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4 de enero de 2013

USO DE TECNICAS MOLECULARES EN SISTEMATICA Y GENÉTICA DE POBLACIONES

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UNIVERSIDAD NACIONAL DE CÓRDOBA


CURSO DE POST-GRADO

USO DE TECNICAS MOLECULARES EN SISTEMATICA  Y GENÉTICA DE POBLACIONES


Unidad Académica Organizadora: Cátedra de Genética de Poblaciones y Evolución y Doctorado en Ciencias Biológicas. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales, Universidad Nacional de Córdoba (Res. 951-T-2012).

Modalidad: Teórico-práctico

Duración: 45 hs. (40 presenciales, 5 no-presenciales).

Fecha de realización: 11 al 15 de marzo de 2013.
Lugar: Facultad de Ciencias Exactas, Av. Vélez Sarsfield 299. Córdoba.
Destinatarios: alumnos del doctorado en Ciencias Biológicas, egresados de la carrera de Biología y carreras afines (Cs. Agropecuarias, Lic. en Genética, etc.)
Responsable académico y administrador de los fondos: C. N. Gardenal

 

Cupo: 12 alumnos. En lo posible, traer notebook para llevar a cabo la parte de uso de programas de análisis de datos.


Arancel: $ 700. Alumnos inscriptos en el Doctorado en Ciencias Biológicas de la Universidad Nacional de Córdoba,  $ 560.

Docentes participantes: Dres. C. Noemí Gardenal, Marina Chiappero, Beatriz García, Raúl González Ittig, Paula Rivera y Alicia R. Pérez.


OBJETIVOS

1. Conocer los principios, aplicaciones y limitaciones de las técnicas moleculares en Sistemática y en Genética de Poblaciones.
2. Conocer criterios que permitan seleccionar los marcadores más adecuados para resolver problemas taxonómicos a diferentes niveles (intra e inter-específico, a nivel de género y taxones superiores).
3. Recibir entrenamiento en la utilización de nuevas herramientas para el análisis de la biodiversidad, teniendo en cuenta la historia evolutiva de poblaciones y de especies.
4. Comprender el uso de diferentes programas de computación corrientemente utilizados para el análisis de datos.

PROGRAMA

1. Toma y conservación de muestras para la aplicación de diferentes técnicas. Manejo del laboratorio de Biología Molecular. Preparación y esterilizado de material. Práctica de pipeteo con micropipetas automáticas.
2. Fundamento de los métodos de extracción de ADN. Aislamiento de ADN de tejidos animales y vegetales.
3. Conceptos teóricos sobre la amplificación de segmentos de ADN mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR).
4. Amplificación por PCR utilizando cebadores específicos: a) amplificación del gen citocromo b del ADN mitocondrial de especies del género Oligoryzomys (Rodentia: Sigmodontinae); b) amplificación de loci microsatélites (genoma nuclear) de especies de Calomys (Rodentia: Sigmodontinae).
5. Conceptos teóricos sobre la amplificación por PCR utilizando cebadores arbitrarios: ISSR  y AFLP. Amplificación de fragmentos ISSR en Myrcianthes cisplatensis (mato).
6. Polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción (RFLP): conceptos teóricos y análisis de geles. Digestión del gen cit b de varias especies de roedores sigmodontinos con enzimas de restricción.
7. Secuenciamiento. Alineación de secuencias.
8. Métodos de análisis. Tratamiento de los distintos tipos de datos. Construcción de matrices. Uso de programas como PAUP, Mr Bayes, jModeltest, Arlequin, Genalex y Structure.


BIBLIOGRAFIA BASICA

1.     Avise J C. 2004. Molecular markers, Natural History and Evolution. Chapman & Hall, New York.
2.     De Salle, R., Giribert, G. y Wheeler, W. 2002. Techniques in Molecular Systematics and Evolution. Birkhäuser, Basilea.
3.     Hillis D M, C. Moritz, B K Mable. 1996. Molecular Systematics. Sinauer Ass., Inc. Sunderland, Massachusetts.
4.     Freeland, J R. 2011, S D Petersen y H Kirk. 2011. Molecular Ecology. Wiley-Blackwell.
5.     Wiley E. O. y B S Lieberman. 2011. Phylogenetics: Theory and Practice of Phylogenetic Systematics. Wiley-Blackwell.
6.     Yang Z. 2006. Computational Molecular Evolution. Oxford Series in Ecology and Evolution, Oxford.
7.     Hoelzel, A R. 1992. Molecular Genetic Analysis of Populations. A practical approach. IRL Press. Oxford.

