Superstars of botany: Rare specimens

Tomado de: Nature | News Feature

A handful of plant collectors has shaped the field of botany. Now they are disappearing, and there are no clear successors.

• John Whitfield

25 April 2012

John Wood has had malaria twice, and Dengue fever once. He has shaved leeches off his legs with a machete in southeast Asia — “you're supposed to use a lit cigarette, but I don't smoke” — had his car stolen in Bolivia and lain face down in the Yemeni desert while local tribes exchanged gunfire over his head.

He encountered such inconveniences in the process of collecting more than 30,000 plant specimens over 40 years of travelling the globe, mostly as a hobbyist.

More than 100 of his finds have become type specimens, from which new species are described. Those numbers elevate him to the ranks of a star collector — the top 2% of botanical gatherers, who have accumulated more than half of the type specimens in some of the world's most important collections1. These elite field workers have probably numbered fewer than 500 people throughout history. But they have contributed much of what scientists know about plant diversity, ecology and evolution, and have been crucial in the race to document the world's plants before they are lost to deforestation, development, invasive species and climate change. 

Lea la nota completa aqui: http://www.nature.com/news/superstars-of-botany-rare-specimens-1.10498

1er Congreso de Morfometría, 2012. Pto. Angel, Oaxaca. México

Se han iniciado los planes para realizar la primera reunión de Morfometría en México. El financiamiento principal para el evento ha sido autorizado por el PIFI a la Universidad del Mar. El proyecto es encabezado por la Cand. Dra. Ana Torres, de la Universidad del Mar, Pto. Ángel. Oaxaca.

Sede: instalaciones de la UMAR en Pto. Angel, Oaxaca. México.
Fecha: del 24 al 26 de Septiembre de 2012.
Sitio web: http://www.filogenetica.org/reunion/Morfometria/index.htm

La ocasión será un foro muy incluyente para reunirnos biólogos, antropólogos, etc interesados en la morfometría tradicional y geométrica.

En las próximas semanas se estará conformando distintos Comités para delegar las distintas tareas y así ayudar en la organización del evento. Si está interesado (a) en participar en la organización por favor escribanos.

La reunión seria en el formato de congreso con dos o tres conferencias magistrales y participaciones libres orales (posiblemente posters también). Un aspecto importante de la reunión será una serie de cursos y talleres cortos sobre temas variados muy específicos de la investigación morfometríca, los programas de cómputo más comunes y las aplicaciones en varias áreas (sistemática, filogenia, ecología comparada, antropología física, medicina, etc). Se solicitan sugerencias sobre temas para estos cursos.

Estén pendientes de los avisos en el blog de Morfometría Geometrica. Cualquier pregunta, comentario, sugerencia, por favor sigan este enlace para dejarnos sus COMENTARIOS
http://morfometriageometrica.blogspot.mx/2011/10/encuesta-reunion-de-morfometria-en.html#comment-form

Informes:
Ana Torres.
correo electrónico

ACTUALIZACIONES
20 de ABRIL, 2012: Sitio web para el Congreso ya esta en linea.
28 de ABRIL, 2012: Convocatoria para el Congreso ya esta en linea.
8 de MAYO, 2012: Forma de Registro ya está en línea.
25 de MAYO, 2012. Opción de pagos para participantes internacionales.

Workshop "Triatomine Genomics and Biology III". La Plata.

"Workshop "Triatomine Genomics and Biology III"

Los días 16 al 18 de mayo de 2012 se realizará en la ciudad de La Plata el Workshop "Triatomine Genomics and Biology III", organizado por el Comité Ejecutivo para la Secuenciación del Genoma de Rhodnius prolixus. El Workshop contará con la participación de destacados investigadores de Argentina, Brasil, Canadá, EEUU, Reino Unido y Uruguay. 

En el mismo se presentará el primer borrador del genoma y se avanzará en el proceso de anotación, convocando a todos los investigadores de vectores de Chagas para dicha tarea, estén o no relacionados con la genómica. 

