Frontiers in Biodiversity: a Phylogenetic Perspective

A two-day international symposium on frontier biodiversity research in a phylogenetic framework
Barcelona, Spain, October 1st and 2nd, 2010.
You are kindly invited to attend the international symposium “Frontiers in Biodiversity: a Phylogenetic Perspective”, which will be held in Barcelona, Spain, the 1st and 2nd of October 2010. This symposium is co-organized by the Biodiversity Research Institute of the University of Barcelona (IrBio), the Institute of Evolutionary Biology (IBE, CSIC-UPF) and the Zoological Systematics and Evolution research group on the occasion of the International year of Biodiversity.

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2010 Italian workshop on phylogenetic methods and applications

2010 Italian workshop on phylogenetic methods and applications‎ > ‎

Program
The workshop is expected to start on August 27th at 10 am, and will end in the afternoon of September 1st. Classes and tutorials will run every day from 9 am until 7 pm.
Some of the topics that will be covered in the lectures will be:

• Introduction to molecular evolution
• models of sequence evolution
• methods of sequence alignment
• methods of phylogenetic inference (distance, parsimony, maximum likelihood, bayesian inference)
• molecular clock
• supertrees
• phylogenomics
• diversification rate methods
• comparative method
• biogeography/phylogeography
  

Tutorials will be held to allow the workshop participants to become more familiar with the software packages that can be used for various kinds of analyses. Among the programs that will be used during the tutorials are:

• Mesquite (matrix manipulations, tree manipulations, comparative analyses)
• Mrbayes (bayesian phylogenetic inference)
• RAxML (manimum likelihood phylogenetic inference)
• Winclada (maximum parsimony phylogenetic inference)
• BEAST (relaxed molecular clock, coalescent studies)
• Figtree (tree graphics)
• Various applications for R (statistical package), including geiger, laser, ape, ouch (comparative analyses)
  

Students are encouraged to bring their own datasets to the workshop

To have a better idea about some of these topics, feel free to consult the page of the 2009 Workshop: http://sites.google.com/site/phylogenyworkshop/

Murio D. Hull, uno de los primeros filósofos que contribuyó al cladismo

Hoy se ha distribuido la noticia que David Hull ha muerto.
Les recomiendo dos notas en el blog Evolving thoughts, al respecto.

David Hull is dead

Posted on August 12, 2010 by John S. Wilkins

My mentor, hero and I hope friend, David Lee Hull died this morning, at the age of 74, according to Jay Odenbaugh.

If not for the fact that David marked my masters thesis and remarked that he hoped to see some of it published, I would never have considered myself competent enough to publish, and hence would never have ended up an academic (at the tender age of 48).

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David Hull’s philosophy

Posted on August 12, 2010 by John S. Wilkins

David Hull was one of the first graduates from the University of Indiana’s HPS program. During that program he attended a seminar with Karl Popper in the course of which he wrote a paper on essentialism in biology. Popper took it upon himself to send this, without telling Hull, to the BJPS, and the first David knew of it was when the proofs arrived. He hurriedly rewrote it (in ways Popper would not have approved, but Popper never read the final version, apparently) and it became the most cited paper of its time in the philosophy of biology.

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IAPT Research Grants in Plant Systematics

IAPT Research
Grants in
Plant Systematics
2011
The IAPT announces a competitive grants program in plant systematics, with emphasis on funding students and young investigators in developing countries, but open to applicants world-wide. The program is based on the submission of research projects, taking into consideration the following guidelines:
1. The grant application period is open until 31 December 2010.
2. The award should be preferably used for supporting field work, travel to institutions, or laboratory investigations.
3. General information should be always included on the front page (complete name of the applicant, country, institution, project title, academic degree, telephone, fax and e-mail).
4. The projects should include brief ideas of an introduction, materials, methods, objectives, literature citation and other relevant information, especially noting if any other financial support for the project exists.
5. The length of the proposals should not exceed three pages.
6. In the case of Ph.D. students, in addition to the proposal, two recommendation letters should be included.
7. The projects are to be submitted to:

Patricia Dávila-Aranda
preferably by e-mail (pdavilaa@servidor.unam.mx)

or by regular mail:

Facultad de Estudios Superiores, Iztacala, UNAM
Av. de los Barrios no. 1
Los Reyes Iztacala, Tlalnepantla
Edo. de México 54090
México

8. Applicants will be informed by e-mail of receipt of their proposals.
9. The total amount to be awarded is: US$10,000.
10. The maximum individual award is US$1,000.
11. The awarded projects will be announced on the IAPT web page and by e-mail to all the applicants on March 1, 2011.
Deadline: 31 December 2010

My-Plant.org: Phylogenetically Based Social Network for the Plant Sciences

My-Plant.org Launched!

Posted on Jul 28, 2010

The My-Plant.org Team is happy to announce that we are officially launched! My-Plant is more than just another social networking site, it provides users with a unique mechanism for finding and associating with others who share common interests in specific plant clades.

My-Plant.org is not meant to supplant other networking, web or data sites. Rather, My-Plant.org is designed to bring together the people, tools and repositories of information from across the plant science community as a whole. My-Plant.org is an evolving community and we welcome feedback from the community.

https://my-plant.org/

Profile: Douglas and Pamela Soltis: The Power of Two

Science 6 August 2010: Vol. 329. no. 5992, pp. 623 - 625 DOI: 10.1126/science.329.5992.62

News Focus

Profile: Douglas and Pamela Soltis:

The Power of Two

Elizabeth Pennisi

A University of Florida couple studying the evolution of flowering plants shows the value of doubled genomes—and joined careers.

Married, with plants. Douglas and Pamela Soltis work together in all aspects of their careers. CREDIT: E. PENNISI/SCIENCE [Larger version of this image]

PULLMAN, WASHINGTON—When Pamela Soltis first joined her husband, Douglas, on the faculty at Washington State University, Pullman, they wrote separate grants and ran separate research programs. But they worked side by side in the field and in the greenhouse and read and critiqued each other's grant proposals and papers. More often than not, they also worked together in the lab. "We knew we were interested in a lot of the same things," Pam recalls. Eventually, they gave up trying to work independently.

Today, more than 25 years later, they are known collectively as the "Solti." "We're generally viewed as one person," Pam says. True, they have separate appointments at the University of Florida, Gainesville, she at the natural history museum and he in the biology department. But students, grants, courses, publications, talks, even accolades are shared. They studied in London on the same Fulbright scholarship and were co-awardees on an international prize. "Everything they do, they do together," says Michael Donoghue, an evolutionary biologist at Yale University.

"They are the most powerful, productive couple that may have ever been in botany, certainly in my generation," says John Kress, an evolutionary biologist at the Smithsonian National Museum of Natural History in Washington, D.C. The Soltises helped bring plant systematics into the molecular age, according to peers. And their innovations have led to firsts in "approaches to questions and ultimately first answers to questions," says Vaughan Symonds, a former postdoc now at Massey University in Palmerston North, New Zealand.

Early adopters of new techniques—including molecular DNA tools—as students in the 1980s, the Soltises have shown how rapid progress can be when two minds focus on a single research program. Says Jeffrey Doyle, a systematist at Cornell University, "They are so energetic and active that seeing Doug and Pam moving into your areas is a little frightening."
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LEA MAS de esta interesante historia AQUI: >>>

Fast, Free Phylogenies: HPC for Phylogenetics Tutorial

Topic: High Performance Computing for Phylogenetics

Meeting dates: October 13-15, 2010

Location: NIMBioS at the University of Tennessee, Knoxville

Co-sponsors: NIMBioS, iPlant, and National Institute for Computational Sciences

Tutorial leaders Eric Carr (NIMBioS); Jim Ferguson (National Institute for Computational Sciences, Univ. of Tennessee/Oak Ridge National Laboratory); Susan Holmes (Stanford Univ.); Brian O'Meara (Univ. Tennessee); Alexis Stamatakis (Technical Univ. of Munich); Dan Stanzione (Texas Advanced Computing Center/iPlant); Bob Thomson (Univ. California Davis); and James Wilgenbusch (Florida State Univ.)

