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29 de diciembre de 2009

Conservation Fellowships for Bolivia, Colombia, Ecuador, Mexico, and Peru


December 29, 2009

Russell E. Train Fellowships for Conservation Studies

Application Deadlines: January 31 and February 28, 2010
WWF’s Education for Nature Program is pleased to announce the availability of Russell E. Train Fellowships for students from Bolivia, Colombia, Ecuador, Kenya, Mexico, Papua New Guinea, Peru, Tanzania, and Timor Leste who are pursuing master’s and doctoral degrees in conservation-related fields.

Train Fellowships provide up to two years of support for education-related costs including tuition and fees, room and board, books, travel, and research. Applicants must be citizens or permanent residents of a participating country and must have at least two years’ experience in conservation. Applicants must have applied to, have been accepted to, or be currently enrolled in a conservation-related degree program at an accredited institution of higher education.
Applications for students from Bolivia, Colombia, Ecuador, and Peru are due by January 31, 2010.

Applications from Kenya, Mexico, Papua New Guinea, Tanzania, and Timor Leste are due by February 28, 2010.

Guidelines, applications, and application deadlines vary by country.

Further Scholarship Information and Application Train Fellowship webpage.

Read more: http://www.worldwildlife.org/science/fellowships/TrainDT/item1826.html

26 de diciembre de 2009

Visitas al blog de Noticias sobre Filogenetica en el 2009




Page Loads Unique Visitors First Time Visitors Returning Visitors
Total 96,905 56,576 52,250 4,326
Average 8,075 4,715 4,354 361

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Comparando con 2008, este 2009 el nivel de uso del blog se duplicó!
El mapa muestra el origen geográfico de los mas de 56,000 visitantes (StatCounter) desde 8700 diferentes IPs (ClusterMaps) durante un año.

El nivel de participación de los colaboradores también va en aumento. Esperemos que estas tendencias sigan adelante. El espacio que brinda este blog es de Uds. los colaboradores y lectores.

Cualquier sugerencia al Editor para mejorar la presentación del contenido o facilitar la publicación de contenido son bienvenidas.
Saludos.
Efrain

12 de diciembre de 2009

IX REUNIÓN ARGENTINA DE CLADÍSTICA Y BIOGEOGRAFÍA

IX REUNIÓN ARGENTINA DE CLADÍSTICA Y BIOGEOGRAFÍA
La Plata-Buenos Aires
15 al 17 de noviembre 2010

Organiza:
Facultad de Ciencias Naturales y Museo - UNLP

Nos dirigimos a ustedes para invitarlos a participar de la IX Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía, que se realizará en la localidad de La Plata, Buenos Aires, los días 15 al 17 de noviembre de 2010 en la Facultad de Ciencias Naturales y Museo (UNLP).

COMITÉ ORGANIZADOR
Presidente honorario: Jorge V. Crisci
Presidente: Analía Lanteri
Vicepresidente: María Marta Cigliano
Secretaria: M. Cristina Damborenea
Pro-secretaria: Marta Fernández
Tesorera: Fabiana Gallardo
Vocales: Pablo Dellapé, Francisco Brusa, Sara Montemayor, Rosario Robles,
M. Guadalupe del Río, Agostina Marano.
Editor del libro de resúmenes: Francisco Prevosti

Próximamente estará disponible la página web y enviaremos la Primera Circular.

8 de diciembre de 2009

Reportaje de la conferencia de Wheeler transmitida por Phyloseminar.org

Ayer estaba viajando de regreso a Xalapa y no pude ver "en vivo" la conferencia anunciada de W. Wheeler sobre homología dinámica. Lo bueno es que la versión grabada YA esta disponible en Phyloseminar.org.
Pero hoy encontré este "reportaje" que hace Roberto Keller sobre la conferencia misma y la experiencia de esta modalidad.
Así que los invito a leer la nota en el blog de R. Keller:

Phylogenetics through videoconferencing: ARCHETYPE


Gracias Roberto!

5 de diciembre de 2009

Filogenética bajo Verosimilitud con un enfoque para "PhDs"

ResearchBlogging.orgA cuantos de nosotros el Profesor del curso de Filogenética nos obligó a calcular la longitud (parsimonia) y/o verosimilitud de un árbol, "a mano"? La idea de esta experiencia "pedagógica" era entender los procedimientos y cálculos básicos en los métodos filogenéticos.

Bueno, ahora los profesores de este siglo ya no hacemos eso. Pero, los estudiantes a partir de mañana tendrán que hacer P O R S E P A R A D O la selección de modelos con ModelTest, la verosimilitud con PhyML y las probabilidades Bayesianas con Mr Bayes y todas las estimaciones de estabilidad, robustez, soporte, etc con varios programas particulares. Para que sufran!

Además, es por su bien! Sin duda ese "sufrimiento" es la única manera que les permitirá entender los métodos y les hará apreciar las bondades del nuevo paquete integrado de programas: "PALM: Phylogenetic reconstruction with Automatic Likelihood Model selectors". Se ha anunciado la disponibilidad de este paquete en un articulo recién publicado en PlosONE: Shu-Hwa Chen et al. 2009. PALM: A Paralleled and Integrated Framework for Phylogenetic Inference with Automatic Likelihood Model Selectors.
Fantástico!


Esta plataforma no es para instalarse en su computadora personal. Funciona desde un servidor al que el usuario ingresa sus datos de secuencias y recibe los arboles y otros resultados de los análisis. Así de sencillo! Se evita "el sufrimiento" de esas tareas que consumen tanto tiempo de computadora personal: cálculo para seleccionar el mejor modelo, cálculo del mejor árbol, cálculo de bootstraps, y otras propiedades de los árboles, etc etc. Demasiado tedioso y complicado! Mejor aún, los autores de PALM nos garantizan que ya no necesitaremos estudiar y preocuparnos por educarnos y entender lo que hacemos:
"However, such time consuming, computationally intensive tasks rely on knowledge of substitution model theories and related expertise to run through all possible combinations of several separate programs. "
"researchers unfamiliar with phylogenetic analysis can easily use this server to submit sequences, retrieve the output, and re-submit a job based on a previous result if some sequences are to be deleted or added for phylogenetic reconstruction."
"PALM is an integrated framework of ClustalW, PhyML, MODELTEST, ProtTest and several in-house programs to evaluate the fitness of 56 substitution models for nucleotide sequences and 112 substitution models for protein sequences with scores in various criteria. It is especially useful for biologists to perform phylogenetic analyses without prerequisite computer skills."

Esto viene en el Resumen y Discusión del articulo como una de las mejores caracteristicas del paquete! Así que todos demos gracias a PALM, pues integra ahora operaciones de ClustalW, PhyML, ModelTest y varios otros programas. La estructura del sistema de programas funcionando en paralelo en varios procesadores simétricos (symetrical multiprocesors, SMP) en varios CPUs veloces, trabajando bajo LINUX Ubuntu, garantizan un trabajo rápido y fluido, administrado por módulos (PalmDaemon, PalmMonitor, PalmTree y Palm job controller).

Desde el punto de vista del usuario, PALM inicia cuando se ingresa una matriz de secuencias o de aminoácidos pre-alineada en formato FASTA. El usuario ahora aprovecha el tiempo para otras cosas mas interesantes y productivas (como jugar a publicar en web mediante blogs como este). Mientras tanto, como parte del flujo de tareas automáticas en el servidor, PALM primero instruye a ClustalW para ejecutar un alineamiento definitivo. El alineamiento se transfiere a PhyML/ModelTest para la selección del mejor modelo. La combinación del alineamiento definitivo y el mejor modelo se somete a la tarea de cálculo del mejor árbol usando PhylML. El usuario es notificado vía correo electrónico para visitar una página web donde se despliega su arbol y su articulo publicado en "Molecular Phylogenetics and Evolution"! Un click ... un artículo!











Eso es lo que muchos quisieran, ........ pero no, .... solo se obtienen los resultados. En la versión futura?

Los autores nos prometen que en una futura versión de PALM integrarán más programas de alineamientos y también probabilidades Bayesianas:
"Other advanced algorithms for ML inference, e.g., DPRml , MrBayes and RAxML, can be integrated into PALM to provide Bayesian estimates of phylogeny and handle large phylogenetic trees in the future."