La inscripción es gratuita y de entre los resumenes envíados para presentarse como posters, se seleccionarán algunas exposiciones orales. Se convoca a todos los investigadores y becarios doctorales y postdoctorales a enviar sus contribuciones en el área de la biología de los triatominos hasta el 30 de abril de 2012 a través de la página de web

http://www.eventos.bioqmed.ufrj.br/triatomine-genomics-and-biology/2012

La inscripción podrá realizarse hasta el día anterior al evento.

Molecular Phylogenetics International Conference. Moscow

Dear colleagues!

You are welcome to participate in the III Moscow International Conference «Molecular Phylogenetics MolPhy-3», which will take place at the New School Building of Moscow State University during 31 July – 4 August 2012.

The previous Moscow conference on phylogenetics and molecular evolution, «Molecular Phylogenetics MolPhy-2» was organized at Moscow State University during 18-21 May 2010.

The conference mission is to provide a stimulating platform for the exchange of ideas and experiences in contemporary phylogenetics, molecular evolution and bioinformatics, and for developing methodology, algorithms, and applications for state-of-the-art analyses of molecular genetic data. The primary scope is in molecular phylogenetics and systematics, phyloinformatics, evolutionary genomics, reconstructing the Tree of Life, and applied phylogenetics.

MORE INFO HERE 

X Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía. Mendoza

TERCERA CIRCULAR

X REUNIÓN ARGENTINA DE CLADÍSTICA Y

BIOGEOGRAFÍA

Mendoza

29 al 31 de mayo 2012

Organiza:

Instituto Argentino de Investigaciones de las Zonas Áridas

CCT CONICET Mendoza

Nos dirigimos a ustedes para hacerles llegar la Tercera Circular de la X Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía, que se realizará en la ciudad de Mendoza, los días 29 al 31 de mayo de 2012.
Comisión Organizadora
Sergio A. Roig Juñent
Adriana E. Marvaldi
Federico C. Ocampo
Gustavo E. Flores
Martha Cecilia Domínguez
Florencia Fernández Campón
Mariana Chani Pose
Agustina Ojeda
Claver, Silvia
Scollo, Ana María
Susana J. Lagos
Federico A. Agrain
Diego Germán San Blás
Vanina A. Pereyra
María Silvia Ferrer
Agustina Novillo
Jhon César Neita Moreno

La Comisión Organizadora los invita a visitar la página web que se pondrá en funcionamiento proximamente: http://www.racb2012.org.ar
El comité Científico será conformado por la Comisión organizadora y consultores externos.
En la misma encontrarán la información actualizada sobre la Reunión.
Sede
La misma se realizará en el salón auditorio del Instituto de Ciencias Básicas de la Universidad Nacional de Cuyo, en el Parque General San Martín.
Actividades: Siguiendo el esquema de las reuniones anteriores, la X Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía constará de tres simposios, conferencias plenarias y comunicaciones libres.

Los Simposios agruparán una serie de ponencias sobre las siguientes temáticas:
Problemas Teóricos y metodológicos. Coordinado por Dr. Camilo Mattoni. Fac. Cs. Exactas y Naturales, Univ. Nac. Córdoba, Córdoba.
Problemas empíricos. Coordinado por Dra. Lone Aagesen. Instituto de Botánica Darwinion. IBODA. CONICET. Buenos Aires.
Biogeografía. Coordinado por el Dr. Juan José Morrone. Museo de Zoología. Departamento de Biología Evolutiva. Facultad de Ciencias UNAM. México
Las Comunicaciones Libres podrán ser presentadas en forma oral o poster.
El envío de resúmenes se realizará a través de esta página web (modalidad on-line), hasta 20 de abril del corriente año. Al menos uno de los autores deberá estar inscripto. Los resúmenes serán sometidos a evaluación por un Comité Científico.

Futura Información
Próximamente en la página web y en la segunda circular se ampliará la información sobre:
-Listas de hoteles y promociones de alojamiento
-Lista de Conferencistas.

