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Posgrado en Ciencias Biológicas – Semestre 2009-2
Sistemática I
Profesor: Dr. Atilano Contreras Ramos. Depto. de Zoología, Instituto de Biología, Colección Nacional de Insectos, tel. 5622-9157, e-mail acontreras@ibiologia.unam.mx
16 sesiones (4 hrs/semana), enero – junio 2009.
Miércoles 10 AM – 2 PM, Aula 1 de posgrado, Instituto de Biología.
Presentación: Este es un curso comprensivo sobre los conceptos, métodos y técnicas actuales de la sistemática. Incluye aspectos históricos en el desarrollo de la disciplina, así como aspectos comparativos de las escuelas de pensamiento y aspectos teóricos como los conceptos de especie. El énfasis es otorgado a la sistemática filogenética o cladística como el paradigma para la propuesta de hipótesis de relaciones filogenéticas. No obstante, el curso incluye de manera básica propuestas más recientes como la máxima verosimilitud y la inferencia bayesiana. Finalmente, de manera opcional, algunas aplicaciones de la sistemática también se cubren en el curso, como aplicaciones en la conservación biológica o en el estudio de la evolución (especiación, adaptación). En síntesis, este curso intenta incluir el conocimiento básico de sistemática para el no especialista, al mismo tiempo que da las bases para que el estudiante en sistemática continúe con la aplicación de métodos concretos a profundidad de acuerdo con su proyecto de investigación.
Objetivos: Al concluir este curso se pretende que el estudiante: 1) posea una visión general del desarrollo histórico de los conceptos de mayor importancia en la sistemática y que conozca sus principales proponentes; 2) esté familiarizado con los conceptos básicos de la sistemática contemporánea y pueda utilizarlos con agilidad y de manera crítica en el contexto de las diferentes escuelas de pensamiento y de disciplinas relacionadas con la biología comparada; 3) comprenda las bases conceptuales y metodológicas para la elaboración de hipótesis de relaciones filogenéticas; 4) conozca y maneje los principales procedimientos para la elaboración y evaluación de hipótesis filogenéticas (v.gr., codificación de caracteres, búsquedas de árboles óptimos, parámetros de comparación entre árboles, medidas de confianza de árboles); 5) sea capaz de interpretar analíticamente los resultados y conclusiones de estudios publicados en la literatura especializada, así como que conozca las principales fuentes de información de sistemática (libros, revistas e internet); 6) Conozca algunos de los programas de computadora más utilizados para la inferencia filogenética y 7) obtenga una idea general de las aplicaciones de las hipótesis filogenéticas.
Contenido:
1. Introducción. ¿Qué es la sistemática? Importancia de la sistemática. Sistemática y taxonomía. Conceptos básicos en sistemática (clasificación, identificación, nomeclatura, taxonomía, sistemática, biosistemática, taxonomía experimental, nueva sistemática, biología general y comparada; relaciones filogenéticas, genealógicas, tocogenéticas y ontogenéticas).
2. Historia de la sistemática. Clasificaciones etnobiológicas. Clasificaciones prelinneanas y orígenes de la taxonomía. Clasificaciones linneanas: Linneo, el esencialismo y Adanson. Clasificaciones darwinianas: Darwin, Haeckel y el pensamiento evolucionista. La nueva sistemática: Huxley, Mayr y la taxonomía experimental. Origen del feneticismo y el cladismo. La nueva filética: Mayr, Ashlock y la resistencia al cladismo.
3. Escuelas alternativas en sistemática. Sistemática evolutiva: grados y monofilia sensu Mayr y Ashlock. Fenética: coeficientes de similitud, fenogramas, limitaciones del feneticismo.
4. Cladística. Términos básicos de grupos y taxones (taxones naturales y artificiales; grupos monofiléticos, parafiléticos y polifiléticos; especie ancestral, grupo hermano y grupo externo). Caracteres (homología y homoplasia, criterios de homología; caracteres filogenéticos, apomorfía y plesiomorfía, carácter y estado de carácter, serie de transformación, caracteres ordenados y no ordenados, polarizados y no polarizados). Reconstrucción filogenética (Argumentación de Hennig, criterios de polarización a priori y construcción de árboles a mano, longitud del árbol y principio de parsimonia; optimización y tipos de búsquedas, acctran, deltran, búsquedas exactas y heurísticas). Evaluación y comparación de árboles (índices de consistencia, de retención, de consistencia reponderado, árboles de consenso, bootstrap, jacknife, índice de Bremer, ponderación de caracteres, ponderación sucesiva). Software y plataformas (opciones para PC y para Macintosh, programas de inferencia filogenética, programas para análisis de evolución de caracteres, programas gráficos).
5. Otros enfoques (máxima verosimilitud, inferencia bayesiana).
6. Especies y especiación. El problema de la especie: ontología y epistemología de la especie biológica. Conceptos de especie (tipológico, biológico, filogenético, evolutivo, otros). Especiación y cambio evolutivo (anagénesis y cladogénesis; especiación geográfica, alopátrica, parapátrica, aloparapátrica; especiación simpátrica). Hibridación, introgresión, evolución reticulada, otros procesos.
7. Aplicaciones de la sistemática (conservación biológica, biogeografía histórica, código de barras).
8. La sistemática en México. Instituciones y programas. Especialistas y sociedades científicas. Situación actual de la sistemática en México y futuro profesional.
Metodología de enseñanza – aprendizaje: El curso está planeado como una serie de exposiciones en forma de seminario, con la participación del grupo en la discusión de cada tema con base en lecturas previamente asignadas, luego de la exposición de los primeros tres temas por el profesor. El profesor actuará como orientador general y moderador en las exposiciones, aunque cada expositor será responsable de presentar una síntesis del tema o concepto. Habrá una serie de ejercicios prácticos distribuidos a lo largo de las sesiones de clase, los cuales serán propuestos por el instructor. El profesor hará sugerencias básicas sobre referencias bibliográficas, pero cada estudiante llevará a cabo búsquedas para complementar y actualizar la información sobre el tema asignado. Cada expositor deberá entregar un resumen (2 a 3 cuartillas por tema) a cada asistente del grupo. En cada sesión de clase se discutirá al menos una lectura obligatoria. Habrá dos sesiones de clase en el aula de cómputo para manejar los aspectos básicos de software (v.gr., PAUP, TNT). Los alumnos llevarán a cabo una exposición formal al final del curso sobre un tema específico de su interés seleccionado en coordinación con el instructor.
Método de evaluación: La evaluación de cada estudiante tomará en cuenta su asistencia a las sesiones de clase y puntualidad, así como su participación y particularmente la calidad de las exposiciones de los temas y los resúmenes entregados. Igualmente, se tomará en cuenta el seminario de síntesis de un tema al final del curso (de 30–40 minutos). Habrá un examen final. Serán factores adicionales el éxito obtenido por los estudiantes en las búsquedas bibliográficas, la ejecución de los ejercicios en clase y el manejo del software en las sesiones en aula de cómputo.
Asistencia y puntualidad 10%
Participación, ejercicios 10%
Exposiciones y resúmenes 50%
Seminario final 15%
Examen global 15%
Bibliografía básica:
Ax, P. 1987. The phylogenetic system: the systematization of organisms on the basis of their phylogenesis. John Wiley & Sons, Inc., New York.
Brooks, D.R. y D.A. McLennan. 2002. The nature of diversity. An evolutionary voyage of discovery. The University of Chicago Press, Chicago.
Coyne, J.A. y H.A. Orr. 2004. Speciation. Sinauer Associates, Inc., Sunderland.
Felsenstein, J. 2004. Inferring phylogenies. Sinauer Associates, Inc., Sunderland.
Harvey, P. H., A. J. L. Brown, J. M. Smith y S. Nee (eds.). 1996. New uses for new phylogenies. Oxford University Press, Oxford.
Kitching, I. J., P. L. Forey, C. J. Humphries, y D. M. Williams. 1998. Cladistics, the theory and practice of parsomony analysis, 2da edición. Oxford Science Publications, Oxford.
Morrone, J. J. 2000. El lenguaje de la cladística. Fomento Editorial UNAM. México, D.F.
Purvis, A., J. L. Gittleman y T. Brooks (eds.). 2005. Phylogeny and conservation. Cambridge University Press, Cambridge. Sinauer Associates, Inc., Sunderland.
Sanderson, M. J. y L. Hufford (eds.). 1996. Homoplasy. The recurrence of similarity in evolution. Academic Press, San Diego.
Schuh, R. T. 2000. Biological systematics. Principles and applications. Cornell University Press, Ithaca.
Scotland, R. y R. T. Penington (eds.). 2000. Homology and systematics. Coding characters for phylogenetic analysis. Taylor and Francis, London.
Wägele, J.-W. 2005. Foundations of phylogenetic systematics. Verlag Dr. Friedrich Pfeil, München.
Wheeler, Q. D. y R. Meier (eds.). 2000. Species concepts and phylogenetic theory. A debate. Columbia University Press, New York.
Wiens, J. J. (ed.). 2000. Phylogenetic analysis of morphological data. Smithsonian Institution Press, Washington.
Wiley, E. O. 1981. Phylogenetics: the theory and practice of phylogenetic systematics. John Wiley & Sons, Inc. New York.
Wiley, E. O., D. Siegel-Causey, D. R. Brooks, y V. A. Funk. 1991. The compleat cladist: a primer of phylogenetic procedures. Museum of Natural History, The University of Kansas, Special Publication No. 19: 1-158.
Bibliografía complementaria:
Carpenter, J. M. 1988. Choosing among multiple equally most parsimonious cladograms. Cladistics 4: 291-296.
Cracraft, J. y M. J. Donoghue (eds.). 2004. Assembling the tree of life. Oxford University Press, New York.
De Pinna, M. C. C. 1991. Concepts and tests of homology in the cladistics paradigm. Cladistics 7: 367-394.
Farris, J. S. 1970. Methods of computing Wagner trees. Syst. Zool. 19: 83-92.
Goloboff, P. A. 1993. Estimating character weights during tree search. Cladistics 9: 199-220.
Hall, B. G. 2008. Phylogenetic trees made easy. A how-to manual, 3era ed. Sinauer Associates, Inc., Sunderland.
Hennig, W. 1966. Phylogenetic systematics [reimpresión con nuevo prólogo, 1979]. University of Illinois Press, Urbana.
Hillis, D. M., C. Moritz, y B. K. Mable (Eds.). 1996. Molecular systematics. Sinauer Associates, Inc. Sunderland.
Lipscomb, D. L. 1992. Parsimony, homology and the analysis of multistate characters. Cladistics 8: 45-65.
Mayr, E. y P. D. Ashlock. 1991. Principles of systematic zoology. McGraw-Hill, Inc., New York.
Melic, A. J. J. de Haro, M. Méndez e I. Ribera (eds.). 1999. Evolución y filogenia de Arthropoda. Boletín SEA No. 26, Zaragoza.
Mickevich, M. F. & D. Lipscomb. 1991. Parsimony and the choice between different transformations of the same character set. Cladistics 7: 111-139.
Minelli, A. 1993. Biological systematics, the state of the art. Chapman & Hall, London.
Nixon, K. C. & J. M. Carpenter. 1993. On outgroups. Cladistics 9: 413-426.
Pimentel, R. A. & R. Riggins. 1987. The nature of cladistic data. Cladistics 3: 201-209.
Salemi, M. y A.-M. Vandamme (eds.). 2003. The phylogenetic handbook. Cambridge University Press, New York.
Weston, P. H. 1994. Methods for rooting cladistic trees, pp. 125-155. En: R. W. Scotland et al. (eds.). Models in phylogeny reconstruction. Clarendon Press, Oxford.