Objectives: This tutorial focuses on how to use TeraGrid, the CIPRES Portal, the iPlant Discovery environment, university clusters, and other typically free HPC resources for phylogenetic analysis. The tutorial is geared primarily toward biologists (including students, postdocs and faculty) who are at least moderately experienced with phylogenetic analysis and who have datasets to run but who are typically running analyses on their own desktops, though other researchers, such as statisticians or mathematicians working in phylogenetics, are encouraged to apply. Learning can be enhanced for people applying as a team (such as a pairing of a biologist and a statistician who collaborate in their work).

MORE INFO HERE >>>

Curso Cladística - Tucumán - 16-20 Agosto

clado : Mensaje: Curso Cladística - Tucumán - 16-20 Agosto

NOMBRE DEL CURSO: CLADÍSTICA: MÉTODOS CUANTITATIVOS DE CLASIFICACIÓN

16 al 20 de Agosto de 2010
Facultad de Ciencias Naturales, Universidad Nacional de Tucumán

Docente: Pablo Goloboff (Inv. Ppal CONICET)
Ayudantes del Curso (en orden analfabético): Claudia Szumik, Marcos
Mirande, Santiago Catalano, J. Salvador Arias (todos de CONICET)

CONTENIDO Y CRONOGRAMA

DIA 1
Teórico: Parsimonia y sistemática filogenética. Optimización y mapeo de
caracteres (mapeo/reconstrucciones/cambios específicos).
Práctico: Input/output. Formatos de datasets. Archivos de instrucciones.
Opciones de output como metafiles; creación de “batch filesâ€�. Edición de árboles.
Manejo de archivos de árboles. Grupos de árboles, caracteres, y taxones.

DIA 2
Teórico: Búsquedas, parte I. Soluciones exactas, árboles de Wagner,
branch-swapping.
Optimos locales y óptimos globales; estrategias de búsqueda. Factores que
afectan la eficiencia de las búsquedas.
Práctico: Uso de secuencias múltiples de adición al azar. Constraints y
Estrategias de búsquedas heurísticas.

DIA 3
Teórico/Práctico: Reglas de colapsamiento. Consensos (incluyendo: mejoras de
consensos y superárboles). Comparaciones de topologías de árboles; distancias de SPR.
Pesado de caracteres.
Funciones de pesado definidas por el usuario.

DIA 4
Teórico/Práctico: Medidas de soporte. Soporte de Bremer; búsqueda de
árboles subóptimos. Medidas basadas en remuestreo; efectos de tipos de búsquedas y reglas de
colapsamientos.

DIA 5
Teórico/Práctico: Búsquedas, parte II: Nuevos algoritmos de búsqueda.
Análisis de datasets de gran tamaño; estrategias generales. Scripts; control de flujo, expresiones y
variables.


MODALIDAD DEL CURSO

Teórico/práctico, con fuerte énfasis en los aspectos prácticos. Las clases
teóricas se usan para introducir la problemática general en cada tema, y los prácticos se utilizan
para ilustrar y terminar de entender los temas vistos en las clases teóricas. La dinámica del
curso es bastante informal, pasando de modalidad "teórico" a modalidad "práctico" rápidamente y
a requerimiento de los participantes.
El curso se dictará en la sala de computadoras de CompuTronic, San Lorenzo 982,
San Miguel de Tucumán.
Las clases serán diarias, de 9:30 a 18:30 hs.

CUPO
El curso puede incluir hasta 30 personas; se efectuarán las inscripciones por
estricto orden de llegada.

DURACION
40 hs. aprox.

New Book: Beyond Cladistics

Systematics and Biogeography: New Book: Beyond Cladistics

Nuevo blog de Cladistica y Biogeografia

He recibido noticia del lanzamiento en linea de un nuevo blog relacionado con Filogenia y Biogeografia:
http://cladisticaybiogeografia.blogspot.com/

Bienvenido a la blogosfera! Estaremos pendientes de este foro y le deseamos larga vida.

Philippe Lemey speaks Friday July 16 at noon PDT in Phyloseminar.org

Hello phyloseminar-interested folk:

We are very excited to have Philippe Lemey presenting on Friday July
16 at noon PDT concerning

"Phylogenetic diffusion models and their applications in viral epidemiology"

Abstract:
Emerging infectious diseases continue to appear all over the world,
and importantly, they have also risen significantly over time after.
Having the potential to quickly adapt to new hosts and environments,
RNA viruses are prime candidates to emerge as global threats to human
health. Their rapid rate of evolution, however, also turns viral
genomes into valuable resources to reconstruct the spatial and
temporal processes that are shaping epidemic or endemic dynamics. In
this seminar, I will highlight recent developments in phylogenetic
diffusion models that tie together sequence evolution and geographic
history in a coherent statistical framework. Both discrete and
continuous phylogeographic models have recently been implemented in a
Bayesian statistical approach. I will position this approach among
other popular phylogeographic methods, and then focus on applications
in viral molecular epidemiology to demonstrate their use. Finally, I
will hint at future extensions that may provide entirely new
opportunities for phylogeographic hypothesis testing.

Thanks,

Erick

To attend this and other talks, learn how to connect ahead of time.

If you can't make it, don't fret-- you can always watch the recording.

Curso de posgrado: Introducción a la informática de la biodiversidad

Curso de posgrado: Introducción a la informática de la biodiversidad
26 de julio - 6 de agosto, 2010, 9 a 17hs.
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires

Docente responsable:

• Martín Ramírez (investigador independiente, CONICET. Profesor adjunto, EGE FCEyN-UBA).

Profesor invitado:

• Renato Mazzanti (profesor adjunto, Universidad Nacional de la Patagonia).

Pre-Inscripción: Hasta el 15 de julio de 2010, enviar un e-mail a Martín Ramírez incluyendo: CV, cargo actual, lugar de trabajo y tema de estudio. Carta de intención explicando cómo piensa aplicar los conocimientos adquiridos en el curso.

Cupo máximo: 30 alumnos (prioridad: doctorandos UBA; de otras universidades con proyectos de tesis afines a los contenidos del curso)
Arancel: $80

Programa

Contenidos teóricos y metodológicos

Introducción general
Tipos de datos de biodiversidad: Taxonómicos, geográficos, ambientales, cronológicos, anatómicos, desarrollo, parentescos.
Origen de datos de biodiversidad: Colecciones biológicas, observaciones, multimedia.
Datos y metadatos. Especificaciones utilizadas en biodiversidad y disciplinas relacionadas.

Introducción a las bases de datos
Concepto de normalización e integridad referencial. El modelo entidad-relación.
Bases relacionales vs. bases orientadas a objetos, estado del arte.
Las bases de datos heterogéneas distribuidas, su aplicación a la biodiversidad.
Repositorios de datos.

Introducción a los metadatos
Datos y metadatos.
Especificaciones utilizadas en biodiversidad y disciplinas relacionadas.
Darwin Core: Versiones e implementaciones.

Metadatos de conjuntos de datos
Catálogos de metadatos de recursos de biodiversidad.

Metadatos de ubicación geoespacial
Método punto-radio.
Protocolos de georreferenciación.

Metadatos de imágenes biológicas
Metadatos embebidos.
Vistas estandarizadas.
Repositorios.
Digitalización de ejemplares mediante imágenes.

Datos taxonómicos
Catálogos de autoridad taxonómica.
Agregadores de datos taxonómicos.
Estimas de diversidad con taxonomía incompleta.

Identificadores únicos
Importancia y problemas de identificadores únicos.
URIs, LSIDs.

Ontologías biológicas
Conceptos, relaciones y razonamientos automáticos.
Web semántica, repositorios RDF.
Anotaciones utilizando ontologías.

Herramientas de adquisición de datos de colecciones biológicas
Funciones y problemática general.
Modelos de datos usuales.

Proveedores de datos
Función y tecnología empleada.
Proveedores TAPIR, IPT

Portales de datos
Función y tecnología empleada.
Portales de iniciativas de biodiversidad.