Trabajos en publicaciones periódicas empleados para Seminarios durante el curso: se actualizan anualmente.


Evaluación final: escrita, a cargo de C.N. Gardenal, R. González Ittig y M. Chiappero.


Informes y pre-inscripciones:
vía e-mail entre el 1º de febrero hasta el 1º de marzo de  2013
 marina.chiappero@gmail.com

Requisitos para la pre-inscripción:
- Curriculum Vitae de no más de 5 páginas,
- Carta de presentación explicando las motivaciones que lo llevan a realizar el curso.

Los alumnos que queden finalmente inscriptos recibirán la comunicación a más tardar el lunes 4 de marzo de 2012.

3 de octubre de 2012

Workshop: QUANTITATIVE CLADISTICS AND USE OF TNT. 2013

QUANTITATIVE CLADISTICS AND USE OF TNT 

June 3-7, 2013

Instructors:

Dr. Pablo Goloboff

Dr. Claudia Szumik

Els Hostalets de Pierola, Barcelona

Workshop director:

Soledad de Esteban Trivigno

The workshop will cover the basics of parsimony analysis and character optimization, tree-searches, diagnosing and summarizing results efficiently, and measuring group supports.

More information: website.



23 de mayo de 2012

Hennig XXXI Workshop: Scripting with TNT, Riverside, CA

Participantes del taller de scripts con TNT

 
Durante las sesiones del taller

Pablo Goloboff y participantes
There has been enough interest expressed for a post-meeting workshop: Scripting in TNT.
The exact location of that, and where you might book accommodations has not been determined yet.
The workshop will run on the 28th, 29th and 30th, June, 2012



Pablo Goloboff (one of the co-authors of the program) and Mark Siddall (who has experience writing scripts) are offering to give a short, 3-day course on scripting for TNT, in connection with the next meeting of the Willi Hennig Society in Riverside, California (June 23-27, 2012).
TNT is a program for phylogenetic analysis under parsimony. Even David Swofford praises it as a good phylogeny program, and it is widely recognized as one of the most powerful programs for phylogenetic analysis. Casual users find it very difficult, because it presents so many options that it is difficult to begin using it. Thus, the program left Matthew Vavrek totally confused, and The Manual caused irreparable damage to the eyes of poor Paulo Nuin (see the Blind Scientist blog).
The powerful scripting language of TNT makes it possible to use the program for an enormous variety of calculations and tests, with a flexibility far beyond any other single program for phylogenetic analysis. See the script for consistency and retention indices as an example of a very simple script, Siddall's script for partition bootstrapping as something easily accomplished with slightly more knowledge and then as well Pol and Escapa's script for iterative PCR or Goloboff's script for testing delayed character correlation as examples of more complex scripts.
This course (see the syllabus below) would be directed to those people who already have some experience with TNT, those who are capable at least of running an entire standard analysis by means of commands (and, ideally, those with some specific problems which need scripts for resolution). The course will start from the simplest ideas and build up from there; no previous scripting or programming knowledge is required (although it doesn't hurt). It will cover the main aspects of the scripting possibilities, with Goloboff and Siddall tutoring exercises directed at solving gradually more complex problems. The last day will be dedicated to people's projects, helping them design (the initial stage, at least) of their own specific projects. People should bring their own laptops (any operating system is OK).

Course syllabus and more information here >>>

12 de abril de 2012

1er Congreso de Morfometría, 2012. Pto. Angel, Oaxaca. México

Se han iniciado los planes para realizar la primera reunión de Morfometría en México. El financiamiento principal para el evento ha sido autorizado por el PIFI a la Universidad del Mar. El proyecto es encabezado por la Cand. Dra. Ana Torres, de la Universidad del Mar, Pto. Ángel. Oaxaca.

Sede: instalaciones de la UMAR en Pto. Angel, Oaxaca. México.
Fecha: del 24 al 26 de Septiembre de 2012.
Sitio web: http://www.filogenetica.org/reunion/Morfometria/index.htm

La ocasión será un foro muy incluyente para reunirnos biólogos, antropólogos, etc interesados en la morfometría tradicional y geométrica.

En las próximas semanas se estará conformando distintos Comités para delegar las distintas tareas y así ayudar en la organización del evento. Si está interesado (a) en participar en la organización por favor escribanos.

