2010 Italian workshop on phylogenetic methods and applications

2010 Italian workshop on phylogenetic methods and applications‎ > ‎

Program
The workshop is expected to start on August 27th at 10 am, and will end in the afternoon of September 1st. Classes and tutorials will run every day from 9 am until 7 pm.
Some of the topics that will be covered in the lectures will be:

• Introduction to molecular evolution
• models of sequence evolution
• methods of sequence alignment
• methods of phylogenetic inference (distance, parsimony, maximum likelihood, bayesian inference)
• molecular clock
• supertrees
• phylogenomics
• diversification rate methods
• comparative method
• biogeography/phylogeography
  

Tutorials will be held to allow the workshop participants to become more familiar with the software packages that can be used for various kinds of analyses. Among the programs that will be used during the tutorials are:

• Mesquite (matrix manipulations, tree manipulations, comparative analyses)
• Mrbayes (bayesian phylogenetic inference)
• RAxML (manimum likelihood phylogenetic inference)
• Winclada (maximum parsimony phylogenetic inference)
• BEAST (relaxed molecular clock, coalescent studies)
• Figtree (tree graphics)
• Various applications for R (statistical package), including geiger, laser, ape, ouch (comparative analyses)
  

Students are encouraged to bring their own datasets to the workshop

To have a better idea about some of these topics, feel free to consult the page of the 2009 Workshop: http://sites.google.com/site/phylogenyworkshop/

Murio D. Hull, uno de los primeros filósofos que contribuyó al cladismo

Hoy se ha distribuido la noticia que David Hull ha muerto.
Les recomiendo dos notas en el blog Evolving thoughts, al respecto.

David Hull is dead

Posted on August 12, 2010 by John S. Wilkins

My mentor, hero and I hope friend, David Lee Hull died this morning, at the age of 74, according to Jay Odenbaugh.

If not for the fact that David marked my masters thesis and remarked that he hoped to see some of it published, I would never have considered myself competent enough to publish, and hence would never have ended up an academic (at the tender age of 48).

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David Hull’s philosophy

Posted on August 12, 2010 by John S. Wilkins

David Hull was one of the first graduates from the University of Indiana’s HPS program. During that program he attended a seminar with Karl Popper in the course of which he wrote a paper on essentialism in biology. Popper took it upon himself to send this, without telling Hull, to the BJPS, and the first David knew of it was when the proofs arrived. He hurriedly rewrote it (in ways Popper would not have approved, but Popper never read the final version, apparently) and it became the most cited paper of its time in the philosophy of biology.

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IAPT Research Grants in Plant Systematics

IAPT Research
Grants in
Plant Systematics
2011
The IAPT announces a competitive grants program in plant systematics, with emphasis on funding students and young investigators in developing countries, but open to applicants world-wide. The program is based on the submission of research projects, taking into consideration the following guidelines:
1. The grant application period is open until 31 December 2010.
2. The award should be preferably used for supporting field work, travel to institutions, or laboratory investigations.
3. General information should be always included on the front page (complete name of the applicant, country, institution, project title, academic degree, telephone, fax and e-mail).
4. The projects should include brief ideas of an introduction, materials, methods, objectives, literature citation and other relevant information, especially noting if any other financial support for the project exists.
5. The length of the proposals should not exceed three pages.
6. In the case of Ph.D. students, in addition to the proposal, two recommendation letters should be included.
7. The projects are to be submitted to:

Patricia Dávila-Aranda
preferably by e-mail (pdavilaa@servidor.unam.mx)

or by regular mail:

Facultad de Estudios Superiores, Iztacala, UNAM
Av. de los Barrios no. 1
Los Reyes Iztacala, Tlalnepantla
Edo. de México 54090
México

8. Applicants will be informed by e-mail of receipt of their proposals.
9. The total amount to be awarded is: US$10,000.
10. The maximum individual award is US$1,000.
11. The awarded projects will be announced on the IAPT web page and by e-mail to all the applicants on March 1, 2011.
Deadline: 31 December 2010

My-Plant.org: Phylogenetically Based Social Network for the Plant Sciences

My-Plant.org Launched!