Wheeler, Q. D. (ed.). 2008. The new taxonomy. CRC Press, Boca Raton.
Revistas: Cladistics, Systematic Biology.
4 de abril de 2009
1 de abril de 2009
Resultados de la encuesta: Que árboles prefiere?
Sorpresa! Los resultados de la encuesta señalan que los árboles preferidos para la reconstrucción filogenética son los de parsimonia.
En vista de la popularidad de los análisis bajo criterios probabilísticos (verosimilitud y probs bayesianas) supuse que la mayoría estaría inclinada por esas opciones.
Las encuestas han sido por pura curiosidad y diversion. Aunque las visitas al blog promedian unos 900 por mes, solo hay 50 votos en tres meses! No obstante las preferencias en esta encuesta parecen congruentes con la anterior, segun la cual el programa favorito es PAUP, seguido de TNT y WinClada.
Ojala tengamos la oportunidad de hacer nuevamente estas encuestas dentro de algun tiempo y ver como oscilan las preferencias de programas y metodos. Cual es su pronostico? Seguiran las mismas tendencias?
Las encuestas han sido por pura curiosidad y diversion. Aunque las visitas al blog promedian unos 900 por mes, solo hay 50 votos en tres meses! No obstante las preferencias en esta encuesta parecen congruentes con la anterior, segun la cual el programa favorito es PAUP, seguido de TNT y WinClada.
Ojala tengamos la oportunidad de hacer nuevamente estas encuestas dentro de algun tiempo y ver como oscilan las preferencias de programas y metodos. Cual es su pronostico? Seguiran las mismas tendencias?
30 de marzo de 2009
27 de marzo de 2009
OSU workshop on phylogenetic methods. Columbus
The Ohio State University, as an extension of the successful workshops sponsored by the Willi Hennig Society, will conduct a workshop on phylogenetic methods.
Columbus, Ohio,
July 13-17, 2009.
The purpose is to provide further instruction and experience to students who already have some familiarity with phylogenetic analysis. The format is a series of lectures and laboratory sessions that will give students the opportunity to gain a deeper understanding of the logic of the phylogenetic method, parsimony, maximum likelihood and Bayesian approaches, tree search strategies, measures of support, DNA alignment, morphological character coding, weighting, analysis of multiple and large data sets, consensus and character hypothesis testing.
Lecturers are expected to include
Participation is limited to 20 students. Cost for the workshop, including one week of lodging, is $1200, but each student will receive a $600 fellowship paid directly to the workshop. Thus the student will be responsible for only a workshop cost of $600, the cost of transportation to and from the Ohio State campus, and meals. Lodging for the period of July 12 through 17 is included in the cost of the workshop, and will be provided adjacent to campus, consisting of modest apartments with a kitchenette.
Applications may be made through http://systematics.osu.edu Click on "workshop information" for details. An application consists of a completed application form (available from the web site), a current CV for the student, and a letter from the student’s advisor regarding the relevance of the course to the student’s career goals. Applications are due April 30, 2009, and notification of acceptance will begin by May 15. Further information may be obtained by emailing osuphylo@....
This workshop is sponsored by the Ohio State University Museum of Biological Diversity (http://mbd.osu.edu), Departments of Evolution Ecology and Organismal Biology (http://eeob.osu.edu) and Entomology(
http://www.oardc.ohio-state.edu/entomology/), and the Willi Hennig Society.
Organized by Marymegan Daly, John V. Freudenstein, and John W. Wenzel.
Columbus, Ohio,
July 13-17, 2009.
The purpose is to provide further instruction and experience to students who already have some familiarity with phylogenetic analysis. The format is a series of lectures and laboratory sessions that will give students the opportunity to gain a deeper understanding of the logic of the phylogenetic method, parsimony, maximum likelihood and Bayesian approaches, tree search strategies, measures of support, DNA alignment, morphological character coding, weighting, analysis of multiple and large data sets, consensus and character hypothesis testing.
Lecturers are expected to include
- Gonzalo Giribet (Harvard University),
- Kevin Nixon (Cornell University),
- Ward Wheeler (American Museum of Natural History), and
- John Wenzel (Ohio State University).
Participation is limited to 20 students. Cost for the workshop, including one week of lodging, is $1200, but each student will receive a $600 fellowship paid directly to the workshop. Thus the student will be responsible for only a workshop cost of $600, the cost of transportation to and from the Ohio State campus, and meals. Lodging for the period of July 12 through 17 is included in the cost of the workshop, and will be provided adjacent to campus, consisting of modest apartments with a kitchenette.
Applications may be made through http://systematics.osu.edu Click on "workshop information" for details. An application consists of a completed application form (available from the web site), a current CV for the student, and a letter from the student’s advisor regarding the relevance of the course to the student’s career goals. Applications are due April 30, 2009, and notification of acceptance will begin by May 15. Further information may be obtained by emailing osuphylo@....
This workshop is sponsored by the Ohio State University Museum of Biological Diversity (http://mbd.osu.edu), Departments of Evolution Ecology and Organismal Biology (http://eeob.osu.edu) and Entomology(
http://www.oardc.ohio-state.edu/entomology/), and the Willi Hennig Society
Organized by Marymegan Daly, John V. Freudenstein, and John W. Wenzel.
26 de marzo de 2009
Taller Latinoamericano de Evolución Molecular
Estimados amigos y colegas filogenetistas,
me complace anunciarles la celebración del "Taller Latinoamericano de Evolución Molecular" que tendrá lugar en las instalaciones del Centro de Ciencias Genómicas y de la Licenciatura en Ciencias Genómicas del Campus Morelos (Cuernavaca, México) de la UNAM, del 22 de Junio al 3 de Julio de 2009.
Se trata de un Taller intensivo pero totalmente GRATUITO dirigido a alumnos de posgrado e investigadores de la UNAM, que cubrirá desde aspecto bioinformáticos tales como búsqueda de secuencias homólogas en bases de datos públicas, parseo de archivos de secuencias con Perl y alineamiento múltiple de las mismas, hasta métodos de inferencia filogenética (distancias, parsimonia, máxima verosimilitud, inferencia bayesiana), de evolución molecular (fechación de clados, selección a nivel molecular) y de genética de poblaciones.
Contaremos además con la participación de dos destacados investigadores extranjeros, el Dr. Scott V. Edwards (Harvard University) y la Dra. Catherine Lozupone (University of Colorado at Boulder).
Podrán inscribirse al curso alumnos de doctorado de cualquiera de los Programas de Posgrado de la UNAM o de otras instituciones nacionales o extranjeras. Este taller permitirá a los alumnos/as de programas de posgrado de la UNAM obtener los créditos equivalentes a un curso fundamental. Asímismo podrán inscribirse investigadores mexicanos o de cualquier otra nacionalidad, siempre y cuando puedan demostrar que tengan conocimientos básicos del área. Se expedirá un certificado de asistencia a todos los participantes.
El registro inicia el día 2 de Abril de 2009 y cierra el 13 de Mayo, efectuándose a través de la página de registro del sitio tlem09 (http://www.ccg.unam.mx/~vinuesa/tlem09/).
Agradecemos el apoyo finaciero por parte de Diversitas para otorgar BECAS para estudiantes e investigadores extranjeros interesados en asistir, así como al Programa de Posgrado en Ciencias Biomédicas de la UNAM por el apoyo económico para traer a los profesores invitados. Asímismo agradecemos el apoyo al proyecto recibido por los Drs. Julio Collado Vides, David René Romero Camarena y Rafael Palacios del Centro de Ciencias Genómicas y de la Licenciatura en Ciencias Genómicas de la UNAM.
Les agradezco la difusión de este mensaje entre sus colegas y estudiantes.
Reciban un cordial saludo desde Cuernavaca, México, esperando verles por aquí el próximo mes de Junio.
Para mayores informes contactar a:
Pablo Vinuesa - coordinador del
Taller Latinoamericano de Evolución Molecular
me complace anunciarles la celebración del "Taller Latinoamericano de Evolución Molecular" que tendrá lugar en las instalaciones del Centro de Ciencias Genómicas y de la Licenciatura en Ciencias Genómicas del Campus Morelos (Cuernavaca, México) de la UNAM, del 22 de Junio al 3 de Julio de 2009.
Se trata de un Taller intensivo pero totalmente GRATUITO dirigido a alumnos de posgrado e investigadores de la UNAM, que cubrirá desde aspecto bioinformáticos tales como búsqueda de secuencias homólogas en bases de datos públicas, parseo de archivos de secuencias con Perl y alineamiento múltiple de las mismas, hasta métodos de inferencia filogenética (distancias, parsimonia, máxima verosimilitud, inferencia bayesiana), de evolución molecular (fechación de clados, selección a nivel molecular) y de genética de poblaciones.
Contaremos además con la participación de dos destacados investigadores extranjeros, el Dr. Scott V. Edwards (Harvard University) y la Dra. Catherine Lozupone (University of Colorado at Boulder).
Podrán inscribirse al curso alumnos de doctorado de cualquiera de los Programas de Posgrado de la UNAM o de otras instituciones nacionales o extranjeras. Este taller permitirá a los alumnos/as de programas de posgrado de la UNAM obtener los créditos equivalentes a un curso fundamental. Asímismo podrán inscribirse investigadores mexicanos o de cualquier otra nacionalidad, siempre y cuando puedan demostrar que tengan conocimientos básicos del área. Se expedirá un certificado de asistencia a todos los participantes.
El registro inicia el día 2 de Abril de 2009 y cierra el 13 de Mayo, efectuándose a través de la página de registro del sitio tlem09 (http://www.ccg.unam.mx/~vinuesa/tlem09/).
Agradecemos el apoyo finaciero por parte de Diversitas para otorgar BECAS para estudiantes e investigadores extranjeros interesados en asistir, así como al Programa de Posgrado en Ciencias Biomédicas de la UNAM por el apoyo económico para traer a los profesores invitados. Asímismo agradecemos el apoyo al proyecto recibido por los Drs. Julio Collado Vides, David René Romero Camarena y Rafael Palacios del Centro de Ciencias Genómicas y de la Licenciatura en Ciencias Genómicas de la UNAM.
Les agradezco la difusión de este mensaje entre sus colegas y estudiantes.
Reciban un cordial saludo desde Cuernavaca, México, esperando verles por aquí el próximo mes de Junio.
Para mayores informes contactar a:
Pablo Vinuesa - coordinador del
Taller Latinoamericano de Evolución Molecular
25 de marzo de 2009
6th WDA International Congress of Odonatology. México
6th WDA International Congress of Odonatology
Xalapa, Mexico 7-12 June 2009
The congress welcomes all scientific works concerning damselflies and dragonflies (Odonata)
Morphology, Physiology, Ecology,
Systematics, Biodiversity and Conservation
Posters - Oral Presentations - Invited Plenary Talks
Key important date
Registration and abstract submission deadline: 10 April, 2009
Organizers
Rodolfo Novelo-Gutiérrez
Instituto de Ecología A.C. Xalapa. Ver.
rodolfo.novelo@inecol.edu.mx
Phone: + 52 228 842 1800 ext. 3311
Fax: + 52 228 842 1800 ext. 4222
Enrique González-Soriano
Instituto de Biología, UNAM
esoriano@ibiologia.unam.mx
Phone: + 52 555 622 9156
Fax: + 52 55 55500164
Alex Córdoba-Aguilar
Instituto de Ecología, UNAM
acordoba@ecologia.unam.mx
Meeting web site: http://www.odonatology2009.org/
Instituto de Ecología A.C. Xalapa. Ver.
rodolfo.novelo@inecol.edu.mx
Phone: + 52 228 842 1800 ext. 3311
Fax: + 52 228 842 1800 ext. 4222
Enrique González-Soriano
Instituto de Biología, UNAM
esoriano@ibiologia.unam.mx
Phone: + 52 555 622 9156
Fax: + 52 55 55500164
Alex Córdoba-Aguilar
Instituto de Ecología, UNAM
acordoba@ecologia.unam.mx
Meeting web site: http://www.odonatology2009.org/
23 de marzo de 2009
Aplica UNAM Código de barras en flora y fauna para obtener información taxonómica
Fuente de la información:
Aplica UNAM Código de barras en flora y fauna para obtener información taxonómica|{Ciudadania Express}
Aplica UNAM Código de barras en flora y fauna para obtener información taxonómica.