La reunión seria en el formato de congreso con dos o tres conferencias magistrales y participaciones libres orales (posiblemente posters también). Un aspecto importante de la reunión será una serie de cursos y talleres cortos sobre temas variados muy específicos de la investigación morfometríca, los programas de cómputo más comunes y las aplicaciones en varias áreas (sistemática, filogenia, ecología comparada, antropología física, medicina, etc). Se solicitan sugerencias sobre temas para estos cursos.

Estén pendientes de los avisos en el blog de Morfometría Geometrica. Cualquier pregunta, comentario, sugerencia, por favor sigan este enlace para dejarnos sus COMENTARIOS
http://morfometriageometrica.blogspot.mx/2011/10/encuesta-reunion-de-morfometria-en.html#comment-form

Informes:
Ana Torres.
correo electrónico

ACTUALIZACIONES
20 de ABRIL, 2012: Sitio web para el Congreso ya esta en linea.
28 de ABRIL, 2012: Convocatoria para el Congreso ya esta en linea.
8 de MAYO, 2012: Forma de Registro ya está en línea.
25 de MAYO, 2012. Opción de pagos para participantes internacionales.

10 de febrero de 2012

CURSO DE POST-GRADO USO DE TECNICAS MOLECULARES EN SISTEMATICA Y GENÉTICA DE POBLACIONES. ARGENTINA


UNIVERSIDAD NACIONAL DE CÓRDOBA

CURSO DE POST-GRADO

USO DE TECNICAS MOLECULARES EN SISTEMATICA Y GENÉTICA DE POBLACIONES
Unidad Académica Organizadora: Cátedra de Genética de Poblaciones y Evolución y Doctorado en Ciencias Biológicas. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales, Universidad Nacional de Córdoba (Res. 734/10, HCD).

Modalidad: Teórico-práctico
Duración: 45 hs. (40 presenciales, 5 no-presenciales).
Fecha de realización: 12 al 16 de marzo de 2012.
Lugar: Facultad de Ciencias Exactas, Av. Vélez Sarsfield 299. Córdoba.
Destinatarios: alumnos del doctorado en Ciencias Biológicas, egresados de la carrera de Biología y carreras afines (Cs. Agropecuarias, Lic. en Genética, etc.)
Responsable académico y administrador de los fondos: C. N. Gardenal
Cupo: 12 alumnos
Arancel: $ 600. Alumnos inscriptos en el Doctorado en Ciencias Biológicas de la Universidad Nacional de Córdoba, $ 480.

Docentes participantes: Dres. C. Noemí Gardenal, Marina Chiappero, Beatriz García, Raúl González Ittig, Paula Rivera y Alicia R. Pérez.

OBJETIVOS

1. Conocer los principios, aplicaciones y limitaciones de las técnicas moleculares en Sistemática y en Genética de Poblaciones.
2. Conocer criterios que permitan seleccionar los marcadores más adecuados para resolver problemas taxonómicos a diferentes niveles (intra e inter-específico, a nivel de género y taxones superiores).
3. Recibir entrenamiento en la utilización de nuevas herramientas para el análisis de la biodiversidad, teniendo en cuenta la historia evolutiva de poblaciones y de especies.
4. Comprender el uso de diferentes programas de computación corrientemente utilizados para el análisis de datos.

PROGRAMA
1. Toma y conservación de muestras para la aplicación de diferentes técnicas. Manejo del laboratorio de Biología Molecular. Preparación y esterilizado de material. Práctica de pipeteo con micropipetas automáticas.
2. Fundamento de los métodos de extracción de ADN. Aislamiento de ADN de tejidos animales y vegetales.
3. Conceptos teóricos sobre la amplificación de segmentos de ADN mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR).
4. Amplificación por PCR utilizando cebadores específicos: a) amplificación del gen citocromo b del ADN mitocondrial de especies del género Oligoryzomys (Rodentia: Sigmodontinae); b) amplificación de loci microsatélites (genoma nuclear) de especies de Calomys (Rodentia: Sigmodontinae).
5. Conceptos teóricos sobre la amplificación por PCR utilizando cebadores arbitrarios: RAPDs, ISSR, AFLP. Amplificación de fragmentos ISSR en Myrcianthes cisplatensis (mato).
6. Polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción (RFLP): conceptos teóricos y análisis de geles. Digestión del gen cit b de varias especies de roedores sigmodontinos con enzimas de restricción.
7. Secuenciamiento. Alineación de secuencias.
8. Métodos de análisis. Tratamiento de los distintos tipos de datos. Construcción de matrices. Uso de programas como PAUP, Mr Bayes, jModeltest, Arlequin, Genalex y Structure.