La idea de una versión PhD (Push here Dummy) para hacer filogenias no es nueva. En el afán de facilitar el uso de los programas filogenéticos, las secuencias de comandos para las operaciones y la presentación gráfica de árboles, casi todos los programas disponibles (excepto PhylLip?!) desde hace años han evolucionado hacia interfases cada vez más "user friendly". Eso ha sido bueno. Quien recuerda la supremacía de PAUP en el ambiente grafico de MAC en los 80´s cuando la competencia eran PAUP y otros programas que solo corrían con lineas de comandos en DOS o Windows 3.1? Recuerdo en esos años, eventualmente apareció TreeGardener como una interfase gráfica para facilitar el uso de Hennig86 y versiones o programas subsecuentes hasta WINCLADA y NONA.

La llegada de PALM ahora facilitará aun más la ejecución "point and click" de análisis filogenéticos bajo la epistemología de los métodos de máxima verosimilitud para las nuevas generaciones de estudiantes e investigadores.
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Chen S-H, Su S-Y, Lo C-Z, Chen K-H, Huang T-J, et al. (2009). PALM: A Paralleled and Integrated Framework for Phylogenetic Inference with Automatic Likelihood Model Selectors plosone, 4 (12) : e8116. doi:10.1371/journal.pone.0008116
web http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0008116
pdf
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Cual cree Ud que sea el efecto?:
  • Beneficiará a la comunidad que hace estudios filogenéticos?
o
  • Perjudicará la situación educativa promoviendo el uso a ciegas de los métodos de verosimilitud?
Que opina? Escriba su comentario:

2 de diciembre de 2009

Conectese a las conferencias sobre filogenetica en linea

Se ha iniciado un sitio web para brindar un servico de seminarios sobre filogenetica en linea. El servicio es administrado en el sitio Phyloseminar.org, organizado por Frederick Matsen, Miller Institute y la ayuda de David Bryant, Aaron Darling, Alexei Drummond, Stephane Guindon, Tracy Heath, Robin Kodner, Chris Nasrallah, y Tanja Stadler.
El próximo seminario es:

Ward Wheeler speaks Dec. 7th
To attend this and other talks, learn how to connect ahead of time, and join the email list.
If you can't make it, don't fret-- you can always watch the recording.

How did flowering plants evolve to dominate Earth?

December 1, 2009 06:10 PM
To Charles Darwin it was an 'abominable mystery' and it is a question which has continued to vex evolutionists to this day: when did flowering plants evolve and how did they come to dominate plant life on earth? Today a study in Ecology Letters reveals the evolutionary trigger which led to early flowering plants gaining a major competitive advantage over rival species, leading to their subsequent boom and abundance.

The study, by Dr Tim Brodribb and Dr Taylor Field of the University of Tasmania and University of Tennessee, used plant physiology to reveal how flowering plants, including crops, were able to dominate land by evolving more efficient hydraulics, or 'leaf plumbing', to increase rates of photosynthesis.
"Flowering plants are the most abundant and ecologically successful group of plants on earth," said Brodribb. "One reason for this dominance is the relatively high photosynthetic capacity of their leaves, but when and how this increased photosynthetic capacity evolved has been a mystery."

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26 de noviembre de 2009

Glosario Inglés-Español de Términos Técnicos empleados en Ecología, Evolución y Sistemática, con Énfasis en Ornitología

Glosario Inglés-Español de Términos Técnicos Empleados en Ecología, Evolución y Sistemática, con Énfasis en Ornitología

Mantenido por C. Daniel Cadena, Lucio R. Malizia, Cintia Cornelius y Juan Martínez

"La literatura científica en inglés está llena de términos técnicos que en muchos casos no tienen términos equivalentes estándar en español. Encontrar términos apropiados ha sido con frecuencia difícil para nosotros al traducir textos para revistas ornitológicas (esto explica el sesgo hacia las aves), por lo que durante los últimos años hemos estado construyendo este glosario, que representa un intento de estandarizar la traducción al español de términos técnicos utilizados en la literatura biológica en inglés. Este glosario inicialmente era para nuestro uso personal para traducir textos de manera consistente, pero ahora esperamos que sea una herramienta más general y de mayor utilidad. Como consecuencia de la historia de esta página, hasta el momento hemos incluido términos de forma más o menos desordenada, pero esperamos añadir palabras de modo sistemático en el futuro, en la medida en que el tiempo lo permita.
Este glosario presenta traducciones de términos, pero no definiciones precisas. Si tiene cualquier comentario, crítica o sugerencia (en especial sobre palabras que le gustaría que agregáramos al glosario), por favor contáctenos. Si le interesa contribuir directamente al desarrollo de este sitio wiki, por favor lea las instrucciones para colaboradores, y escríbanos un correo. "

Visite el sitio web del Glosario aqui >>>

23 de noviembre de 2009

Resultados de la encuesta: Como usa este blog?

Muchas gracias a todos los visitantes de este sitio y quienes participaron en la encuesta. En los últimos años hemos tenido un promedio de alrededor de 250 visitas diarias. Lo que se desprende de los datos de la encuesta es que la expectativa de la mayoría es usar el sitio como portal de información.

Resultados: Como usa este Blog y el sitio Filogenetica.org



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Esto sin duda realza el valor de los colaboradores de este blog por su ayuda voluntaria y su sentido de responsabilidad social al compartir información. Esto nos anima a seguir con este esfuerzo de divulgación de la ciencia dirigidos por las expectativas de la comunidad de investigadores y estudiantes de habla hispana.

Quiere sugerir alguna encuesta? Envíe su encuesta al Editor.

19 de noviembre de 2009

Is 80-year-old mistake leading to first species to be fished to extinction?

Is 80-year-old mistake leading to first species to be fished to extinction?
A species of common skate is to become the first marine fish species to be driven to extinction by commercial fishing, due to an error of species classification 80 years ago, reveals research published November 17 in the journal Aquatic Conservation.
From the mid-19th century the common skate was described as two distinct species, the flapper skate, D. intermedia, and the blue skate, D. flossada. However, in an influential work in 1926 R.S Clark recognised only 'D. batis' as a valid species and this classification has largely gone unchallenged since.
This classification confusion has resulted in the depletion of the flapper skate, the more endangered species of the two, being masked in the catch record. This means the risk of extinction is far higher than previously assessed and without immediate and incisive action the species may be in an irreversible decline towards extinction.
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14 de noviembre de 2009

Postdoc postion in beetle morphology/taxonomy


The International Institute for Species Exploration, Arizona State University (ASU), invites applications and nominations for a postdoc available January 1, 2010. Duties include dissections, descriptions, and digital illustrations of beetles for print and Web publications, participating in the Institute team working on various cybertaxonomy initiatives, and supporting the research of the director, currently including taxonomic studies of Eleodes (Coleoptera, Tenebrionidae).

ASU is an equal opportunity/affirmative action employer. Women and minorities are encouraged to apply. Submit statement of interest, CV, and names/email addresses of three references to: Quentin Wheeler, Vice President and Dean, College of Liberal Arts and Sciences, Arizona State University. Please submit electronically to tyna.chu@asu.edu with subject line Morphology Postdoc. Review of candidates will begin immediately and continue until the position is filled.


Quentin D. Wheeler, PhD, FLS
University Vice President;
Dean, College of Liberal Arts and Sciences;
Virginia M. Ullman Professor of Natural History and the Environment,
School of Life Sciences;
Arizona State University
PO Box 876505
Tempe, AZ 85287-6505
480-965-3375; Fax: 480-965-1093

College of Liberal Arts and Sciences

2008 Webby and Telly Winning Video 'Planet Bob'

ASU College of Liberal Arts and Sciences — Transforming learning, discovery and lives

13 de noviembre de 2009

Postdoctoral Fellowship, Biodiversity of Madagascar

Postdoctoral Fellowship, Biodiversity of Madagascar

November 12, 2009
Postdoctoral Fellowship

SUMMARY:

This position is a two year appointment starting approximately July 1, 2010, involving both research in our molecular genetic laboratory and in situ field work focused on the biodiversity of Madagascar, including lemurs, carnivores, geckos, chameleons, boas, turtles and tortoises populations endemic to the island.

DUTIES AND RESPONSIBILITIES:

The scientist will employ molecular genetic techniques in the laboratory to generate species-specific microsatellites, multi-locus genotypes and DNA sequence files. The incumbent will also be responsible to apply advanced statistical methods, computer science skills and bioinformatics principles to highlight the dynamics of population genetics and systematics. The candidate’s ability for independent and critical thinking and excellent English writing skills will be vital in the writing of grants and publishable manuscripts. Excellent interpersonal skills will be key, especially in relation to our cross-cultural field research teams in Madagascar.

