Systematics meeting of BioSyst EU 2009

10-14 August 2009
Leiden, The Netherlands

Currently, several symposia are being considered, dedicated a.o. to Microbial systematics, Flower morphology, Species circumscription and concepts. Workshops will be dedicated a.o. to Annonaceae, Web-based taxonomy, Bryophyte evolution. During or adjacent to the symposium, training sessions will be given for the EDIT Scratchpads (limited attendance)

We invite you to submit an abstract. Registration is open as well and please note that the early fee is applicable until June 30, 2009

See you in Leiden, Peter Hovenkamp

primers4clades: un servidor web para el diseño automatizado de primers de PCR taxon-específicos guiado por áboles filogenéticos

Estimados colegas filogenetistas y evolucionistas, les escribo para informarles que hemos liberado al dominio público el servidor web primers4clades.


Es un servidor de fácil manejo, totalmente automatizado, útil en el diseño de primers de PCR para estudios metagenómicos y/o de diversidad.

Se trata de una herramienta para ayudar en el diseño de primers de PCR taxon-específicos, o clado-específicos para genes condificantes de proteínas (con o sin intrones, es decir de bacterias o eucariontes) a partir de alineamientos múltiples y árboles filogenéticos. Las parejas de oligos encontradas para un conjunto de secuencias enviadas por el usuario son ordenadas en función de un parámetro compuesto de calidad", basado en criterios termodinámicos de los oligos y en el contenido de información filogenética del conjunto de amplicones.

Hemos preparado una documentación muy detallada sobre los requisitos de los datos de entrada, opciones de cómputo, interpretación de resultados, un análisis estadístico a escala genómica del comportamiento del servidor y dos estudios de caso. Además hay tres conjuntos de datos disponibles directamente desde el servidor, para poderlo probar rápida y cómodamente.

El servidor corre en dos espejos, uno en el CCG/UNAM-México y otro en la EEAD/CSIC - España.

Tambien encuentran ligas a estas URLs desde mi sitio web personal, donde además encontrarás muchos tutoriales en español sobre biocómputo, bioinformática y filogenética.

Todavía no tenemos una publicación, pero el Editor del “server issue” de la revista Nucleic Acids Research, nos respondió positivamente para enviar el manuscrito a finales de mes, por lo que esperamos sea publicado en el mes de Julio. La referencia provisional está aquí.

Esperamos que esta herramienta les sea de utilidad y agradeceríamos tus comentarios y sugerencias sobre mejoras al mismo o a la documentación, surgidas en base a tu experiencia en el manejo de primers4clades.

Me despido deseándoles un feliz y productivo 2009!!!

Pablo Vinuesa,
Centro de Ciencias Genómicas, UNAM,
México

Curso de Especialización en Biología Molecular

Curs d'Especialitzacio Biologia Molecular (IL3 - Universitat de Barcelona)

Tipo modalidad On-Line
Fecha de inicio Marzo 2009
Fecha final Agosto 2009

Este curso pretende dar una visión actual de la biología molecular, tanto desde el punto de vista de los conocimientos como de la tecnología que se utiliza en el laboratorio clínico y en investigación biomédica. El progreso de nuestro conocimiento sobre los seres vivos, debido a los avances en las tecnologías del DNA y del acceso a las secuencias de los genomas de numerosas especies, han tenido una influencia notable y han revolucionado muchas áreas de investigación, especialmente en biomedicina y biotecnología. La comprensión de los adelantos en el campo de la investigación biomédica requiere el conocimiento actualizado de los mecanismos moleculares responsables de la perpetuación y expresión del genoma y de la tecnología actual que se utiliza para investigación, diagnóstico, pronóstico y tratamiento de diferentes patologías.

Programa académico
1. Genoma humano y Biología Molecular básica de la célula.
1.1. Antecedentes históricos y descubrimientos más relevantes.
1.2. El genoma humano.
1.3. Mecanismos de perpetuación de la información genética.
1.4. Mecanismos de protección de la información genética.
1.5. Transcripción y procesamiento de la información genética.
1.6. Control de la expresión génica.
1.7. Síntesis y degradación de proteínas.
1.8. Tráfico intracelular de proteínas.
1.9. Control de proliferación celular.
1.10 Bases moleculares de la apoptosis.

2. Técnicas de biología molecular.

3. Patología molecular y terapia génica.
3.1. Bases moleculares de la patología.
3.2. Bases genéticas de la patología.
3.3. Aplicaciones de la biología molecular al estudio del sistema nervioso.
3.4. Biología molecular del cáncer.
3.5. Terapia génica: conceptos y metodología.
3.6. Aplicaciones de la terapia gènica.

Contacto
Link mediante el que encontrará más información sobre nuestro Curso de Especialización en Biología Molecular.
http://www.il3.ub.edu/es/detail/course/814.html

Bioinformática y análisis filogenético

La Soc. Mex de Biotecnología y Bioingeniería a traves de la Univ. Aut. Agraria Antonio Narro invitan al Primer Curso Taller "Bioinformática y análisis filogenético".

Impartido por Dr. Rafael Rojas Herrera (Univ. Aut. Yucatan)
22 al 24 de Abril, 2009
Contenido

1. Introducción. Fundamentos moleculares para la microbiología moderna
2. Diversidad microbiana. Conceptos básicos y métodos de estudio de comunidades microbianas.
3. Secuenciación y análisis de secuencias de ácidos nucleicos.
4. Construcción de cladogramas.