Aplicaciones de datos de biodiversidad
Cybertaxonomía.
Identificación taxonómica automática: DNA Barcodes y sistemas basados en imágenes.
Modelado de distribuciones predictivas.
Áreas de endemismo.
Inventarios y estimas de riqueza.


Trabajos prácticos

Búsquedas y procesamiento de datos de portales: GBIF, SNDB, BOLD, Morphbank.
Consultas en bases de datos relacionales.
Mapeo de campos de colecciones biológicas a Darwin Core.
Validación de colecciones de datos. Problemas generales, métodos manuales y automáticos.
Georreferenciación de localidades geográficas.
Uso de servicios web.

Martin J. Ramirez
Profesor Adjunto UBA FCEyN EGE
Curador General & División Aracnología
Museo Argentino de Ciencias Naturales - CONICET
Av. Angel Gallardo 470
C1405DJR Buenos Aires
Argentina
tel +54 11 4982-8370 int. 169
fax +54 11 4982-6670 int. 172

Taller sobre Evolución Comparada. Colima, Mexico

Taller sobre Evolución Comparada

Assumption 0: Analysis in Comparative Evolutionary Biology
Daniel R. Brooks, University of Toronto

2 y 3 de septiembre de 2010

Biblioteca de Ciencias, Universidad de Colima
Colima, Colima

Se entregarán constancias de asistencia.
Mayores informes y registro: vleon@ibiologia.unam.

Inició el curso de métodos filogenéticos de la WHS en Columbus

Este lunes ha iniciado el taller de métodos filogenéticos de la WHS en Columbus, OSU. El curso esta organizado por John Wenzel y en esta ocasión han asistido unos 24 participantes de Europa, Estados Unidos y Latinoamérica.
La foto oficial del grupo esta aqui>>
En la foto arriba, Kevin Nixon dando las primeras clases este Lunes por la mañana.
Las sesiones practicas en las PC son en las tardes. La foto abajo, John Wenzel mostrando procedimientos con Nona y Winclada.

Esta tarde todos hemos disfrutado una cena en la casa de John (mejor dicho, el Outgroup Inn). La entrada de su casa esta bien marcada, no habia manera de pasarla sin notar la señal.


Estas son un par de fotos del grupo. Pasamos una excelente tarde gracias a la hospitalidad de la familia de John.

INECOL convoca a concurso una plaza en biologia evolutiva

INSTITUTO DE ECOLOGIA A.C. (INECOL)
CONVOCATORIA PARA OCUPAR SIETE PLAZAS DE INVESTIGADOR

EL INECOL es un Centro Público de Investigación adscrito al Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología que lleva a cabo investigación y formación de estudiantes en el campo de la ecología. Cuenta con instalaciones en Xalapa, Veracruz y en Pátzcuaro, Michoacán así como con estaciones de campo en zonas templadas y desérticas de Durango y en la zona costera de Veracruz. Actualmente se encuentran asociados al INECOL 106 investigadores de tiempo completo, 91 técnicos académicos, 88 adminsitradores y 123 estudiantes graduados. La vida académica está organizada en nueve departamentos o redes: Biodiversidad y Sistemática, Ecología Funcional, Ambiente y Sustentabilidad, Biología Evolutiva, Manejo Biorracional de Plagas y Vectores, Manejo Biotecnológico de Recursos, Ecoetología, Biología y Conservación de Vertebrados e Interacciones Multitróficas.

El INECOL invita a los investigadores interesados a ocupar siete plazas en los siguientes campos de investigación, descritos a continuación. La revisión de solicitudes comenzará en la fecha de publicación de la convocatoria y se extenderá por tres meses, hasta el 15 de septiembre. Los candidatos seleccionados deberán ocuparlas antes del 15 de noviembre de 2010.

[una de las siete plazas es la siguiente]

INVESTIGADOR EN BIOLOGIA EVOLUTIVA

UNA PLAZA DE INVESTIGADOR

Categoría disponible: Investigador Titular A.

Contratación: Tiempo completo por 12 meses. Dependiendo del desempeño académico se renovará el contrato. Después de tres años, los candidatos podrán solicitar su definitividad.

Descripción de la Investigación: La investigación se llevará a cabo en la Red de Biología Evolutiva en un grupo de expertos en genética, ecología molecular, conducta y evolución de plantas vasculares, aves, peces y otros grupos. El candidato seleccionado llevará a cabo investigación para integrar datos moleculares con métodos comparados para entender procesos y patrones evolutivos en plantas (preferentemente angiospermas) y/o en animales (preferentemente aves). La plaza requiere experiencia en métodos moleculares. Las áreas de investigación incluyen evolución molecular, génetica evolutiva, filogeografía, filogeografía comparada, sistemática molecular, cambio global y biología de poblaciones. El candidato seleccionado deberá contar con la habilidad de trabajar con colegas, personal y estudiantes con diferentes especialidades y formación académica.

Responsabilidades:

•  Llevar a cabo investigación que integre métodos moleculares para entender la evolución de grupos de plantas y/o animales.
•  Participar en la formación de recursos humanos, impartiendo cursos y dirigiendo tesis en los programas de maestría y doctorado del INECOL.
•  Preparar proyectos para presentarse en instituciones nacionales e internacionales.
•  Publicar artículos en revistas reconocidas internacionalmente con factor de impacto, en revistas nacionales, en revistas de divulgación y periódicos, y ocasionalmente en libros.

Requisitos:

•  Licenciatura en Biología y Doctorado en Ciencias en biología molecular o campos relacionados.
•  Contar con al menos un posdoctorado en el área de biología molecular.
•  Contar con experiencia en el laboratorio molecular.
•  Es deseable pero no indispensable haber vivido y trabajado en Latinoamérica.
•  Hablar y escribir en español y en inglés.
•  Capacidad de trabajar en equipo.
•  Contar con experiencia en presentación de proyectos.
•  Contar con la capacidad de trabajo en grupos multidisciplinarios.
•  Disposición para trabajar fuera de horario y de viajar a los sitios de estudio.
•  Haber publicado 5-7 artículos en revistas internacionales reconocidas con factor de impacto en el área y al menos ser el primer autor o el autor para la correspondencia en tres de ellos.
•  Contar con licencia de manejo (recomendable).

Procedimiento para presentar solicitudes:

Los interesados enviarán una carta describiendo su experiencia relacionada con la plaza, su curriculum vitae e información de tres referencias, incluyendo su teléfono, y su correo electrónico. Se consultarán únicamente para el caso de los finalistas. Favor de enviar estos documentos en archivos PDF o Word a:

Secretaría Académica

Instituto de Ecología A. C.

Carretera antigua a Coatepec No. 351

El Haya, Apartado Postal 63

C.P. 910070 Xalapa, Veracruz, México

Correo electrónico: secretaria.academica@inecol.edu.mx

Página web: www.inecol.edu.mx

iEvoBio Conference

iEvoBio: Home

About the Conference

iEvoBio aims to be a forum bringing together biologists working in evolution, systematics, and biodiversity, with software developers, and mathematicians, both to catalyse the development of new tools, and to increase awareness of the possibilities offered by existing technologies (ranging from standards and reusable toolkits to mega-scale data analysis to rich visualization). The meeting extends over two full days and will feature traditional elements, including a keynote presentation at the beginning of each day and contributed talks, as well as more dynamic and interactive elements, including a challenge, lightning talk-style sessions, a software bazaar, and Birds-of-a-Feather gatherings.
iEvoBio is being held jointly with the Evolution Meetings as a satellite conference, for the first time in 2010 in Portland, OR. In 2010, iEvoBio overlaps with the last day of the Evolution Meetings and extends one day longer. The satellite conference is expected to become a self-sustained annual event that remains affiliated with the Evolution Meetings.


READ MORE >> http://ievobio.org/about.html

Encuesta: curso de la WHS en México?

La Willi Hennig Society (WHS) ha organizado varios talleres internacionales sobre cladística (Finlandia, República Checa, EUA). El taller sobre métodos filogenéticos de este año será en Ohio a finales de Junio. En Latinoamérica ya se ha realizado uno en Argentina (2002) y van dos en Brasil (2008, 2010). El próximo año, durante la reunión de la WHS en Sao Paolo, posiblemente se realizará uno más.