KNOWLEDGE, SKILLS, AND ABILITIES REQUIRED:

Excellent opportunity available for a motivated and experienced Ph.D. in the genetics, molecular biology, or cell biology fields, with a strong publication record and outstanding professional references. Emphasis in conservation science or informatics experience is a plus. Qualified candidates must show proficiency in molecular genetic techniques and computer skills capable to generate necessary data and to perform genotype and sequence analysis. The position will require attention to detail, good communication skills, strong skills in experimental design and troubleshooting, an ability to work independently and as part of a team, and dedication to doing the best job possible.

Read more >>> http://scholarship-positions.com/postdoctoral-fellowship-biodiversity-of-madagascar/2009/11/12/

11 de noviembre de 2009

Hacia una Sociedad Argentina de Taxónomos y Sistemáticos

ASOCIACIÓN PALEONTOLÓGICA ARGENTINA: Sociedad Argentina de Taxónomos y Sistemáticos

Antecedentes
La Taxonomía y la Sistemática son las ciencias que se ocupan de identificar, describir, clasificar, agrupar y nominar la biodiversidad. Esto incluye el estudio tanto de las relaciones de parentesco entre los taxones como de los principios y métodos que sustentan tales clasificaciones. Para ello, la Taxonomía y la Sistemática toman como trasfondo la teoría de la evolución, lo que les permite generar hipótesis predictivas utilizando toda la evidencia disponible de diferentes campos de la biología (morfología, comportamiento, desarrollo, distribución geográfica, fisiología, genética, genómica, etc.).
Estas ciencias, la Taxonomía y la Sistemática, se remontan al comienzo de los estudios biológicos y como consecuencia de ello poseen un cuerpo teórico y metodológico robusto, desarrollado desde la antigüedad y formalizado científicamente desde la aparición de la teoría de Darwin y principalmente a partir de la década de 1950 hasta nuestros días mediante aportes teóricos y metodológicos de variadas figuras de la biología (e.g. Mayr, Hennig, Sokal, Bremer, Rohlf, Fitch, Farris, etc.).
.........
Ante esta situación y considerando necesario nuclear a los científicos que tienen una problemática común, se propone la creación de la Sociedad Argentina de Taxónomos y Sistemáticos.
.......

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FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON PHTHIRAPTERA (ICP 4), TURKEY

FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON PHTHIRAPTERA (ICP 4)

JUNE 13-18, 2010
CONFERENCE HALL OF MUSTAFA HOTEL, URGUP
CAPPADOCIA, TURKEY

SYMPOSIA


• Morphology and Physiology of Lice

• Systematic, Population Genetics and Evolution

• Epidemiology of Human Lice

• Ecology and Epidemiology of Animal Lice

• Medical and Veterinary Aspects of Louse Infestations

• Microorganisms Associated with Lice

• Prophylaxis and Control of Lice

• Phthirapterists and Phthirapterology

• Techniques to study lice

More information: meeting web site

6 de noviembre de 2009

La bioinformática se consolida en la Argentina

La bioinformática se consolida en la Argentina | bioinformaticos.com.ar

La bioinformática puede contribuir al diseño de drogas más eficientes o explicar cómo nuestras células toman decisiones frente a diferentes circunstancias, entre muchas otras posibilidades. En Estados Unidos y en varios países de Europa ese campo del conocimiento está en pleno auge. Se trata de una nueva ciencia que promueve el uso de la informática en el estudio de los seres vivos.
A fin de promover su desarrollo en la Argentina acaba de nacer la Asociación Argentina de Bioinformática y Biología Computacional (AABBC / http://www.a2b2c.org.ar/.). Reúne a investigadores y profesionales de distintas ramas de la biología, de la matemática, la química y la informática.
“La biología enfrenta un momento muy complejo. Actualmente somos capaces de producir una gran marea de datos, en particular con los proyectos genómicos. Pero obtener muchos datos no significa necesariamente entender mucho”, explicó Cristina Marino Buslje, presidenta de AABBC, egresada de la Universidad Autónoma de Barcelona y actualmente investigadora de la Universidad de Buenos Aires. Y agregó: “La bioinformática y la biología computacional van a ser protagonistas porque son imprescindibles para procesar esos datos y convertirlos en conocimiento”.
“La biología computacional cruza a toda la biología en forma transversal. Es posible modelar en la computadora desde ecosistemas hasta la interacción molecular de una droga con su receptor”, señaló el vicepresidente de AABBC Fernán Agüero e investigador de la Universidad de San Martín. Agüero llamó a sumar esfuerzos para divulgar la biología computacional y formar profesionales en el campo.
Asimismo, Marcelo Marti, investigador del Conicet en la Universidad de Buenos Aires y miembro de la recién inaugurada fundación afirmó que “estudiar y modelar procesos biológicos en la computadora es esencial tanto para las ciencias básicas –generando hipótesis que deben ser puestas a prueba en el laboratorio–, como para las aplicadas, ya que constituye la base de un número creciente de desarrollos.”


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5 de noviembre de 2009

Scientists Launch Effort To Sequence The DNA Of 10,000 Vertebrates



Scientists have an ambitious new strategy for untangling the evolutionary history of humans and their biological relatives: Create a genetic menagerie made of the DNA of more than 10,000 vertebrate species. The plan, proposed by an international consortium of scientists, is to obtain, preserve, and sequence the DNA of approximately one species for each genus of living mammals, birds, reptiles, amphibians, and fish.

"Understanding the evolution of the vertebrates is one of the greatest detective stories in science," said David Haussler, a Howard Hughes Medical Institute investigator at the University of California, Santa Cruz (UCSC). "No one has ever really known how the elephant got its trunk, or how the leopard got its spots. This project will lay the foundation for work that will answer those questions and many others."
Known as the Genome 10K Project, the approximately $50 million initiative is "tremendously exciting science that will have great benefits for human and animal health," Haussler said. "Within our lifetimes, we could get a glimpse of the genetic changes that have given rise to some of the most diverse life forms on the planet."

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2 de noviembre de 2009

Convocatoria para el Posgrado en el INECOL, Xalapa

::: INECOL ::: Maestría y Doctorado :::

Se ha publicado la Convocatoria para ingreso al Posgrado del INECOL, Xalapa (ecología, biodiversidad, sistemática, conservación y manejo de los recursos naturales)
La Secretaría de Posgrado tiene como misión la formación de recursos humanos de alto nivel (Maestria y Doctorado en Ciencias) con el objeto de:
  • Capacitarlos para realizar investigación científica original.
  • Que apliquen los conocimientos científicos y tecnológicos a la solución de los problemas concretos enfrentados por la sociedad a la cual pertenecen.
Las áreas de investigación con mayor énfasis en el programa académico del posgrado incluyen:
Los estudiantes latinoamericanos pueden optar a becas de CONACYT México.
La información sobre la convocatoria esta aquí >>>

30 de octubre de 2009

Computational Biology in Colombia

PLoS Computational Biology: Computational Biology in Colombia

High-throughput techniques are somewhat restricted in developing countries. However, computational resources have evolved in recent years to become available to the general public, with greater ability to solve intense computational problems at low cost. Therefore, the vast amount of information that is currently being generated and the need for finding the underpinnings of several issues in biology, have been the impetus of the computational biology area in Latin America. Colombia is no exception, as its rich genetic diversity has convened the attention of several institutions, including both governmental and academic departments, to find how, where, and when these resources could be employed to its benefit. In this review, we introduce the efforts being made throughout the country to spread the word and establish a strong network from a mid- and long-term perspective.

In Colombia, computational biology is just starting to be known as a field of research in its own right. Until now, mainly chemists and biologists have used bioinformatics as a tool to try to solve their particular research problems. We start by reviewing the work of some research groups and their projects. Next, we identify the driving forces of computational research and the problems to be faced in the future. This review is not exhaustive and we apologize for any groups that were not mentioned or acknowledged.

Restrepo S, Pinzón A, Rodríguez-R LM, Sierra R, Grajales A, et al. (2009) Computational Biology in Colombia. PLoS Comput Biol 5(10): e1000535. doi:10.1371/journal.pcbi.1000535

http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pcbi.1000535

26 de octubre de 2009

Postdoctoral Fellowship in Vertebrate Evolution - University of Arizona

George Gaylord Simpson Postdoctoral Fellowship in Vertebrate Evolution -
University of Arizona

The Department of Ecology and Evolutionary Biology announces one
postdoctoral fellowship position for Fall 2010, named in honor of G. G.
Simpson's long tenure at the University of Arizona.