Es un marcador molecular que utiliza ADN mitocondrial del segmento COI, explicó Tila María Pérez Ortiz, directora del Instituto de Biología de la UNAM
Para lanzar el nuevo instrumento de investigación científica, se creó la Red MEXBOL, constituida por el IB, el ECOSUR, el CIBNOR y la Conabio
Hasta ahora, dos mil 556 especies mexicanas han sido analizadas con esa herramienta, señaló el ex rector José Sarukhán Kérmez
Por Emiliano Parra
Oaxaca, México.- Para identificar, clasificar y conservar la variedad de especies de plantas, animales y hongos que habitan en México, se puso en marcha el código de barras de la vida, una herramienta biológica que utiliza un segmento corto y preciso de material genético (ADN) para profundizar en las características de determinada especie.
Para lanzar este nuevo instrumento de investigación científica, diseñado en 2003 por Paul Hebert en la Universidad de Guelp, Canadá, se creó la Red MEXBOL, constituida por el Instituto de Biología (IB) de la UNAM, el Colegio de la Frontera Sur (ECOSUR), el Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste (CIBNOR) y la Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (Conabio).
Aplica UNAM Código de barras en flora y fauna para obtener información taxonómica|{Ciudadania Express}
Aplica UNAM Código de barras en flora y fauna para obtener información taxonómica.
Es un marcador molecular que utiliza ADN mitocondrial del segmento COI, explicó Tila María Pérez Ortiz, directora del Instituto de Biología de la UNAM
Para lanzar el nuevo instrumento de investigación científica, se creó la Red MEXBOL, constituida por el IB, el ECOSUR, el CIBNOR y la Conabio
Hasta ahora, dos mil 556 especies mexicanas han sido analizadas con esa herramienta, señaló el ex rector José Sarukhán Kérmez
Por Emiliano Parra
Oaxaca, México.- Para identificar, clasificar y conservar la variedad de especies de plantas, animales y hongos que habitan en México, se puso en marcha el código de barras de la vida, una herramienta biológica que utiliza un segmento corto y preciso de material genético (ADN) para profundizar en las características de determinada especie.
Para lanzar este nuevo instrumento de investigación científica, diseñado en 2003 por Paul Hebert en la Universidad de Guelp, Canadá, se creó la Red MEXBOL, constituida por el Instituto de Biología (IB) de la UNAM, el Colegio de la Frontera Sur (ECOSUR), el Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste (CIBNOR) y la Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (Conabio).
22 de marzo de 2009
Congress of the European Society for Evolutionary Biology, Torino
The 12th Congress of the European Society for Evolutionary Biology will be held in Torino, Italy, August 24 – 29, 2009.
The structure of the congress is similar to previous meetings, each day starting with a plenary keynote speaker, followed by parallel symposia. We have accepted 31 symposia. Other events will be the traditional John Maynard Smith lecture and the presidential address by the new president of ESEB, prof. Siv Andersson, Uppsala University.
The congress will cover the field of evolutionary biology in a wide sense, but with emphasis on processes and mechanisms of evolutionary phenomena.
Please visit this website continously for more information and updates.
Welcome !
21 de marzo de 2009
International Symposium on Islands and Evolution
International Symposium on Islands and Evolution
Fechas: 14-17 de septiembre de 2009
Menorca (Islas Baleares, España)
Sesiones científicas:
- Island Biogeography
- Phylogeography and molecular evolution in islands
- Evolutionary ecology in islands
- Late insular evolution
Primera circular (.doc)
Primera circular (.pdf)
20 de marzo de 2009
Sitio web de la red MexBOL
La Red Temática de Investigación " El código de barras de la vida - México" ha lanzado su sitio web.
Todavía esta en construcción, pero es un sitio que tendremos en cuenta para seguir el desarrollo de este proyecto.
17 de marzo de 2009
Convocatorias Maestría y Doctorado CIB-UAEH
Estimada comunidad filogenética, les envío los enlaces a los programas de posgrado en el Centro de Investigaciones Biológicas de la UAEH.
Debido a que aún no se actualiza la pág de posgrado con las convocatorias vigentes, pueden accesar a ellas a través de los siguientes enlaces:
Convocatoria para la MAESTRÍA
http://www.filogenetica.org/personales/Claudia%20Hornung/CONVOC_2009-1%5B1%5D.pdf
Convocatoria para el DOCTORADO
http://www.filogenetica.org/personales/Claudia%20Hornung/CONVOCATORIA%20%202009-2%20DCBC.pdf
Allí viene la información de becas y a quien dirigirse en cada caso.
La información referente a los programas pueden encontrarlas en:
http://www.uaeh.edu.mx/investigacion/biologia/posgrado.htm
http://www.uaeh.edu.mx/campus/icbi/index.html
saludos y esperamos sea de utilidad.
Centro de Investigaciones Biológicas-UAEH.
15 de marzo de 2009
Botany 2009, Snowbird
Mycological Society of America - American Bryological and Lichenological Society - American Fern Society -American Society of Plant Taxonomists - Botanical Society of America
This year’s meeting offers a variety of informative and fun activities in one of the most beautiful areas of the world. It offers cost-effective options for housing.
Some of the highlights include:
17 field trip options, before, during, and after the meeting, ranging from short morning wildflower forays to full-day trips, focusing on a variety of topics from flowering plants to ferns to lichens to ecology to fungi to paleobotany.
12 half-day symposia conveniently spaced over mornings and afternoons on Monday to Wednesday, discussing plants to fungi, form and function, evolutionary topics using DNA sequence data to genomic approaches, and ecological topics.
Workshops from Saturday-Monday (most on Sunday) ranging from data analysis of molecular and ecological data, to conservation issues, to herbarium techniques, to plant identification, to information on virtual libraries, to educational topics.
Hundreds of individual talks and posters on every topic you can imagine.
Society business meetings and banquets and social events allowing you to catch up on what’s going on in your group and allowing you to make new colleagues and friends.
Special talks such as this year’s plenary speaker, noted ethnobotanist Nancy Turner who will speak on “Bringing the Food Back Home: Plants, Algae, Lichens and Fungi in the Food Traditions of Indigenous Cascadia.”
11 de marzo de 2009
MOLECULAR TECHNIQUES IN PLANT SCIENCE
MOLECULAR TECHNIQUES IN PLANT SCIENCE
Cold Spring Harbor Laboratory Meetings & Courses Program
June 26 - July 16, 2009
Application Deadline: March 15, 2009
Instructors:
Thomas Brutnell, Boyce Thompson Institute
Elizabeth Toby Kellogg, University of Missouri
Vivian Irish, Yale University
Jennifer Normanly, University of Massachusetts
This course provides an intensive overview of topics in plant physiology, biochemistry and development, focusing on molecular genetic and analytical approaches to understanding plant biology. It emphasizes recent results from Arabidopsis, maize and a variety of other plants and provides an introduction to current methods used in plant molecular biology. It is designed for scientists with some experience in molecular techniques or in plant biology who wish to work with plants using the latest technologies in genetics, molecular biology and biochemistry. The course consists of a vigorous lecture series, a hands-on laboratory, and informal discussions. Discussions of important topics in plant research will be presented by the instructors and by invited speakers. These seminars will include plant morphology and anatomy; plant development (such as development of flowers, leaves, male and female gametophytes, and roots); perception of light and photomorphogenesis; cell wall biosynthesis, function and perception of hormones and application of research results to addressing current agronomic problems. Lectures describing bioinformatics tools available to the plant community, and the resources provided by plant genome projects are also included. Speakers will provide overviews of their fields, followed by in-depth discussions of their own work. The laboratory sessions will provide an introduction to important techniques currently used in plant research. These include studies of plant development, mutant analysis, histochemical staining, transient gene expression, gene silencing, applications of fluorescent protein fusions, protein interaction and detection, proteomics approaches, several different approaches for quantifying metabolites, transient transformation and techniques commonly used in genetic and physical mapping. The course also includes several short workshops on important themes in plant research.
2009 Tentative Schedule & Speakers
Lectures and Labs:
Introduction to Plant Structure (Ian Sussex, Yale University)
Introduction to Plant Structure (Ian Sussex & Nancy Kerk, Yale University)
Phylogenetics (Elizabeth "Toby" Kellogg, University of Missouri, St. Louis)
Sequence Analysis and Phylogeny Reconstruction (Toby Kellogg)
Reproductive Development (Vivian Irish, Yale University)
Visualizing Plant Gene Expression Lab (Vivian Irish)
Microscopy training
Shoot Meristem Development (Dave Jackson, Cold Spring Harbor Laboratory)
Fluorescence, Confocal and Scanning EM Imaging (Dave Jackson)
Secondary Metabolites: Glucosinolates (John Celenza, Boston University)
HPLC Analysis of Arabidopsis Mutants with Altered Indole Glucosinolate Profiles (John Celenza)
Plastids (Thomas Brutnell, Boyce Thompson Institute)
In-planta Transient Expression (Thomas Brutnell)
Quantitative Genetics (Georg Jander, Boyce Thompson Institute)
Quantitative trait mapping using Arabidopsis thaliana as a model system (Georg Jander)
Ethylene Receptors (Eric Schaller, Dartmouth College)
Examining Gene Expression using Protoplasts (Hyo-Jung Kim, Darmouth College)
Regulatory Networks (Erich Grotewold, Ohio State University)
ChiP and ChiP-chip Approaches to Establish Plant Regulatory Motifs (Kengo Morohashi, Ohio State Universityl)
Light Regulation (Julin Maloof, University of California, Davis)
Microarray data analysis (Julin Maloof)
Proteomics (Thomas Nuhse, University of Manchester)
Proteomics (Thomas Nuhse)
Metabolomics (Jennifer Normanly, University of Massachusetts)
Quantification if IAA by GC-MS (Jennifer Normanly)
Lectures:
Root development and physiology (Uta Paszkowski, University of Lausanne)
MicroRNA Regulation (Marja Timmermans, Cold Spring Harbor Laboratory)
Phyllotaxis (Cris Kuhlemeier, University of Bern)
Plant Pathogen Interactions (Savithramma Dinesh-Kumar, Yale University)
Lipid Signaling (Xuemin "Sam" Wang, University of Missouri, St. Louis)
Circadian Rhythms (Stacey Harmer, University of California, Davis)
Strawberry Genomics (Kevin Folta, University of Florida)
Plant Cell Wall Proteomics (Jocelyn Rose, Cornell University)
Feedstock Development for Biofuels (John Vogel, Western Regional Research Center, USDA-ARS)
Workshops:
Workshop I: Double Mutants, Genetic Maps (Vivian Irish & Toby Kellogg)
Workshop II: Separation Methods (Jennifer Normanly)
Workshop III: DNA Sequencing Technologies (Tom Brutnell)
Workshop IV: iPlant (Stacey Harmer & Toby Kellogg)
Workshop V: Transient transformation and analysis using plant protoplasts (Hyo-Jung Kim)
Workshop VI: ChiP-chip data analysis (Kengo Morohashi)
This course is supported with funds provided by the National Science Foundation
Cost (including board and lodging): $4,120
Currency converter
Cold Spring Harbor Laboratory Meetings & Courses Program
June 26 - July 16, 2009
Application Deadline: March 15, 2009
Instructors:
Thomas Brutnell, Boyce Thompson Institute
Elizabeth Toby Kellogg, University of Missouri
Vivian Irish, Yale University
Jennifer Normanly, University of Massachusetts
This course provides an intensive overview of topics in plant physiology, biochemistry and development, focusing on molecular genetic and analytical approaches to understanding plant biology. It emphasizes recent results from Arabidopsis, maize and a variety of other plants and provides an introduction to current methods used in plant molecular biology. It is designed for scientists with some experience in molecular techniques or in plant biology who wish to work with plants using the latest technologies in genetics, molecular biology and biochemistry. The course consists of a vigorous lecture series, a hands-on laboratory, and informal discussions. Discussions of important topics in plant research will be presented by the instructors and by invited speakers. These seminars will include plant morphology and anatomy; plant development (such as development of flowers, leaves, male and female gametophytes, and roots); perception of light and photomorphogenesis; cell wall biosynthesis, function and perception of hormones and application of research results to addressing current agronomic problems. Lectures describing bioinformatics tools available to the plant community, and the resources provided by plant genome projects are also included. Speakers will provide overviews of their fields, followed by in-depth discussions of their own work. The laboratory sessions will provide an introduction to important techniques currently used in plant research. These include studies of plant development, mutant analysis, histochemical staining, transient gene expression, gene silencing, applications of fluorescent protein fusions, protein interaction and detection, proteomics approaches, several different approaches for quantifying metabolites, transient transformation and techniques commonly used in genetic and physical mapping. The course also includes several short workshops on important themes in plant research.