El propósito de esta nota es explorar mediante una encuesta (en la columna de la derecha) cuanto interés hay en traer el curso de la WHS a México. Como parte del inicio de la organización de un POSIBLE curso intensivo de la WHS para ofrecerse en Xalapa (México) en el 2011, necesito tener una idea del interés en este curso. Dependiendo de eso podría solicitar fondos a diferentes instituciones. Ya está en tramite la solicitud de apoyo a la Secretaria del Posgrado del INECOL. También se ha iniciado el contacto con la WHS, por supuesto.

Fecha?
2011. Probablemente Junio. Obviamente la semana todavía por decidir. De concretarse estos planes, el anuncio de la fecha definitiva se hará en aviso posterior en este blog.

Lugar:
Instituto de Ecologia, AC. Xalapa, Ver (México). Sitio web: http://www.inecol.edu.mx/joomla/

Profesores invitados:
Dr. John Wenzel et al.
En las once ediciones anteriores del curso de la WHS han participado varias combinaciones de cuatro a seis profesores. He estado en contacto con el Dr. Wenzel y él coordinará el grupo de profesores, todavía por decidir. Para tener una idea de quienes PODRÍAN venir a Xalapa, la siguiente es la lista de los investigadores que han participado en los talleres anteriores (alfabéticamente):

• James Carpenter (American Museum of Natural History, New York),
• Jonathan Coddington (Smithsonian Institution, Washington DC),
• Cyrille D'Haese (Muséum National d'Histoire Naturelle, Paris),
• James Farris (Naturhistoriska riksmuseet, Stockholm, Suecia),
• Gonzalo Giribet (Museum of Comparative Zoology, Harvard University),
• Pablo Goloboff (Instituto M. Lillo, Tucuman),
• Mari Källersjö (Naturhistoriska riksmuseet, Stockholm, Suecia),
• Diana Lipscomb (George Washington University, Washington DC),
• Kevin Nixon (Cornell University),
• Christopher P. Randle (Sam Houston State University), y
• Ward Wheeler (American Museum of Natural History, New York).

Reconocimento oficial:
El curso y taller intensivo consistirá de al menos 40 horas, De Lunes a Viernes. Podrá acreditarse como "curso a nivel posgrado". Se tramitará el reconocimiento oficial, para los que lo necesiten, a través de la Secretaría del Posgrado del INECOL.

Cualquier pregunta, comentario, sugerencia, por favor déjenla AQUI.
Muchas gracias por su participación en esta encuesta.

Si lo desean, pueden enviarme un correo electrónico para hacer una lista de los interesados en recibir los avisos futuros.
Efraín

Inició la Reunion WHS XXIX

Computer cladistics / ¡Cladística a la lata!: Hennig XXIX – Día 1 (23 mayo 2010)

Ayer fue el primer día de presentaciones del Hennig Meeting. He aquí una pequeña reseña de las diferentes presentaciones.

Primero Clifford Morden, Mark Siddall y Jyrki Mouna dieron la bienvenida, Clifford menciono un poco sobre la planta que aparece en el logo del meeting, que es una planta famosa del ecosistema hawaiano. No recuerdo si es Cyrtandra, pero bueno. Luego se dio paso a las presentaciones ya de los papers.

Pei-Luen Lu hablo sobre Dracaena y Pleomele, una grupo de plantas tropicales con una taxonomía bien confusa, su análisis fue bien molecular. Shaena Montanari hablo sobre la filog de los Anguimorfos, un grupo de lagartos que incluye a los Monitores, el mounstro del gila, los extintos Mosasaurios y un montón de lagartillos. Me pareció bien interesante que con su análisis de evidencia completa, si solo se usan los actuales, la topología preferida es la tradicional, pero al incluír los fosiles (que no tienen ADN) el resultado se parece más a los sugeridos inicialmente con moleculas!

LEER MAS ::>>

Picante: R tools for integrating phylogenies and ecology

Picante: R tools for integrating phylogenies and ecology -- Kembel et al. 26 (11): 1463 -- Bioinformatics

Steven W. Kembel,*, Peter D. Cowan, Matthew R. Helmus, William K. Cornwell, Helene Morlon, David D. Ackerly, Simon P. Blomberg and Campbell O. Webb.

Abstract

Summary: Picante is a software package that provides a comprehensive set of tools for analyzing the phylogenetic and trait diversity of ecological communities. The package calculates phylogenetic diversity metrics, performs trait comparative analyses, manipulates phenotypic and phylogenetic data, and performs tests for phylogenetic signal in trait distributions, community structure and species interactions.

Availability: Picante is a package for the R statistical language and environment written in R and C, released under a GPL v2 open-source license, and freely available on the web (http://picante.r-forge.r-project.org) and from CRAN (http://cran.r-project.org).

BioSystematics. Berlin 2011

BioSystematics Berlin 2011

First Circular
21 – 27 February 2011
www.biosyst-berlin-2011.de
The Botanic Garden and Botanical Museum at the Freie Universität Berlin (BGBM) and the Museum für Naturkunde, Leibniz Institute for Research on Evolution and Biodiversity at the Humboldt-Universität Berlin (MfN), are pleased to be the host institutions for the 7th International Congress of Systematic and Evolutionary Biology (ICSEB VII), 12th Annual Meeting of the Society of Biological Systematics (Gesellschaft für Biologische Systematik, GfBS), and 20th International Symposium “Biodiversity and Evolutionary Biology” of the German Botanical Society (DBG).
The scope of this joint congress is to bring together evolutionary biologists and systematists working on plant, animal, and microscopical organisms to discuss and debate topics of common interest. The focus will be on innovative and forward-looking ideas, concepts, and methods in systematic and evolutionary biology. It will also provide a unique opportunity to highlight topics of biodiversity. We hope to attract many researchers from different fields to this congress and look forward to welcoming you in Berlin in February 2011.

Venue
The congress will be held at the Seminaris Science & Conference Center conveniently located in
Berlin-Dahlem, on the campus of the Freie Universität Berlin.

Topics
The congress will open with a plenary lecture on Paradigm Shifts in Systematics and Evolution.
Further plenary talks will be on the following five major conference topics:
• Trends in Taxonomy
• Evolution and Organisms in Time and Space
• The Evolutionary Thought: History, Philosophy and Society
• Evolution of Form and Function
• Inventorying and Managing Biodiversity
An evening lecture on Alexander von Humboldt’s scientific work on tropical biodiversity will be
given.

Call for Symposia
Proposals for symposia are currently being invited. For submitting a proposal, please contact the
congress office at berlin2011@bgbm.org. Proposals corresponding to the five major conference
topics are especially encouraged, but all relevant topics will be considered by the organizers.
The deadline for submission of symposia proposals is 31 May 2010.

Contributed Papers and Call for Abstracts
The contribution of papers for oral or poster presentations are encouraged. All participants
interested in presenting a scientific contribution are kindly requested to submit a one-page
abstract in English to the congress office together with their registration.
Abstract submission and registration start 1 July 2010, deadline for abstracts and early registration is 30 September 2010.

Workshops and Satellite Meetings
Pre- and post-congress workshops are planned on different topics and will be announced in the
second circular. Organizers of additional workshops and satellite meetings are welcome. Please
contact the congress office at berlin2011@bgbm.org.
Deadline for workshop proposals is 31 May 2010.

Time Schedule and Deadlines
31 May 2010 Call for workshops & symposia closes
1 July 2010 Abstract submission and online registration opens
30 September 2010 Deadline for submission of abstracts and early registration
21 – 27 February 2011 Congress

For individual pre-registration please contact the congress office. Your coordinates will be added
to our mailing-list.