Simpson Fellows are expected to conduct an active research program in evolutionary biology,
especially projects that are facilitated and complemented by the
Department's extensive natural history collections in ichthyology,
herpetology, ornithology, and mammalogy. The positions are part of a
renewed commitment to natural history collections on the University of
Arizona campus and an initiative in biodiversity informatics
(http://loco.biosci.arizona.edu/bdii/). Postdoctoral Fellows are
encouraged to establish research collaborations with faculty in the
Department of Ecology and Evolutionary Biology and are expected to teach
or contribute to one course per year in the Fellow's research specialty.
Salary is $37,500 plus benefits (nine-month appointment). A research
stipend of $5000 will also be included. The positions are renewable for
at least a second year contingent on satisfactory performance.

Applicants should submit application materials online at the University
of Arizona Human Resources website (https://www.uacareertrack.com; look
for job #44102), including C.V., statement of research and teaching
interests and experience, and two letters of reference. Reference
letters should be emailed directly to sand...@email.arizona.edu.
Position is open until filled, but we anticipate reviewing applications
beginning on Jan. 15, 2010.
Contact Dr. Peter Reinthal (p...@email.arizona.edu),
Dr. Renee Duckworth (r...@email.arizona.edu),or
Dr. Michael Sanderson (sand...@email.arizona.edu) for further information.

22 de octubre de 2009

NESCent:: Call for Proposals

NESCent: Science & Synthesis: Call for Proposals

Description:
We are now accepting proposals for Postdoctoral Fellowships at The National Evolutionary Synthesis Center (NESCent). We are looking to fund innovative approaches to outstanding problems in evolutionary biology.

Applications:

Proposals are due December 1.

For more information, please see our website at https://www.nescent.org/science/proposals.php.

Proposal Categories

Post-Doctoral Fellowships (December 1st deadline)


Sabbaticals (July 10th and December 1st deadlines)


Short-Term Visitors (Jan. 1st, April 1st, July 1st, Sept. 1st deadlines)

20 de octubre de 2009

Servidor de Filogenetica.org temporalmente fuera de linea

El sitio web Filogenetica.org ha estado inaccesible.



A los visitantes de Filogenetica.org les pido disculpas por esta interrupción temporal.
El sitio web debera estar en linea pronto.
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Actualización: El sitio web ya esta en linea nuevamente!  Oct 22.

18 de octubre de 2009

Genomic basis of adaptation and speciation in Senecio

Postdoctoral Research Assistant at University of Oxford

Applications are invited for a three-year postdoctoral position on a NERC-funded project, Genomic basis of adaptation and speciation in Senecio, led by Dr Dmitry Filatov, Department of Plant Sciences, University of . This project is devoted to a genome-wide analysis of molecular bases of speciation and adaptation in plant genus Senecio. In collaboration with Professor Hiscock’s laboratory in Bristol () we will conduct functional and evolutionary genetic analyses of coding and regulatory regions in Senecio genome in order to study their during adaptation to contrasting environments of high and low altitudes. The research will involve high throughput DNA pyrosequencing from three Senecio species and population genetic and evolutionary genomic analyses of these sequences.
Further particulars of the post are available at www.plants.ox.ac.uk/. It is anticipated that the successful candidate will begin on 1 February 2010 or soon thereafter and should hold a PhD or equivalent in a relevant discipline.
For more details of the Filatov laboratory see: dps.plants.ox.ac.uk/plants/staff/DmitryFilatov.aspx.
Applications, including application form, full curriculum vitae, the names and contact details of two referees, and clearly quoting reference AP09014 should be sent to the Departmental Administrator, Department of Plant Sciences, University of , South Parks Road, OX1 3RB or by email to recruit [at] plants.ox.ac [.] uk. The closing date for applications is noon on Thursday 19 November 2009.

16 de octubre de 2009

III Congreso Colombiano de Zoología. Medellin


III Congreso Colombiano de Zoología,
Medellín - Antioquia, 
21 al 26 de noviembre de 2010.

En nombre de las instituciones organizadoras, me es grato extenderles una invitación especial a participar en el III Congreso Colombiano de Zoología que se llevará a cabo en la ciudad de Medellín - Antioquia, del 21 al 26 de noviembre de 2010.
Motivados por el hecho de pertenecer a un país que ostenta un lugar privilegiado, al ser depositario de gran parte de la riqueza natural de nuestro planeta, este evento estará enfocado en compartir los avances en el conocimiento de los diferentes tópicos de la diversidad animal y en dimensionar la importancia de los servicios ambientales que ésta nos ofrece, especialmente sobre el impacto al que se enfrenta la humanidad con la alteración del equilibrio natural, incluyendo los efectos del cambio climático global. Siendo coherentes con este reto en el congreso hemos decidido minimizar el impacto ambiental de su desarrollo mediante la utilización de medios digitales informáticos a todo nivel y durante las diferentes fases del Evento.


José Vicente Rodríguez Mahecha

Coordinador General

III Congreso Colombiano de Zoología

Presidente Asociación Colombiana de Zoología – ACZ

1 de octubre de 2009

EDIT General Meeting (Carvoeiro, Portugal)




European Distributed Institute of Taxonomy



The European Distributed Institute of Taxonomy is a network of excellence gathering 28 major institutions devoted to knowing the living world better with the support of the European Commission.

EDIT General Meeting 2009
15-17 December 2009, Hotel Tivoli Almansor, Carvoeiro

This year’s edition of EDIT’s main events will take place once again in the small town of Carvoeiro (southern Portugal). We hope to meet as many as possible of you there to discuss EDIT’s past, present and future.

EDIT Young Taxonomist Symposium
15 December 2009

Demonstrating the future of taxonomy, EDIT invites earl-career researchers to present their work. The call for applications from EDIT institutions (up to two candidates per institution) is now open.

EDIT General Meeting
15-16 December 2009

As EDIT approaches its final year, we hope to engage in a practical discussion of what taxonomy and taxonomists achieve when working together in EDIT. We will discuss the transformation of taxonomy into a global cyberscience, with speakers inside and outside EDIT defining a picture of a discipline that experiences growing relevance and capability. As in previous editions, all EDIT institutions will be able to send a number of delegates to this event.

Click here to see the event programme and speakers.

Poster and Demonstration Sessions
15-17 December 2009

* Read more

30 de septiembre de 2009

Taxonomy comes of age: Book review in Nature

Taxonomy comes of age : Article : Nature

BOOK REVIEWED


Naming Nature: The Clash Between Instinct and Science
by Carol Kaesuk Yoon.
W. W. Norton
: 2009.
352 pp.

Faced with the bewildering diversity of nature, humans have long attempted to classify it. In her personal and readable perspective on taxonomy, Carol Yoon argues that the basic instinct to recognize natural groups has gradually been replaced by an increased rationality.

Yoon explores the formative environment, motives and personality of the field and scientists within it, from its origins to maturity. She argues that taxonomy generates new views of the world that are counterintuitive, for example that fungi are more like animals than plants; reductionist, depending on molecular data and statistical techniques; and bewildering, such as the prolific yet invisible domains of bacteria and archaea. She is concerned that the professionalization of biology has distanced humanity from nature. But her incursions into anthropology, neuroscience and psychology to explain our empathy with nature are disappointingly superficial.

The first major step in taxonomy was taken by Carl Linneaus some 250 years ago. In a magnificent work, Systema Naturae, he ordered the known natural world. Although the places of some organisms in his scheme have changed, his binomial system for naming organisms has stood the test of time.

A century later, in 1859, came Darwin's theory of evolution, with its seismic impact on science and society. Surprisingly, its effect on taxonomy was minimal. Taxonomists continued for another century to explore the world and discover new species as before, now drawing tree diagrams to represent the relationships between organisms and their evolution. Some of these evolutionary trees were insightful, others fanciful. Unfortunately none was testable, repeatable or objective. So taxonomy got a bad name.

Yoon rightly recognizes the role of the 1960s movement of quantitative experimentalists in being the most significant first step in transforming the field into a full science. These numerical taxonomists started a serious debate on how to articulate earlier opinions and experience, and distil them into testable conclusions. As a result, data and transparent methodology came to challenge 'expert' opinion. However, these researchers treated all data equally, without considering their relative evolutionary or biological significance.