2009 Tentative Schedule & Speakers
Lectures and Labs:
Introduction to Plant Structure (Ian Sussex, Yale University)
Introduction to Plant Structure (Ian Sussex & Nancy Kerk, Yale University)
Phylogenetics (Elizabeth "Toby" Kellogg, University of Missouri, St. Louis)
Sequence Analysis and Phylogeny Reconstruction (Toby Kellogg)
Reproductive Development (Vivian Irish, Yale University)
Visualizing Plant Gene Expression Lab (Vivian Irish)
Microscopy training
Shoot Meristem Development (Dave Jackson, Cold Spring Harbor Laboratory)
Fluorescence, Confocal and Scanning EM Imaging (Dave Jackson)
Secondary Metabolites: Glucosinolates (John Celenza, Boston University)
HPLC Analysis of Arabidopsis Mutants with Altered Indole Glucosinolate Profiles (John Celenza)
Plastids (Thomas Brutnell, Boyce Thompson Institute)
In-planta Transient Expression (Thomas Brutnell)
Quantitative Genetics (Georg Jander, Boyce Thompson Institute)
Quantitative trait mapping using Arabidopsis thaliana as a model system (Georg Jander)
Ethylene Receptors (Eric Schaller, Dartmouth College)
Examining Gene Expression using Protoplasts (Hyo-Jung Kim, Darmouth College)
Regulatory Networks (Erich Grotewold, Ohio State University)
ChiP and ChiP-chip Approaches to Establish Plant Regulatory Motifs (Kengo Morohashi, Ohio State Universityl)
Light Regulation (Julin Maloof, University of California, Davis)
Microarray data analysis (Julin Maloof)
Proteomics (Thomas Nuhse, University of Manchester)
Proteomics (Thomas Nuhse)
Metabolomics (Jennifer Normanly, University of Massachusetts)
Quantification if IAA by GC-MS (Jennifer Normanly)
Lectures:
Root development and physiology (Uta Paszkowski, University of Lausanne)
MicroRNA Regulation (Marja Timmermans, Cold Spring Harbor Laboratory)
Phyllotaxis (Cris Kuhlemeier, University of Bern)
Plant Pathogen Interactions (Savithramma Dinesh-Kumar, Yale University)
Lipid Signaling (Xuemin "Sam" Wang, University of Missouri, St. Louis)
Circadian Rhythms (Stacey Harmer, University of California, Davis)
Strawberry Genomics (Kevin Folta, University of Florida)
Plant Cell Wall Proteomics (Jocelyn Rose, Cornell University)
Feedstock Development for Biofuels (John Vogel, Western Regional Research Center, USDA-ARS)
Workshops:
Workshop I: Double Mutants, Genetic Maps (Vivian Irish & Toby Kellogg)
Workshop II: Separation Methods (Jennifer Normanly)
Workshop III: DNA Sequencing Technologies (Tom Brutnell)
Workshop IV: iPlant (Stacey Harmer & Toby Kellogg)
Workshop V: Transient transformation and analysis using plant protoplasts (Hyo-Jung Kim)
Workshop VI: ChiP-chip data analysis (Kengo Morohashi)
This course is supported with funds provided by the National Science Foundation
Cost (including board and lodging): $4,120
Currency converter
9 de marzo de 2009
Xth International Congress of Mammalogy (IMC-10), Mendoza, Argentina
Dear colleagues,mammalogists, friends:
On behalf of the Organizing Committee it is a great pleasure to invite you attend the Xth International Congress of Mammalogy (IMC-10) to be held in Mendoza, Argentina,9-14 August, 2009.
The Congress is hosted by the Center for Science & Technology (CONICET), the Institute for Aridlands Research, the Biodiversity Research Group ((IADIZA, GiB), and the Sociedad Argentina para el Estudio de los Mamíferos (SAREM).
This is the first time that the International Congress of Mammalogy will take place in South America. It is our deep and sincere desire to bring together the broadest diversity of studies and investigators. professionals and students in the field of mammalian biology. We wish to provide a forum for an stimulating exchange of ideas and promotion of integrative and collaborative research among the members of our scientific community. Morever, the IMC-10 constitute an extraordinary opportunity to promote and consolidate the growing number of South American mammal societies.
In the name of the Organizing Committee we look forward to seeing you in August 2009, and wish all of you an enjoyable stay in Mendoza and other places you might visit in Argentina and neighbour countries!
Ricardo A. Ojeda
Chair IMC-10
Organizing Committee
meeting website: http://www.cricyt.edu.ar/imc10/index.html
5 de marzo de 2009
Serie de Seminarios: “Frontiers in Genomics”
El Centro de Ciencias Genómicas y el Instituto de Biotecnología, en conjunto con la Licenciatura en Ciencias Genómicas y la Sociedad Mexicana de Ciencias Genómicas se complacen en invitar a la comunidad académica a la Serie de Seminarios: “Frontiers in Genomics” mismos que se impartirán los lunes a las 4:30 pm de Febrero a Mayo de 2009, por colegas invitados del extranjero expertos en distintas áreas de la genómica, tales como bioinformática, genómica funcional, genómica evolutiva, genómica humana, genómica bacteriana, análisis computacional y experimental, genómica comparativa, estadística y tecnología.
Estos seminarios permitirán a los interesados adentrarse en la investigación de frontera que se realiza en el mundo en ciencias genómicas.
Las pláticas se llevarán a cabo de manera presencial en Cuernavaca, en el Auditorio "Dr. Guillermo Soberón" del Centro de Ciencias Genómicas, o en el Auditorio del Instituto de Biotecnología, UNAM Campus Morelos.
Por videoconferencia en Ciudad Universitaria en México, D.F., en el Aula de Adiestramiento Quirúrgico, 4o Piso, Torre de Investigación (Edificio nuevo, pegado al Circuito Escolar), de la Facultad de Medicina, UNAM.
Si en su institución cuenta con un equipo de VC y desea recibir las pláticas, puede escribir y hacer esta solicitud al M. C. Romualdo Zayas Lagunas
El seminario del lunes 9 de Marzo es:
The dark matter of biological regulation?
Inicio: 03/09/2009 - 16:30
Lugar: Auditorio del IBt
Expositor: Dr. Patrick O. Brown
HHMI. Department of Biochemistry.
Stanford University School of Medicine.
Stanford, CA. USA.
Enlaces:
http://brownlab.stanford.edu
Yvonne Rosenstein
Instituto de Biotecnologia, UNAM
Campus Morelos
Estos seminarios permitirán a los interesados adentrarse en la investigación de frontera que se realiza en el mundo en ciencias genómicas.
Las pláticas se llevarán a cabo de manera presencial en Cuernavaca, en el Auditorio "Dr. Guillermo Soberón" del Centro de Ciencias Genómicas, o en el Auditorio del Instituto de Biotecnología, UNAM Campus Morelos.
Por videoconferencia en Ciudad Universitaria en México, D.F., en el Aula de Adiestramiento Quirúrgico, 4o Piso, Torre de Investigación (Edificio nuevo, pegado al Circuito Escolar), de la Facultad de Medicina, UNAM.
Si en su institución cuenta con un equipo de VC y desea recibir las pláticas, puede escribir y hacer esta solicitud al M. C. Romualdo Zayas Lagunas
El seminario del lunes 9 de Marzo es:
The dark matter of biological regulation?
Inicio: 03/09/2009 - 16:30
Lugar: Auditorio del IBt
Expositor: Dr. Patrick O. Brown
HHMI. Department of Biochemistry.
Stanford University School of Medicine.
Stanford, CA. USA.
Enlaces:
http://brownlab.stanford.edu
Yvonne Rosenstein
Instituto de Biotecnologia, UNAM
Campus Morelos
4 de marzo de 2009
SSB Evolution 2009, Idaho
June 12-16, 2009
University of Idaho
Moscow, Idaho, USA
The Department of Biological Sciences at the University of Idaho is delighted to host “Evolution 2009," the joint annual meeting of the Society for the Study of Evolution (SSE), the Society of Systematic Biologists (SSB), and the American Society of Naturalists (ASN). The meeting will be held June 12-16, 2009, on the campus of the University of Idaho.
Contact information
For general inquiries, please contact Lead Coordinator Darrell Keim by e-mail, or phone 1 (208) 885-6488.
For registration inquiries, please contact Registration Coordinator Sharnay Brown by e-mail, or phone 1 (208) 885-6487.
Proyectos para la generación de códigos de barras del ADN de especies mexicanas
From: Virginia Lora Jaimes
Sent: Tue, 03 Mar 2009 16:28:09 -0600
Subject: CONABIO Invitación a concurso
Estimado Investigador y Colaborador:
Lo invitamos a que envíe sus propuestas dentro del concurso para la presentación de proyectos para la generación de códigos de barras del ADN de especies mexicanas, de la cual encontrará toda la información necesaria en la página web de la CONABIO, cuya dirección es la siguiente:
http://www.conabio.gob.mx/institucion/proyectos/doctos/pdf/Codigo%20de%20barras_2009.pdf
Esperamos recibir su(s) propuesta(s) dentro de las fechas establecidas en la invitación y le agradeceremos nos ayude a difundir esta información por todos los medios a su alcance.
Si por alguna razón no puede ingresar a la liga que le estamos enviando, intente lo siguiente: en su navegador escriba o copie la siguiente dirección:
http://www.conabio.gob.mx
en el cintillo superior (color vino o guinda) verá varias opciones, debe poner su cursor sobre la palabra proyectos, se desplegará un subdirectorio, del cual debe escoger la opción de convocatorias y políticas de apoyo (posicionarse con el cursor del ratón y darle click) y listo puede ingresar a la que le interese.
Sin otro particular, aprovecho la ocasión para enviarle un cordial saludo.