Posted on Jul 28, 2010

The My-Plant.org Team is happy to announce that we are officially launched! My-Plant is more than just another social networking site, it provides users with a unique mechanism for finding and associating with others who share common interests in specific plant clades.

My-Plant.org is not meant to supplant other networking, web or data sites. Rather, My-Plant.org is designed to bring together the people, tools and repositories of information from across the plant science community as a whole. My-Plant.org is an evolving community and we welcome feedback from the community.

https://my-plant.org/

Profile: Douglas and Pamela Soltis: The Power of Two

Science 6 August 2010: Vol. 329. no. 5992, pp. 623 - 625 DOI: 10.1126/science.329.5992.62

News Focus

Profile: Douglas and Pamela Soltis:

The Power of Two

Elizabeth Pennisi

A University of Florida couple studying the evolution of flowering plants shows the value of doubled genomes—and joined careers.

Married, with plants. Douglas and Pamela Soltis work together in all aspects of their careers. CREDIT: E. PENNISI/SCIENCE [Larger version of this image]

PULLMAN, WASHINGTON—When Pamela Soltis first joined her husband, Douglas, on the faculty at Washington State University, Pullman, they wrote separate grants and ran separate research programs. But they worked side by side in the field and in the greenhouse and read and critiqued each other's grant proposals and papers. More often than not, they also worked together in the lab. "We knew we were interested in a lot of the same things," Pam recalls. Eventually, they gave up trying to work independently.

Today, more than 25 years later, they are known collectively as the "Solti." "We're generally viewed as one person," Pam says. True, they have separate appointments at the University of Florida, Gainesville, she at the natural history museum and he in the biology department. But students, grants, courses, publications, talks, even accolades are shared. They studied in London on the same Fulbright scholarship and were co-awardees on an international prize. "Everything they do, they do together," says Michael Donoghue, an evolutionary biologist at Yale University.

"They are the most powerful, productive couple that may have ever been in botany, certainly in my generation," says John Kress, an evolutionary biologist at the Smithsonian National Museum of Natural History in Washington, D.C. The Soltises helped bring plant systematics into the molecular age, according to peers. And their innovations have led to firsts in "approaches to questions and ultimately first answers to questions," says Vaughan Symonds, a former postdoc now at Massey University in Palmerston North, New Zealand.

Early adopters of new techniques—including molecular DNA tools—as students in the 1980s, the Soltises have shown how rapid progress can be when two minds focus on a single research program. Says Jeffrey Doyle, a systematist at Cornell University, "They are so energetic and active that seeing Doug and Pam moving into your areas is a little frightening."
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LEA MAS de esta interesante historia AQUI: >>>

Fast, Free Phylogenies: HPC for Phylogenetics Tutorial

Topic: High Performance Computing for Phylogenetics

Meeting dates: October 13-15, 2010

Location: NIMBioS at the University of Tennessee, Knoxville

Co-sponsors: NIMBioS, iPlant, and National Institute for Computational Sciences

Tutorial leaders Eric Carr (NIMBioS); Jim Ferguson (National Institute for Computational Sciences, Univ. of Tennessee/Oak Ridge National Laboratory); Susan Holmes (Stanford Univ.); Brian O'Meara (Univ. Tennessee); Alexis Stamatakis (Technical Univ. of Munich); Dan Stanzione (Texas Advanced Computing Center/iPlant); Bob Thomson (Univ. California Davis); and James Wilgenbusch (Florida State Univ.)

Objectives: This tutorial focuses on how to use TeraGrid, the CIPRES Portal, the iPlant Discovery environment, university clusters, and other typically free HPC resources for phylogenetic analysis. The tutorial is geared primarily toward biologists (including students, postdocs and faculty) who are at least moderately experienced with phylogenetic analysis and who have datasets to run but who are typically running analyses on their own desktops, though other researchers, such as statisticians or mathematicians working in phylogenetics, are encouraged to apply. Learning can be enhanced for people applying as a team (such as a pairing of a biologist and a statistician who collaborate in their work).