Organizing Committee
Prof. Dr. Thomas Borsch (IOSEB President, BGBM)
Dr. Regine Jahn (GfBS President, IOSEB Secretary General, BGBM)
Prof. Dr. Dirk Albach (Section ‘Biodiversity and Evolutionary Biology’ of DBG, Speaker)
Dr. Peter Giere (GfBS Council, MfN)
Prof. Dr. Werner Greuter (IOSEB Council, BGBM)
Dr. Christoph Häuser (MfN)
Jana Hoffmann (GfBS Council, MfN)
Dr. Cornelia Löhne (BGBM)
Dr. Diana Mutz (Dahlem Centre of Plant Sciences, DCPS)
Dr. Michael Ohl (GfBS Secretary General, MfN)

Congress Office and Contact
Birgit Nordt, berlin2011@bgbm.org
Mailing address:
Botanic Garden and Botanical Museum Berlin-Dahlem, Freie Universität Berlin
Königin-Luise-Str. 6-8, 14195 Berlin, Germany
Phone: ++49/30/838 50 383, Fax: ++ 49/30/841 729 52

Becas disponibles mediante el programa CNPq (Brasil) + TWAS 2010

CNPq-TWAS FELLOWSHIPS PROGRAMMES
2010 CALL FOR APPLICATIONS

Young scientists from developing countries (other than Brazil) are invited to apply to the 2010 CNPq- TWAS Fellowships programmes.
The fellowships offered by the CNPq-TWAS Fellowships programmes allow scientists from developing countries (other than Brazil) to study or to do research in natural sciences in Brazil and then to return home to continue their careers.
The 2010 CNPq-TWAS Fellowships programmes offer the following types of fellowships:

- Full-time postgraduate/doctorate fellowships: The CNPq-TWAS Postgraduate Fellowships are tenable at research institutions in Brazil for a period of up to 48 months and are awarded to students from developing countries (other than Brazil) to enable them to pursue studies leading towards a PhD degree in the natural sciences.
- Sandwich postgraduate/doctorate fellowships: The TWAS-CNPq Sandwich Postgraduate Fellowships are tenable at research institutions in Brazil for a period of a minimum duration of 6 months, renewable for up to a maximum of 12 months, and are awarded to students from developing countries (other than Brazil) to enable them to develop part of their PhD course in the natural sciences in Brazil. Under the sandwich programme, applicants must be registered for a PhD degree in their home country.
- Postdoctoral fellowships: The TWAS-CNPq Postdoctoral Fellowships are tenable at research institutions in Brazil for a minimum period of 6 months to a maximum period of 12 months. They are awarded to scientists from developing countries (other than Brazil) to enable them to pursue postdoctoral research in the natural sciences.
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Picante's coming out party

The EEB & flow: Picante's coming out party

.... a new R package, picante has been created by Steve Kembel and colleagues which runs many of the same routines as in phylocom, but in the R framework, allowing one to tie these analyses in better with other, non-phylogenetic tests. Picante also has a number of features and tests not found in phylocom, including tests of phylobetadiversity and phylogenetic signal using Blomberg’s K.

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Beca para Tesis Doctoral en filogenia de crustáceos decápodos ibéricos

Propuesta de beca/contrato para realizacion de Tesis Doctoral - Puerto Real

El proyecto de investigación: “Aplicación de técnicas morfológicas y moleculares en la identificación de estados larvarios planctónicos de crustáceos decápodos ibéricos”(CGL2009-11225) ha sido financiado por el Ministerio de Ciencia e Innovación (Plan Nacional I+D+I), y se desarrollará de enero de 2010 a diciembre de 2012. En el contexto de este proyecto se oferta la posibilidad de solicitar una beca/contrato FPI para realizar una Tesis Doctoral.  
El objetivo principal de este proyecto es optimizar la aplicación de técnicas moleculares, en concreto el análisis de secuencias de ADN mitocondrial, conjuntamente con técnicas morfológicas, para facilitar la correcta identificación de las megalopas de los braquiuros ibéricos colectadas en el plancton y, posteriormente, poder realizar descripciones detalladas de la morfología de las mismas. Las nuevas descripciones junto con las ya existentes permitirán elaborar una clave ilustrada, dirigida a investigadores y técnicos, que facilite la correcta identificación de estos organismos tan importantes en las poblaciones planctónicas. Así mismo se realizarán estudios de filogenia molecular en los taxa (superfamilias, familias o géneros) que están bien representados en la Península Ibérica, y de los que ya existen datos para especies de otras áreas. Esto ayudará a conocer las relaciones filogenéticas, y en su caso modificar la sistemática, de algunos grupos hasta ahora poco estudiados, así como revisar la validez taxonómica de algunas especies. 
La realización de esta Tesis Doctoral implicará el uso tanto de técnicas tradicionales en taxonomía y filogenia (estudio de los caracteres morfológicos de adultos y larvas), como el de técnicas moleculares, particularmente el análisis de secuencias de ADN mitocondrial. Será necesario realizar periódicamente trabajo de campo, colecta de larvas en el plancton, así como trabajo diario de laboratorio. 

Se busca por tanto un/una candidat@ con licenciatura en Biología o Ciencias del Mar, con fuerte motivación por la investigación científica. Con disponibilidad para viajar tanto por España como por el extranjero, e incluso realizar estancias breves en Centros de Investigación de otros países.Se valorará un buen nivel de inglés (hablado y escrito), conocimientos previos de fundamentos de taxonomía y filogenia, experiencia previa de laboratorio en técnicas moleculares básicas, posesión de carnets de conducir y de buceador, y habilidad para el dibujo. 

El proyecto se desarrollará en el Instituto de Ciencias Marinas de Andalucía, CSIC, situado en Puerto Real, Cádiz (www.icman.csic.es). Para más información contactar con José A. Cuesta (email)

OSU Cladistics Workshop, 2010

OSU Cladistics Workshop: "workshop on phylogenetic methods"

The Ohio State University will conduct its fourth workshop on phylogenetic methods in Columbus, Ohio, June 28 - July 2, 2010. The purpose is to provide further instruction and experience to students who already have some familiarity with phylogenetic analysis. The format is a series of lectures and laboratory sessions that will give students the opportunity to gain a deeper understanding of the logic of the phylogenetic method, parsimony, maximum likelihood and Bayesian approaches, tree search strategies, measures of support, DNA alignment, morphological character coding, and analysis of multiple and large data sets.

Lecturers are expected to include Cyrille D'Haese (Muséum National d'Histoire Naturelle, Paris), Kevin Nixon (Cornell University), Christopher P. Randle (Sam Houston State University) and John W. Wenzel (Ohio State University). The software used for the course will include WinClada, Encino, Mesquite, TNT, PAUP*, Clustal, POY, RaxML, GARLI, and MrBayes, and will be distributed with a course packet and workbook. You can see the planned syllabus here.

Cost for the workshop, is $1200. The workshop will be limited to 40 participants. Twenty Fellowships will be made available on a competitive basis. Fellowships cover lodging in a bloc of rooms rented by the workshop and $600 of fees paid directly to the workshop. Thus Fellows will be responsible for only a workshop cost of $600, the cost of transportation to and from the Ohio State campus, and meals. Other enrollees will be given a list of local motels that are close to campus.

An application consists of a completed application form, a current CV for the student, and a letter from the student’s advisor regarding the relevance of the course to the student’s career goals. Applications are due May 15, 2009, and notification of acceptance will begin by May 25. Please email all application materials to osuphylo@osu.edu. Further information may be obtained by emailing the same address..

This workshop is sponsored by the Ohio State University Museum of Biological Diversity (http://mbd.osu.edu), Department of Evolution Ecology and Organismal Biology (http://eeob.osu.edu) Organized by Marymegan Daly, John V. Freudenstein, and John W. Wenzel.

Rudimenthos: Revision Darwin, Metagenòmica y la "Nueva Ecologìa"

Rudimenthos: Revisiòn Darwin, Metagenòmica y la "Nueva Ecologìa"

.....
Éste es una breve revisión de metagenómcia y sus recientes avances en metagenómica y la aplicación de las herramientas de la biología molecular a la ecología. A nuestro entender, los enfoques metagenómicos representan una culminación del legado de Darwin como la aproximación al mundo natural visualizando individualmente a los organismos como el producto de su historia evolutiva delineada por su funcionamiento e interacción con su entorno abiótico y con otros organismos.
.....

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PhyloSeminar anuncia: Philippe Lemey speaking on Phylogenetic diffusion models

The next speaker will be Philippe Lemey speaking Friday, July 16
at noon PDT on "Phylogenetic diffusion models and their applications
in viral epidemiology."