Vicky Lora
Biól.Virginia Lora Jaimes
Analista
Subdirección de Evaluación
Liga Periférico-Insurgentes Sur No. 4903
Col. Parques del Pedregal. CP14010
Tel. (55) 5004 5006
5004 5023
5004 5022
Fax 5004 4931
27 de febrero de 2009
El Codigo de Barras de la Vida en Mexico
2-3 de Marzo, 2009
Presentación, Auditorio UNIVERSUM, UNAM
(Transmisión por webcast: http://canal.dgsca.unam.mx/)
| Taller del Nodo IBUNAM de la Red MEXBOL | |||
| El Código de Barras de la Vida | |||
| Auditorio del Jardín Botánico del Instituto de Biología de la UNAM | |||
| Horario | Ponente | Adscripción | Título de la plática |
| 09:00 | Rob DeSalle | American Museum of Natural History | What DNA Barcoding is, is not clear |
| 09:45 | Paul Hebert | University of Guelph | BOLD: An Informatics Support System for Barcoding |
| 10:30 | Patricia Escalante | Instituto de Biología UNAM | El nodo IBUNAM de la Red MEXBOL y avances del proyecto BOM (Birds of Mexico) |
| 10:45 | David Gernandt | Instituto de Biología UNAM | The partitioning of chloroplast variation among species of Pinus |
| 11:00 | Fernando Nicolalde-Morejón y F Vergara Silva | Instituto de Ecología AC e Instituto de Biologia UNAM | Códigos de barras moleculares basados en caracteres para las cycadas mexicanas |
| 11:15 | Break | ||
| 11:30 | Mehrdad Hajibabaei | University of Guelph | Assembling DNA Barcodes |
| 12:15 | Virginia León | Instituto de Biología UNAM | El Código de Barras de la Reserva de la Biósfera Chamela-Cuixmala |
| 12:30 | Robert Bye | Instituto de Biología UNAM | El potencial de barcoding en etnobotanica: un ejemplo con las plantas medicinales in Mexico |
| 12:45 | Ronald Petersen | University of Tennessee | Biological species in fleshy fungi: a complication for bar-coding |
| 13:30 | Intermedio para comer | ||
| 15:30 | Karen Hughes | University of Tennessee | Fungal Barcoding: Lessons from the agaric ATBI in the Great Smoky Mountains National Park |
| 16:15 | Joaquín Cifuentes | Instituto de Biología UNAM | Biodiversidad y concepto de especie en hongos |
| 16:30 | Damon Little | The New York Botanical Garden | TREEBOL: a collaborative effort for plant DNA barcoding |
| 17:15 | Gerardo Salazar | Instituto de Biología UNAM | Codigos de barras de monocotiledoneas: ejemplos de Agavaceae y Orchidaceae |
| 17:30 | Break | ||
| 17:45 | Karl Kjer | Rutgers University | Linking barcodes with Phylogenetics: a fruitful collaboration in Trichoptera |
| 18:30 | Atilano Contreras | Instituto de Biología UNAM | DNA Barcoding potential for selected groups of Neuropterida in Mexico |
| 18:45 | Ricardo Ayala | Instituto de Biología UNAM | Las Abejas Nativas de México y la iniciativa BeeBOL |
| 19:00 | Alejandro Zaldívar | Instituto de Biología UNAM | Characterizing diversity in a megadiverse, cosmopolitan parasitoid wasp genus using DNA barcoding |
23 de febrero de 2009
Phylogenetics Workshop. Adelaide
Phylogenetics Workshop
14th-17th April,
University of Adelaide, North Terrace Campus, South Australia.
14th-17th April,
University of Adelaide, North Terrace Campus, South Australia.
In a change to the 2008 conference format, The Austalian Centre for Ancient DNA, here at the University of Adelaide will run a phylogenetics workshop, 'Methods in Bioinformatics and Molecular Evolution'. The workshop will feature hands-on training from 4 international experts, in leading software packages for the analysis of genetic data:
- Peter Lockhart, Massey University
- Mark Pagel, University of Reading
- Alexi Drummund, University of Auckland (BEAST)
- Christian Anderson, University of San Diego (Serial SimCoal).
Information: http://www.adelaide.edu.au/acad/biomaths/workshop/
Evolutionary Biology workshop, Basel
Courses/Master | Evolutionary Biology | Universit�t Basel
A one week workshop in the Swiss alps for Master students and early PhD students with a keen interest in evolutionary biology.
Guarda, Switzerland.
20. - 27. June 2009 (Saturday to Saturday).
The course will start on Saturday evening at 7 pm (19h00) and will end Friday night.
Faculty
A one week workshop in the Swiss alps for Master students and early PhD students with a keen interest in evolutionary biology.
Guarda, Switzerland.
20. - 27. June 2009 (Saturday to Saturday).
The course will start on Saturday evening at 7 pm (19h00) and will end Friday night.
Faculty
- Dr. Richard Lenski (Michigan, USA)
- Drs. Rosemary and Peter Grant (Princeton, USA)
- Dr. Sebastian Bonhoeffer (ETH Zürich)
- Dr. Walter Salzburger (Uni Basel)
- Dr. Dieter Ebert (Uni Basel) (course organizer)
20 de febrero de 2009
ASPT Travel Grants for Students
American Society of Plant Taxonomists
2009 Travel Grants for Students
The ASPT is happy to announce a new grant program focused on increasing student participation at the annual meeting. The grants may be used to pay for travel, meeting registration, lodging, and/or food expenses associated with attendance at the annual meeting. Each applicant must be an active member of ASPT and may be an undergraduate or graduate student pursuing a degree in plant systematics (graduate students) or at least seriously interested in plant systematics (undergraduates). Up to 20 awards of $300 will be made in 2009.
The ASPT Membership Committee will use a lottery to select grant recipients, allowing at least 14 grants for students planning to present papers at the meeting, with the remainder (up to 6) going to those who will not be presenting. Grant recipients will be notified prior to the deadline for abstract submission and will pick up their checks at the ASPT banquet. Each recipient will also be awarded a free ticket to the banquet.
Completed applications should be received by Lynn Clark, chair of the ASPT Membership committee, by March 10, 2009. Please note that the application requires the signature of the student´s advisor to confirm that the individual is an active student, is seriously interested in plant systematics, and would benefit from attendance at the 2009 annual ASPT meeting. If possible, please send completed applications by e-mail (pdf file of scanned application) rather than by US mail or FAX.
Applications should be mailed to:
Dr. Lynn G. Clark
Chair, ASPT Membership Committee Dept. of Ecology, Evolution and Organismal Biology
Iowa State University
353 Bessey Hall
Ames, IA 50011-1020
FAX: 515-294-1337
19 de febrero de 2009
Curso-Taller sobre el”Proyecto mexicano del código de barras de la vida”
Se les informa a los interesados que se realizará en las instalaciones del Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste S.C., en La Paz, B.C.S., el Curso-taller (teórico-práctico) sobre el “Proyecto Mexicano del código de barras de la vida” durante los días 5 y 6 de marzo 2009.
Dirigido a Investigadores y profesores investigadores (curadores) que trabajen con la sistemática de algún grupo en particular y que estén interesados en participar en el proyecto iBOL (International Barcode of Life) enfocado al proyecto mexicano.
El taller es parte del proyecto “Mexicano del Código de barras para la vida” que se desprende de las redes del CONACYT, donde participan CONABIO, ECOSUR, IB-UNAM y CIBNOR, con laboratorios en las tres últimas instituciones. El curso será impartido por el Dr. Manuel Elías Gutiérrez (ECOSUR) y Dr. Sergio Ticul Álvarez Castañeda (CIBNOR).
Para más información ingresar al siguiente link http://www.cibnor.gob.mx/eplant1.php?pagID=anuncios/codigobarra/index
Debido a que el proyecto tiene cupo limitado de otorgamiento de becas completas (avión y hospedaje) y parciales (sólo hospedaje) los criterios de asignación de becas se basarán en la representatividad geográfica, institucional y de los grupos de estudio. Para participar en el evento enviar correo a Dra. Patricia Cortés Calva pcortes04@cibnor.mx
Dra. Patricia Cortés-Calva
Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C.
Edificio “R” 9B. Mar Bermejo 195, Col. Playa Palo de Santa Rita
La Paz, B.C.S., C. P. 23090 México. Tel. 612 1238484 ext. 3332
Tel. Dto. 6121238493; Fax.6121253625
pcortes04@cibnor.mx
Dirigido a Investigadores y profesores investigadores (curadores) que trabajen con la sistemática de algún grupo en particular y que estén interesados en participar en el proyecto iBOL (International Barcode of Life) enfocado al proyecto mexicano.
El taller es parte del proyecto “Mexicano del Código de barras para la vida” que se desprende de las redes del CONACYT, donde participan CONABIO, ECOSUR, IB-UNAM y CIBNOR, con laboratorios en las tres últimas instituciones. El curso será impartido por el Dr. Manuel Elías Gutiérrez (ECOSUR) y Dr. Sergio Ticul Álvarez Castañeda (CIBNOR).
Para más información ingresar al siguiente link http://www.cibnor.gob.mx/eplant1.php?pagID=anuncios/codigobarra/index
Debido a que el proyecto tiene cupo limitado de otorgamiento de becas completas (avión y hospedaje) y parciales (sólo hospedaje) los criterios de asignación de becas se basarán en la representatividad geográfica, institucional y de los grupos de estudio. Para participar en el evento enviar correo a Dra. Patricia Cortés Calva pcortes04@cibnor.mx
Dra. Patricia Cortés-Calva
Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C.
Edificio “R” 9B. Mar Bermejo 195, Col. Playa Palo de Santa Rita
La Paz, B.C.S., C. P. 23090 México. Tel. 612 1238484 ext. 3332
Tel. Dto. 6121238493; Fax.6121253625
pcortes04@cibnor.mx
Smithsonian Botanical Symposium 2009
Smithsonian Botanical Symposium, Department of Botany:
'Genes, Genomics, and Genome Evolution in Plants'.
27-28 March 2009
Washington, DC
Presented by the Smithsonian's National Museum of Natural History Department of Botany in collaboration with the United States Botanic Garden with support from the National Science Foundation Plant Genome Program and the Cuatrecasas Family Foundation.
'Genes, Genomics, and Genome Evolution in Plants'.
27-28 March 2009
Washington, DC
Presented by the Smithsonian's National Museum of Natural History Department of Botany in collaboration with the United States Botanic Garden with support from the National Science Foundation Plant Genome Program and the Cuatrecasas Family Foundation.Ever since Darwin, biologists have sought to understand how species evolve. The complexity and flexibility of the plant genome, as first revealed by Mendelian genetic methods, likely render plants especially able to adapt to changing environments. The new tools of genomics, initially driven by studies of model organisms, are now being applied across the diversity of plant life. Comparative studies have addressed the role of variation in genes, gene families and genomes in such processes as speciation, domestication and floral development. This Symposium, hosted by the Department of Botany, will highlight results of current studies on plant genes and genomes, especially as they apply to fundamental questions in evolutionary biology, crop improvement and ecosystem sustenance in rapidly changing environments worldwide."
Invited Speakers
Invited Speakers
- Jeff Bennetzen, University of Georgia
- Rob DeSalle, American Museum of Natural History
- Bob Jansen, University of Texas
- Susan McCouch, Cornell University
- Jill Preston, University of Kansas
- Gerry Tuskan, Oak Ridge National Lababoratory
- Ken Wurdack, National Museum of Natural History
16 de febrero de 2009
Cladística: Métodos cuantitativos de clasificación (Argentina)
Curso: Métodos cuantitativos de clasificación y uso de TNT
13-17 de abril de 2009
Curso teórico-práctico.
Facultad de Ciencias Agrarias
Esperanza, Santa Fe, Argentina
Director del Curso: Dr. Pablo Goloboff, Docentes Colaboradores: Dr. Marcos Miranda, Lic. Santiago Catalano y Lic. Salvador Arias.
Inscripciones: hasta el 31 de marzo de 2009.