Reunion Hennig XXXI, Junio 23-27, 2012

Hennig XXXI

June 23-27, 2012

University of California Riverside
Co-organizers: John Heraty and Christiane Weirauch
If you will be attending our annual meeting and are not yet a member, please join our society. If you will be attending our annual meeting, are a member, and have yet to renew your membership please renew first.

Symposia:

1.	"Dating Paradigms" - Organizer: Seán Brady (Smithsonian)
2.	"Phylogenomics" - Organizer: Gonzalo Giribet (Harvard)
3.	"Species Revisited" - Organizers: Brent Mishler (UC Berkeley) and Rudolf Meier (University of Singapore)
4.	"Trait Evolution" - Organizer: Dimitar Dimitrov (University of Copenhagen) & Lara Lopardo (Ernst-Moritz-Arndt-Universität Greifswald)
5.	"Linguistics" - Organizer: Ward Wheeler (AMNH)
	NOTE!!! With enough interest, a possible post-meeting workshop: Scripting in TNT

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Phyloseminar: Huelsenbeck and Höhna demonstrate RevBayes. Feb 29.

"RevBayes: An R like Environment for Bayesian phylogenetic inference"
John P. Huelsenbeck and Sebastian Höhna (UC Berkeley and Stockholm University)
connect to Phyloseminar.org
Feb 29
http://phyloseminar.org/

RevBayes is a computer program that uses directed acyclic graphs
(DAG's) to specify any type of model, to hold the model and data in
memory, and to compute the likelihood of the parameters of the model.
DAG's provide a framework for the construction of modular models.
Models can easily be extended and/or parts of the model exchanged
(e.g., the substitution process and clock model) and several models
can be combined. The design of RevBayes should allow the
implementation of any extension to existing models. RevBayes is mainly
developed for Bayesian phylogenetic analyses, but it can be extended
to any inference on probabilistic models.

In this talk, I will give a brief introduction to the concept of DAG's
and how they are used to construct a model. Once the model is
specified, I will show how to simulate new observations under the
model and how to estimate its parameters. I will demonstrate this in
the RevLanguage, which is an R-like language for building DAG's for
phylogenetic problems. The RevLanguage is used interactively to
specify the model, as done with R. I will show how a full phylogenetic
model is specified, step-by-step. I will mainly focus on various
standard substitution models, relaxed clock models, and divergence
times priors. Specifically, I will show a new birth-death model with
speciation and extinction rates varying over time and use this in a
integrative analysis. In the integrative analysis I condition only on
the alignment (only the alignment is considered to be known) and
estimate the tree and divergence times simultaneously as well as the
speciation and extinction rates.

CURSO DE POST-GRADO USO DE TECNICAS MOLECULARES EN SISTEMATICA Y GENÉTICA DE POBLACIONES. ARGENTINA

UNIVERSIDAD NACIONAL DE CÓRDOBA

CURSO DE POST-GRADO

USO DE TECNICAS MOLECULARES EN SISTEMATICA Y GENÉTICA DE POBLACIONES

Unidad Académica Organizadora: Cátedra de Genética de Poblaciones y Evolución y Doctorado en Ciencias Biológicas. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales, Universidad Nacional de Córdoba (Res. 734/10, HCD).

Modalidad: Teórico-práctico
Duración: 45 hs. (40 presenciales, 5 no-presenciales).
Fecha de realización: 12 al 16 de marzo de 2012.
Lugar: Facultad de Ciencias Exactas, Av. Vélez Sarsfield 299. Córdoba.
Destinatarios: alumnos del doctorado en Ciencias Biológicas, egresados de la carrera de Biología y carreras afines (Cs. Agropecuarias, Lic. en Genética, etc.)
Responsable académico y administrador de los fondos: C. N. Gardenal
Cupo: 12 alumnos
Arancel: $ 600. Alumnos inscriptos en el Doctorado en Ciencias Biológicas de la Universidad Nacional de Córdoba, $ 480.