A more rational and evolution-based approach was needed. For some this was found in DNA sequences. But this approach attracted a similar criticism, namely that a complex organism couldn't be reduced to a string of nucleotides.

Over the following period of great change in biology and computational technology, taxonomists struggled to find their way. In the 1970s, the phylogenetics movement arose with a simple message: to seek close relatives with similarities that are shared uniquely by their descendants and no other groups. With this powerful new methodological tool came fervent disciples, called 'cladists', who wanted to purge the field of non-adherents. Taxonomy again turned in on itself, ignoring the huge strides being made in areas such as developmental genetics, population genetics and population biology that could have crucially informed their interpretations of nature. Describing these ideological waves, Yoon's book comes alive with her tales of meeting influential figures, including the God-like Ernst Mayr.

Yoon leaves us with taxonomy having passed though its rebellious adolescence into maturity. But what of its future? Taxonomy has never had so many tools at its disposal and so many connections to the rest of biology. The tragedy is that there are too few taxonomists who can utilize these advances and tackle the challenging questions of our time.


Book review by
Richard Lane. Director of science at the Natural History Museum, London SW7 5BD, UK, and author of the recent report Taxonomy in Europe in the 21st Century.

23 de septiembre de 2009

La dimensión filogenética de la diversidad biológica

Curso de Posgrado en la Universidad Nacional del Sur, Bahía Blanca, Buenos Aires.

"La dimensión filogenética de la diversidad biológica"

a cargo del Dr. Fernando Pérez-Miles (Sección Entomología, Facultad de Ciencias, Universidad de la República, Montevideo, Uruguay)

Coordinador responsable: Dra. Adriana Ferrero
  • Lugar: Sala de Conferencias, Depto. De Biología, Bioquímica y Farmacia
  • Fecha de Inicio: lunes 19 de octubre, 17 horas.
  • Modalidad: Teórico – Práctico
Contacto: Lic. Nelson Ferretti, Laboratorio de Zoologia de Invertebrados II, Tel: 4595101 Int. 2425. Email

Temario Básico
Programa Teórico:

1.- Diversidad biológica y Sistemática. Bases criterios y formas de clasificación. Características de las clasificaciones científicas, jerarquía y claves. Sistemática, Taxonomía, Clasificación y Nomenclatura. El concepto de especie en sistemática.

2.- Referencias históricas de la sistemática, escuelas. Origen de la Sistemática Cladista. Filogenia y Parentesco. Principios Cladistas: parsimonia, máxima verosimilitud y distancia.

3.- Caracteres sistemáticos y variación. Tipos de caracteres. Variables cualitativas y cuantitativas. Variables discretas y contínuas. Transformación y estados de los caracteres. Homología y homoplasia. Codificación de caracteres. Ordenamiento y polarización. Criterios de optimalidad y optimización de caracteres.

4.- Construcción de cladogramas. Búsquedas: métodos exactos, métodos heurísticos. Permutación de ramas: podado y reinserción de sub-árboles (SPR), corte y reconección (TBR). Polaridad y enraizamiento. 9.- Pesado de caracteres y medidas de ajuste. Longitud del cladograma. Indices de consistencia, de retención y ajuste. Pesado a priori y a posteriori. Pesajes sucesivos y pesajes implicados.

5.- Soporte y medidas de confiabilidad de cladogramas y grupos. Decisividad, distribución de longitudes de árboles, “Bremer support”. Métodos probabilísticos: Bootstrap, Jacknife. Consensos: estricto, de mayoría, de Nelson, de Adams. Análisis separados versus evidencia total. Comentarios sobre nuevos métodos de búsqueda para matrices muy grandes o “sucias”.


Programa Práctico:
1.- Polarización y codificación de caracteres, matrices básicas de datos, manejo básico del programa NEXUS

2.- Análisis filogenético, búsquedas de árboles por parsimonia, manejo básico del programa TNT.

3.- Pensando en árboles, ejercicios (domiciliarios) de interpretación de árboles.


Bibliografía:

Libros

Goloboff, P.A. 1998. Principios basicos de cladística. Sociedad Argentina de Botánica, Buenos Aires, 81 pp.

Kitching, I.J., P.L. Forey, C.J. Humphries & D. M. Williams. 1998. Cladistics. The theory and practice of parsimony analysis. 2nd. Ed. Oxford Univ. Press, Oxford, 228 pp.

Lanteri, A.A. & M.M. Cigliano. Sistemática biológica fundamentos teóricos y ejercitaciones. Edlup, La Plata, 241 pp.

Diniz, J.A.F. 2000. Métodos filogenéticos comparativos. Holos, Riberao Preto, 162 pp.



Trabajos científicos

Bremer, K.1994. Branch support and tree stability. Cladistics 10:295-304.

Gobloboff, P.A. 1993. Estimating character weights during search. Cladistics 9:83-91.

Goloboff, P.A., J.Farris & K. Nixon. 2003. Tree Analisis using new technology, ver 1.1. Program and documentation at http:// www.zmuc.dk/public/phylogeny/tnt.

Platnick, N.I. 1979. Phylosophy and the transformation of cladistics. Syst. Zool. 28:537-544.

22 de septiembre de 2009

BOTANY 2010, Rhode Island


Botany 2010
Call for Symposia, Colloquia, and Workshops
Overview
BOTANY 2010 will be held at Providence, Rhode Island, July 31 – August 4, 2010.

Societies participating in BOTANY 2010 will include:
  • the American Bryological and Lichenological Society (ABLS),
  • the American Fern Society (AFS),
  • the American Society of Plant Taxonomists (ASPT), and
  • the Botanical Society of America (BSA).

In preparation for Botany 2010 we are now soliciting proposals for symposia, colloquia, workshops, discussion sessions, and field trips. Symposia are organized around a topic of potential broad interest, are timely because of recent advances or synthesis in the field, or are particularly relevant to the conference venue. Colloquia are organized around more specialized topics with all presentations adhering to the standard 15 minute timeframe. The number of presentations in a colloquium is variable. Discussion sessions (“roundtable discussion”) are organized around a particular topic of interest with the bulk of the time devoted to discussion that engages the audience. Workshops are distinguished from symposia and colloquia by the inclusion of time devoted to hands-on activities (e.g., software demonstrations, data analysis tutorials, etc.).

websites
Call for Symposium - http://www.2010.botanyconference.org/2010Calls/2010ls_Symposia.php
Call for Workshops - http://www.2010.botanyconference.org/2010Calls/2010ls_Workshops.php

Escarabajo nombrado en honor a Darwin



"A dung beetle from Costa Rica has been named after Charles Darwin and the Darwin Initiative (DEFRA) by scientists at the National Biodiversity Institute of Costa Rica (INBio) and the EARTH University, Costa Rica.

The beetle, named Canthidium (Eucanthidium) darwini, was discovered in a remote and unexplored UNESCO World Heritage Site in the Talamanca Mountains as part of a Natural History Museum led project."

Leer más ..... >>>

21 de septiembre de 2009

Sistemática en el X Congreso Nacional de Micologia. México

 
El Comité Organizador invita a la comunidad académica, científica, estudiantil y público interesado a asistir al:
X Congreso Nacional de Micología
a celebrarse en Guadalajara, Jalisco
del 20 al 25 de septiembre de 2009. 


Simposio: Sistemática de hongos

Coordinador: M. en C. Ricardo Valenzuela Garza

1. Systematics of Cordyceps sensu lato
Dr. Bhushan Shrestha

2. El género Phellinus Quél. (Hymenochaetaceae) en la actualidad
Dra. Clarice Loguercio Leite

3. El orden Boletales en México, los criterios tradicionales y actuales de su clasificación
M. en C. Jesús García Jiménez

4. Sistemática de los hongos gasteroides
Dr. Martín Esqueda Valle


sitio web: http://www.cucba.udg.mx/actividadescucba/2009/micologia/sishongos.html

15 de septiembre de 2009

La $eductora pre$ion de una vi$ion molecular reduccioni$ta en la $istematica

Ante la efervescencia dominante de los últimos años por el uso de códigos de DNA para problemas taxonómicos, se han suscitado diversas reacciones criticas para alertar sobre las expectativas ingenuas, límites, errores de apreciación y hasta peligros de tal enfoque reduccionista y hegemónico molecular en la Sistemática [linklink]. Una reacción reciente es la discusión en "e-Clado" iniciada estos días y motivada al menos en parte por el anuncio de la disponibilidad de financiamiento para el uso de códigos de barras de DNA, allá en Argentina.