Informes e Inscripción
Secretaría de Posgrado -Facultad de Ciencias Agrarias
Tel: 03496-420639 int 161
posgrado@fca.unl.edu.ar
13-17 de abril de 2009
Curso teórico-práctico.
Facultad de Ciencias Agrarias
Esperanza, Santa Fe, Argentina
Director del Curso: Dr. Pablo Goloboff, Docentes Colaboradores: Dr. Marcos Miranda, Lic. Santiago Catalano y Lic. Salvador Arias.
Inscripciones: hasta el 31 de marzo de 2009.
Informes e Inscripción
Secretaría de Posgrado -Facultad de Ciencias Agrarias
Tel: 03496-420639 int 161
posgrado@fca.unl.edu.ar
15 de febrero de 2009
Análisis cienciométrico del estado de la Sistemática en Latinoamerica
Todos estamos conscientes de que Latinoamérica es una zona de contrastes en diversas esferas. En cuanto a la producción científica sobre sistemática sin duda hay varios investigadores latinoamericanos de primer nivel mundial. Pero prevalece un rezago general, principalmente en educación, infraestructura de investigación y otros recursos. Un excelente estudio de la sistemática practicada en Latinoamérica nos da una visión detallada del estado de la taxonomía contemporánea a nivel local.
El diagnostico se elaboró a partir de los artículos y las revistas publicados por investigadores de la región disponibles en la base de datos Periódica (Índice de Revistas Latinoamericanas en Ciencias).
Los resultados son mas que interesantes y reveladores de debilidades y fortalezas. La producción en español sobre sistemática de la región publicada en las revistas locales se genera principalmente en tres países, México, Brasil y Argentina. Los artículos tratan especialmente sobre taxonomía descriptiva y se relacionaron con la ecología, la anatomía, la histología y la biología acuática. Los grupos más representados fueron los insectos y las angiospermas. Resalta que el 87% de los artículos taxonómicos describen nuevas especies, listas de especies, nuevos registros, claves y morfología. Solo el 1.8% de los artículos son sobre "evolución y filogenia".
Les recomiendo el articulo completo:
Michán, L., J. M. Russell, A. Sánchez Pereyra, A Llorens Cruset y C. López Beltrán. 2008. Análisis de la sistemática actual en Latinoamérica. Interciencia 33(10): 754-761.
La versión electrónica esta disponible aquí:
http://www.scielo.org.ve/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0378-18442008001000010&lng=es&nrm=iso
El diagnostico se elaboró a partir de los artículos y las revistas publicados por investigadores de la región disponibles en la base de datos Periódica (Índice de Revistas Latinoamericanas en Ciencias).
Los resultados son mas que interesantes y reveladores de debilidades y fortalezas. La producción en español sobre sistemática de la región publicada en las revistas locales se genera principalmente en tres países, México, Brasil y Argentina. Los artículos tratan especialmente sobre taxonomía descriptiva y se relacionaron con la ecología, la anatomía, la histología y la biología acuática. Los grupos más representados fueron los insectos y las angiospermas. Resalta que el 87% de los artículos taxonómicos describen nuevas especies, listas de especies, nuevos registros, claves y morfología. Solo el 1.8% de los artículos son sobre "evolución y filogenia".
Les recomiendo el articulo completo:
Michán, L., J. M. Russell, A. Sánchez Pereyra, A Llorens Cruset y C. López Beltrán. 2008. Análisis de la sistemática actual en Latinoamérica. Interciencia 33(10): 754-761.
La versión electrónica esta disponible aquí:
http://www.scielo.org.ve/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0378-18442008001000010&lng=es&nrm=iso
10 de febrero de 2009
Responsable del Laboratorio de Códigos de Barras, Mexico
CONVOCATORIA
Para ocupar una plaza como Técnico Académico
Responsable del Laboratorio de Códigos de Barras
Unidad Chetumal de El Colegio de la Frontera Sur.
En la Unidad Chetumal, se establecerá el Laboratorio para análisis de los códigos de barras, bajo los auspicios del CONACYT. Este laboratorio tendrá como funciones incorporarse en el proyecto internacional de los códigos de barras de la vida (iBOL, International Barcode of Life), el cual tiene como propósito realizar una base de datos de toda la biodiversidad mundial mediante un gen estandarizado, que puede ser utilizado para la identificación de los organismos. México se ha incorporado en este esfuerzo como un nodo regional, con capacidades para depósito de especimenes y tejidos en colecciones científicas, extracción del ADN genómico de alta calidad, y amplificación del gen mitocondrial para la Citocromo Oxidasa I (COI o CO1), a través del proyecto denominado MEXBOL (Mexican Barcode of Life).
Perfil requerido
Se requiere de un(a) colaborador(a) técnico(a) quien se haga responsable del laboratorio de alto volumen (20 a 30, 000 reacciones/año aproximadamente) para trabajar con el gen COI en todos los grupos animales. En el caso de vegetales está por definirse el gen a trabajar, pero en principio se realizará la extracción del ADN. La persona contratada deberá tener habilidades técnicas para el manejo de equipos tales como termocicladores con gradiente, robots de microfluídos, diseño de primers, cámaras de electroforesis, técnicas y métodos para extracción y purificación del ADN y de bioinformática, así como el manejo de bases de datos complejas. Además deberá demostrar tener aptitudes para la administración de un laboratorio, así como vocación de servicio.
Información completa aquí >>>
Para ocupar una plaza como Técnico Académico
Responsable del Laboratorio de Códigos de Barras
Unidad Chetumal de El Colegio de la Frontera Sur.
En la Unidad Chetumal, se establecerá el Laboratorio para análisis de los códigos de barras, bajo los auspicios del CONACYT. Este laboratorio tendrá como funciones incorporarse en el proyecto internacional de los códigos de barras de la vida (iBOL, International Barcode of Life), el cual tiene como propósito realizar una base de datos de toda la biodiversidad mundial mediante un gen estandarizado, que puede ser utilizado para la identificación de los organismos. México se ha incorporado en este esfuerzo como un nodo regional, con capacidades para depósito de especimenes y tejidos en colecciones científicas, extracción del ADN genómico de alta calidad, y amplificación del gen mitocondrial para la Citocromo Oxidasa I (COI o CO1), a través del proyecto denominado MEXBOL (Mexican Barcode of Life).
Perfil requerido
Se requiere de un(a) colaborador(a) técnico(a) quien se haga responsable del laboratorio de alto volumen (20 a 30, 000 reacciones/año aproximadamente) para trabajar con el gen COI en todos los grupos animales. En el caso de vegetales está por definirse el gen a trabajar, pero en principio se realizará la extracción del ADN. La persona contratada deberá tener habilidades técnicas para el manejo de equipos tales como termocicladores con gradiente, robots de microfluídos, diseño de primers, cámaras de electroforesis, técnicas y métodos para extracción y purificación del ADN y de bioinformática, así como el manejo de bases de datos complejas. Además deberá demostrar tener aptitudes para la administración de un laboratorio, así como vocación de servicio.
Fecha límite para la recepción de documentos:
25 de febrero del 2009
El contrato es para iniciar a partir del 1 de abril del 2009.
Información completa aquí >>>
7 de febrero de 2009
PhD position at National Herbarium of The Netherlands
The National Herbarium of The Netherlands, Leiden University branch, has
announced a vacant position for a PhD-candidate in Plant Systematics
(see here)It is current policy now that the candidate himself/herself works out a research proposal for his/her PhD project and applies with this proposal together with the other necessary documents
(see announcement).
The candidate will finally receive the PhD degree from Leiden University. In the Netherlands PhD students have four years to complete their PhD; the appointment is for one year first and can be extended for another threeyears after evaluation.
Deadline is February 16th, 2009.
If you have questions, please mail to my current Leiden address:
Dr. Michael Stech
Nationaal Herbarium Nederland
Universiteit Leiden branch
P.O. Box 9514
2300 RA Leiden
The Netherlands
6 de febrero de 2009
Cursos de Sistemática en el INECOL, 2009
Se informa que el periodo de inscripción a cursos del Posgrado del INECOL del semestre 2009-02 (marzo-agosto) se ha abierto y estará vigente hasta el 13 de febrero del 2009.
Los cursos relevantes a Sistemática y Biodiversidad son:
Informes de inscripción en la oficina de Servicios Escolares.
Los cursos relevantes a Sistemática y Biodiversidad son:
- Métodos moleculares para detectar variación en plantas y animales (teórico-práctico) web
- Curso de campo sobre ecología de helechos
- Introducción a la Estadística
- Teoría y métodos cladísticos web
- Biología, comportamiento y evolución de quirópteros
- Microscopía óptica y electrónica de barrido en plantas
- Diplomado técnico en entomología médica (Con especial referencia al dengue, malaria, enfermedad de Chagas y leishmaniosis)
- Ecología de Vertebrados: Carnívoros
- Curso de campo: Biodiversidad e interacciones ecológicas en insectos.
- Bioinformática I – Bases de datos como herramientas en Sistemática y Ecología
- Técnicas y herramientas para la colecta, preservación y muestreo de insectos y arácnidos para estudios de sistemática, de biodiversidad y de ecología
Informes de inscripción en la oficina de Servicios Escolares.
De donde vienen los articulos?
Si quiere perder el tiempo siga leyendo.
Por accidente, buscando en linea un articulo en PL. Syst. Evol, encontré esta herramienta AuthorMapper de Springer la cual ubica la localización de los autores en un mapa.
El enlace aquí lleva a la colección de artículos en esa base de datos con la combinación de palabras taxonomia+filogenia.
Simplemente interesante, pero no se si sirva de algo. Diviértanse.
Por accidente, buscando en linea un articulo en PL. Syst. Evol, encontré esta herramienta AuthorMapper de Springer la cual ubica la localización de los autores en un mapa.
El enlace aquí lleva a la colección de artículos en esa base de datos con la combinación de palabras taxonomia+filogenia.
Simplemente interesante, pero no se si sirva de algo. Diviértanse.
2 de febrero de 2009
Bioinformática básica para el estudio de ADN: Uso de programas libres en la red
Bioinformática básica para el estudio de ADN: Uso de programas libres en la red
Madrid
12 y 13 de Noviembre de 2009.
De 10:00 (1er día) o 9:00 (2º) a 18:00 h.
PROFESORADO
Isabel Rey Fraile. Museo Nacional de Ciencias Naturales.
Elena Prat Pérez y Lourdes Prieto Solla. Laboratorio de ADN. Comisaría General de la Policía Científica
Inscripción abierta, precio: 825 EUR.
Mas informacion: http://www.aulacientifica.com/Programas09/Genomica09/BioinfbasicaADNMAD.htm
Madrid
12 y 13 de Noviembre de 2009.
De 10:00 (1er día) o 9:00 (2º) a 18:00 h.
PROFESORADO
Isabel Rey Fraile. Museo Nacional de Ciencias Naturales.
Elena Prat Pérez y Lourdes Prieto Solla. Laboratorio de ADN. Comisaría General de la Policía Científica
Inscripción abierta, precio: 825 EUR.
Mas informacion: http://www.aulacientifica.com/Programas09/Genomica09/BioinfbasicaADNMAD.htm
26 de enero de 2009
Oak Conference, México
International Oak Society Conference,
October 20-22, 2009,
Puebla, Mexico
Dear members and oak lovers, we are delighted to announce that the Herbarium and Botanical Garden at Puebla University will be hosting the 6th triennial Conference.
The Conference will last 3 days during which there will be a wide variety of presentations and posters as well as cultural and outdoor activities. If you are thinking to present a paper or poster, please let me know.