BIBLIOGRAFIA BASICA

  1. Avise J C. 2004. Molecular markers, Natural History and Evolution. Chapman & Hall, New York.
  2. De Salle, R., Giribert, G. y Wheeler, W. 2002. Techniques in Molecular Systematics and Evolution. Birkhäuser, Basilea.
  3. Hillis D M, C. Moritz, B K Mable. 1996. Molecular Systematics. Sinauer Ass., Inc. Sunderland, Massachusetts.
  4. Freeland, J R. 2011, S D Petersen y H Kirk. 2011. Molecular Ecology. Wiley-Blackwell.
  5. Wiley E. O. y B S Lieberman. 2011. Phylogenetics: Theory and Practice of Phylogenetic Systematics. Wiley-Blackwell.
  6. Yang Z. 2006. Computational Molecular Evolution. Oxford Series in Ecology and Evolution, Oxford.
  7. Hoelzel, A R. 1992. Molecular Genetic Analysis of Populations. A practical approach. IRL Press. Oxford.

Trabajos en publicaciones periódicas empleados para Seminarios durante el curso: se actualizan anualmente.

Evaluación final: escrita, a cargo de C.N. Gardenal, Beatriz A. García y M. Chiappero.


Informes y pre-inscripciones: vía e-mail hasta el 2 de marzo de 2012 >>>M. Chiappero

Requisitos para la pre-inscripción:
- Curriculum Vitae de no más de 5 páginas
- Carta de presentación explicando las motivaciones que lo llevan a realizar el curso.

Los alumnos que queden finalmente inscriptos recibirán la comunicación a más tardar el viernes 3 de marzo de 2012.

17 de octubre de 2011

Talleres Internacionales de Bioinformática - Enero 2012

Talleres Internacionales de Bioinformática - Enero 2012

Querida comunidad de filogenetistas y biólogos evolutivos:
Nos es grato informarle que el Nodo Nacional de Bioinformática (NNB-UNAM) y la Sociedad Iberoamericana de Bioinformática (SOIBio), con el apoyo del Centro de Ciencias Genómicas (CCG-UNAM), el Instituto de Biotecnología (IBt-UNAM), la Licenciatura en Ciencias Genómicas (LCG-UNAM) y EMBnet organizan los Talleres Internacionales de Bioinformática - 2012, que se llevarán a cabo del 16 al 27 de enero de 2012 en las instalaciones del CCG en Cuernavaca Morelos, México.
En la semana del 16 al 20 de Enero se impartirán 2 talleres de nivel básico dirigido a principiantes en el área. En la semana del 23 al 27 de Enero se ofrecerán 2 talleres especializados, uno dirigido a gente trabajando en análisis de datos generados por secuenciadores de nueva generación y otro para Administradores de Sistemas.
Para los detalles de los programas y procedimiento de registro, favor de visitar el sitio web del evento:
http://congresos.nnb.unam.mx

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International Workshop on Bioinformatics - January 2012

Dear community of phylogeneticists and evolutionary biologists:

We are pleased to announce that the National Node of Bioinformatics (NNB-UNAM) and the Iberoamerican Society of Bioinformatics (SOIBio), with support from the Center for Genomic Sciences (CCG-UNAM), the Institute of Biotechnology (IBT-UNAM), the Undergraduate Program in Genomics Sciences (LCG-UNAM) and the EMBnet, organize the “International Workshops on Bioinformatics – 2012” which will be held from January 16th to 27th, 2012 in the CCG facilities in Cuernavaca Morelos, Mexico.
Two Basic or introductory workshops will be offered during the first week (January 16th-20th), geared towards beginners in the field. Two advanced workshops will be offered during the second week (January 23rd to 27th), one designed for people working with data generated by next generation sequencers, and the other for System Administrators.

For the details on the programs and registration procedure, please visit the event website:
http://congresos.nnb.unam.mx

15 de agosto de 2011

Curso: Evolutionary paleontology, evo-devo, and paleobiology


Curso: Evolutionary paleontology, evo-devo, and paleobiology

Curso de Postgrado de la Asociación Paleontológica Argentina.