Docentes participantes: Dres. C. Noemí Gardenal, Marina Chiappero, Beatriz García, Raúl González Ittig, Paula Rivera y Alicia R. Pérez.

OBJETIVOS

1. Conocer los principios, aplicaciones y limitaciones de las técnicas moleculares en Sistemática y en Genética de Poblaciones.
2. Conocer criterios que permitan seleccionar los marcadores más adecuados para resolver problemas taxonómicos a diferentes niveles (intra e inter-específico, a nivel de género y taxones superiores).
3. Recibir entrenamiento en la utilización de nuevas herramientas para el análisis de la biodiversidad, teniendo en cuenta la historia evolutiva de poblaciones y de especies.
4. Comprender el uso de diferentes programas de computación corrientemente utilizados para el análisis de datos.

PROGRAMA
1. Toma y conservación de muestras para la aplicación de diferentes técnicas. Manejo del laboratorio de Biología Molecular. Preparación y esterilizado de material. Práctica de pipeteo con micropipetas automáticas.
2. Fundamento de los métodos de extracción de ADN. Aislamiento de ADN de tejidos animales y vegetales.
3. Conceptos teóricos sobre la amplificación de segmentos de ADN mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR).
4. Amplificación por PCR utilizando cebadores específicos: a) amplificación del gen citocromo b del ADN mitocondrial de especies del género Oligoryzomys (Rodentia: Sigmodontinae); b) amplificación de loci microsatélites (genoma nuclear) de especies de Calomys (Rodentia: Sigmodontinae).
5. Conceptos teóricos sobre la amplificación por PCR utilizando cebadores arbitrarios: RAPDs, ISSR, AFLP. Amplificación de fragmentos ISSR en Myrcianthes cisplatensis (mato).
6. Polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción (RFLP): conceptos teóricos y análisis de geles. Digestión del gen cit b de varias especies de roedores sigmodontinos con enzimas de restricción.
7. Secuenciamiento. Alineación de secuencias.
8. Métodos de análisis. Tratamiento de los distintos tipos de datos. Construcción de matrices. Uso de programas como PAUP, Mr Bayes, jModeltest, Arlequin, Genalex y Structure.

BIBLIOGRAFIA BASICA

1. Avise J C. 2004. Molecular markers, Natural History and Evolution. Chapman & Hall, New York.
2. De Salle, R., Giribert, G. y Wheeler, W. 2002. Techniques in Molecular Systematics and Evolution. Birkhäuser, Basilea.
3. Hillis D M, C. Moritz, B K Mable. 1996. Molecular Systematics. Sinauer Ass., Inc. Sunderland, Massachusetts.
4. Freeland, J R. 2011, S D Petersen y H Kirk. 2011. Molecular Ecology. Wiley-Blackwell.
5. Wiley E. O. y B S Lieberman. 2011. Phylogenetics: Theory and Practice of Phylogenetic Systematics. Wiley-Blackwell.
6. Yang Z. 2006. Computational Molecular Evolution. Oxford Series in Ecology and Evolution, Oxford.
7. Hoelzel, A R. 1992. Molecular Genetic Analysis of Populations. A practical approach. IRL Press. Oxford.

Trabajos en publicaciones periódicas empleados para Seminarios durante el curso: se actualizan anualmente.

Evaluación final: escrita, a cargo de C.N. Gardenal, Beatriz A. García y M. Chiappero.


Informes y pre-inscripciones: vía e-mail hasta el 2 de marzo de 2012 >>>M. Chiappero

Requisitos para la pre-inscripción:
- Curriculum Vitae de no más de 5 páginas
- Carta de presentación explicando las motivaciones que lo llevan a realizar el curso.

Los alumnos que queden finalmente inscriptos recibirán la comunicación a más tardar el viernes 3 de marzo de 2012.