MORE INFO HERE >>>

Curso Cladística - Tucumán - 16-20 Agosto

clado : Mensaje: Curso Cladística - Tucumán - 16-20 Agosto

NOMBRE DEL CURSO: CLADÍSTICA: MÉTODOS CUANTITATIVOS DE CLASIFICACIÓN

16 al 20 de Agosto de 2010
Facultad de Ciencias Naturales, Universidad Nacional de Tucumán

Docente: Pablo Goloboff (Inv. Ppal CONICET)
Ayudantes del Curso (en orden analfabético): Claudia Szumik, Marcos
Mirande, Santiago Catalano, J. Salvador Arias (todos de CONICET)

CONTENIDO Y CRONOGRAMA

DIA 1
Teórico: Parsimonia y sistemática filogenética. Optimización y mapeo de
caracteres (mapeo/reconstrucciones/cambios específicos).
Práctico: Input/output. Formatos de datasets. Archivos de instrucciones.
Opciones de output como metafiles; creación de “batch filesâ€�. Edición de árboles.
Manejo de archivos de árboles. Grupos de árboles, caracteres, y taxones.

DIA 2
Teórico: Búsquedas, parte I. Soluciones exactas, árboles de Wagner,
branch-swapping.
Optimos locales y óptimos globales; estrategias de búsqueda. Factores que
afectan la eficiencia de las búsquedas.
Práctico: Uso de secuencias múltiples de adición al azar. Constraints y
Estrategias de búsquedas heurísticas.

DIA 3
Teórico/Práctico: Reglas de colapsamiento. Consensos (incluyendo: mejoras de
consensos y superárboles). Comparaciones de topologías de árboles; distancias de SPR.
Pesado de caracteres.
Funciones de pesado definidas por el usuario.

DIA 4
Teórico/Práctico: Medidas de soporte. Soporte de Bremer; búsqueda de
árboles subóptimos. Medidas basadas en remuestreo; efectos de tipos de búsquedas y reglas de
colapsamientos.

DIA 5
Teórico/Práctico: Búsquedas, parte II: Nuevos algoritmos de búsqueda.
Análisis de datasets de gran tamaño; estrategias generales. Scripts; control de flujo, expresiones y
variables.


MODALIDAD DEL CURSO

Teórico/práctico, con fuerte énfasis en los aspectos prácticos. Las clases
teóricas se usan para introducir la problemática general en cada tema, y los prácticos se utilizan
para ilustrar y terminar de entender los temas vistos en las clases teóricas. La dinámica del
curso es bastante informal, pasando de modalidad "teórico" a modalidad "práctico" rápidamente y
a requerimiento de los participantes.
El curso se dictará en la sala de computadoras de CompuTronic, San Lorenzo 982,
San Miguel de Tucumán.
Las clases serán diarias, de 9:30 a 18:30 hs.

CUPO
El curso puede incluir hasta 30 personas; se efectuarán las inscripciones por
estricto orden de llegada.

DURACION
40 hs. aprox.

New Book: Beyond Cladistics

Systematics and Biogeography: New Book: Beyond Cladistics

Nuevo blog de Cladistica y Biogeografia

He recibido noticia del lanzamiento en linea de un nuevo blog relacionado con Filogenia y Biogeografia:
http://cladisticaybiogeografia.blogspot.com/

Bienvenido a la blogosfera! Estaremos pendientes de este foro y le deseamos larga vida.