Maricela Rodriguez-Coombes
Conference Chair
25 de enero de 2009
Hennig meeting 2009
Singapore Botanic Gardens
Singapore
June 22-26, 2009
The meeting will be hosted by the National University of Singapore and the Singapore Botanic Gardens (National Parks Board).
Final deadline for pre-registration is April 22, 2009.
Walk-on Registration will be $250 (regular or student) or $300 for non-members.
Currently four symposia have been scheduled:
- (1) Use of EST libraries for phylogeny reconstruction;
- (2) Phylogenetic approaches to public and environmental health;
- (3) Taxonomy in the 21st century: new tools and dissemination media;
- (4) Southeast Asian biogeography and speciation.
Contact:
Please contact Rudolf Meier (dbsmr@nus.edu.sg), Benito Tan (Benito_TAN@nparks.gov.sg), or Ngan Kee Ng(dbsngnk@nus.edu.sg) for further information and/or if you are interested in proposing additional symposia.
Hennig meeting 2009 web siteCongreso Venezolano de Botánica
Universidad Centroccidental "Lisandro Alvarado"
Decanato de Agronomía.
Barquisimeto - Venezuela.
Del 17 al 22 de mayo de 2009
Contacto:
email: cvbotanica2009@ucla.edu.ve
Congreso Colombiano de Botánica
NARIÑO, SAN JUAN DE PASTO
ABRIL 19-24 DE 2009
A través del convenio de Naciones Unidas sobre diversidad Biológica, la Política Nacional de Biodiversidad y los talleres regionales sobre el estado actual de la Bioprospección en nuestro país, se identificó la necesidad de profundizar en el conocimiento, uso y conservación sostenible de los recursos genéticos.
En consecuencia, con el V Congreso de Botánica, se pretende brindar espacios de discusión y actualización sobre Biodiversidad, Sistemática y Bioprospección en Colombia.
DIRIGIDO A:
Profesionales, Investigadores y estudiantes de Biología, Ecología, Ingeniería Agronómica, Ingeniería Forestal y áreas a fines con intereses en temáticas relacionadas con la Botánica, con especial énfasis en biodiversidad.
23 de enero de 2009
International Conference on Biodiversity Informatics
The Encyclopedia of Life and twelve other biodiversity research organizations are co-sponsoring e-Biosphere 09, an international conference that will take place in London on 1-3 June 2009.
Biodiversity Informatics is a young field that is making diverse classes of biodiversity data available online and putting these data to work for science and society. The Conference will highlight the accomplishments, capabilities and uses of Biodiversity Informatics and will gather community input for a 5-10 year research roadmap.
e-Biosphere 09 Conference Website
21 de enero de 2009
X Simposio Colombiano de Ictiología
Colombia: X Simposio Colombiano de Ictiología
La Asociación de Ictiólogos Colombianos ACICTIOS convoca a todos los ictiólogos nacionales e internacionales, a participar del próximo simposio de estudios en ictiología a realizarse en la ciudad de Medellín entre el 25 y 29 de mayo de 2009.
Esta será una oportunidad única para el encuentro de los investigadores, docentes y estudiantes provenientes de diferentes países americanos, que permitirá recoger y socializar los avances en el estudio de los peces tropicales, además de promocionar convenios de cooperación en investigación entre nuestros países.
La décima edición del tradicional encuentro de ictiólogos colombianos busca, desde cuatro temáticas fundamentales y dentro del contexto actual de afectación de los sistemas acuáticos, el brindar elementos importantes para el conocimiento de nuestros peces, sus prioridades de conservación y los posibles manejos. Es por esto que el Segundo Encuentro con ictiólogos venezolanos y el Primer Encuentro de Ictiólogos Suramericanos serán fundamentales para el afianzamiento de nuestras relaciones de cooperación y la participación de investigadores de países hermanos, potenciará futuros encuentros y acciones de investigación conjunta.
Esta versión del Simposio, ACICTIOS hace su homenaje al Dr. MIGUEL PETRERE Jr., uno de los ictiólogos más productivos, carismáticos y prolíficos en Suramérica, cuya semilla se encuentra dispersa en buena parte del continente americano.
La programación del simposio está dirigida a biólogos, ecólogos, ingenieros pesqueros y acuícolas, antropólogos, sociólogos, economistas e instituciones responsables por el manejo del recurso ictiológico, cuyo interés y quehacer diario se encamina al conocimiento, conservación y manejo de la ictiofauna. El evento contará con la participación de reconocidos investigadores en el área de los peces, quienes no solo ofrecerán conferencias magistrales sino también, dictarán cursos previos al simposio. Además se realizará la reunión bi-anual de los miembros de ACICTIOS y el encuentro de curadores de diferentes colecciones ictiológicas en Suramérica. Estamos seguros que este encuentro será una gran oportunidad para aprender un poco más sobre nuestros peces.
Mayores informes:
La Asociación de Ictiólogos Colombianos ACICTIOS convoca a todos los ictiólogos nacionales e internacionales, a participar del próximo simposio de estudios en ictiología a realizarse en la ciudad de Medellín entre el 25 y 29 de mayo de 2009.
Esta será una oportunidad única para el encuentro de los investigadores, docentes y estudiantes provenientes de diferentes países americanos, que permitirá recoger y socializar los avances en el estudio de los peces tropicales, además de promocionar convenios de cooperación en investigación entre nuestros países.
La décima edición del tradicional encuentro de ictiólogos colombianos busca, desde cuatro temáticas fundamentales y dentro del contexto actual de afectación de los sistemas acuáticos, el brindar elementos importantes para el conocimiento de nuestros peces, sus prioridades de conservación y los posibles manejos. Es por esto que el Segundo Encuentro con ictiólogos venezolanos y el Primer Encuentro de Ictiólogos Suramericanos serán fundamentales para el afianzamiento de nuestras relaciones de cooperación y la participación de investigadores de países hermanos, potenciará futuros encuentros y acciones de investigación conjunta.
Esta versión del Simposio, ACICTIOS hace su homenaje al Dr. MIGUEL PETRERE Jr., uno de los ictiólogos más productivos, carismáticos y prolíficos en Suramérica, cuya semilla se encuentra dispersa en buena parte del continente americano.
La programación del simposio está dirigida a biólogos, ecólogos, ingenieros pesqueros y acuícolas, antropólogos, sociólogos, economistas e instituciones responsables por el manejo del recurso ictiológico, cuyo interés y quehacer diario se encamina al conocimiento, conservación y manejo de la ictiofauna. El evento contará con la participación de reconocidos investigadores en el área de los peces, quienes no solo ofrecerán conferencias magistrales sino también, dictarán cursos previos al simposio. Además se realizará la reunión bi-anual de los miembros de ACICTIOS y el encuentro de curadores de diferentes colecciones ictiológicas en Suramérica. Estamos seguros que este encuentro será una gran oportunidad para aprender un poco más sobre nuestros peces.
Mayores informes:
- Luz Fernanda Jiménez-Segura, Universidad de Antioquia
- Alexandra Arango, Universidad Católica de Oriente
- Néstor Mancera, Universidad Nacional de Colombia-sede Medellín
Estancia postdoctoral en epigenetica vegetal, Mexico
Postdoctoral Position (epigenetics, Arabidopsis) : Irapuato, Guanajuato, México
- Cinvestav-Guanajuato (http://www.ira.cinvestav.mx)
- Irapuato, Guanajuato, México
The Chromatin and Epigenetics Lab of Dr. Raúl Alvarez (Department of Genetic Engineering at Cinvestav-Guanajuato) is seeking applications from highly motivated scientists for a postdoctoral position.
The successful applicant will conduct research on plant epigenetics, in the context of furthering understanding plant-pathogen interactions.
Applicants should have some experience in one or more of the following systems: miRNAs, epigenetics, microarrays, Y2HS, ChIP. Experience on plant molecular biology (Arabidopsis) would be an advantage.
Salary Details:
Postdoctoral salary (at standard rates) will be paid in mexican pesos (no relocation expenses).
Application Details:
Prospective applicants should send an e-mail (via the contact link below) outlining your research interest and motivations, including your C.V. (please list publications and experimental skills) contact details and e-mail addresses for 3 referees to:
Dr. Raul Alvarez Venegas
Profesor Investigador
Cinvestav Campus-Guanajuato
Departamento de Ingenieria Genetica
Km. 9.6 Libramiento Norte, Carretera Irapuato-Leon
C.P. 36821, Irapuato, Guanajuato, México
Tel. 52(462)6239678
ralvarez@ira.cinvestav.mx
http://raul.alvarez0.googlepages.com/
http://www.ira.cinvestav.mx/?id=53
Systematics meeting of BioSyst EU 2009
10-14 August 2009
Leiden, The Netherlands
Currently, several symposia are being considered, dedicated a.o. to Microbial systematics, Flower morphology, Species circumscription and concepts. Workshops will be dedicated a.o. to Annonaceae, Web-based taxonomy, Bryophyte evolution. During or adjacent to the symposium, training sessions will be given for the EDIT Scratchpads (limited attendance)
We invite you to submit an abstract. Registration is open as well and please note that the early fee is applicable until June 30, 2009
See you in Leiden, Peter Hovenkamp
16 de enero de 2009
primers4clades: un servidor web para el diseño automatizado de primers de PCR taxon-específicos guiado por áboles filogenéticos
Estimados colegas filogenetistas y evolucionistas, les escribo para informarles que hemos liberado al dominio público el servidor web primers4clades.Es un servidor de fácil manejo, totalmente automatizado, útil en el diseño de primers de PCR para estudios metagenómicos y/o de diversidad.
Se trata de una herramienta para ayudar en el diseño de primers de PCR taxon-específicos, o clado-específicos para genes condificantes de proteínas (con o sin intrones, es decir de bacterias o eucariontes) a partir de alineamientos múltiples y árboles filogenéticos. Las parejas de oligos encontradas para un conjunto de secuencias enviadas por el usuario son ordenadas en función de un parámetro compuesto de calidad", basado en criterios termodinámicos de los oligos y en el contenido de información filogenética del conjunto de amplicones.
Hemos preparado una documentación muy detallada sobre los requisitos de los datos de entrada, opciones de cómputo, interpretación de resultados, un análisis estadístico a escala genómica del comportamiento del servidor y dos estudios de caso. Además hay tres conjuntos de datos disponibles directamente desde el servidor, para poderlo probar rápida y cómodamente.
El servidor corre en dos espejos, uno en el CCG/UNAM-México y otro en la EEAD/CSIC - España.
Tambien encuentran ligas a estas URLs desde mi sitio web personal, donde además encontrarás muchos tutoriales en español sobre biocómputo, bioinformática y filogenética.
Todavía no tenemos una publicación, pero el Editor del “server issue” de la revista Nucleic Acids Research, nos respondió positivamente para enviar el manuscrito a finales de mes, por lo que esperamos sea publicado en el mes de Julio. La referencia provisional está aquí.
Esperamos que esta herramienta les sea de utilidad y agradeceríamos tus comentarios y sugerencias sobre mejoras al mismo o a la documentación, surgidas en base a tu experiencia en el manejo de primers4clades.
Me despido deseándoles un feliz y productivo 2009!!!
Pablo Vinuesa,
Centro de Ciencias Genómicas, UNAM,
México
Curso de Especialización en Biología Molecular
Curs d'Especialitzacio Biologia Molecular (IL3 - Universitat de Barcelona)
Tipo modalidad On-Line
Fecha de inicio Marzo 2009
Fecha final Agosto 2009
Este curso pretende dar una visión actual de la biología molecular, tanto desde el punto de vista de los conocimientos como de la tecnología que se utiliza en el laboratorio clínico y en investigación biomédica. El progreso de nuestro conocimiento sobre los seres vivos, debido a los avances en las tecnologías del DNA y del acceso a las secuencias de los genomas de numerosas especies, han tenido una influencia notable y han revolucionado muchas áreas de investigación, especialmente en biomedicina y biotecnología. La comprensión de los adelantos en el campo de la investigación biomédica requiere el conocimiento actualizado de los mecanismos moleculares responsables de la perpetuación y expresión del genoma y de la tecnología actual que se utiliza para investigación, diagnóstico, pronóstico y tratamiento de diferentes patologías.