Evolutionary paleontology, evo-devo, and paleobiology

PhD. Michel Laurin

5 al 9 de diciembre de 2011

A dictarse en la Asociación Paleontológica Argentina,
Maipú 645 1er Piso CABA.
Buenos Aires

4 de julio de 2011

Curso Internacional “Bioinformatics for Phylogenetic Reconstruction in Virology”, Buenos Aires

Curso Internacional / International Workshop

“Bioinformatics for Phylogenetic Reconstruction in Virology”

Hospital de Pediatría S.A.M.I.C.“Prof. Dr. Juan P. Garrahan” Buenos Aires, Argentina

3 – 7 de Octubre , 2011

ORGANIZADORES CIENTÍFICOS / SCIENTIFIC ORGANIZERS:

Dra. Luisa Sen, Dra. Paula Aulicino, Dra. Andrea Mangano,

Dr. Carlos Rocco ( Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus)

.COORDINADORA / COORDINATOR:

Dra. Paula Aulicino

.DIRIGIDO A / DIRECTED TO:

Bioquímicos , Licenciados en Biología, Biotecnología, Genética y profesionales de áreas afines de países latinoamericanos / Young investigators with a degree in Biology, Biotechnology, Biochemistry and related areas who are currently doing their Master, Ph.D. thesis, or similar in a laboratory from Latin America.

MAS INFORMACIÓN EN EL SITIO WEB DEL CURSO




7 de junio de 2011

Short course on using R to perform comparative methods

R Methods in Macroevolution Workshop
July 31st to August 5th
Santa Barbara.

We are pleased to announce an intensive short course on using R to perform comparative methods to be held in Santa Barbara on July 31-Aug 5, 2011. This course is funded by the National Science Foundation, and a number of stipends to cover or defray travel, room, and board are available to qualified students and post-docs. Topics covered will include an introduction to the R programming language, tree manipulation, independent contrasts and phylogenetic generalized least squares, ancestral state reconstruction, models of character evolution, diversification analyses, and community phylogenetic analysis.

Application deadline: June 15th.

More Information:
http://pandorasboxfish.squarespace.com/r-methods-in-macroevolution-wo/

25 de mayo de 2011

Esta semana inició el curso de métodos filogenéticos de la WHS en Xalapa



Este Lunes 23 de Mayo inicio el taller de la WHS en el INECOL, Xalapa.
El curso despertó mucho interés y asisten 25 participantes de varios países: EUA, Mexico, Costa Rica, Colombia, Perú, Brasil, Argentina y España!
Varias fotos del grupo están en la Galería en el sito web del curso aquí.

En la foto arriba, John Wenzel a cargo de las clases el Lunes. Entre él y Kevin Nixon (foto abajo) impartieron las clases y prácticas del Lunes y Martes.



La tarde del Martes fuimos a un restaurant local para cenar como grupo. Disfrutamos de buena comida mexicana y un ambiente muy agradable con viejos y nuevos amigos. Para algunos la noche terminó en un karaoke muy revelador de habilidades vocales y musicales!



El taller sigue esta semana hasta el viernes. Miércoles y Jueves Ward Wheeler y Viernes con Chris Randle.

Junio 6, PD: Me informan que el viernes por la noche también hubo karaoke! Sin duda, todo un exito el taller!

La Galeria del curso esta en:
http://www.filogenetica.org/cursos/WHSphotos/Gallery/

6 de mayo de 2011

Computational phyloinformatics workshop. Kyoto


Computational Phyloinformatics is an 11-day intensive summer workshop co-sponsored by the Bioinformatics Center of Kyoto University, DBCLS/JST and NESCent, and will take place at the Bioinformatics Center in Kyoto, Japan following the SMBE 2011 meeting.

The workshop aims to give biologists practical knowledge and hands-on programming skills in phyloinformatics.

Instructors and Course Organizers
  • Christian Zmasek (Sanford-Burnham Medical Research Institute; Functional Genomics with BioRuby)
  • Karen Cranston (NESCent Training Coordinator)
  • Rutger A. Vos (University of Reading; Phyloinformatics with BioPerl and Bio::Phylo)
  • Susumu Goto (Bioinformatics Center, KEGG laboratory)
  • Toshiaki Katayama (Human Genome Center, University of Tokyo)
  • William H. Piel (Yale Peabody Museum; Phyloinformatics with SQL)
MORE INFORMATION >>>

4 de abril de 2011

Taller Avanzado de Morfometría Geométrica, Cuernavaca, MÉXICO

Facultad de Ciencias Biológicas

Centro de Investigación en Biodiversidad y Conservación

Cuerpo Académico de Biología Comparada

Taller Avanzado de Morfometría Geométrica

8-12 de Mayo de 2011

Universidad Autónoma del Estado de Morelos, Cuernavaca, México

PONENTE. Dr. P. David Polly, Associate Professor, Department of Geology, Indiana University

OBJETIVO. Es un curso teórico-práctico dirigido a estudiantes de posgrado y profesionales con conocimientos básicos de morfometría geométrica. El taller está enfocado en el uso de la morfometría geométrica para abordar temas como ecomorfología, integración morfológica, evolución morfológica y filogenia.