Research Grants for Graduate Students

American Society of Plant Taxonomists

2012 Research Grants for Graduate Students

The American Society of Plant Taxonomists is pleased to announce the Society’s annual competition for research grants for graduate student investigators.  Support is available for both masters and doctoral students to conduct fieldwork, herbarium studies, and/or laboratory research in any area of plant systematics.  No award will exceed $1000, and it is unlikely that proposals from previous recipients will be funded.  Proposals will be funded on the basis of merit, regardless of the research area within systematics.

Proposals will be reviewed by the Society’s Awards and Honors Committee and must include the following:

1. Curriculum vitae;
2. Proposal (the text, including figures but excluding literature cited, should not exceed two single-spaced pages) that describes the research to be conducted, emphasizing the role the grant funds will play;
3. Itemized budget.

Eligibility:  Applicants must be members of ASPT at the time of the application deadline.  Details regarding ASPT membership can be found at the ASPT homepage (http://www.aspt.net/index.php).
Proposal submission:  Proposal materials must be submitted electronically as pdf files. Items 1-3 above should be submitted as a single document.  Use the following format for the filename for the proposal materials: 
student name_proposalASPT.pdf.

All application materials should be submitted to Javier Francisco-Ortega via e-mail

Additional details can be found at:
http://www.aspt.net/society/funding/gradstudentgrants.php
http://www.aspt.net/society/funding/gradstudentguidelines.php

Submission deadline for all materials:  9 March 2012.

6th Biennial Conference of the International Biogeography Society. 2013

First announcement

Registration, abstract submission for symposia and contributed papers will open in July 2012.

The core of the meeting will be four successive symposia on broad foundational and cutting-edge topics and approaches in biogeography and macroecology, each with a suite of leading international scientists as well as openings for contributed papers.
- Beyond Bergmann: New perspectives on the biogeography of traits
- Island Biogeography: new syntheses
- Predicting species and biodiversity in a warmer world: are we doing a good job?
- Conservation paleobiology: using knowledge of past ecosystems to inform conservation priorities

The meeting also has 12 sessions of contributed papers on key topics including and not limited to: (i) Neotropical biogeography, (ii) Climate change biogeography, (iii) Paleo-biogeography, (iv) Phylogeography, (v) Marine biogeography (vi) Disturbance regimes and biogeography, and (vii) Global biogeography

MORE INFO >>>

Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía, 2012

X Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía

Primera Circular

Nos dirigimos a Uds. para hacerles llegar la primera circular de la X Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía que se realizará en la ciudad de Mendoza los días 29 a 31 de mayo de 2012.

Sede y Comisión Organizadora: La misma se realizará en el auditorio del Instituto de Ciencias Básicas de la Universidad Nacional de Cuyo, en el Parque General San Martín. La comisión Organizadora está constituida por personal del CCT CONICET Mendoza.

Actividades: Siguiendo el esquema de las reuniones anteriores la X Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía constará de tres simposios (Problemas Metodológicos, Problemas Empíricos y Biogeografía), conferencias plenarias, comunicaciones libres y posters.

Las comunicaciones libres podrán ser presentadas en forma oral o poster.

La forma del envio del resumen y el formato del mismo se brindarán en la próxima circular.

Inscripción: En la próxima circular se informará los montos de inscripción y la forma de pago.


Sergio Roig Juñent

Instituto Argentino de Investigaciones de Zonas Aridas
IADIZA CCT CONICET Mendoza
CC 507 5500 Mendoza
Argentina

VII Encontro Nacional de Biologia Evolutiva, Portugal

O VII Encontro Nacional de Biologia Evolutiva terá lugar no dia 21 de Dezembro de 2011, no Museu da Ciência da Universidade de Coimbra, e com o apoio do Museu da Ciência e do CIBIO.

No decorrer do VII Encontro será formalmente constituída a Sociedade Portuguesa de Biologia Evolutiva.

Leer más >>> http://www.biologia-evolutiva.net/

The rise of the black box and the fall of the foundations of systematics.

The Autonomous Algorithm

The S&B Blog will be running a series of posts dealing with the rise of the black box and the fall of the foundations of systematics.

The Timetree of Life: A product
of the Autonomous Algorithm?

