Ciudad Autónoma de Buenos Aires, TE 4982-6670

Mas informacion: Aqui>

Curso de Introducción a la Filogenia Molecular de Microorganismos

Introducción a la Filogenia Molecular de Microorganismos
Curso a realizarse en la Facultad de Ciencias Naturales y Museo
UNLP
Argentina

Fecha: Del 19-10-2009 hasta 24-10-2009.	Horario: L. a V.9:30 a 13-14:30 a 19:30.Sab. 9 a 13
Modalidad: Presencial con evaluación final
Duración: 50 horas.
Cupo de teoría: 25 alumnos.	Cupo de práctica: 25 alumnos.
Arancel para alumnos internos: $350	Arancel para alumnos externos: $450

Mas informacion:
http://postgrado.fcnym.unlp.edu.ar/postgrado/index_pg.html

Curso de Dibujo Científico Botánico. Chiapas

Curso
Dibujo Científico Botánico

Impartido por:

Elvia Esparza

21 al 26 de septiembre de 2009

CUPO LIMITADO

Costo de recuperación $ 2, 500.00

Incluye material

El lenguaje de las imágenes
Las imágenes tienen un papel muy importante para una completa comunicación. En el trabajo taxonómico y biológico en donde se estudian los caracteres de un organismo, en un contexto evolutivo; este texto descriptivo tiene un lenguaje llano con un vocabulario especializado, es donde, las imágenes complementan y dan soporte para una mejor comprensión.
Una buena ilustración puede derribar las barreras lingüísticas.

Programa del curso:
Este curso se desarrollará de manera presencial, con exposiciones y una activa participación de los estudiantes elaborando ejercicios.
La temática consiste desde el conocimiento de materiales, trazos básicos, griseados y degradados, la comprensión y manejo de la perspectiva, así como de las escalas, para abordar la técnica de entintado y la realización de ilustraciones.

Instructores:

• Elvia Esparza Alvarado, Dibujo Científico, Instituto de Biología, UNAM
• M.C. Silvia Erika Pérez Parra, Asistente
• Dr. Mario Ishiki Ishihara, Coordinador

Informes e inscripciones

Isabel R. Vázquez Lara
Herbario
Tel. 9676749000 Ext. 1307

Dr. Mario Ishiki Ishihara
Herbario
Tel. 9676749000 Ext. 1319

M. C. Gerardo González Figueroa
Coordinación de Educación Continua
Tel. 9676749000 Ext. 1741, 42 y 43

Fungal Genomics. Irapuato

International Training Course on Fungal Genomics
National Laboratory of Genomics for Biodiversity, CINVESTAV
Irapuato, Guanajuato, Mexico

Curso teórico-práctico
Del 5 al 17 de octubre, 2009
En el Langebio (CINVESTAV-Irapuato)
Instructores del IPICYT:

• Lina Riego .
• Sergio Casas.
• Alejandro De Las Peñas.
• Irene Castaño.

Instructores del CINVESTAV-Irapuato

• Alfredo Herrera-Estrella
• Alexander De Luna

Instructores del IFC de la UNAM

• Alicia González

Instructores del CEIB de la UAEM

• Jordi Folch

Al final del curso, del 15 al 17 de octubre, se ofrecerá un simposio dirigido a público en general.

Mayores Informes:
Dr. Alfredo Herrera, aherrera@ira.cinvestav.mx

O bien, consulte el siguiente enlace.

Primer curso taller regional de Bioinformática, Yucatan

La Red Nacional de Bioinformática tiene el agrado de invitar al

“Primer curso taller regional de Bioinformática”,

fecha:

• 22 al 26 de Junio, 2009

lugar:

• Universidad Anáhuac del Mayab,
• Carretera Mérida-Progreso Km. 15.5 AP. 96 Cordemex, CP. 97310
• Mérida, Yucatán, México.

El curso será impartido por el Dr. Ernesto Perez-Rueda, Profesor de Instituto de Biotecnología de la UNAM.

Este evento esta dirigido a:
Profesionistas interesados en el área de la Bioinformatica, estudiantes de posgrado y/o Licenciaturas de carreras químico-biológicas, matemáticas y/o ciencias computacionales. El curso es teórico-practico.
El curso NO tiene costo alguno. Las inscripciones se cerraran el 18 de Junio. El cupo máximo es de 30 personas.
INSCRIPCIONES:
Enviar un mensaje antes del 15 de Junio a la dirección: bioinf.curso2009@gmail.com con el asunto ó “subject” Curso_2009, en donde se haga una solicitud expresa para asistir al curso. Se les pide enviar una breve descripción de su área de trabajo para organizar los grupos de trabajo.

Programa
Sesión 1 - lunes 22

• Introducción a las bases de datos
• Secuencias de nucleótidos: EMBL y Gene Bank
• Secuencias de aminoácidos: SWISSPROT
• Estructuras de proteínas y su clasificación: PDB, CATH, SCOP

Sesión 2 - martes 23

• Alineamientos de Secuencias
• Alineamientos en Pares: Smith-waterman, Needleman-Wunsch
• Búsqueda por similitud usando BLAST.
• Alineamiento múltiples: CLUSTAL, Tcoffee, muscle
• Las matrices de calificación: BLOSUM, PAM, y matrices basadas en clasificaciones de
• aminoácidos.

Sesión 3 - miércoles 24

• Filogenia Molecular
• Métodos basados en distancia
• Métodos basados en parsimonia
• Máximo Likelihood, Protpars, Protdist.

Sesión 4 - jueves 25

• Estructura de Proteínas y Función
• Identificación de dominios en proteínas: Superfamily, PFAM.
• Predicción de estructura secundaria: nnPredict, Predator, PHD, Psipred..
• Predicción de estructuras transmembranales.