Programa académico
1. Genoma humano y Biología Molecular básica de la célula.
1.1. Antecedentes históricos y descubrimientos más relevantes.
1.2. El genoma humano.
1.3. Mecanismos de perpetuación de la información genética.
1.4. Mecanismos de protección de la información genética.
1.5. Transcripción y procesamiento de la información genética.
1.6. Control de la expresión génica.
1.7. Síntesis y degradación de proteínas.
1.8. Tráfico intracelular de proteínas.
1.9. Control de proliferación celular.
1.10 Bases moleculares de la apoptosis.
2. Técnicas de biología molecular.
3. Patología molecular y terapia génica.
3.1. Bases moleculares de la patología.
3.2. Bases genéticas de la patología.
3.3. Aplicaciones de la biología molecular al estudio del sistema nervioso.
3.4. Biología molecular del cáncer.
3.5. Terapia génica: conceptos y metodología.
3.6. Aplicaciones de la terapia gènica.
Contacto
Link mediante el que encontrará más información sobre nuestro Curso de Especialización en Biología Molecular.
http://www.il3.ub.edu/es/detail/course/814.html
13 de enero de 2009
Bioinformática y análisis filogenético
La Soc. Mex de Biotecnología y Bioingeniería a traves de la Univ. Aut. Agraria Antonio Narro invitan al Primer Curso Taller "Bioinformática y análisis filogenético".
Impartido por Dr. Rafael Rojas Herrera (Univ. Aut. Yucatan)
22 al 24 de Abril, 2009
Contenido
INFORMES:
Dr. Antonio Aguilera Carbó aguilera_carbo@uaaan.mx
Dra. Ana Veronica Charles Rdz avecharles@uaaan.mx
Impartido por Dr. Rafael Rojas Herrera (Univ. Aut. Yucatan)
22 al 24 de Abril, 2009
Contenido
- Introducción. Fundamentos moleculares para la microbiología moderna
- Diversidad microbiana. Conceptos básicos y métodos de estudio de comunidades microbianas.
- Secuenciación y análisis de secuencias de ácidos nucleicos.
- Construcción de cladogramas.
INFORMES:
Dr. Antonio Aguilera Carbó aguilera_carbo@uaaan.mx
Dra. Ana Veronica Charles Rdz avecharles@uaaan.mx
Numero de aniversario del Amer. J. Botany gratis
El numero de Enero del American Journal of Botany esta disponible en linea gratis hasta el 12 de febrero, aniversario del nacimiento de Darwin. Los articulos pueden ser bajados como PDFs individualmente.
free access to all of the articles in AJB Darwin Special Issue: The abominable mystery.
12 de enero de 2009
Sistemática de Plantas Tropicales
OET y la Universidad de Costa Rica
del 10 de junio al 13 de julio, 2009
Coordinadores:
Dr. Robbin Moran, New York Botanical Garden
Dr. Mauricio Bonifacino, Facultad de Agronomía, Uruguay
Más información aquí >>>
del 10 de junio al 13 de julio, 2009
Coordinadores:
Dr. Robbin Moran, New York Botanical Garden
Dr. Mauricio Bonifacino, Facultad de Agronomía, Uruguay
Sistemática de Plantas Tropicaleses un curso intensivo de campo a nivel de posgrado, impartido en idioma español, enfocado a la identificación, inventario, clasificación y análisis filogenético de plantas vasculares tropicales. Todas las actividades se llevan a cabo en Costa Rica durante seis semanas con actividades programadas para todos los días en estaciones biológicas y reservas naturales
El Curso ¿Qué aprenderá usted?Este curso le dará la oportunidad de aprender lo siguiente:
- Identificar las principales familias y géneros de angiospermas y pteridófitas.
- Explicar los patrones generales de la filogenia de angiospermas y pteridófitas.
- Explicar lo básico de la teoría filogenética.
- Utilizar algunos de los programas más comunes para el análisis cladístico.
- Interpretar y describir estructuras vegetativas y reproductivas.
- Construir claves dicotómicas y electrónicas e identificar plantas con ellas.
- Escribir descripciones de plantas.
- Recolectar y herborizar varias clases de plantas tropicales.
- Aplicar los principios de la nomenclatura botánica.
- Reconocer los principales tipos de vegetación de Costa Rica y sus especies características.
- Utilizar varias técnicas de inventario florístico.
Más información aquí >>>
11 de enero de 2009
Curso de Análise Filogenética Prática (Lisboa)
O grupo CoBiG² apresenta o curso de Análise Filogenética Prática.
A Filogenética é uma das áreas científicas das Ciências da Vida que mais tem crescido e evoluido metodologicamente nos últimos anos. As suas aplicações vão hoje desde o estudo da evolução das espécies e populações animais até às mais inesperadas, como o averiguar da origem do vírus da Sida ou dos ciclos sazonais de Gripe.
O presente curso é destinado a estudantes ou profissionais que pretendam iniciar-se na análise filogenética e também a investigadores já com alguma experiência mas que queiram aprofundar e actualizar os seus conhecimentos. O curso consistirá em aulas teóricas alternadas com aulas práticas de utilização de software. Encorajam-se os participantes que tenham dados de sequências a trazê-los para análise.
Este curso realizar-se-á de 9 a 13 de Fevereiro das 14h às 20h na Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa.
Programa:
Introdução à Filogenética
Alinhamentos
Máxima Parcimónia e Distâncias
Máxima Verosimilhança
Modelos de Evolução de Sequências
Bootstrap e Inferência Bayesiana
A coordenação está a cargo do professor Octávio Paulo do Centro de Biologia Ambiental da FCUL que será também o formador principal.
Informações e inscrições em http://cobig2.fc.ul.pt ou octavio.paulo@fc.ul.pt
Saiba mais sobre este curso em: http://cobig2.fc.ul.pt/Phylogenetics.htm
9 de enero de 2009
Crece la capacidad del servidor de Filogenetica.org
Las capacidades de almacenamiento en el servidor de Filogenetica.org crece 5x. Ahora tendremos disponibles 5 Gigas.
Con esto también crece la capacidad de ofrecer servicios de internet adicionales para la comunidad filogenetica hispanoparlante.
Ideas?
i) Puede hospedar un sitio web de su curso y los materiales asociados de apoyo.
ii) También puede hospedar el sitio web de su laboratorio.
iii) Su sitio web personal. Use el servidor de Filogenetica.org para hospedar paginas web personales (académicas). No puedo ofrecer el diseño y edición de sus paginas web, pero si el espacio. Los archivos html los deposita el interesado por ftp a su directorio de acceso controlado. Su dirección web seria:
Si esta interesado en hacer uso de estos servicios, escribame por email o deje un comentario aquí.
Con esto también crece la capacidad de ofrecer servicios de internet adicionales para la comunidad filogenetica hispanoparlante.
Ideas?
i) Puede hospedar un sitio web de su curso y los materiales asociados de apoyo.
ii) También puede hospedar el sitio web de su laboratorio.
iii) Su sitio web personal. Use el servidor de Filogenetica.org para hospedar paginas web personales (académicas). No puedo ofrecer el diseño y edición de sus paginas web, pero si el espacio. Los archivos html los deposita el interesado por ftp a su directorio de acceso controlado. Su dirección web seria:
http://www.filogenetica.org/personales/nombre-de-su-directorio-personal/su-pag-web.htm
iv) Servicio de cuentas o buzones de correo electrónico. Su direccion de correo electronico seria:nombre de su cuenta@filogenetica.org
El texto en rojo es de su eleccion. El ingreso es controlado como es usual (mediante usuario y contraseña). No hay comerciales en sus pags web y de plano pues es mejor que depositarlas en servicios como Yahoo o GooglePages.
Si esta interesado en hacer uso de estos servicios, escribame por email o deje un comentario aquí.
7 de enero de 2009
Curso de Verao em Bioinformatica - USP
A Bioinformática envolve várias disciplinas da área exatas e biológicas. No curso de verão serão apresentados conceitos e aplicações práticas, os quais são fundamentais para compreensão dos problemas biológicos e soluções computacionais envolvidas.
O curso contribui para a iniciação dos participantes na bioinformática em geral, e em particular como preparação inicial de potenciais candidatos ao programa de mestrado e/ou doutorado em bioinformática, oferecido pela USP.
Realização do curso: 02/02/2009 a 06/02/2009.
Horário: Segunda a Sexta-feira 8h30 - 17h30
Local do EventoInstituto de Matemática e Estatistica da Universidade de São Paulo (IME-USP)
Rua Matão, 1010 - Cidade Universitária
CEP 05508-090 - São Paulo - SP - Brasil
Fuente de la información: Curso de Verao em Bioinformática - USP
Encuesta: Que árboles prefiere?
La primera encuesta de este año es sobre sus preferencias en la selección de arboles óptmos para la reconstrucción filogenética.
Al igual que en la encuesta anterior, pueden elegir más de una respuesta. La lista de opciones y los resultados estarán disponibles hasta Abril en la columna de la derecha. En la lista de opciones he incluido los criterios más conocidos para tener una idea de las preferencias entre la comunidad.
Escriban aquí sus comentarios y sugerencias. Especialmente útil sería saber cuales son los criterios de selección si alguien vota por las opciones "Otro criterio?".
Gracias por participar!
E
Al igual que en la encuesta anterior, pueden elegir más de una respuesta. La lista de opciones y los resultados estarán disponibles hasta Abril en la columna de la derecha. En la lista de opciones he incluido los criterios más conocidos para tener una idea de las preferencias entre la comunidad.
Escriban aquí sus comentarios y sugerencias. Especialmente útil sería saber cuales son los criterios de selección si alguien vota por las opciones "Otro criterio?".
Gracias por participar!
E
XXth International Seaweed Symposium, Mexico
Ensenada, BC, Mexico
February 2010
You are most cordially invited to the XXth International Seaweed Symposium to be held in Mexico.
The International Seaweed Symposium (ISS) is held every three years under the auspices of the International Seaweed Association (ISA). It is the foremost international meeting on seaweed research and utilization. Scientific research plays a fundamental role in developing seaweed products and industries. The ISS provides a forum for scientists, technologists, industry and resource managers to present their latest research results and develop new synergies.
Scientific Program
The Scientific Program includes plenary sessions, mini symposia, contributed oral or poster presentations, workshops, mid-symposium excursions and pre- and post-symposium tours. Several mini symposia and workshops are planned on topics such as:
| 1) Genetic engineering of seaweeds; |
| 2) Seaweed cultivation techniques; |
| 3) Marine hydrocolloids; |
| 4) Bioactive compounds; |
| 5) Where are we on systematic of algae; |
| 6) Climate change in seaweeds; |
| 7) Seaweeds for biofuels; |
| 8) Artificial seaweed beds; |
| 9) Seaweed extracts and their applications to higher plants; |
| 10) Nutraceuticals/Cosmeceuticals; |
| 11) Environmental services; |
| 12) Seaweeds for food; |
| 13) Management of natural commercial beds; |
| 14) Implications of large scale cultivation; |
| 15) Invasive species; |
| 16) Kappa cultivation; |
| 17) Seaweeds in integrated aquaculture; |
If you would like to participate on any of these topics or propose a new one, please contact us at: contact@xxseaweedsymposium.org
Fuente de la informacion: http://www.xxseaweedsymposium.org/#xxseaweed
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