Acá en México, también estamos estamos sorprendidos por la benevolencia de CONACYT ofreciendo tanto dinero para que se hagan códigos de barras de DNA [link]. Ante una tendencia continua y cada vez mas preocupante de menor dinero disponible para los taxónomos, este financiamiento viene al investigador ahogado como una bocanada de aire (no importa que sea tan contaminado, como el de la Cd de Mexico!). Obviamente aplican las mismas preguntas planteadas en Argentina.
Transcribo aquí la invitación de Claudia Szumick con el objetivo que los lectores de este blog sigan y participen en la interesante discusión en "e-Clado".

Recientemente, por varias vías (e-groups, correos personales o de trabajo) y TAMBIEN por el e-group de clado hemos estado recibiendo un montón de propaganda e información (enviados por Martín Ramírez) sobre un nuevo
llamado del IBOL.

Y qué es el IBOL?

"Fondo iBOL Argentina, destinado a la difusión de la tecnología del código de barras de ADN para la identificación de especies"

Este llamado del IBOL financiado por Conicet, Fundación Williams, y otros, es
aparentemente administrado, coordinado y evaluado por el MACN. Financia salidas de campo, para identificación a nivel específico de grupos particulares de eukariotas y la extracción de tejido para el proyecto IBOL.

Este bombardeo propagandístico puede entenderse porque la gente del IBOL debe asegurarse de que todos los potenciales interesados tengan acceso a la información y puedan presentarse.

Sin embargo queda una sensación extraña, se toman muchas cosas como dadas y ya no sujetas a discusión, sin espacio alguno para reflexionar o discutir.

Las dudas que esta situación me genera las resumen perfectamente Jorge Crisci y Liliana Katinas en su nota reciente de Ciencia Hoy (réplica a la nota de Tubaro y Astarloa). Crisci y Katinas hablan sobre los peligros de la "hegemonía"; lo que más me llamó la atención es que ellos marcan que el programa de barcote implica:

1. un programa de investigación reduccionista que ignora muchos aspectos de la biología organísmica;

2. una disminución del trabajo taxonómico, disminución que afecta la conservación de la biodiversidad; y

3. un clima intelectual que margina a aquellos que tienen otros puntos de vista.

Creo no ser la única en preguntarme qué habría pasado si, en lugar de esto, el
CONICET y Williams y otros hubieran financiado a estudiantes avanzados e
investigadores para pequeñas campañas que cubran baches de información en plantas, animales, hongos, etc.? Cuánto habría sido el avance del conocimiento taxonómico en ese caso? Lo que implica: una vez más, nos despeinaron sin aviso a los taxónomos?

Por qué es ahora política institucional del CONICET apoyar y financiar este tipo de actividades?
Por qué los adeptos al barcode lograron que el CONICET apoyara esto como lo apoya, cuando el CONICET jamás consideró en su agenda con tanta generosidad a taxónomos y sistemáticos ...

Quisiera abrir acá el debate, porque me interesa saber qué piensa de este tema la gente que participa de este e-group.

Incluyo la nota de Ciencia Hoy donde están los defensores de esta técnica, así como la nota sobre los peligros de la "hegemonía" de Crisci y Katinas.

http://arbol.uniandes.edu.co/Archivos/Tubaro-Que%20bicho%20es.pdf

obviamente, existe además una larga lista de papers sobre los problemas
metodológicos y teóricos de esta nueva "técnica". Dejo esta parte a otro que quiera incluir esos papers.

Saludos cordiales,

Claudia
--
Claudia Szumik
INSUE-CONICET
Miguel Lillo 205 - CP4000
Tucumán - Argentina
0381-4232965

10 de septiembre de 2009

Recordatorio para la III Conferencia Internacional del Código de Barras de la Vida. Mexico

Fecha limite para registro con descuento en la Tercera Conferencia Internacional del Código de Barras de la Vida

A los posibles interesados,

Del 7 al 13 de noviembre se llevará a cabo la Tercera Conferencia Intenacional del Código de Barras de la Vida en la ciudad de México.

Esta Conferencia va a reunir líderes nacionales e internacionales en diferentes campos de la biología (taxonomía, ecología, conservación, manejo, especies invasoras, plagas, etc) interesados en el desarrollo de esta nueva heramienta molecular para la identificación expedita de especies, y sus aplicaciones.

La parte científica más importante de la Conferencia se llevará a cabo en las instalaciones de la Academia Mexicana de Ciencias del 10 al 12 de noviembre, pero también se tienen preparadas reuniones o talleres previos a la misma en las instalaciones de la UNAM del 7 al 9  de noviembre, y eventos abiertos al público el 13 de noviembre en el Museo Universum.

Esta Conferencia está siendo organizada por el Instituto de Biología de la UNAM y por el Consorcio para el Código de Barras de la Vida, basado en Smithsonian Institution. Toda la información sobre la Conferencia se puede consultar en la pagina web www.dnabarcodes2009.org.

Es importante notar que el día de mañana es el último día para inscribirse al evento con una cuota de descuento. Para los organizadores es de suma importancia conocer el número de personas interesadas en asistir, para todos los arreglos logísticos de la Conferencia, por lo que los invitamos a inscribirse lo antes posible si están interesados en participar, por otro lado, el cupo en la Conferencia conforme se acerque la fecha podría estar limitado.

Por lo tanto, los invito cordialmente a que de estar interesados en el tema y la Conferencia visiten la página y programen su inscripción tomando en cuenta el descuento.

Atentamente,

Patricia Escalante
Presidenta de la Tercera Conferencia Internacional del Código de Barras de la Vida

3 de septiembre de 2009

56th Annual Systematics Symposium, MOBOT, Saint Louis

9-11 October 2009

With support from the National Science Foundation

"Angiosperm phylogeny: not just trees, but insects, fungi, and much more"

Organizing committee: Peter Stevens

FRIDAY
7:30 – 9:30 p.m. Informal mixer in Ridgway Center

SATURDAY
8:30 a.m. – 8:30 p.m. Talks in Ridgway Center

SUNDAY
Sunday 9:00 a.m. – noon. Talks in Ridgway Center

Website:  http://www.mobot.org/mobot/research/symposium/

29 de agosto de 2009

Encuesta: Como usa este blog y el sitio Filogenetica.org?

Actualización (Nov 2009): Vea los resultados aqui >>>

Este Septiembre el sitio web Filogenetica.org y este blog de noticias cumple tres años que esta en linea. En este periodo se han acumulado mas de 100, 000 visitantes! Desde este lado del teclado parece ser que el sitio esta funcionando como un espacio para difundir información sobre actividades, cursos, investigación, congresos, etc y promover el contacto entre nuestra comunidad filogenética. Pero realmente es asi?

En vista de los tres años en linea y del ritmo regular de unos 250 visitantes diarios a este sitio, ayudara mucho explorar que es lo que los lectores buscan. Mediante correo electrónico recibo frecuentemente solicitudes de ayuda. Las necesidades mas comunes son de  información sobre cursos, eventos, logros, etc y también los lectores de este blog solicitan se publiquen notas que divulguen conocimientos técnicos básicos sobre teoría y métodos filogenéticos.

Una manera mas abierta de examinar las expectativas de quienes visitan el sitio es preguntando directamente "Como usa este blog y el sitio Filogenetica.org? A todos se les invita a participar en esta encuesta.
Al igual que en las anteriores, pueden elegir más de una respuesta. La lista de opciones y los resultados estarán disponibles hasta Noviembre. Si la lista de opciones no incluye su situación, por favor deje su comentario aquí

Gracias por participar y ayudar en el mejoramiento de este servicio de información y divulgación!
E

25 de agosto de 2009

Systematics and taxonomy research scheme launch event

BBSRC - Systematics and taxonomy research scheme launch event

Systematics and taxonomy research scheme launch event
Date: 12 November 2009, 6pm
Venue: Linnean Society, Burlington House, Piccadilly, London W1J 0BF

Map of venue

The Research Councils are launching a new funding scheme for research in systematics and taxonomy. The Systematics and Taxonomy (SynTax) scheme is designed to provide short-term funding for preliminary research that will form the basis of novel responsive mode proposals with a substantial systematics/taxonomy component.

The scheme aims to stimulate high quality taxonomy and systematics-related research proposals to the UK’s Research Councils.