Emerging infectious diseases continue to appear all over the world,
and importantly, they have also risen significantly over time after.
Having the potential to quickly adapt to new hosts and environments,
RNA viruses are prime candidates to emerge as global threats to human
health. Their rapid rate of evolution, however, also turns viral
genomes into valuable resources to reconstruct the spatial and
temporal processes that are shaping epidemic or endemic dynamics. In
this seminar, I will highlight recent developments in phylogenetic
diffusion models that tie together sequence evolution and geographic
history in a coherent statistical framework. Both discrete and
continuous phylogeographic models have recently been implemented in a
Bayesian statistical approach. I will position this approach among
other popular phylogeographic methods, and then focus on applications
in viral molecular epidemiology to demonstrate their use. Finally, I
will hint at future extensions that may provide entirely new
opportunities for phylogeographic hypothesis testing.

I hope you will be able to attend this exciting talk.

To attend this and other talks, learn how to connect ahead of time, and join the email list by sending an email to phyloseminar+subscribe@googlegroups.com.
If you can't make it, don't fret-- you can always watch the recording.


Thanks,

Erick

Nueva revista sobre Mastozoologia: Therya

La Asoc. Mex. de Mastozoologia ha lanzado THERYA, una nueva revista que pretende dar salida a la publicación de artículos sobre todos los aspectos de los mamíferos.

El contenido del primer número puede ser consultado en línea en:
http://www.mastozoologiamexicana.org/therya.php
Los artículos de este primer numero no son ni taxonómicos ni filogenéticos. Pero estemos pendientes de los próximos números y veremos si esta revista publica investigación filogenética.

IX Reunion Argentina de Cladistica y Biogeografía, Ciudad de La Plata

IX Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía
15 al 17 de noviembre 2010 La Plata-Buenos Aires
SEGUNDA CIRCULAR
IX REUNIÓN ARGENTINA DE CLADÍSTICA Y
BIOGEOGRAFÍA
La Plata-Buenos Aires
15 al 17 de noviembre 2010
Organiza:
Facultad de Ciencias Naturales y Museo - UNLP

Nos dirigimos a ustedes para hacerles llegar la Segunda Circular de la IX Reunión
Argentina de Cladística y Biogeografía, que se realizará en la localidad de La
Plata, Buenos Aires, los días 15 al 17 de noviembre de 2010.
La Comisión Organizadora los invita a visitar la página web: http://www.racb2010.com.ar
En la misma encontrarán la información actualizada sobre la Reunión.
Sede
La Reunión tendrá lugar en la Facultad de Ciencias Naturales y Museo (FCNyM) de la
Universidad Nacional de La Plata, con sedes en el edificio de la avenida 60 y 122 y en
el Museo de La Plata situado en el Paseo del Bosque s/n, La Plata, Buenos Aires,
Argentina.
Actividades
Se organizan conferencias, simposios, comunicaciones libres y taller pos-reunión.
Programa preliminar
Las Conferencias plenarias estarán a cargo de:
-Dr. Jorge V. Crisci, Facultad de Ciencias Naturales y Museo, UNLP, Argentina.
-Dr. Gonzalo Giribet, Harvard University, USA,
-Dr. Miguel Angel Arnedo, Universidad de Barcelona, España

Los Simposios agruparán una serie de ponencias sobre las siguientes temáticas:

• Problemas metodológicos Coordinador: Dr. Pablo Goloboff (CONICET, UN de Tucumán)
• Problemas empíricos Coordinador: Dra. Adriana Marvaldi (CONICET, IADIZA-CRICYT, Mendoza)
• Biogeografía Coordinador: Dr. Sergio Roig (CONICET, IADIZACRICYT, Mendoza)

Las Comunicaciones Libres podrán ser presentadas en forma oral o poster y serán
sometidos a evaluación por un Comité Científico.
El envío de resúmenes se realizará a través de esta página web (modalidad on-line),
entre el 1 de junio y el 31 de agosto del corriente. Al menos uno de los autores deberá
estar inscripto.
Las indicaciones sobre el formato de los resúmenes se brindarán en la próxima
circular.
Inscripción
Se realizará a través de la página web de la Reunión ( http://www.racb2010.com.ar )
a partir del 1º de junio.
Montos de inscripción
CATEGORÍAS 
Profesionales $300, Hasta el 31 de agosto de 2010 $400, Desde 1 de septiembre de 2010
Estudiantes de grado $150 $200
Formas de Pago
El abono de la inscripción podrá realizarse a partir de 1º de junio a través de:
- Depósito a la Cuenta Corriente BBVA Banco Francés Denominación: Fundación
Museo de La Plata “Francisco Pascasio Moreno”
Nº de Cuenta: 300379/6
Sucursal: 093 (Calle 47 nº 641, La Plata)
CBU: 0170093020000030037960
CUIT: 30-62526995-0
SWIFT: BFRPARBA
Para acreditar el pago, una vez realizado el depósito bancario, se debe escribir a la
dirección de correo electrónico: fundacion@fcnym.unlp.edu.ar, consignando los
siguientes datos: Apellido y nombres del inscripto, monto depositado, fecha del
depósito, nº de comprobante, banco y sucursal. Junto con este aviso adjuntar una
copia de la boleta de depósito.

- Mediante efectivo, tarjeta de crédito (Visa o Mastercard) o cheque (a nombre
de Fundación Museo de La Plata “Francisco Pascasio Moreno”) en la Secretaría de la
Fundación Museo de La Plata “Francisco Pascasio Moreno”, Museo de La Plata, en el
horario de lunes a viernes de 9 a 13 hs.
Contactos e Información
Para mayor información, consultas o sugerencias escribir a través del link “contacto”
de la página web de la Reunión.
Próximamente en la página web y en la tercera circular se ampliará la información
sobre:
-cronograma de actividades
-formato para el envío de resúmenes
-listas de hoteles y promociones de alojamiento
Le agradeceremos que difunda este documento entre sus colegas.

Coming up: Botany 2010

Botany 2010 Conference Overview

BOTANY 2010 will be held in Providence, Rhode Island July 31– August 4, 2010.

Societies participating in BOTANY 2010 will include:

• American Bryological and Lichenological Society (ABLS),
  
• American Fern Society (AFS),
  
• American Society of Plant Taxonomists (ASPT), and
  
• Botanical Society of America (BSA).

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Marzo 29 en PhyloSeminar: Probabilistic analysis of gene families with respect with gene duplication, gene loss, and lateral gene transfer

On March 29th, phyloseminar.org will present Jens Lagergren speaking
on "Probabilistic analysis of gene families with respect with gene
duplication, gene loss, and lateral gene transfer."
NOTE: the seminar will begin at 10h PST, which is three hours earlier
than the previous seminars.
ABSTRACT
Incongruences between gene trees and corresponding species trees are
common. Gene duplication, gene loss, and lateral gene transfer are
three types of evolutionary events that can cause such incongruences.
I will first describe a probabilistic process that contains standard
models of nucleotide substitutions (i.e., such that underly
probabilistic methods for phylogenetic tree reconstruction) as well as
gene duplication and gene loss. This process takes place in a given
species tree and can be used to reconstruct a gene tree for a gene
family of interest and simultaneously reconcile the gene tree with the
species tree. I will describe the algorithms available for this model
and also describe how they perform on biological data compared to
competing methods. Finally, I will describe an extension of this model
that also contains lateral gene transfer and show how it performs on
synthetic data.


Hope to see you there!