INFORMES:
Dr. Antonio Aguilera Carbó aguilera_carbo@uaaan.mx
Dra. Ana Veronica Charles Rdz avecharles@uaaan.mx

Numero de aniversario del Amer. J. Botany gratis

El numero de Enero del American Journal of Botany esta disponible en linea gratis hasta el 12 de febrero, aniversario del nacimiento de Darwin. Los articulos pueden ser bajados como PDFs individualmente.
free access to all of the articles in AJB Darwin Special Issue: The abominable mystery.

Sistemática de Plantas Tropicales

OET y la Universidad de Costa Rica
del 10 de junio al 13 de julio, 2009

Coordinadores:
Dr. Robbin Moran, New York Botanical Garden
Dr. Mauricio Bonifacino, Facultad de Agronomía, Uruguay

Sistemática de Plantas Tropicaleses un curso intensivo de campo a nivel de posgrado, impartido en idioma español, enfocado a la identificación, inventario, clasificación y análisis filogenético de plantas vasculares tropicales. Todas las actividades se llevan a cabo en Costa Rica durante seis semanas con actividades programadas para todos los días en estaciones biológicas y reservas naturales

El Curso ¿Qué aprenderá usted?

Este curso le dará la oportunidad de aprender lo siguiente:

• Identificar las principales familias y géneros de angiospermas y pteridófitas.
• Explicar los patrones generales de la filogenia de angiospermas y pteridófitas.
• Explicar lo básico de la teoría filogenética.
• Utilizar algunos de los programas más comunes para el análisis cladístico.
• Interpretar y describir estructuras vegetativas y reproductivas.
• Construir claves dicotómicas y electrónicas e identificar plantas con ellas.
• Escribir descripciones de plantas.
• Recolectar y herborizar varias clases de plantas tropicales.
• Aplicar los principios de la nomenclatura botánica.
• Reconocer los principales tipos de vegetación de Costa Rica y sus especies características.
• Utilizar varias técnicas de inventario florístico.

Más información aquí >>>

Curso de Análise Filogenética Prática (Lisboa)

O grupo CoBiG² apresenta o curso de Análise Filogenética Prática.

A Filogenética é uma das áreas científicas das Ciências da Vida que mais tem crescido e evoluido metodologicamente nos últimos anos. As suas aplicações vão hoje desde o estudo da evolução das espécies e populações animais até às mais inesperadas, como o averiguar da origem do vírus da Sida ou dos ciclos sazonais de Gripe.

O presente curso é destinado a estudantes ou profissionais que pretendam iniciar-se na análise filogenética e também a investigadores já com alguma experiência mas que queiram aprofundar e actualizar os seus conhecimentos. O curso consistirá em aulas teóricas alternadas com aulas práticas de utilização de software. Encorajam-se os participantes que tenham dados de sequências a trazê-los para análise.

Este curso realizar-se-á de 9 a 13 de Fevereiro das 14h às 20h na Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa.

Programa:
Introdução à Filogenética
Alinhamentos
Máxima Parcimónia e Distâncias
Máxima Verosimilhança
Modelos de Evolução de Sequências
Bootstrap e Inferência Bayesiana

A coordenação está a cargo do professor Octávio Paulo do Centro de Biologia Ambiental da FCUL que será também o formador principal.

Informações e inscrições em http://cobig2.fc.ul.pt ou octavio.paulo@fc.ul.pt

Saiba mais sobre este curso em: http://cobig2.fc.ul.pt/Phylogenetics.htm

Crece la capacidad del servidor de Filogenetica.org

Las capacidades de almacenamiento en el servidor de Filogenetica.org crece 5x. Ahora tendremos disponibles 5 Gigas.
Con esto también crece la capacidad de ofrecer servicios de internet adicionales para la comunidad filogenetica hispanoparlante.
Ideas?
i) Puede hospedar un sitio web de su curso y los materiales asociados de apoyo.
ii) También puede hospedar el sitio web de su laboratorio.
iii) Su sitio web personal. Use el servidor de Filogenetica.org para hospedar paginas web personales (académicas). No puedo ofrecer el diseño y edición de sus paginas web, pero si el espacio. Los archivos html los deposita el interesado por ftp a su directorio de acceso controlado. Su dirección web seria:

http://www.filogenetica.org/personales/nombre-de-su-directorio-personal/su-pag-web.htm

iv) Servicio de cuentas o buzones de correo electrónico. Su direccion de correo electronico seria:

nombre de su cuenta@filogenetica.org

El texto en rojo es de su eleccion. El ingreso es controlado como es usual (mediante usuario y contraseña). No hay comerciales en sus pags web y de plano pues es mejor que depositarlas en servicios como Yahoo o GooglePages.

Si esta interesado en hacer uso de estos servicios, escribame por email o deje un comentario aquí.

Curso de Verao em Bioinformatica - USP

A Bioinformática envolve várias disciplinas da área exatas e biológicas. No curso de verão serão apresentados conceitos e aplicações práticas, os quais são fundamentais para compreensão dos problemas biológicos e soluções computacionais envolvidas.
O curso contribui para a iniciação dos participantes na bioinformática em geral, e em particular como preparação inicial de potenciais candidatos ao programa de mestrado e/ou doutorado em bioinformática, oferecido pela USP.
Realização do curso: 02/02/2009 a 06/02/2009.

Horário: Segunda a Sexta-feira 8h30 - 17h30

Local do Evento

Instituto de Matemática e Estatistica da Universidade de São Paulo (IME-USP)

Rua Matão, 1010 - Cidade Universitária

CEP 05508-090 - São Paulo - SP - Brasil

Fuente de la información: Curso de Verao em Bioinformática - USP