The scheme follows on from the Collaborative Systematics (CoSyst) scheme, through which a number of projects have gone on to receive responsive mode funding.

Programme

The launch event will provide details of the SynTax scheme and will showcase successful projects funded under its predecessor CoSyst.

Tea will be served in the library from 5.30pm and the lecture will be followed by a wine reception and poster session.

Speakers

  • SynTax Scheme
    Amanda Read, BBSRC
  • CoSyst Showcase:
    • Genomic tools for studying the Origin of Species
      Professor Vincent Savolainen, Imperial College London
    • Hydatellaceae: a key to reassessing morphological evolution in angiosperms
      Dr Paula Rudall, Royal Botanic Gardens Kew
    • Molecular diversity of microbial eukaryotes using a large-scale parallel tag sequencing strategy
      Dr Tom Richards, University of Exeter

Posters are invited from CoSyst grantholders.

How to register

This meeting is free. Registration is not necessary.

21 de agosto de 2009

Convocatoria para hacer Codigos de ADN, Mexico

Se ha dado a conocer en México la convocatoria del CONACYT para la "Integración de las Redes Temáticas CONACYT de Investigación 2009".
La convocatoria esta dirigida a investigadores, tecnólogos, empresarios y demás personas interesadas en participar en alguna de las Redes Temáticas CONACYT de Investigación. Estará vigente hasta el 18 de septiembre de 2009.

El objeto de esta convocatoria es:
"Promover la incorporación de investigadores y personas interesadas en la conformación de las Redes Temáticas y fortalecer la construcción y desarrollo de las mismas, entre los grupos de investigación científica y tecnológica en las instituciones de educación superior, en los centros de investigación, empresas y/o laboratorios nacionales de todo el país, en áreas estratégicas para alcanzar soluciones articuladas y estructuradas que contribuyan al desarrollo nacional y al bienestar de su población en las áreas temáticas que el Consejo Asesor de Redes Temáticas ha aprobado."
Relevante para nuestra comunidad es el párrafo tres de la Convocatoria:
"Código de Barras de la Vida: Biología Molecular y Sistemática; Generación de códigos de barras de ADN para las especies de plantas, animales y hongos; Códigos de barras de las colecciones biológicas y herbarios; Aplicaciones de los códigos de barras para el reconocimiento de especies que sirven como marcadores biológicos, parásiots y plagas; Aplicación de los códigos de barras en especies de interés económico y en conservación de la biodiversidad; Reconocimiento de los ámbitos de distribución de las especies utilizando los códigos de barras; Códigos de barras para reconocer la ontogenia de especies con metamorfosis; Uso de los códigos de barras para la explotación sustentable de especies; etc."
El financiamiento ofrecido incluye:
a) Estancias académicas para investigadores y estudiantes incluidas en el Programa General de Trabajo establecido y justificado
b) Gastos para el desarrollo de trabajos de campo, para el diagnóstico del tema.
c) Gastos de organización de eventos académicos sobre el tema y que contemplen la formación de Recursos Humanos (Simposio, escuelas, talleres etc.).
d) Gastos de los investigadores (viáticos y pasajes).
e) Becarios.
f) Gastos relacionados con las reuniones de los miembros de la Red Temática.
g) Pago de servicios profesionales externos o de apoyo consultivo.
h) Ediciones e impresiones de libros para divulgación de los resultados, relacionados a la línea temática de la Red Temática.
i) Operación y mantenimiento de un portal y páginas informativas incluyendo las bases de datos.
j) Trámites para el registro de la propiedad intelectual a nivel nacional y/o internacional, derivados del proyecto de la Red Temática. Los costos de las patentes y su mantenimiento deberán ser cubiertos por la institución que tenga la titularidad de esos derechos.
k) En casos excepcionales se dará a poyo para adquisición de infraestructura
-----------------------
Sitio web: http://www.conacyt.gob.mx/Fondos/Institucional/RedesTematicas/Index_RedesTematicas.html

Bioinformatics: Computer Methods in Molecular Biology

Practical Course
21-26 June, 2010.
“Bioinformatics: Computer Methods in Molecular Biology”
Trieste, Italy

Organiser: Sándor Pongor (ICGEB, Trieste, Italy)
Topics
  • Genome and proteome databases
  • Analysis of protein and DNA sequences
  • Similarity searching, alignments
  • Sequence phylogeny
  • WWW-based services
  • Genome projects, functional genomics
Participants must have a basic working knowledge of biochemistry and molecular biology, a basic familiarity with computer uses and a need for DNA or protein sequence analysis for their ongoing research. Preference will be given to Ph.D. students and junior scientists below the age of 35 years. Registration for the course is limited to 30 participants.

A limited number of grants, covering accommodation (twin share) and local hospitality for the duration of the Course, are available to nationals of ICGEB Member States*.
Travel is NOT funded. Please note that there is no registration fee.
Closing date
for applications 28 January 2010
Contact Submit your participation form, curriculum vitae in English and a short list of publications (if any) to:
ICGEB - Conferences and Meetings, Padriciano 99, I-34149 Trieste, Italy.
Tel: +39-040-3757333; Fax: +39-040-226555; E-mail: courses@icgeb.org

website: http://www.icgeb.org/meetings-2010.html
*
*ICGEB Member States (@ 5th January 2009 – refer to URL http://www.icgeb.org/member-states.html for updates)
Afghanistan, Algeria, Argentina, Bangladesh, Bhutan, Bosnia and Herzegovina, Brazil, Bulgaria, Burundi, Cameroon, Chile, China, Colombia, Costa Rica, Côte d’Ivoire, Croatia, Cuba, Ecuador, Egypt, FYR Macedonia, Hungary, India, Iran, Iraq, Italy, Jordan, Kuwait, Kyrgyzstan, Liberia, Lybian Arab Jamahiriya, Malaysia, Mauritius, Mexico, Morocco, Nigeria, Pakistan, Panama, Peru, Poland, Qatar, Romania, Russia, Saudi Arabia, Senegal, Serbia, Slovakia, Slovenia, South Africa, Sri Lanka, Sudan, Syria, Tanzania, Trinidad and
Tobago, Tunisia, Turkey, United Arab Emirates, Uruguay, Venezuela, Viet Nam

20 de agosto de 2009

Phylogeny and diversity of land plants and fungi

Course objective

The goal is to gain basic knowledge of recently established phylogenetic lineages in the land plants and fungi and based thereon of essential understanding of modern insights in the morphological characterization, the origin and evolutionary development of the main clades and the angiosperm pollen.
The following items will be discussed and demonstrated:

  • – Changing views on phylogenetic relations within the land plants and fungi
  • – Overview of morphological and taxonomic diversity and morphological characterization of the presently accepted main clades
  • – Present insights in and disputes over key innovations, and functional characterizations (adaptations)
  • – State of the art overview of the various uses by mankind of the taxa and of the applications of these fields of knowledge

Remarks

Language: Dutch (English in case foreign MSc-students participate).

Coordinator

Dr.M.Roos,

Time table

Sept. 22-26: Mosses and Ferns
Sept. 29 – Oct. 2: Angiosperm pollen
Oct. 6-10: Fungi

Website: http://studiegids.leidenuniv.nl/en/courses/show/16935/phylogeny-and-diversity-of-land-plants-and-fungi

19 de agosto de 2009

4th Dresden Meeting on Insect Phylogeny

4th Dresden Meeting on Insect Phylogeny,
September 18 - 20, 2009

The Dresden Meetings on Insect Phylogeny are dedicated to a broad variety of topics concerning phylogeny reconstruction in Insecta; this includes both the interordinal and intraordinal levels, both morphological and molecular work, and both extant and fossil taxa, as well as occasional methodological contributions. The 4th Dresden Meeting on Insect Phylogeny (2009) will have a strong focus on key taxa and key characters insects; this will also include some presentations on fossil key taxa. The about 30 oral contributions, all in English, will be presented by invited high-profile specialists.

Organized by

Klaus-Dieter Klass (Museum für Tierkunde Dresden)
Niels Peder Kristensen (Zoological Museum Copenhagen)

Contact: insectphyl2009 (at) snsd.de - Please copy and paste this addess, replace "(at)" by "@"

18 de agosto de 2009

Molecular evolution and phylogenetics

Primer on Molecular Evolution and Phylogenetics

http://www.biomed.cam.ac.uk/gradschool/current/courses/phylogeny.html

Dr Hernan Javier Dopazo and Leonardo Daniel Arbiza Brustin

Pharmacogenomics & Comparative Genomics Unit, Bioinformatics Department, Centro de Investigación Príncipe Felipe, Valencia, Spain


Dates: 5th-7th October 2009
Time: 9.30am-5pm
Venue: Genetics Room G12 (map)
Maximum number: 20
Codes: BM02
Credits: 6

Bookings are made via the online booking form.