COSTO DE INSCRIPCIÓN. $1,500

INFORMES.

Dr. José Antonio Guerrero aguerrero@uaem.mx

22 de febrero de 2011

Workshop on Molecular Evolution, North America 2011

Workshop on Molecular Evolution, North America 2011


Fort Collins, Colorado, USA

24 July - 6 August 2011

Application Deadline: 15 May was the preferred application deadline, after which time people will be admitted to the course following review of applications by the admissions committee. However, later applications are accepted.

http://www.molecularevolution.org/workshops/WME

Michael P. Cummings, Scott A. Handley and Kendra Nightingale, Co-Directors

The Workshop consists of a series of lectures, demonstrations and computer laboratories that cover various aspects of molecular evolution. Faculty are chosen exclusively for their effectiveness in teaching theory and practice in molecular evolution. Included among the faculty are developers and other experts in the use of computer programs and packages such as BEAST, *BEAST, DataMonkey, FigTree, Genealogical Sorting Index, GARLI, HyPhy, LAMARC, MAFFT, MrBayes, and SeaView who provide demonstrations and consultations.

For more information and online application see the Workshop web site -

http://www.molecularevolution.org/workshops/WME

3 de diciembre de 2010

Applications open for the WHS phylogenetics workshop in Xalapa, 2011

INECOL, XalapaWilli Hennig Society
Announcement # 2:

Applications are now open for the WHS Twelfth International workshop in Phylogenetic Methods to be held in Xalapa (México) on May 23-27, 2011. This one week course is sponsored by the Graduate Program, INECOL and The Willi Hennig Society.

Students, researchers, and professors interested or working with or about phylogeny and systematics are invited to submit applications for admission. The workshop is open to any student/professional based in México or Internationally.

The workshop will be limited to 25 participants. Complete applications will be evaluated competitively by an ad hoc committee.

Registration will be open only for accepted participants. Registration fee for the workshop is: Students US$300, professionals US$400. Fellowships will be offered by the WHS on a competitive basis to cover registration fee.

An application consists of
  1. A completed "Application form",
  2. a current CV for the applicant, and (if the case),
  3. a letter from the student’s advisor regarding the relevance of the course to the student’s career goals.
Visit this web page for further instructions and for downloading the "Application form".

Please note that all applications for admission must be received by Friday March 4, 2011.

We look forward to receiving your application.

For more information on the course content, registration cost, fellowships, accommodations in Xalapa, travel advice, etc, please visit the web site for the workshop:

Help us to distribute this announcement by printing and posting a one page pamphlet (PDF) in your institution.

22 de noviembre de 2010

WHS 12th International workshop in Phylogenetic Methods, Xalapa, México

The Willi Hennig Society

12th International workshop in Phylogenetic Methods

Willi Hennig Society

23 to 27 May, 2011.

Posgrado,
Instituto de Ecología, AC.
Xalapa, Ver (México).

---
Announcement # 1:
I am glad to announce dates for the WHS workshop in Xalapa (México).

This course will be possible thanks to the support from INECOL and WHS.
---

The Willi Hennig Society (WHS) has organized several international workshops on cladistics (Finland, Czech Republic, US). In Latin-America one has been offered in Argentina (2002) and two in Brazil (2008, 2010). This will be the first held in Mexico.

Lecturers:

The workshop will be presented by a combination of at least four or five professors, all members of WHS.

  • John W. Wenzel (Carnegie Museum of Natural History, coordinator).
Syllabus:

Day 1: Introduction
  • Logic and history of phylogenetics
  • Optimization and tree search
  • Ambiguity, Weighting, Support
  • Using WinClada, Nona
  • Advanced search strategy, TNT
Day 2: Morphology
  • Morphological character coding
  • Cladistic character coding
  • More powerful searches
  • Diagnosing troublesome results
Day 3: DNA sequence data
  • Handling DNA sequences (GenBank, Muscle)
  • Alignment
Day 4: Dynamic Homology
  • Dynamic homology
  • Direct Optimization and Alignment
Day 5: Likelihood and Bayesian methods
  • Model-based phylogenetics
  • Model-based Exercises, Garli, MrBayes
Participants:
This workshop is open to participants from Mexico, Latinamerican countries, but also to students from the US/Canada, Europe, and elsewhere. Essentially this is offered in substitution of the famous "OSU workshop on phylogenetic methods", which no longer will be offered there.
Lectures will be in English.
It is expected that participating students are already familiar with basic phylogenetic methods.

