La dimensión filogenética de la diversidad biológica

Curso de Posgrado en la Universidad Nacional del Sur, Bahía Blanca, Buenos Aires.

"La dimensión filogenética de la diversidad biológica"

a cargo del Dr. Fernando Pérez-Miles (Sección Entomología, Facultad de Ciencias, Universidad de la República, Montevideo, Uruguay)

Coordinador responsable: Dra. Adriana Ferrero

• Lugar: Sala de Conferencias, Depto. De Biología, Bioquímica y Farmacia
• Fecha de Inicio: lunes 19 de octubre, 17 horas.
• Modalidad: Teórico – Práctico

Contacto: Lic. Nelson Ferretti, Laboratorio de Zoologia de Invertebrados II, Tel: 4595101 Int. 2425. Email

Temario Básico
Programa Teórico:

1.- Diversidad biológica y Sistemática. Bases criterios y formas de clasificación. Características de las clasificaciones científicas, jerarquía y claves. Sistemática, Taxonomía, Clasificación y Nomenclatura. El concepto de especie en sistemática.

2.- Referencias históricas de la sistemática, escuelas. Origen de la Sistemática Cladista. Filogenia y Parentesco. Principios Cladistas: parsimonia, máxima verosimilitud y distancia.

3.- Caracteres sistemáticos y variación. Tipos de caracteres. Variables cualitativas y cuantitativas. Variables discretas y contínuas. Transformación y estados de los caracteres. Homología y homoplasia. Codificación de caracteres. Ordenamiento y polarización. Criterios de optimalidad y optimización de caracteres.

4.- Construcción de cladogramas. Búsquedas: métodos exactos, métodos heurísticos. Permutación de ramas: podado y reinserción de sub-árboles (SPR), corte y reconección (TBR). Polaridad y enraizamiento. 9.- Pesado de caracteres y medidas de ajuste. Longitud del cladograma. Indices de consistencia, de retención y ajuste. Pesado a priori y a posteriori. Pesajes sucesivos y pesajes implicados.

5.- Soporte y medidas de confiabilidad de cladogramas y grupos. Decisividad, distribución de longitudes de árboles, “Bremer support”. Métodos probabilísticos: Bootstrap, Jacknife. Consensos: estricto, de mayoría, de Nelson, de Adams. Análisis separados versus evidencia total. Comentarios sobre nuevos métodos de búsqueda para matrices muy grandes o “sucias”.


Programa Práctico:
1.- Polarización y codificación de caracteres, matrices básicas de datos, manejo básico del programa NEXUS

2.- Análisis filogenético, búsquedas de árboles por parsimonia, manejo básico del programa TNT.

3.- Pensando en árboles, ejercicios (domiciliarios) de interpretación de árboles.


Bibliografía:

Libros

Goloboff, P.A. 1998. Principios basicos de cladística. Sociedad Argentina de Botánica, Buenos Aires, 81 pp.

Kitching, I.J., P.L. Forey, C.J. Humphries & D. M. Williams. 1998. Cladistics. The theory and practice of parsimony analysis. 2nd. Ed. Oxford Univ. Press, Oxford, 228 pp.

Lanteri, A.A. & M.M. Cigliano. Sistemática biológica fundamentos teóricos y ejercitaciones. Edlup, La Plata, 241 pp.

Diniz, J.A.F. 2000. Métodos filogenéticos comparativos. Holos, Riberao Preto, 162 pp.



Trabajos científicos

Bremer, K.1994. Branch support and tree stability. Cladistics 10:295-304.

Gobloboff, P.A. 1993. Estimating character weights during search. Cladistics 9:83-91.

Goloboff, P.A., J.Farris & K. Nixon. 2003. Tree Analisis using new technology, ver 1.1. Program and documentation at http:// www.zmuc.dk/public/phylogeny/tnt.

Platnick, N.I. 1979. Phylosophy and the transformation of cladistics. Syst. Zool. 28:537-544.

BOTANY 2010, Rhode Island

Botany 2010
Call for Symposia, Colloquia, and Workshops
Overview
BOTANY 2010 will be held at Providence, Rhode Island, July 31 – August 4, 2010.

Societies participating in BOTANY 2010 will include:

• the American Bryological and Lichenological Society (ABLS),
• the American Fern Society (AFS),
• the American Society of Plant Taxonomists (ASPT), and
• the Botanical Society of America (BSA).

In preparation for Botany 2010 we are now soliciting proposals for symposia, colloquia, workshops, discussion sessions, and field trips. Symposia are organized around a topic of potential broad interest, are timely because of recent advances or synthesis in the field, or are particularly relevant to the conference venue. Colloquia are organized around more specialized topics with all presentations adhering to the standard 15 minute timeframe. The number of presentations in a colloquium is variable. Discussion sessions (“roundtable discussion”) are organized around a particular topic of interest with the bulk of the time devoted to discussion that engages the audience. Workshops are distinguished from symposia and colloquia by the inclusion of time devoted to hands-on activities (e.g., software demonstrations, data analysis tutorials, etc.).

websites
Call for Symposium - http://www.2010.botanyconference.org/2010Calls/2010ls_Symposia.php
Call for Workshops - http://www.2010.botanyconference.org/2010Calls/2010ls_Workshops.php

Escarabajo nombrado en honor a Darwin

"A dung beetle from Costa Rica has been named after Charles Darwin and the Darwin Initiative (DEFRA) by scientists at the National Biodiversity Institute of Costa Rica (INBio) and the EARTH University, Costa Rica.