6 de agosto de 2009

Chris Humphries – Natural History Museum, London (1947—2009)

It is our sad task to record the death of Professor Chris Humphries,
merit researcher in the Botany Department until his retirement in 2007,
on Friday 31st July. Chris was a leading figure in the cladistic
revolution in systematics and biogeography. Without his tireless
efforts, systematic botany - perhaps systematic biology - would be a
very different beast.



Chris joined the Botany Department in 1972 as an assistant curator, a
nearly-finished PhD student, coming directly from Vernon Heywood's
Botany Department in Reading University. With the exception of three
sabbaticals - two of them at the University of Melbourne (1979-80, 1986)
and a six month stay as a fellow at the Wissenschaftskolleg zu Berlin
(Institute for Advanced Study, Berlin) in 1994 - Chris spent his entire
career in the Museum.



Chris's early botanical research was on Asteraceae (daisies) and
Macaronesia but during the 1970s and 1980s most of his intellectual
effort went into developing, exploring and promoting cladistic
systematics and cladistic biogeography. These efforts yielded two much
acclaimed books: Cladistic Biogeography (1986) (with Lynne Parenti, of
the Smithsonian; a revised 2nd edition appeared in 1999) for
biogeography, and Cladistics: A practical course in systematics (1992)
(with staff of the Natural History Museum; a revised 2nd edition
appeared in 1998 as Cladistics: the theory and practice of parsimony
analysis). Both books became standard works in their field.



Chris's interest in art made him the perfect choice for organising and
annotating the first complete full-colour edition of Banks' Florilegium,
published between 1980 and 1990. The project marked the beginning of
Chris's love affair with Australia and her flora, the enigmatic southern
beeches and the problems of explaining organism distribution in the
Southern Hemisphere. The Florilegium consists of over 700 botanical line
engravings made from Sydney Parkinson's watercolours, recording the
plants collected by Joseph Banks and Daniel Carl Solander on Captain
James Cook's first voyage around the world (1768-1771).



After 1990, Chris (with Dick Vane-Wright and Paul Williams, both of the
Entomology Department) put biogeographical matters to more practical
use, addressing what they called the "Agony of Choice" - the
conservationists' dilemma - with their 'WorldMap' approach to
conservation biology, combining taxonomic, ecological and biogeographic
information into one system. After a decade of collaboration with many
different and diverse groups of researchers working on many different
organisms, Chris returned to more fundamental matters in biogeographical
investigation and to the distribution of plants on Macaronesia, the
islands he began with as a student.



During his career, Chris received many honours; the Linnean Society's
Bicentenary Medal in 1980 and their Gold Medal in 2001; he was also an
Honorary Fellow of the American Association for the Advancement of
Science. He was President of the Systematics Association (2001-2003) as
well as its Treasurer (1996-9), and President of the Willi Hennig
Society (1989-1991), being elected a Fellow honoris causa in 1998. Chris
was also Vice-President and Botanical Secretary of the Linnean Society
(1994-1998).



In 2008, a three-day Meeting was held in his honour at the Linnean
Society; a Festschrift will be published in early 2010.



David M. Williams & Charlie Jarvis

Botany Department

The Natural History Museum

Cromwell Road

London SW7 5BD

UK

_______________________________________________

Taxacom Mailing List

4 de agosto de 2009

Enlace a clases del OSU Cladistics Workshop

OSU Cladistics Workshop

Concluyó el taller de métodos filogenéticos de la Willi Hennig Society y en el sitio web del curso se ha publicado en linea la fotografía de los participantes.

De interes para los lectores de este blog son los enlaces a documentos de algunas de las clases. Muy buenas presentaciones en PDF! De la presentación de Giribet sobre "Homology" tome esta figura:



Visiten el sitio!
http://www.biosci.ohio-state.edu/~jfreuden/cladwork/main.htm

Workshop on Molecular Evolution, Europe 2010

Se ha anunciado el próximo "Workshop on Molecular Evolution, Europe 2010"

Lugar: Cesky Krumlov, Czech Republic
Fecha: 10 - 22 January 2010, individual research session 22 - 29 January 2010
Application Deadline: 1 October 2009
Sitio web: http://workshop.molecularevolution.org/
Organizadores: Michael P. Cummings and Scott A. Handley, Co-Directors
Naiara Rodriquez-Ezpeleta, Associate Director.

"Topics to be covered include:

  • Databases and sequence matching: database searching: protein sequence versus protein structure; homology; mathematical, statistical, and theoretical aspects of sequence database searches
  • Phylogenetic analysis: theoretical, mathematical and statistical bases; sampling properties of sequence data; Bayesian analysis; hypothesis testing
  • Maximum likelihood theory and practice in phylogenetics and population genetics: coalescent theory; maximum likelihood estimation of population genetic parameters
  • Molecular evolution integrated at organism and higher levels: population biology; biogeography; ecology; systematics and conservation; population genetics
  • Molecular evolution and development: gene duplication and divergence; gene family organization; coordinated expression in evolution
  • Comparative genomics: genome content; genome structure; genome evolution
  • Molecular evolution of recently diverged species
The course is designed for established investigators, postdoctoral scholars, and advanced graduate students with prior experience in molecular evolution and related fields. Scientists with strong interests in molecular evolution, phylogenetics, population genetics, and related fields are encouraged to apply for admission."

31 de julio de 2009

Curso de Posgrado: Análisis Cladísticos y su Aplicación en Paleontología

ASOCIACIÓN PALEONTOLÓGICA ARGENTINA: Cladística y Paleontología
Curso de Postgrado de la APA
Análisis Cladísticos y su Aplicación en Paleontología

Docente: Dr. Diego Pol (CONICET-Museo Paleontológico Egidio Feruglio, Trelew)
Duración: 5 días (40 horas)
Fecha: del 13/7/09 al 17/7/09
Lugar: Museo Argentino de Ciencias Naturales “Bernardino Rivadavia” Av. Angel Gallardo 470, C1405DJR Ciudad Autónoma de Buenos Aires, TE 4982-6670

Mas informacion: Aqui>

30 de julio de 2009

Linux para filogenética: PhyLIS


Mac OS le parece caro? Windows .... caro y muy problemático? Bueno pues ahora sera más fácil adoptar Linux como sistema operativo en su investigación filogenética. No solo Linux es gratis sino mucho mas robusto y estable (al menos comparado con Windows), por lo cual en los últimos años este sistema operativo ha estado ganando popularidad, especialmente entre la comunidad científica.

Ahora el nivel de dificultad para instalar Linux y configurar la numerosa colección de programas ya disponibles para análisis filogenéticos ha disminuido significativamente con la disponibilidad de PhyLIS o "Linux Filogenético para Informática y Sistemática" (Phylogenetic Linux for Informatics and Systematics).
PhyLIS incluye dos componentes: el sistema operativo Linux y una colección básica de programas filogenéticos (los que han sido gratis). La configuración tanto del sistema operativo como de los programas incluidos ya esta lista para solo instalar y trabajar.
" ..... [PhyLIS] comes with most commonly used
phylogenetic software pre-compiled, installed,
and configured, which allows this software to
be executed by simply typing the appropriate
command (Table 1). PhyLIS also contains popular
scripting languages (and appropriate phyloinformatic
packages) including Perl (with BioPerl), Python
(with BioPython), and R (with several packages).
It implements parallel versions of several particularly
processor-intensive programs using MPI (including
BEST,4 MrBayes,5 and raxML).6 PhyLIS aims to
present a complete phylogenetic workbench for all
steps of analysis from sequence data manipulation to
alignment and tree search, including visualization (for
alignments and trees), model selection, divergence
time estimation, macroevolutionary analyses and
tools for automation and batch analysis." (Thomson, 2009).

Si aun no ha entrado al mundo Linux, esta es una muy buena oportunidad.

Para bajar el archivo de instalacion ISO ingrese al sitio web de PhyLIS.

Referencia:
Thomson RC. 2009. PhyLIS: a simple Gnu/Linux distribution for phylogenetics and phyloinformatics. Evolutionary Bioinformatics. 5:91-95 (Link)

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