Philippe Lemey speaks Friday July 16 at noon PDT in Phyloseminar.org

Hello phyloseminar-interested folk:

We are very excited to have Philippe Lemey presenting on Friday July
16 at noon PDT concerning

"Phylogenetic diffusion models and their applications in viral epidemiology"

Abstract:
Emerging infectious diseases continue to appear all over the world,
and importantly, they have also risen significantly over time after.
Having the potential to quickly adapt to new hosts and environments,
RNA viruses are prime candidates to emerge as global threats to human
health. Their rapid rate of evolution, however, also turns viral
genomes into valuable resources to reconstruct the spatial and
temporal processes that are shaping epidemic or endemic dynamics. In
this seminar, I will highlight recent developments in phylogenetic
diffusion models that tie together sequence evolution and geographic
history in a coherent statistical framework. Both discrete and
continuous phylogeographic models have recently been implemented in a
Bayesian statistical approach. I will position this approach among
other popular phylogeographic methods, and then focus on applications
in viral molecular epidemiology to demonstrate their use. Finally, I
will hint at future extensions that may provide entirely new
opportunities for phylogeographic hypothesis testing.

Thanks,

Erick

To attend this and other talks, learn how to connect ahead of time.

If you can't make it, don't fret-- you can always watch the recording.

Curso de posgrado: Introducción a la informática de la biodiversidad

Curso de posgrado: Introducción a la informática de la biodiversidad
26 de julio - 6 de agosto, 2010, 9 a 17hs.
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires

Docente responsable:

• Martín Ramírez (investigador independiente, CONICET. Profesor adjunto, EGE FCEyN-UBA).

Profesor invitado:

• Renato Mazzanti (profesor adjunto, Universidad Nacional de la Patagonia).

Pre-Inscripción: Hasta el 15 de julio de 2010, enviar un e-mail a Martín Ramírez incluyendo: CV, cargo actual, lugar de trabajo y tema de estudio. Carta de intención explicando cómo piensa aplicar los conocimientos adquiridos en el curso.

Cupo máximo: 30 alumnos (prioridad: doctorandos UBA; de otras universidades con proyectos de tesis afines a los contenidos del curso)
Arancel: $80

Programa

Contenidos teóricos y metodológicos

Introducción general
Tipos de datos de biodiversidad: Taxonómicos, geográficos, ambientales, cronológicos, anatómicos, desarrollo, parentescos.
Origen de datos de biodiversidad: Colecciones biológicas, observaciones, multimedia.
Datos y metadatos. Especificaciones utilizadas en biodiversidad y disciplinas relacionadas.

Introducción a las bases de datos
Concepto de normalización e integridad referencial. El modelo entidad-relación.
Bases relacionales vs. bases orientadas a objetos, estado del arte.
Las bases de datos heterogéneas distribuidas, su aplicación a la biodiversidad.
Repositorios de datos.

Introducción a los metadatos
Datos y metadatos.
Especificaciones utilizadas en biodiversidad y disciplinas relacionadas.
Darwin Core: Versiones e implementaciones.

Metadatos de conjuntos de datos
Catálogos de metadatos de recursos de biodiversidad.

Metadatos de ubicación geoespacial
Método punto-radio.
Protocolos de georreferenciación.

Metadatos de imágenes biológicas
Metadatos embebidos.
Vistas estandarizadas.
Repositorios.
Digitalización de ejemplares mediante imágenes.

Datos taxonómicos
Catálogos de autoridad taxonómica.
Agregadores de datos taxonómicos.
Estimas de diversidad con taxonomía incompleta.

Identificadores únicos
Importancia y problemas de identificadores únicos.
URIs, LSIDs.

Ontologías biológicas
Conceptos, relaciones y razonamientos automáticos.
Web semántica, repositorios RDF.
Anotaciones utilizando ontologías.

Herramientas de adquisición de datos de colecciones biológicas
Funciones y problemática general.
Modelos de datos usuales.

Proveedores de datos
Función y tecnología empleada.
Proveedores TAPIR, IPT

Portales de datos
Función y tecnología empleada.
Portales de iniciativas de biodiversidad.