Presently, the majority of systematic analyses are constructed in the same way - a matrix is assembled and fed into a computer that then produces a branching diagram. Students of systematics are taught how to produce this branching diagram, using the algorithm, without context to the foundations of systematics. The result is a whole new generation of computer users ignorant of the basic fundamentals of systematics, such as theory (i.e., homology, monophyly), history (i.e., why we do what we do) and methodology (i.e., how to find homologs and construct a cladogram by hand). This also results in an increased dependency on algorithms, which in turn creates a new systematic history and theory that revolves around algorithms rather than concepts. The former black box, which implemented basic algorithms to find approximations of cladograms, is now totally autonomous to the theory, method and history that had gone into its creation. We call this the Autonomous Algorithm.

LEER MÁS >>> http://urhomology.blogspot.com/2011/08/autonomous-algorithm.html

No hay crisis, no estamos en extincion, ni somos ermitaños.

Ellos dicen que los taxónomos no estamos en peligro de extinción, ni somos ermitaños antisociales. Segun ellos, no hay crisis en la taxonomia! Esa es la conclusión de un estudio recientemente publicado en TREE:

Lucas N. Joppa, David L. Roberts, Stuart L. Pimm, The population ecology and social behaviour of taxonomists, Trends in Ecology & Evolution, Volume 26, Issue 11, November 2011, Pages 551-553, ISSN 0169-5347, 10.1016/j.tree.2011.07.010.
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0169534711002084

Entre varios análisis que presentan, uno me llama la atención: el numero de especies describibles e investigables por taxónomos esta decreciendo! ..... Yo ya aparte mi grupo ..... grrrrrr .... :))

-
Esta es parte de la gráfica 1:

Trends over time in species discovery rates and taxonomic effort. (a) The number of species described per 5 years, (b) the cumulative number of species, (c) the number of taxonomists involved in species descriptions and the (d) species per taxonomists.

Segun esto, el número de especies descritas ha aumentado (A) y el de taxónomos se ha incrementado ..... exponencialmente! (C).

Siendo la referencia de partida los años 1800s, no me resulta sorprendente, ni creo que sea significativo este tipo de incrementos: todo se ha incrementado! No se cuales son los datos, ni de donde vienen, pues los datos no se presentan en el articulo. Pero se esperaría que los datos fueran de algún modo estandarizados, por ejemplo, numero de taxónomos proporcional a la población? Visto asi probablemente el numero de taxónomos no se ha incrementado tanto como otras cosas desde los 1800s!

PD:
Solo como un ejemplo reciente, lean esta nota sobre el estado de la taxonomia en Canada.
Taxonomy in trouble in Canada - November 18, 2010

.... y esta otra nota sobre la Taxonomia en Latinoamerica:
Análisis cienciométrico del estado de la Sistemática en Latinoamerica

Como ven?

Encuesta: reunión de morfometría en México?

Existe la posibilidad de organizar una reunión de morfometría en México para el 2012. Queremos por este medio explorar el nivel de interes. Esperariamos que la ocasion fuera un foro para reunirnos biologos, antropologos , etc interesados en la morfometria tradicional y geometrica. Una reunion muy inclusiva. Ademas, por supuesto: quienes estarian interesados en ayudar en la organizacion?

La reunión seria en el formato de congreso con participaciones libres orales y posters. Incluiriamos una serie de cursos y talleres cortos sobre temas variados muy especificos a tareas de la investigacion morfometrica, los programas de computo mas comunes y las aplicaciones en varias areas (sistematica, filogenia, ecologia comparada, antropologia fisica, medicina, etc).

Para tener una estimacion del nivel de interes ponemos a su disposicion una encuesta en el blog Morfometria Geometrica. Ademas si esta interesado deje su comentario.

Fecha muy .... muy tentativa: verano del 2012, tres dias en Junio, Julio, o Agosto.

Cualquier pregunta, comentario, sugerencia, por favor usen el formulario de COMENTARIOS
Muchas gracias por su participación en la encuesta.