Erick Matsen

Internship opportunity at the NHM, London

Taxonomy Trainee Scheme: Natural History Museum
As a response to the widely perceived decline in taxonomic and curatorial expertise, the Natural History Museum, London invites expressions of interest for taxonomy trainees. The aim is to enthuse and help train a number of people with a demonstrable interest in taxonomy and museum collections, by giving them an opportunity to learn taxonomic and curatorial skills under guidance from experienced staff in the environment of the Natural History Museum’s world famous specimen collections.
The traineeship will equip you with a range of basic taxonomic and curatorial skills and are suitable for individuals seeking further development in this discipline and who wish to experience this type of work.
This project is intended to be rolled out as a fee paying traineeship, but for the first year, as a trial, a small number of short-term (three month) traineeships will have the fee waived, and instead the Museum will provide daily allowances toward accommodation, subsistence and travel.
Traineeships will be available in the Departments of Botany, Entomology and Zoology. Dates of traineeships are negotiable with supervisors, but must take place between March and October 2010.
Successful applicants will have:

• a good general education to A-level or equivalent
• a demonstrable enthusiasm for natural history
• previous experience, however small, of handling animal or plant specimens
• attention to detail
• the ability to work with others
• the ability to work to deadlines
• a willingness to take on tasks with a positive attitude
• familiarity with standard computer software e.g. Word, Excel.

If you wish to apply, please send a letter outlining you interests, qualities and reasons for applying to the following address not later than 15th March 2010. Please state which department you have a preference for (you may apply to all of them but please make clear how your interests fit with each department).
Shazima Tejani
Taxonomy Traineeship Scheme
The Natural History Museum
Cromwell Road
London SW7 9BD
Email: s.tejani@nhm.ac.uk
The successful candidates will be involved in one of the following projects:
Taxonomy Traineeship Scheme:
1. Botany. Identification of type specimens in the Liverwort Herbarium This project involves tracing which specimens represent type material. It is very strongly taxonomy oriented and provides an opportunity to work in an internationally important botanical collection, learning the core skills of curation as well as specimen-based research.
2. Open Air Laboratory (OPAL) surveys. This is an opportunity to take part in a citizen science project. Some field work is involved and there may be limited week-end work.
3. Taxonomic and curatorial work in the Natural History Museum’s beetle collections. Beetles are the most diverse group of organisms on the planet, and the Natural History Museum’s collections are probably the most comprehensive in the world. The successful applicant will spend three months working on designated taxonomy and curatorial projects in the collections, learning essential skills from the Museum’s renowned team of coleopterists.
4. Taxonomic and curatorial work in the Natural History Museum’s Zoology Department. The Zoology Department's collections comprise 30 million specimens, 22 million of which are in spirit. The successful candidate will experience the diverse challenges of identifying and curating specimens from one, or several, zoological groups possibly including, but not necessarily limited to, fish, birds and lower invertebrates. Please state your preferences in your application.

Sitio web del XVIII Congreso Mexicano de Botánica

El Comité Organizador del XVIII Congreso Mexicano de Botánica invita a participar en este evento científico que se llevará a cabo del 21 al 27 de noviembre de 2010 en Guadalajara, Jalisco. Las actividades incluyen:

Conferencias magistrales Simposios Exposición de carteles Mesas redondas Reuniones satélite Cursos y talleres Certamen de tesis Excursiones Exposiciones

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El sitio web del congreso esta en:
http://www.cucba.udg.mx/congreso_botanica/

Assistant/Associate Professor in Insect Systematics and Taxonomy

Assistant/Associate Professor in Insect Systematics and Taxonomy | Society of Systematic Biologists

The Department of Entomology, Faculty of Agricultural and Food Sciences, University of Manitoba invites applications for a tenure track position at the rank of Assistant or Associate Professor, commencing July 1, 2010, or as soon as possible thereafter, to teach and conduct research in Insect Systematics and Taxonomy. The position will be weighted at approximately 45% teaching, 40% research and 15% service/outreach. Qualified applicants must possess: a Ph.D. in taxonomy and systematics of insects or closely related arthropods; a record of independent research as demonstrated by scholarly publications; the potential for developing a strong externally funded research program in one or more areas of insect systematics or taxonomy; demonstrated ability or potential for excellence in undergraduate and graduate teaching; and excellent oral and written communication skills.

For more information on this opportunity, please visit:
http://umanitoba.ca/cgi-bin/human_resources/jobs/view.pl?posting_id=83819

Hoy en PhyloSeminar: Consistency properties of species tree inference algorithms under the multispecies coalescent

Noah Rosenberg
February 24th, 13h PST
http://phyloseminar.org/

Abstract:
The topologies of gene trees that evolve along the branches of a
species tree need not match the species tree topology. As a result of
this discordance, when gene tree evolution is assumed to follow a
"multispecies coalescent" model, simple phylogenetic algorithms can
exhibit peculiar statistical inconsistencies in inferring species
trees. This talk will examine the statistical consistency under the
multispecies coalescent of several algorithms - based on consensus
trees, ranked gene trees, and the "minimize deep coalescences"
algorithm. A summary will be presented of the known consistency
properties of the various algorithms.

PhyloSphere: un servicio para compartir enlaces web

Con tantos sitios web y recursos en linea con contenido filogenético, es difícil navegar en internet para encontrar los contenidos. Entonces en vez de visitar sitio tras sitio, lo mejor es recibir encabezados de los contenidos con enlaces a los sitios web de su interes. Lo que es mejor aun: comparta los enlaces a sitios interesantes que encuentra. PhyloSphere es un servicio de agregación ("feed") que permite compartir enlaces a contenidos web.

PhyloSphere agrega avisos RSS ("feeds") de contenido nuevo en varios sitios que los interesados comparten, incluyendo revistas relevantes, blogs, sitios web de sociedades científicas, etc. Los usuarios interesados pueden agregar enlaces a sitios que encuentran navegando para compartir con la comunidad.

Suscríbase a PhyloSphere para compartir y recomendar sus enlaces a noticias, artículos, sitios web, etc y así brindar un servicio a la comunidad para diseminar mejor la información sobre la sistemática y filogenética.
http://friendfeed.com/phylosphere

El sitio Filogenetica.org tiene nueva cara

El sitio web Filogenetica.org se ha renovado. Lo que empezó a mediados del 2006 se ha convertido en un canal de comunicación y un sitio de información para la comunidad filogenética en nuestro idioma. Espero que este cambio sea bienvenido.
Uno de los cambios más importantes es también la gestión de contenido. Ahora con Joomla! será posible la participacion de los interesados, investigadores y estudiantes. Podrán cambiar y enriquecer el contenido del sitio. Solo debe registrarse una vez y tendrá acceso a subir contenido. Ojala esto funcione para beneficio de la comunidad.

Lo destacado en la literatura reciente

Phylogenetic morphometrics (I): the use of landmark data in a phylogenetic framework
Santiago A. Catalano a,b,* , Pablo A. Goloboff a,c and Norberto P. Giannini a,d

a Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas ; b Fundación Miguel Lillo, Miguel Lillo 251, 4000 S.M. de Tucumán, Argentina ; c Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo, Miguel Lillo 205, 4000 S.M. de Tucumán, Argentina ; d Programa de Investigaciones de Diversidad Biológica Argentina, Facultad de Ciencias Naturales, Miguel Lillo 205, 4000 S.M. de Tucumán, Argentina
*Corresponding author:

Cladistics 26: (2010).
Published Online: 28 Jan 2010

ABSTRACT

A method for the direct use of aligned landmark data (2D or 3D coordinates of comparable points) in phylogenetic analysis is described. The approach is based on finding, for each of the landmark points, the ancestral positions that minimize the distance between the ancestor/descendant points along the tree. Doing so amounts to maximizing the degree to which similar positions of the landmarks in different taxa can be accounted for by common ancestry, i.e. parsimony. This method requires no transformation of the aligned data or the results: the data themselves are the x, y, z coordinates of the landmarks, and the output of mapping a character onto a given tree is the x, y, z coordinates for the hypothetical ancestors. In the special case of collinear points, the results are identical to those of optimization of (continuous) additive characters.

Accepted 21 November 2009
DIGITAL OBJECT IDENTIFIER (DOI)
10.1111/j.1096-0031.2010.00302.x About DOI

Curso de Evolución, morfología, taxonomía y metodología de los corales post paleozoicos (Scleractinia). México

Dr. Hannes Löser (UNAM, IGL, ERNO, Hermosillo, Sonora)
Biol. José Juan Jiménez González (UNICACH, Tuxtla Gutiérrez, Chiapas)
M. en C. Leonora Martin M.(Facultad de Ciencias, UNAM, Ciudad de México)

Fecha	21-25 Junio 2010
Horario	9-14h
Lugar	Taller de Paleobiología Edificio Tlahuizcalpan Facultad de Ciencias Universidad Nacional Autónoma de México México, D.F.