Cost:
Cost for the workshop is us $300. This only includes registration fee. It does not include transportation, accommodations or food.

Fellowships:
A limited number of Fellowships will be offered by the WHS on a competitive basis. WHS Fellowships will cover registration cost only. Enrollees will be responsible for cost of transportation, accommodation and meals.

Admission:
The workshop will be limited to 25 participants.
All complete applications will be evaluated
by an ad hoc committee. Registration will be open only for accepted participants. [update: link to list of admitted participants added March 18].

Further information:
Announcement of dates for the reception of an "Application form" (January 2011), notification of acceptance (March 2011), course registration (April), and additional details of the course and travel advice will be posted later in this blog and a web site for the workshop at the
Filogenetica.org server.
Meanwhile, if you have any inquiry, please post a "comment" to this "Entry".

Dr. Efraín De Luna
Workshop organizer.
Biodiversidad y Sistemática, INECOL
Xalapa, Ver. México.

2 de noviembre de 2010

2a. Edición del Taller Latinoamericano de Evolución Molecular, 17-28 de Enero 2011

Estimados amigos y colegas evolucionistas,

me complace anunciarles que el próximo mes de Enero se celebrará la segunda edición del "Taller Latinoamericano de Evolución Molecular". Tendrá lugar del 17 al 28 de Enero de 2011 en las instalaciones del Centro de Ciencias Genómicas y de la Licenciatura en Ciencias Genómicas del Campus Morelos (Cuernavaca, México) de la UNAM, .

Se trata de un Taller intensivo y GRATUITO dirigido a alumnos de posgrado e investigadores de cualquier institución académica, con alternancia de sesiones teóricas y prácticas (ver programa del TLEM 2011). El taller cubrirá desde aspectos bioinformáticos tales como búsqueda de secuencias homólogas en bases de datos públicas, parseo de archivos de secuencias con Perl y alineamiento múltiple de las mismas, revisando a fondo métodos de inferencia filogenética (distancias, parsimonia, máxima verosimilitud, inferencia bayesiana), de evolución molecular (fechación de clados, selección a nivel molecular) y de genética de poblaciones.

El taller estará impartido por destacados especialistas mexicanos en el área (profesores del TLEM 2011). Contaremos además con la participación de dos destacados investigadores invitados, el Dr. Sergei Kosakovsky Pond (UCSD, USA; desarrollador de HyPhy) y el Dr. Julio Rozas (Universidad de Barcelona, España; desarrollador de DNAsp).

Podrán inscribirse al curso alumnos de doctorado de cualquiera de los Programas de Posgrado de la UNAM o de otras instituciones nacionales o extranjeras, siempre y cuando puedan demostrar que tengan conocimientos básicos del área. Se expedirá un certificado de asistencia a todos los participantes. Este taller es acreditable como actividad académica semestral en los programas de posgrado de la UNAM.

El pre-registro se abrirá el día 5 de Noviembre de 2010 y se cerrará el 5 de Diciembre, efectuándose a través de la página de pre-registro del TLEM 2011.

Queremos agradecer el apoyo económico recibido por parte del Programa de Posgrado en Ciencias Biomédicas de la UNAM y del Programa de Posgrado en Ciencias Biológicas de la UNAM, para traer a los profesores invitados. Asimismo agradecemos el generoso y entusiasta apoyo al TLEM 2011 recibido por parte de los Drs. David René Romero Camarena y Rafael Palacios del Centro de Ciencias Genómicas y de la Licenciatura en Ciencias Genómicas de la UNAM, y por parte del Dr. César Domínguez del Instituto de Ecología de la UNAM.

A los lectores de "noticias en filogenetica.org" les agradezco la difusión de este mensaje entre sus colegas y estudiantes.

Reciban un cordial saludo desde Cuernavaca, México, esperando verles por aquí el próximo mes de Enero.

Para mayores informes contactar a:
Pablo Vinuesa - coordinador del
Taller Latinoamericano de Evolución Molecular

26 de octubre de 2010

Computational Molecular Evolution, Cambridge

Computational Molecular Evolution

10-21 April 2011

Wellcome Trust Genome Campus,

Hinxton, Cambridge, UK

Deadline for applications 26 November 2010

Course summary

This joint Wellcome Trust-EMBL-EBI advanced course aims to provide researchers with the theoretical knowledge and practical skills required to carry out molecular evolutionary analysis on their own data, as well as on data drawn from sequence databases. The course will combine basic assumptions and ideas fundamental to the field with discussion of cutting-edge methodologies, and is therefore relevant to researchers with a range of different experience levels.