Aplicaciones de datos de biodiversidad
Cybertaxonomía.
Identificación taxonómica automática: DNA Barcodes y sistemas basados en imágenes.
Modelado de distribuciones predictivas.
Áreas de endemismo.
Inventarios y estimas de riqueza.


Trabajos prácticos

Búsquedas y procesamiento de datos de portales: GBIF, SNDB, BOLD, Morphbank.
Consultas en bases de datos relacionales.
Mapeo de campos de colecciones biológicas a Darwin Core.
Validación de colecciones de datos. Problemas generales, métodos manuales y automáticos.
Georreferenciación de localidades geográficas.
Uso de servicios web.

Martin J. Ramirez
Profesor Adjunto UBA FCEyN EGE
Curador General & División Aracnología
Museo Argentino de Ciencias Naturales - CONICET
Av. Angel Gallardo 470
C1405DJR Buenos Aires
Argentina
tel +54 11 4982-8370 int. 169
fax +54 11 4982-6670 int. 172

Taller sobre Evolución Comparada. Colima, Mexico

Taller sobre Evolución Comparada

Assumption 0: Analysis in Comparative Evolutionary Biology
Daniel R. Brooks, University of Toronto

2 y 3 de septiembre de 2010

Biblioteca de Ciencias, Universidad de Colima
Colima, Colima

Se entregarán constancias de asistencia.
Mayores informes y registro: vleon@ibiologia.unam.

Inició el curso de métodos filogenéticos de la WHS en Columbus

Este lunes ha iniciado el taller de métodos filogenéticos de la WHS en Columbus, OSU. El curso esta organizado por John Wenzel y en esta ocasión han asistido unos 24 participantes de Europa, Estados Unidos y Latinoamérica.
La foto oficial del grupo esta aqui>>
En la foto arriba, Kevin Nixon dando las primeras clases este Lunes por la mañana.
Las sesiones practicas en las PC son en las tardes. La foto abajo, John Wenzel mostrando procedimientos con Nona y Winclada.

Esta tarde todos hemos disfrutado una cena en la casa de John (mejor dicho, el Outgroup Inn). La entrada de su casa esta bien marcada, no habia manera de pasarla sin notar la señal.


Estas son un par de fotos del grupo. Pasamos una excelente tarde gracias a la hospitalidad de la familia de John.

INECOL convoca a concurso una plaza en biologia evolutiva

INSTITUTO DE ECOLOGIA A.C. (INECOL)
CONVOCATORIA PARA OCUPAR SIETE PLAZAS DE INVESTIGADOR

EL INECOL es un Centro Público de Investigación adscrito al Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología que lleva a cabo investigación y formación de estudiantes en el campo de la ecología. Cuenta con instalaciones en Xalapa, Veracruz y en Pátzcuaro, Michoacán así como con estaciones de campo en zonas templadas y desérticas de Durango y en la zona costera de Veracruz. Actualmente se encuentran asociados al INECOL 106 investigadores de tiempo completo, 91 técnicos académicos, 88 adminsitradores y 123 estudiantes graduados. La vida académica está organizada en nueve departamentos o redes: Biodiversidad y Sistemática, Ecología Funcional, Ambiente y Sustentabilidad, Biología Evolutiva, Manejo Biorracional de Plagas y Vectores, Manejo Biotecnológico de Recursos, Ecoetología, Biología y Conservación de Vertebrados e Interacciones Multitróficas.

El INECOL invita a los investigadores interesados a ocupar siete plazas en los siguientes campos de investigación, descritos a continuación. La revisión de solicitudes comenzará en la fecha de publicación de la convocatoria y se extenderá por tres meses, hasta el 15 de septiembre. Los candidatos seleccionados deberán ocuparlas antes del 15 de noviembre de 2010.

[una de las siete plazas es la siguiente]

INVESTIGADOR EN BIOLOGIA EVOLUTIVA

UNA PLAZA DE INVESTIGADOR

Categoría disponible: Investigador Titular A.