* El curso es libre (sin costos).
* El nivel del curso es licenciatura avanzada hasta doctorado.
* El curso demanda inscripción.
* No hay requerimientos especiales, pero preferimos estudiantes con conocimientos básicos de la biología.
* Al término del curso se otorgara a los participantes una constancia con valor curricular.

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http://www.paleotax.de/cursocor/

TreeVector: Scalable, Interactive, Phylogenetic Trees for the Web

Pethica R, Barker G, Kovacs T, Gough J, 2010. TreeVector: Scalable, Interactive, Phylogenetic Trees for the Web. PLoS ONE 5(1): e8934. doi:10.1371/journal.pone.0008934

We introduce TreeVector, a Scalable Vector Graphics–and Java-based method that allows trees to be integrated and viewed seamlessly in standard web browsers with no extra software required, and can be modified and linked using standard web technologies. There are now many bioinformatics servers and databases with a range of dynamic processes and updates to cope with the increasing volume of data. TreeVector is designed as a framework to integrate with these processes and produce user-customized phylogenies automatically. We also address the strengths of phylogenetic trees as part of a linked-in browsing process rather than an end graphic for print.
.......
TreeVector is a robust, open source software product for the biological community. Phylogenetic trees can be plotted from data files generated from popular software using the NEXUS format producing scalable vector graphics. TreeVector represents a significant advance on existing software, making use of standards and technologies which may not have been established when previous products were developed. Specifically TreeVector offers new levels of flexibility and interactiveness lending itself well to dynamic web-based implementations.

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http://www.plosone.org/article/info:doi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0008934

Premios 2010 - Research Blogging

Awards 2010 - Research Blogging

ResearchBlogging.org premiará al mejor blog seleccionado entre los casi 1000 blogs registrados que publican opiniones y discusiones serias sobre artículos arbitrados de investigación. Hay un premio para el mejor blog en cada área de la ciencia y también habrá un premio para el mejor blog en Español.

Los premios se adjudicarán a blogs registrados en RB.org, nominados antes del 11 de febrero, los cuales serán calificados por jueces expertos. Los blogs ganadores se anunciarán el 23 de Marzo, 2010. La información completa esta en http://researchblogging.org/news/?p=834

Este blog de "Noticias sobre Filogenética" esta registrado en RB.org. Se lanzo la invitación a participar en Marzo 2009. A la fecha se han publicado escasamente las siguientes 4 entradas compartiendo opiniones sobre artículos publicados en revistas arbitradas.

• Filogenética bajo Verosimilitud con un enfoque para "PhDs"
  
• Secuencias “COI-like numts” inutilizan los codigos de barras de DNA
  
• Considerable diversidad genética entre mexicanos
• Cladistics: Analisis de una matriz gigante de >73000 UT

El propósito de los premios de RB.org es reconocer a los colaboradores de blogs que ayudan a una mayor difusión de la ciencia. Espero esto sea una motivación clave y que los colaboradores de este blog se animen a compartir este año sus opiniones sobre sus lecturas de artículos en las revistas arbitradas.

Next on PhyloSeminar.org: The End of Lineage Sorting: Inferring species trees using *BEAST

Hello everyone!

I'm excited to announce that Joseph Heled will be speaking in a bit less than a week about his joint work with Alexei Drummond on lineage sorting. In addition to a usual talk, he will also be giving a little software demonstration. His abstract is below.

After Joseph will come Noah Rosenberg, who will be speaking in late February (probably the 24th), then Jens Lagergren in late March.

The End of Lineage Sorting: Inferring species trees using *BEAST

Until recently it has been common practice for a phylogenetic analysis to use a single gene sequence from a single individual organism as a proxy for an entire species. With advances in sequenceing technology it is becoming more common to see data sets containing multiple genes from multiple individuals per species. The "simple" way of analyzing those data sets by concatenating sequences from an individual is problematic when species have only recently diverged. In this talk we explain the problem of Incomplete Lineage Sorting, the gene trees within species tree model, the theoretical basis of the multi species coalescent and how to analyze those data sets using *BEAST, a method for species tree inference made available in BEAST 1.5.
--

Thanks, and pass the word onto your species-tree-interested friends!

Erick

TWO PhD GRANTS AVAILABLE IN BARCELONA (INSTITUTE FOR EVOLUTIONARY BIOLOGY)

TWO PhD GRANTS AVAILABLE IN BARCELONA (INSTITUTE FOR EVOLUTIONARY BIOLOGY) | Redes

Enviado por arcadi.navarro el 7 January, 2010 - 11:17.

• Noticias REDES - Ofertas de trabajo / becas

The Evolutionary Genomics Group in the Comparative and Computational Genomics program of the IBE (http://www.ibe.upf-csic.es/) is willing to recruit two PhD students.

The research group that the successful candidate will join studies genomic variation at both the intraspecific and interspecific levels in hominids (http://www.upf.edu/bioevo/CV-ArcadiNavarro.htm). Besides several other research projects, the group runs the Population Genomics Node of the Spanish National Bioinformatics Institute (http://www.inab.org), working in close collaboration with the National Genotyping Centre (http://www.cegen.org).

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The Willi Hennig Society meeting 2010

The Willi Hennig Society
Hennig XXIX

May 22 to 26, 2010

Hosted by: The University of Hawaii - Manoa; Cliff Morden and his local organizing committee.

Hotel Information
Arrival Information
Registration & Abstract Submission
Marie Stopes Travel Awards
About Honolulu and Waikiki

Visit the WHS website at:
http://www.cladistics.org/meetings.html

Lo destacado en la literatura reciente

The conflation of ignorance and knowledge in the inference of clade posteriors
Christopher P. Randle a,* and Kurt M. Pickett b
a Department of Biological Sciences, Sam Houston State University, Huntsville, TX 77341-2116, USA ; b Department of Biology, University of Vermont, 316 Marsh Life Science Building, Burlington, VT 05404, USA
*Corresponding author.
Cladistics 26: (2009) 1-10.
Published Online: Jan 4 2010 3:13PM

ABSTRACT

The objective Bayesian approach relies on the construction of prior distributions that reflect ignorance. When topologies are considered equally probable a priori, clades cannot be. Shifting justifications have been offered for the use of uniform topological priors in Bayesian inference. These include: (i) topological priors do not inappropriately influence Bayesian inference when they are uniform; (ii) although clade priors are not uniform, their undesirable influence is negated by the likelihood function, even when data sets are small; and (iii) the influence of nonuniform clade priors is an appropriate reflection of knowledge. The first two justifications have been addressed previously: the first is false, and the second was found to be questionable. The third and most recent justification is inconsistent with the first two, and with the objective Bayesian philosophy itself. Thus, there has been no coherent justification for the use of nonflat clade priors in Bayesian phylogenetics. We discuss several solutions: (i) Bayesian inference can be abandoned in favour of other methods of phylogenetic inference; (ii) the objective Bayesian philosophy can be abandoned in favour of a subjective interpretation; (iii) the topology with the greatest posterior probability, which is also the tree of greatest marginal likelihood, can be accepted as optimal, with clade support estimated using other means; or (iv) a Bayes factor, which accounts for differences in priors among competing hypotheses, can be used to assess the weight of evidence in support of clades.
©The Willi Hennig Society, 2009.

DIGITAL OBJECT IDENTIFIER (DOI)

10.1111/j.1096-0031.2009.00301.x
http://www3.interscience.wiley.com/journal/123232287/abstract?

Preguntas de los lectores

1. ¿es posible usar como marcador evolutivo a los ARNm (solo exones) teniendo en cuenta que puede haber mucha variaciones debido al splicing alternativo?

2. ¿Conoces de otros sitios como CIPRES (http://www.phylo.org/) para analizar moderadas cantidades de secuencias?

Luis Tataje,
http://www.blogger.com/profile/07472607612141390238
Perú