The beetle, named Canthidium (Eucanthidium) darwini, was discovered in a remote and unexplored UNESCO World Heritage Site in the Talamanca Mountains as part of a Natural History Museum led project."

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Sistemática en el X Congreso Nacional de Micologia. México

 
El Comité Organizador invita a la comunidad académica, científica, estudiantil y público interesado a asistir al:
X Congreso Nacional de Micología
a celebrarse en Guadalajara, Jalisco
del 20 al 25 de septiembre de 2009. 


Simposio: Sistemática de hongos

Coordinador: M. en C. Ricardo Valenzuela Garza

1. Systematics of Cordyceps sensu lato
Dr. Bhushan Shrestha

2. El género Phellinus Quél. (Hymenochaetaceae) en la actualidad
Dra. Clarice Loguercio Leite

3. El orden Boletales en México, los criterios tradicionales y actuales de su clasificación
M. en C. Jesús García Jiménez

4. Sistemática de los hongos gasteroides
Dr. Martín Esqueda Valle


sitio web: http://www.cucba.udg.mx/actividadescucba/2009/micologia/sishongos.html

La $eductora pre$ion de una vi$ion molecular reduccioni$ta en la $istematica

Ante la efervescencia dominante de los últimos años por el uso de códigos de DNA para problemas taxonómicos, se han suscitado diversas reacciones criticas para alertar sobre las expectativas ingenuas, límites, errores de apreciación y hasta peligros de tal enfoque reduccionista y hegemónico molecular en la Sistemática [link ;  link]. Una reacción reciente es la discusión en "e-Clado" iniciada estos días y motivada al menos en parte por el anuncio de la disponibilidad de financiamiento para el uso de códigos de barras de DNA, allá en Argentina.

Acá en México, también estamos estamos sorprendidos por la benevolencia de CONACYT ofreciendo tanto dinero para que se hagan códigos de barras de DNA [link]. Ante una tendencia continua y cada vez mas preocupante de menor dinero disponible para los taxónomos, este financiamiento viene al investigador ahogado como una bocanada de aire (no importa que sea tan contaminado, como el de la Cd de Mexico!). Obviamente aplican las mismas preguntas planteadas en Argentina.
Transcribo aquí la invitación de Claudia Szumick con el objetivo que los lectores de este blog sigan y participen en la interesante discusión en "e-Clado".

Recientemente, por varias vías (e-groups, correos personales o de trabajo) y TAMBIEN por el e-group de clado hemos estado recibiendo un montón de propaganda e información (enviados por Martín Ramírez) sobre un nuevo
llamado del IBOL.

Y qué es el IBOL?

"Fondo iBOL Argentina, destinado a la difusión de la tecnología del código de barras de ADN para la identificación de especies"

Este llamado del IBOL financiado por Conicet, Fundación Williams, y otros, es
aparentemente administrado, coordinado y evaluado por el MACN. Financia salidas de campo, para identificación a nivel específico de grupos particulares de eukariotas y la extracción de tejido para el proyecto IBOL.

Este bombardeo propagandístico puede entenderse porque la gente del IBOL debe asegurarse de que todos los potenciales interesados tengan acceso a la información y puedan presentarse.

Sin embargo queda una sensación extraña, se toman muchas cosas como dadas y ya no sujetas a discusión, sin espacio alguno para reflexionar o discutir.

Las dudas que esta situación me genera las resumen perfectamente Jorge Crisci y Liliana Katinas en su nota reciente de Ciencia Hoy (réplica a la nota de Tubaro y Astarloa). Crisci y Katinas hablan sobre los peligros de la "hegemonía"; lo que más me llamó la atención es que ellos marcan que el programa de barcote implica:

1. un programa de investigación reduccionista que ignora muchos aspectos de la biología organísmica;

2. una disminución del trabajo taxonómico, disminución que afecta la conservación de la biodiversidad; y

3. un clima intelectual que margina a aquellos que tienen otros puntos de vista.

Creo no ser la única en preguntarme qué habría pasado si, en lugar de esto, el
CONICET y Williams y otros hubieran financiado a estudiantes avanzados e
investigadores para pequeñas campañas que cubran baches de información en plantas, animales, hongos, etc.? Cuánto habría sido el avance del conocimiento taxonómico en ese caso? Lo que implica: una vez más, nos despeinaron sin aviso a los taxónomos?

Por qué es ahora política institucional del CONICET apoyar y financiar este tipo de actividades?
Por qué los adeptos al barcode lograron que el CONICET apoyara esto como lo apoya, cuando el CONICET jamás consideró en su agenda con tanta generosidad a taxónomos y sistemáticos ...

Quisiera abrir acá el debate, porque me interesa saber qué piensa de este tema la gente que participa de este e-group.

Incluyo la nota de Ciencia Hoy donde están los defensores de esta técnica, así como la nota sobre los peligros de la "hegemonía" de Crisci y Katinas.

http://arbol.uniandes.edu.co/Archivos/Tubaro-Que%20bicho%20es.pdf

obviamente, existe además una larga lista de papers sobre los problemas
metodológicos y teóricos de esta nueva "técnica". Dejo esta parte a otro que quiera incluir esos papers.

Saludos cordiales,

Claudia
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Claudia Szumik
INSUE-CONICET
Miguel Lillo 205 - CP4000
Tucumán - Argentina
0381-4232965