Topics

  • interpretation of molecular phylogenetic trees and sequence alignments
  • genomics resources, sequence searching and sequence alignments
  • phylogeny reconstruction and models
  • hypothesis testing in phylogenetics
  • coalescent model and inference from population data.

Course organisers

  • Nick Goldman (European Bioinformatics Institute, Hinxton, UK)
  • Ziheng Yang (University College London, UK)
  • Aidan Budd (European Molecular Biology Laboratory, Heidelberg, Germany)
  • Alexandros Stamatakis (Heidelberg Institute for Theoretical Studies)

6 de septiembre de 2010

Workshop on Molecular Evolution, Europe 2011

Workshop on Molecular Evolution, Europe 2011


Cesky Krumlov, Czech Republic

23 January - 4 February 2011, individual research session 4 - 11 February 2011

Application Deadline: 1 October 2009

http://www.molecularevolution.org/workshops/WME

Michael P. Cummings, Scott A. Handley and Naiara Rodriquez-Ezpeleta Co-Directors

The Workshop consists of a series of lectures, demonstrations and computer laboratories that cover various aspects of molecular evolution. Faculty are chosen exclusively for their effectiveness in teaching theory and practice in molecular evolution. Included among the faculty are developers and other experts in the use of computer programs and packages such as BLAST, BEAST, Clustal W and Clustal X, FASTA, FigTree, Genealogical Sorting Index, GARLI, LAMARC, MAFFT, Migrate-N, MrBayes, PAML, PAUP*, and SeaView who provide demonstrations and consultations.

27 de agosto de 2010

2010 Italian workshop on phylogenetic methods and applications

Program
The workshop is expected to start on August 27th at 10 am, and will end in the afternoon of September 1st. Classes and tutorials will run every day from 9 am until 7 pm.
Some of the topics that will be covered in the lectures will be:
  • Introduction to molecular evolution
  • models of sequence evolution
  • methods of sequence alignment
  • methods of phylogenetic inference (distance, parsimony, maximum likelihood, bayesian inference)
  • molecular clock
  • supertrees
  • phylogenomics
  • diversification rate methods
  • comparative method
  • biogeography/phylogeography
Tutorials will be held to allow the workshop participants to become more familiar with the software packages that can be used for various kinds of analyses. Among the programs that will be used during the tutorials are:
  • Mesquite (matrix manipulations, tree manipulations, comparative analyses)
  • Mrbayes (bayesian phylogenetic inference)
  • RAxML (manimum likelihood phylogenetic inference)
  • Winclada (maximum parsimony phylogenetic inference)
  • BEAST (relaxed molecular clock, coalescent studies)
  • Figtree (tree graphics)
  • Various applications for R (statistical package), including geiger, laser, ape, ouch (comparative analyses)
Students are encouraged to bring their own datasets to the workshop

To have a better idea about some of these topics, feel free to consult the page of the 2009 Workshop: http://sites.google.com/site/phylogenyworkshop/

30 de julio de 2010

Fast, Free Phylogenies: HPC for Phylogenetics Tutorial


Topic: High Performance Computing for Phylogenetics

Meeting dates: October 13-15, 2010

Location: NIMBioS at the University of Tennessee, Knoxville

Co-sponsors: NIMBioS, iPlant, and National Institute for Computational Sciences

Tutorial leaders Eric Carr (NIMBioS); Jim Ferguson (National Institute for Computational Sciences, Univ. of Tennessee/Oak Ridge National Laboratory); Susan Holmes (Stanford Univ.); Brian O'Meara (Univ. Tennessee); Alexis Stamatakis (Technical Univ. of Munich); Dan Stanzione (Texas Advanced Computing Center/iPlant); Bob Thomson (Univ. California Davis); and James Wilgenbusch (Florida State Univ.)

Objectives: This tutorial focuses on how to use TeraGrid, the CIPRES Portal, the iPlant Discovery environment, university clusters, and other typically free HPC resources for phylogenetic analysis. The tutorial is geared primarily toward biologists (including students, postdocs and faculty) who are at least moderately experienced with phylogenetic analysis and who have datasets to run but who are typically running analyses on their own desktops, though other researchers, such as statisticians or mathematicians working in phylogenetics, are encouraged to apply. Learning can be enhanced for people applying as a team (such as a pairing of a biologist and a statistician who collaborate in their work).

MORE INFO HERE >>>

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