Sesión 5 - viernes 26

• Predicción de Motivos funcionales
• Identificación de señales en el DNA y Proteínas
• Promotores, Operadores, activadores, Shine Dalgarno
• Motivos, Prosite, MEME, Wconsensus

Conferencias

1. Jueves 24 de junio, 17:00 hrs. Introducción a la computación cuántica. Dr. Salvador Venegas Andraca. Auditorio del CITI, Mérida, Yucatán.
2. Viernes 25 de junio, 17:00 hrs. Algoritmos cuánticos adiabáticos aplicados en el plegado de proteínas. Dr. Salvador Venegas Andraca. Auditorio del CITI, Mérida, Yucatán

Informes en bioinf.curso2009@gmail.com

Comité organizador

Dr. Ernesto Pérez Rueda. IBT@UNAM - eprueda@gmail.com - Instructor
Dr. Alberto Muñoz Ubando. Universidad del Mayab - luis.munoz@unimayab.edu.mx
Dra. Leticia Arena. UMDI@UNAM - arena.leticia@gmail.com
Biól. Javier Apodaca. UMDI@UNAM - javier.apodaca@gmail.com

Computational Phyloinformatics. Portugal

Computational Phyloinformatics July 9-19 2009

An International Collaboration between Instituto Gulbenkian de Ciência and NESCent

This year, Computational Phyloinformatics will be traveling to the Instituto Gulbenkian de Ciência, near Lisbon, Portugal. The IGC is one of Portugal's top research institutes that focuses on the genetic basis of development and evolution of complex systems. Please consult the main IGC GTPB course page here.

The course will provide a hands-on instruction in phyloinformatics using Perl (BioPerl and Bio::Phylo) and SQL (Postgres and BioSQL).

Phylogenetics is key to studying evolution, systematics, comparative genomics, and bioinformatics — phylogenies are now ubiquitous in the biological literature. However, with the growth in computational power and DNA sequencing, and with ever more complex substitution models and analytical methods, it is less and less practical to run simple, one-shot analyses on a personal computer with an off-the-shelf program. As a result, we increasingly rely on custom-scripted analyses or custom-designed computational pipelines, and often on large compute machines or clusters. While books and courses on phylogenetics are common, it is harder to find information on how to script large-scale and complex analyses, or how to write your own scripts and programs.

This course aims to address this gap by introducing these skills in a practical, hands-on setting at the Instituto Gulbenkian de Ciência, near the mouth of the Tagus river in Oeiras, Portugal. This year's course will focus on hands-on training in Perl and SQL and will be structured to accommodate students with less prior programming experience.

Curso Introducción a la Filogeografía. Cordoba, Argentina

Dictado por

• Mariana Morando. CENPAT, Puerto Madryn, Chubut Argentina..
• Jack W. Sites, Jr. BYU, Provo, Utah, EEUU.
• Daniel Ruzzante. Dalhousie University, Halifax. Canadá.
• Guillermo Ortí. Nebraska University. Nebraska,EEUU.
• Arley Camargo. BYU, Provo, Utah, EEUU.

CURSO DE POSTGRADO

LUGAR: Academia Nacional de Ciencias - Córdoba.
FECHA: 18 al 22 de agosto 2009
Carga horaria: 40 horas
INSCRIPCIÒN: entre el 27 al 31 de julio 2009 Enviar CV a
Alicia Sérsic: asersic@com.uncor.edu
ARANCEL: general $200, alumnos del Doctorado en Ciencias
Biológicas UNC $120
Página Web: http://www.efn.uncor.edu/departamentos/divbioeco/otras/bioflor/
CUPO: 25

Curso Prático de Análise Filogenética. Lisboa

2º Curso Prático de Análise Filogenética
4 a 8 de Maio de 2009

Centro de Biologia Ambiental, Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa

Formador: Prof. Octávio Paulo

A Filogenética é uma das áreas científicas das Ciências da Vida que mais tem crescido e evoluido metodologicamente nos últimos anos. As suas aplicações vão hoje desde o estudo da evolução das espécies e populações animais até às mais inesperadas, como o averiguar da origem do vírus da Sida ou dos ciclos sazonais de Gripe.

O presente curso é destinado a estudantes ou profissionais que pretendam iniciar-se na análise filogenética e também a investigadores já com alguma experiência mas que queiram aprofundar e actualizar os seus conhecimentos. O curso consistirá em aulas teóricas alternadas com aulas práticas de utilização de software. Encorajam-se os participantes que tenham dados de sequências a trazê-los para análise.

O programa detalhado poderá ser obtido em http://cobig2.fc.ul.pt/Phylogenetics.htm

La biogeografía y sus principios fueron abordados en un curso de posgrado. Argentina

La biogeografía y sus principios fueron abordados en un curso de posgrado - Corrientes Al Día - www.corrientesaldia.com.ar:
viernes.6.mar.2009

Se dictó en la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales y Agrimensura el Curso de posgrado “Biogeografía. Principios y Métodos Actuales. Ejemplos de la Región Neotropical”, a cargo de los Profesores doctor Fernando Lobo y licenciado Juan Manuel Díaz Gómez. Ambos profesionales son docentes de la Universidad Nacional de Salta, con amplios y excelentes antecedentes en la temática del Curso."

Más información: http://www.corrientesaldia.com.ar/noticia/125714/La_biogeografia_y_sus_principios_fueron_abordados_en_un_curso_de_posgrado.aspx

Sitio web del curso: http://exa.unne.edu.ar/carreras/cursos_posgrado.php