Contratación: Tiempo completo por 12 meses. Dependiendo del desempeño académico se renovará el contrato. Después de tres años, los candidatos podrán solicitar su definitividad.

Descripción de la Investigación: La investigación se llevará a cabo en la Red de Biología Evolutiva en un grupo de expertos en genética, ecología molecular, conducta y evolución de plantas vasculares, aves, peces y otros grupos. El candidato seleccionado llevará a cabo investigación para integrar datos moleculares con métodos comparados para entender procesos y patrones evolutivos en plantas (preferentemente angiospermas) y/o en animales (preferentemente aves). La plaza requiere experiencia en métodos moleculares. Las áreas de investigación incluyen evolución molecular, génetica evolutiva, filogeografía, filogeografía comparada, sistemática molecular, cambio global y biología de poblaciones. El candidato seleccionado deberá contar con la habilidad de trabajar con colegas, personal y estudiantes con diferentes especialidades y formación académica.

Responsabilidades:

•  Llevar a cabo investigación que integre métodos moleculares para entender la evolución de grupos de plantas y/o animales.
•  Participar en la formación de recursos humanos, impartiendo cursos y dirigiendo tesis en los programas de maestría y doctorado del INECOL.
•  Preparar proyectos para presentarse en instituciones nacionales e internacionales.
•  Publicar artículos en revistas reconocidas internacionalmente con factor de impacto, en revistas nacionales, en revistas de divulgación y periódicos, y ocasionalmente en libros.

Requisitos:

•  Licenciatura en Biología y Doctorado en Ciencias en biología molecular o campos relacionados.
•  Contar con al menos un posdoctorado en el área de biología molecular.
•  Contar con experiencia en el laboratorio molecular.
•  Es deseable pero no indispensable haber vivido y trabajado en Latinoamérica.
•  Hablar y escribir en español y en inglés.
•  Capacidad de trabajar en equipo.
•  Contar con experiencia en presentación de proyectos.
•  Contar con la capacidad de trabajo en grupos multidisciplinarios.
•  Disposición para trabajar fuera de horario y de viajar a los sitios de estudio.
•  Haber publicado 5-7 artículos en revistas internacionales reconocidas con factor de impacto en el área y al menos ser el primer autor o el autor para la correspondencia en tres de ellos.
•  Contar con licencia de manejo (recomendable).

Procedimiento para presentar solicitudes:

Los interesados enviarán una carta describiendo su experiencia relacionada con la plaza, su curriculum vitae e información de tres referencias, incluyendo su teléfono, y su correo electrónico. Se consultarán únicamente para el caso de los finalistas. Favor de enviar estos documentos en archivos PDF o Word a:

Secretaría Académica

Instituto de Ecología A. C.

Carretera antigua a Coatepec No. 351

El Haya, Apartado Postal 63

C.P. 910070 Xalapa, Veracruz, México

Correo electrónico: secretaria.academica@inecol.edu.mx

Página web: www.inecol.edu.mx

iEvoBio Conference

iEvoBio: Home

About the Conference

iEvoBio aims to be a forum bringing together biologists working in evolution, systematics, and biodiversity, with software developers, and mathematicians, both to catalyse the development of new tools, and to increase awareness of the possibilities offered by existing technologies (ranging from standards and reusable toolkits to mega-scale data analysis to rich visualization). The meeting extends over two full days and will feature traditional elements, including a keynote presentation at the beginning of each day and contributed talks, as well as more dynamic and interactive elements, including a challenge, lightning talk-style sessions, a software bazaar, and Birds-of-a-Feather gatherings.
iEvoBio is being held jointly with the Evolution Meetings as a satellite conference, for the first time in 2010 in Portland, OR. In 2010, iEvoBio overlaps with the last day of the Evolution Meetings and extends one day longer. The satellite conference is expected to become a self-sustained annual event that remains affiliated with the Evolution Meetings.


READ MORE >> http://ievobio.org/about.html